ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49807

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 2, 3, 9, 3, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.004, 0.026, 0.049, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.004, 0.032, 0.061, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.032 std_dev=0.029
C6 B 0, 0.361, 0.541, 0.722, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.541 std_dev=0.180
N1 B 0, 0.393, 0.595, 0.798, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.595 std_dev=0.202
N3 B 0, 0.465, 0.673, 0.882, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.673 std_dev=0.208
C4 B 0, 0.430, 0.643, 0.856, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.643 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.412, 0.646, 0.879, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.646 std_dev=0.233
N6 B 0, 0.350, 0.587, 0.823, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.587 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.448, 0.688, 0.928, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.688 std_dev=0.240
N9 B 0, 0.527, 0.820, 1.112, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.820 std_dev=0.293
C1' B 0, 0.593, 0.900, 1.208, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.900 std_dev=0.308
O4' B 0, 0.719, 1.108, 1.496, 1.636 max_d=1.636 avg_d=1.108 std_dev=0.388
N7 B 0, 0.419, 0.863, 1.306, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.863 std_dev=0.444
C8 B 0, 0.500, 0.956, 1.412, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.956 std_dev=0.456
O4' A 0, 0.114, 0.719, 1.324, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.719 std_dev=0.605
C2' A 0, 0.142, 0.811, 1.481, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.811 std_dev=0.670
O5' A 0, 0.924, 1.672, 2.419, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.672 std_dev=0.747
C2' B 0, 1.155, 1.910, 2.664, 3.278 max_d=3.278 avg_d=1.910 std_dev=0.755
C3' A 0, 0.319, 1.111, 1.903, 2.145 max_d=2.145 avg_d=1.111 std_dev=0.792
C4' B 0, 1.003, 1.846, 2.690, 3.072 max_d=3.072 avg_d=1.846 std_dev=0.844
P A 0, 1.081, 1.933, 2.784, 3.262 max_d=3.262 avg_d=1.933 std_dev=0.852
C4' A 0, 0.211, 1.112, 2.013, 2.368 max_d=2.368 avg_d=1.112 std_dev=0.901
O3' A 0, 0.505, 1.419, 2.334, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.419 std_dev=0.914
O2' B 0, 1.392, 2.319, 3.246, 3.976 max_d=3.976 avg_d=2.319 std_dev=0.927
C3' B 0, 1.350, 2.366, 3.381, 4.001 max_d=4.001 avg_d=2.366 std_dev=1.016
OP1 A 0, 0.960, 1.978, 2.997, 3.960 max_d=3.960 avg_d=1.978 std_dev=1.019
O2' A 0, 0.259, 1.293, 2.328, 2.712 max_d=2.712 avg_d=1.293 std_dev=1.034
C5' B 0, 1.696, 2.986, 4.276, 4.951 max_d=4.951 avg_d=2.986 std_dev=1.290
O3' B 0, 2.087, 3.438, 4.789, 5.550 max_d=5.550 avg_d=3.438 std_dev=1.351
C5' A 0, 0.356, 1.757, 3.157, 3.742 max_d=3.742 avg_d=1.757 std_dev=1.400
O5' B 0, 1.859, 3.271, 4.683, 5.261 max_d=5.261 avg_d=3.271 std_dev=1.412
OP2 A 0, 1.913, 3.560, 5.206, 5.578 max_d=5.578 avg_d=3.560 std_dev=1.647
P B 0, 2.085, 3.891, 5.697, 6.794 max_d=6.794 avg_d=3.891 std_dev=1.806
OP1 B 0, 2.378, 4.307, 6.237, 7.563 max_d=7.563 avg_d=4.307 std_dev=1.929
OP2 B 0, 2.080, 4.161, 6.241, 7.808 max_d=7.808 avg_d=4.161 std_dev=2.081

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.28 0.00 0.20 0.40 0.39 0.25
C2 0.04 0.00 0.47 0.42 0.02 0.11 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.22 0.22 0.34 0.29 0.66 0.41
C2' 0.00 0.47 0.00 0.01 0.25 0.03 0.12 0.16 0.22 0.23 0.37 0.47 0.16 0.13 0.03 0.00 0.03 0.03 0.49 0.94 0.81 0.69
C3' 0.01 0.42 0.01 0.00 0.36 0.01 0.42 0.02 0.46 0.32 0.46 0.37 0.49 0.39 0.26 0.03 0.01 0.02 0.32 0.86 0.35 0.44
C4 0.02 0.02 0.25 0.36 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.11 0.12 0.34 0.27 0.68 0.41
C4' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.14 0.24 0.10 0.10 0.18 0.23 0.12 0.33 0.02 0.00 0.03 0.32 0.32 0.10
C5 0.02 0.01 0.12 0.42 0.00 0.15 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.18 0.05 0.44 0.34 0.96 0.58
C5' 0.06 0.15 0.16 0.02 0.16 0.01 0.26 0.00 0.25 0.34 0.18 0.13 0.31 0.36 0.17 0.17 0.20 0.02 0.01 0.30 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.46 0.01 0.14 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.22 0.10 0.46 0.38 1.02 0.61
C8 0.02 0.02 0.23 0.32 0.01 0.24 0.00 0.34 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.47 0.19 0.15 0.44 0.32 0.90 0.55
N1 0.04 0.00 0.37 0.46 0.02 0.10 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.21 0.17 0.40 0.33 0.87 0.52
N3 0.04 0.00 0.47 0.37 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.21 0.22 0.29 0.30 0.54 0.34
N6 0.03 0.01 0.16 0.49 0.01 0.18 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.36 0.28 0.07 0.52 0.49 1.21 0.72
N7 0.01 0.02 0.13 0.39 0.01 0.23 0.00 0.36 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.48 0.24 0.08 0.50 0.42 1.11 0.67
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.07 0.01 0.31 0.25 0.61 0.37
O2' 0.02 0.31 0.00 0.03 0.20 0.33 0.32 0.17 0.29 0.47 0.26 0.32 0.36 0.48 0.24 0.00 0.08 0.22 0.32 0.82 0.80 0.55
O3' 0.28 0.22 0.03 0.01 0.11 0.02 0.18 0.20 0.22 0.19 0.21 0.21 0.28 0.24 0.07 0.08 0.00 0.16 0.29 0.73 0.43 0.32
O4' 0.00 0.22 0.03 0.02 0.12 0.00 0.05 0.02 0.10 0.15 0.17 0.22 0.07 0.08 0.01 0.22 0.16 0.00 0.09 0.20 0.24 0.12
O5' 0.20 0.34 0.49 0.32 0.34 0.03 0.44 0.01 0.46 0.44 0.40 0.29 0.52 0.50 0.31 0.32 0.29 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.40 0.29 0.94 0.86 0.27 0.32 0.34 0.30 0.38 0.32 0.33 0.30 0.49 0.42 0.25 0.82 0.73 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.66 0.81 0.35 0.68 0.32 0.96 0.32 1.02 0.90 0.87 0.54 1.21 1.11 0.61 0.80 0.43 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.41 0.69 0.44 0.41 0.10 0.58 0.02 0.61 0.55 0.52 0.34 0.72 0.67 0.37 0.55 0.32 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.31 0.30 0.38 0.26 0.35 0.25 0.57 0.24 0.27 0.28 0.30 0.25 0.28 0.27 0.30 0.31 0.39 0.86 1.59 1.72 1.37
C2 0.20 0.23 0.51 0.40 0.18 0.32 0.18 0.59 0.18 0.19 0.17 0.22 0.26 0.21 0.18 0.54 0.38 0.43 0.80 1.46 1.54 1.29
C2' 0.40 0.33 0.42 0.48 0.36 0.45 0.41 0.69 0.35 0.50 0.30 0.34 0.42 0.52 0.41 0.43 0.40 0.46 0.95 1.59 1.89 1.48
C3' 0.54 0.66 0.53 0.49 0.53 0.64 0.45 0.80 0.47 0.42 0.59 0.63 0.38 0.39 0.50 0.62 0.49 0.67 0.98 1.75 1.74 1.44
C4 0.23 0.28 0.39 0.39 0.21 0.31 0.19 0.53 0.19 0.21 0.22 0.27 0.23 0.22 0.21 0.36 0.33 0.39 0.80 1.46 1.59 1.28
C4' 0.45 0.44 0.38 0.41 0.41 0.59 0.40 0.79 0.37 0.44 0.40 0.43 0.35 0.43 0.43 0.49 0.39 0.63 0.98 1.85 1.74 1.48
C5 0.21 0.28 0.41 0.41 0.20 0.28 0.18 0.48 0.18 0.19 0.22 0.26 0.24 0.20 0.19 0.36 0.35 0.36 0.74 1.35 1.48 1.18
C5' 0.70 0.57 0.63 0.59 0.63 0.83 0.62 1.01 0.55 0.70 0.53 0.61 0.51 0.67 0.68 0.78 0.58 0.88 1.12 2.03 1.77 1.60
C6 0.19 0.23 0.51 0.43 0.17 0.27 0.17 0.48 0.19 0.17 0.17 0.22 0.29 0.20 0.17 0.48 0.40 0.39 0.70 1.28 1.38 1.13
C8 0.27 0.34 0.31 0.42 0.27 0.33 0.25 0.49 0.26 0.25 0.31 0.32 0.24 0.26 0.26 0.29 0.34 0.36 0.80 1.45 1.59 1.23
N1 0.19 0.21 0.56 0.42 0.17 0.30 0.18 0.54 0.20 0.18 0.17 0.21 0.30 0.21 0.17 0.58 0.42 0.42 0.74 1.35 1.43 1.20
N3 0.22 0.26 0.44 0.38 0.20 0.33 0.19 0.59 0.18 0.20 0.20 0.25 0.24 0.22 0.20 0.44 0.34 0.42 0.83 1.51 1.62 1.33
N6 0.18 0.21 0.56 0.47 0.17 0.24 0.20 0.42 0.24 0.18 0.18 0.20 0.34 0.22 0.17 0.52 0.45 0.38 0.63 1.15 1.24 1.00
N7 0.24 0.33 0.34 0.42 0.24 0.29 0.21 0.45 0.22 0.21 0.29 0.30 0.22 0.21 0.23 0.28 0.35 0.34 0.75 1.34 1.48 1.15
N9 0.26 0.31 0.33 0.39 0.25 0.33 0.23 0.53 0.23 0.25 0.27 0.30 0.23 0.25 0.25 0.30 0.32 0.38 0.82 1.50 1.64 1.30
O2' 1.00 0.74 0.95 0.99 0.92 0.99 0.93 1.12 0.84 1.05 0.72 0.83 0.84 1.03 0.99 0.94 0.90 1.02 1.30 1.77 2.16 1.77
O3' 0.63 0.62 0.62 0.59 0.57 0.76 0.51 0.94 0.48 0.53 0.54 0.63 0.40 0.50 0.58 0.69 0.59 0.77 1.11 1.88 1.82 1.55
O4' 0.31 0.33 0.27 0.39 0.30 0.46 0.31 0.66 0.29 0.35 0.31 0.31 0.30 0.36 0.32 0.32 0.33 0.48 0.93 1.76 1.72 1.43
O5' 0.70 0.69 0.60 0.58 0.66 0.68 0.61 0.74 0.59 0.63 0.65 0.70 0.51 0.59 0.67 0.73 0.54 0.75 0.81 1.68 1.38 1.19
OP1 0.90 0.75 0.83 0.82 0.81 0.94 0.76 1.01 0.69 0.86 0.69 0.80 0.61 0.80 0.86 0.98 0.79 0.98 1.03 1.86 1.31 1.28
OP2 1.53 1.45 1.42 1.50 1.51 1.43 1.49 1.33 1.44 1.50 1.41 1.50 1.39 1.48 1.52 1.38 1.45 1.49 1.33 1.72 1.24 1.26
P 0.92 0.86 0.82 0.85 0.88 0.90 0.84 0.93 0.80 0.87 0.82 0.89 0.74 0.84 0.90 0.92 0.80 0.96 0.95 1.74 1.25 1.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.25 0.01 0.20 0.47 0.55 0.34
C2 0.02 0.00 0.44 0.32 0.01 0.26 0.02 0.45 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.41 0.38 0.40 0.55 0.88 1.09 0.82
C2' 0.01 0.44 0.00 0.00 0.23 0.02 0.10 0.18 0.20 0.23 0.34 0.43 0.13 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.37 0.57 0.72 0.50
C3' 0.02 0.32 0.00 0.00 0.25 0.01 0.29 0.03 0.32 0.28 0.33 0.29 0.33 0.31 0.19 0.02 0.01 0.02 0.29 0.35 0.37 0.23
C4 0.02 0.01 0.23 0.25 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.20 0.22 0.44 0.78 0.95 0.68
C4' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.12 0.00 0.10 0.01 0.12 0.23 0.20 0.24 0.12 0.18 0.07 0.25 0.02 0.01 0.03 0.38 0.28 0.11
C5 0.02 0.02 0.10 0.29 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.16 0.11 0.51 0.93 1.10 0.78
C5' 0.08 0.45 0.18 0.03 0.25 0.01 0.21 0.00 0.29 0.27 0.39 0.40 0.27 0.24 0.12 0.11 0.19 0.03 0.01 0.33 0.29 0.03
C6 0.02 0.01 0.20 0.32 0.01 0.12 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.22 0.20 0.55 1.02 1.21 0.87
C8 0.02 0.02 0.23 0.28 0.01 0.23 0.01 0.27 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.46 0.18 0.21 0.54 0.79 0.90 0.63
N1 0.03 0.00 0.34 0.33 0.01 0.20 0.01 0.39 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.31 0.32 0.56 0.98 1.19 0.88
N3 0.02 0.00 0.43 0.29 0.01 0.24 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.36 0.39 0.49 0.78 0.96 0.72
N6 0.03 0.01 0.13 0.33 0.01 0.12 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.22 0.14 0.59 1.14 1.30 0.93
N7 0.02 0.02 0.12 0.31 0.01 0.18 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.41 0.17 0.10 0.58 0.98 1.10 0.77
N9 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.10 0.02 0.35 0.64 0.77 0.52
O2' 0.02 0.41 0.00 0.02 0.18 0.25 0.22 0.11 0.21 0.46 0.29 0.41 0.25 0.41 0.18 0.00 0.05 0.17 0.28 0.59 0.72 0.42
O3' 0.25 0.38 0.02 0.01 0.20 0.02 0.16 0.19 0.22 0.18 0.31 0.36 0.22 0.17 0.10 0.05 0.00 0.18 0.30 0.61 0.31 0.26
O4' 0.01 0.40 0.02 0.02 0.22 0.01 0.11 0.03 0.20 0.21 0.32 0.39 0.14 0.10 0.02 0.17 0.18 0.00 0.26 0.48 0.46 0.30
O5' 0.20 0.55 0.37 0.29 0.44 0.03 0.51 0.01 0.55 0.54 0.56 0.49 0.59 0.58 0.35 0.28 0.30 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.47 0.88 0.57 0.35 0.78 0.38 0.93 0.33 1.02 0.79 0.98 0.78 1.14 0.98 0.64 0.59 0.61 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.55 1.09 0.72 0.37 0.95 0.28 1.10 0.29 1.21 0.90 1.19 0.96 1.30 1.10 0.77 0.72 0.31 0.46 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.82 0.50 0.23 0.68 0.11 0.78 0.03 0.87 0.63 0.88 0.72 0.93 0.77 0.52 0.42 0.26 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00