ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49815

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 6, 7, 25, 27, 13, 16, 17, 13, 7, 3, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.015, 0.027, 0.040, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.022, 0.036, 0.051, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.036 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.022, 0.039, 0.056, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.039 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.013, 0.032, 0.050, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.030, 0.054, 0.078, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.054 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.024, 0.050, 0.077, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.050 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.032, 0.058, 0.085, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.058 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.026, 0.054, 0.083, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.054 std_dev=0.029
N3 B 0, 0.423, 0.687, 0.952, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.687 std_dev=0.265
C2 B 0, 0.405, 0.674, 0.944, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.674 std_dev=0.269
C4 B 0, 0.474, 0.775, 1.076, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.775 std_dev=0.301
O2 B 0, 0.485, 0.789, 1.093, 2.421 max_d=2.421 avg_d=0.789 std_dev=0.304
N1 B 0, 0.375, 0.680, 0.985, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.680 std_dev=0.305
O4' A 0, 0.205, 0.510, 0.815, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.510 std_dev=0.305
C2' A 0, 0.322, 0.647, 0.971, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.647 std_dev=0.324
N4 B 0, 0.585, 0.930, 1.275, 2.352 max_d=2.352 avg_d=0.930 std_dev=0.345
C6 B 0, 0.385, 0.737, 1.089, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.737 std_dev=0.352
C1' B 0, 0.446, 0.812, 1.178, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.812 std_dev=0.366
C5 B 0, 0.396, 0.796, 1.195, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.796 std_dev=0.399
O2' A 0, 0.478, 0.887, 1.296, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.887 std_dev=0.409
C4' A 0, 0.424, 0.836, 1.248, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.836 std_dev=0.412
C2' B 0, 0.583, 1.023, 1.463, 2.227 max_d=2.227 avg_d=1.023 std_dev=0.440
O4' B 0, 0.766, 1.244, 1.721, 2.534 max_d=2.534 avg_d=1.244 std_dev=0.477
C3' A 0, 0.520, 1.004, 1.487, 2.203 max_d=2.203 avg_d=1.004 std_dev=0.484
C3' B 0, 0.892, 1.491, 2.089, 4.100 max_d=4.100 avg_d=1.491 std_dev=0.598
C4' B 0, 0.840, 1.500, 2.161, 3.647 max_d=3.647 avg_d=1.500 std_dev=0.661
O3' A 0, 0.846, 1.568, 2.291, 3.251 max_d=3.251 avg_d=1.568 std_dev=0.723
C5' A 0, 0.711, 1.450, 2.188, 3.268 max_d=3.268 avg_d=1.450 std_dev=0.739
O2' B 0, 1.115, 1.892, 2.668, 3.472 max_d=3.472 avg_d=1.892 std_dev=0.776
C5' B 0, 1.066, 2.006, 2.946, 3.919 max_d=3.919 avg_d=2.006 std_dev=0.940
O5' A 0, 0.652, 1.592, 2.532, 4.023 max_d=4.023 avg_d=1.592 std_dev=0.940
O5' B 0, 1.079, 2.051, 3.022, 4.025 max_d=4.025 avg_d=2.051 std_dev=0.971
O3' B 0, 0.829, 1.822, 2.815, 5.627 max_d=5.627 avg_d=1.822 std_dev=0.993
OP1 A 0, 0.525, 1.540, 2.555, 5.579 max_d=5.579 avg_d=1.540 std_dev=1.015
P B 0, 1.255, 2.401, 3.546, 4.765 max_d=4.765 avg_d=2.401 std_dev=1.146
OP2 B 0, 1.257, 2.492, 3.727, 4.963 max_d=4.963 avg_d=2.492 std_dev=1.235
OP1 B 0, 1.365, 2.631, 3.896, 5.220 max_d=5.220 avg_d=2.631 std_dev=1.266
P A 0, 0.508, 1.973, 3.438, 5.061 max_d=5.061 avg_d=1.973 std_dev=1.465
OP2 A 0, 0.250, 2.736, 5.222, 7.413 max_d=7.413 avg_d=2.736 std_dev=2.486

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.27 0.25 0.31 0.30
C2 0.05 0.00 0.24 0.27 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.24 0.33 0.09 0.48 0.34 0.87 0.63
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.03 0.08 0.07 0.12 0.12 0.19 0.24 0.10 0.09 0.04 0.01 0.03 0.02 0.26 0.34 0.32 0.24
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.18 0.01 0.19 0.06 0.22 0.21 0.25 0.25 0.23 0.21 0.12 0.03 0.01 0.03 0.25 0.36 0.26 0.16
C4 0.02 0.01 0.13 0.18 0.00 0.06 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.18 0.05 0.53 0.35 0.93 0.69
C4' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.15 0.09 0.09 0.12 0.15 0.06 0.11 0.03 0.01 0.02 0.28 0.38 0.14
C5 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.10 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.19 0.04 0.69 0.49 1.37 0.94
C5' 0.05 0.17 0.07 0.06 0.20 0.01 0.30 0.00 0.30 0.35 0.24 0.14 0.36 0.39 0.20 0.11 0.08 0.03 0.01 0.22 0.40 0.03
C6 0.02 0.01 0.12 0.22 0.01 0.10 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.24 0.06 0.70 0.52 1.44 0.97
C8 0.02 0.02 0.12 0.21 0.01 0.15 0.01 0.35 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.22 0.07 0.73 0.49 1.32 0.94
N1 0.04 0.01 0.19 0.25 0.02 0.09 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.29 0.08 0.60 0.44 1.19 0.82
N3 0.05 0.01 0.24 0.25 0.00 0.09 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.30 0.09 0.41 0.29 0.69 0.52
N6 0.02 0.02 0.10 0.23 0.02 0.12 0.02 0.36 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.12 0.25 0.06 0.79 0.63 1.73 1.13
N7 0.01 0.02 0.09 0.21 0.01 0.15 0.01 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.23 0.06 0.80 0.59 1.63 1.10
N9 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.06 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.52 0.33 0.82 0.63
O2' 0.03 0.24 0.01 0.03 0.12 0.11 0.10 0.11 0.13 0.12 0.19 0.23 0.12 0.11 0.06 0.00 0.07 0.08 0.14 0.39 0.55 0.24
O3' 0.08 0.33 0.03 0.01 0.18 0.03 0.19 0.08 0.24 0.22 0.29 0.30 0.25 0.23 0.10 0.07 0.00 0.07 0.27 0.47 0.52 0.23
O4' 0.01 0.09 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.08 0.09 0.06 0.06 0.02 0.08 0.07 0.00 0.20 0.28 0.21 0.26
O5' 0.27 0.48 0.26 0.25 0.53 0.02 0.69 0.01 0.70 0.73 0.60 0.41 0.79 0.80 0.52 0.14 0.27 0.20 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.25 0.34 0.34 0.36 0.35 0.28 0.49 0.22 0.52 0.49 0.44 0.29 0.63 0.59 0.33 0.39 0.47 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.87 0.32 0.26 0.93 0.38 1.37 0.40 1.44 1.32 1.19 0.69 1.73 1.63 0.82 0.55 0.52 0.21 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.63 0.24 0.16 0.69 0.14 0.94 0.03 0.97 0.94 0.82 0.52 1.13 1.10 0.63 0.24 0.23 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.21 0.33 0.47 0.16 0.30 0.17 0.39 0.17 0.19 0.18 0.17 0.25 0.41 0.44 0.39 0.45 0.57 0.92 0.63
C2 0.22 0.18 0.43 0.38 0.12 0.47 0.12 0.57 0.14 0.17 0.13 0.17 0.24 0.46 0.52 0.60 0.42 0.45 0.62 0.41
C2' 0.19 0.18 0.34 0.43 0.20 0.29 0.22 0.40 0.20 0.18 0.17 0.24 0.22 0.38 0.39 0.37 0.41 0.50 0.86 0.58
C3' 0.23 0.23 0.39 0.51 0.28 0.22 0.32 0.29 0.28 0.24 0.24 0.32 0.25 0.39 0.33 0.24 0.44 0.60 0.97 0.68
C4 0.21 0.19 0.36 0.42 0.13 0.35 0.13 0.44 0.14 0.17 0.15 0.16 0.24 0.39 0.44 0.47 0.41 0.45 0.76 0.49
C4' 0.20 0.19 0.37 0.55 0.23 0.23 0.27 0.31 0.25 0.20 0.19 0.26 0.20 0.45 0.40 0.21 0.51 0.74 1.10 0.80
C5 0.21 0.19 0.35 0.41 0.12 0.34 0.12 0.42 0.14 0.17 0.15 0.16 0.24 0.37 0.43 0.46 0.40 0.43 0.72 0.47
C5' 0.47 0.43 0.60 0.81 0.50 0.50 0.56 0.56 0.54 0.48 0.43 0.52 0.39 0.60 0.60 0.40 0.79 1.08 1.42 1.13
C6 0.22 0.18 0.40 0.38 0.13 0.41 0.13 0.50 0.14 0.17 0.14 0.18 0.24 0.40 0.47 0.55 0.40 0.42 0.61 0.40
C8 0.21 0.21 0.30 0.47 0.16 0.28 0.16 0.36 0.17 0.20 0.19 0.16 0.25 0.39 0.41 0.34 0.45 0.56 0.90 0.64
N1 0.23 0.18 0.44 0.37 0.13 0.49 0.13 0.58 0.15 0.18 0.14 0.18 0.24 0.47 0.53 0.62 0.43 0.46 0.57 0.40
N3 0.21 0.18 0.40 0.40 0.12 0.41 0.12 0.50 0.13 0.17 0.14 0.16 0.24 0.42 0.48 0.54 0.41 0.44 0.71 0.45
N6 0.22 0.18 0.41 0.37 0.16 0.42 0.15 0.50 0.15 0.18 0.15 0.21 0.24 0.39 0.48 0.56 0.41 0.43 0.55 0.39
N7 0.21 0.21 0.30 0.45 0.15 0.28 0.14 0.36 0.16 0.19 0.18 0.16 0.25 0.37 0.40 0.36 0.43 0.49 0.81 0.57
N9 0.21 0.20 0.33 0.45 0.15 0.30 0.15 0.39 0.16 0.19 0.18 0.16 0.25 0.39 0.43 0.40 0.43 0.52 0.86 0.59
O2' 0.26 0.25 0.36 0.44 0.22 0.38 0.24 0.47 0.23 0.24 0.23 0.25 0.30 0.40 0.48 0.47 0.44 0.53 0.87 0.59
O3' 0.28 0.27 0.42 0.51 0.34 0.24 0.39 0.30 0.35 0.29 0.28 0.39 0.28 0.42 0.31 0.25 0.45 0.62 0.99 0.70
O4' 0.22 0.22 0.33 0.53 0.20 0.28 0.21 0.37 0.20 0.21 0.21 0.21 0.25 0.48 0.45 0.32 0.51 0.70 1.05 0.75
O5' 0.93 0.90 1.02 1.22 0.95 0.94 0.99 0.92 0.98 0.94 0.89 0.95 0.86 0.92 0.99 0.85 1.21 1.48 1.75 1.52
OP1 0.91 0.81 0.91 1.21 0.87 1.05 0.97 1.11 0.98 0.90 0.78 0.84 0.75 0.80 1.00 0.97 1.40 1.69 1.89 1.72
OP2 2.44 2.26 2.48 2.75 2.40 2.56 2.57 2.61 2.57 2.43 2.22 2.35 2.13 2.25 2.48 2.45 2.90 3.21 3.44 3.25
P 1.49 1.40 1.54 1.80 1.48 1.57 1.58 1.59 1.57 1.49 1.38 1.46 1.32 1.37 1.57 1.48 1.88 2.17 2.39 2.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.34 0.01 0.23 0.35 0.27 0.22
C2 0.03 0.00 0.26 0.29 0.02 0.09 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.27 0.22 0.27 0.26 0.44 0.30
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.08 0.03 0.16 0.22 0.23 0.03 0.21 0.09 0.43 0.00 0.04 0.02 0.48 0.77 0.66 0.60
C3' 0.03 0.29 0.01 0.00 0.41 0.01 0.40 0.02 0.34 0.25 0.37 0.44 0.24 0.02 0.01 0.03 0.21 0.53 0.22 0.27
C4 0.03 0.02 0.08 0.41 0.00 0.17 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.25 0.04 0.49 0.52 0.82 0.65
C4' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.17 0.00 0.28 0.01 0.29 0.10 0.09 0.18 0.22 0.33 0.03 0.01 0.02 0.25 0.16 0.08
C5 0.03 0.02 0.16 0.40 0.01 0.28 0.00 0.44 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.50 0.26 0.16 0.61 0.61 0.88 0.78
C5' 0.08 0.17 0.22 0.02 0.30 0.01 0.44 0.00 0.42 0.17 0.20 0.33 0.27 0.15 0.23 0.02 0.01 0.13 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.23 0.34 0.01 0.29 0.01 0.42 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.48 0.19 0.22 0.55 0.46 0.66 0.62
N1 0.01 0.01 0.03 0.25 0.02 0.10 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.17 0.02 0.32 0.28 0.42 0.34
N3 0.03 0.01 0.21 0.37 0.01 0.09 0.01 0.20 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.25 0.17 0.35 0.35 0.63 0.45
N4 0.03 0.02 0.09 0.44 0.01 0.18 0.01 0.33 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.40 0.29 0.05 0.53 0.62 0.95 0.74
O2 0.05 0.01 0.43 0.24 0.02 0.22 0.02 0.27 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.38 0.40 0.37 0.23 0.30 0.31 0.20
O2' 0.03 0.20 0.00 0.02 0.37 0.33 0.50 0.15 0.48 0.22 0.25 0.40 0.38 0.00 0.08 0.23 0.39 0.76 0.77 0.57
O3' 0.34 0.27 0.04 0.01 0.25 0.03 0.26 0.23 0.19 0.17 0.25 0.29 0.40 0.08 0.00 0.24 0.32 0.49 0.36 0.33
O4' 0.01 0.22 0.02 0.03 0.04 0.01 0.16 0.02 0.22 0.02 0.17 0.05 0.37 0.23 0.24 0.00 0.17 0.19 0.24 0.18
O5' 0.23 0.27 0.48 0.21 0.49 0.02 0.61 0.01 0.55 0.32 0.35 0.53 0.23 0.39 0.32 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.26 0.77 0.53 0.52 0.25 0.61 0.13 0.46 0.28 0.35 0.62 0.30 0.76 0.49 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.44 0.66 0.22 0.82 0.16 0.88 0.20 0.66 0.42 0.63 0.95 0.31 0.77 0.36 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.30 0.60 0.27 0.65 0.08 0.78 0.02 0.62 0.34 0.45 0.74 0.20 0.57 0.33 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00