ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49816

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 10, 11, 29, 17, 9, 5, 2, 3, 0, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.035 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.014, 0.038, 0.063, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.038 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.013, 0.041, 0.070, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.041 std_dev=0.028
N3 B 0, 0.226, 0.393, 0.560, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.393 std_dev=0.167
N1 B 0, 0.256, 0.468, 0.680, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.468 std_dev=0.212
C2 B 0, 0.231, 0.457, 0.683, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.457 std_dev=0.226
C4 B 0, 0.124, 0.385, 0.646, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.385 std_dev=0.261
O4' A 0, -0.062, 0.200, 0.461, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.200 std_dev=0.261
C2' A 0, -0.081, 0.194, 0.469, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.194 std_dev=0.275
C1' B 0, 0.306, 0.600, 0.894, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.600 std_dev=0.294
C6 B 0, 0.208, 0.508, 0.808, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.508 std_dev=0.300
N4 B 0, 0.114, 0.462, 0.809, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.462 std_dev=0.348
C5 B 0, 0.134, 0.501, 0.867, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.501 std_dev=0.367
C3' A 0, 0.005, 0.372, 0.739, 2.238 max_d=2.238 avg_d=0.372 std_dev=0.367
C4' A 0, 0.005, 0.383, 0.761, 2.405 max_d=2.405 avg_d=0.383 std_dev=0.378
O2 B 0, 0.236, 0.628, 1.019, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.628 std_dev=0.391
O2' A 0, -0.106, 0.297, 0.700, 2.626 max_d=2.626 avg_d=0.297 std_dev=0.403
O3' A 0, 0.074, 0.549, 1.023, 2.475 max_d=2.475 avg_d=0.549 std_dev=0.475
O4' B 0, 0.541, 1.029, 1.517, 1.940 max_d=1.940 avg_d=1.029 std_dev=0.488
O5' A 0, 0.082, 0.651, 1.221, 3.699 max_d=3.699 avg_d=0.651 std_dev=0.569
C5' A 0, 0.031, 0.607, 1.182, 3.703 max_d=3.703 avg_d=0.607 std_dev=0.576
C2' B 0, 0.073, 0.684, 1.296, 2.704 max_d=2.704 avg_d=0.684 std_dev=0.612
C4' B 0, 0.609, 1.224, 1.838, 2.378 max_d=2.378 avg_d=1.224 std_dev=0.615
OP1 A 0, 0.273, 0.897, 1.521, 4.366 max_d=4.366 avg_d=0.897 std_dev=0.624
C3' B 0, 0.604, 1.260, 1.916, 2.521 max_d=2.521 avg_d=1.260 std_dev=0.656
O5' B 0, 0.599, 1.291, 1.982, 4.106 max_d=4.106 avg_d=1.291 std_dev=0.691
P A 0, 0.170, 0.890, 1.610, 3.850 max_d=3.850 avg_d=0.890 std_dev=0.720
C5' B 0, 0.686, 1.498, 2.310, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.498 std_dev=0.812
O2' B 0, 0.622, 1.561, 2.499, 4.273 max_d=4.273 avg_d=1.561 std_dev=0.939
P B 0, 0.655, 1.597, 2.539, 4.974 max_d=4.974 avg_d=1.597 std_dev=0.942
OP2 B 0, 0.653, 1.739, 2.824, 5.521 max_d=5.521 avg_d=1.739 std_dev=1.086
OP1 B 0, 0.643, 1.751, 2.859, 5.297 max_d=5.297 avg_d=1.751 std_dev=1.108
O3' B 0, 0.746, 1.906, 3.067, 3.476 max_d=3.476 avg_d=1.906 std_dev=1.160
OP2 A 0, -0.017, 1.172, 2.361, 4.909 max_d=4.909 avg_d=1.172 std_dev=1.189

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.19 0.17 0.34 0.23
C2 0.04 0.00 0.21 0.18 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.23 0.14 0.28 0.23 0.61 0.38
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.07 0.08 0.11 0.09 0.17 0.20 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.20 0.36 0.34 0.27
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.03 0.18 0.17 0.19 0.16 0.19 0.18 0.11 0.02 0.01 0.02 0.12 0.31 0.18 0.15
C4 0.02 0.01 0.11 0.14 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.07 0.30 0.23 0.64 0.40
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.14 0.07 0.09 0.08 0.12 0.05 0.14 0.02 0.00 0.02 0.14 0.14 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.11 0.04 0.36 0.31 0.84 0.51
C5' 0.04 0.14 0.08 0.03 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.21 0.15 0.12 0.20 0.22 0.10 0.08 0.09 0.02 0.01 0.13 0.16 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.15 0.07 0.36 0.33 0.87 0.51
C8 0.01 0.01 0.09 0.17 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.13 0.08 0.41 0.31 0.82 0.52
N1 0.03 0.00 0.17 0.19 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.19 0.11 0.32 0.28 0.75 0.45
N3 0.04 0.00 0.20 0.16 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.21 0.14 0.26 0.21 0.53 0.34
N6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.15 0.06 0.39 0.39 0.99 0.58
N7 0.01 0.01 0.05 0.18 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.18 0.13 0.05 0.42 0.37 0.97 0.59
N9 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.30 0.21 0.58 0.38
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.09 0.14 0.12 0.08 0.12 0.19 0.15 0.18 0.14 0.18 0.08 0.00 0.06 0.10 0.12 0.34 0.36 0.23
O3' 0.13 0.23 0.02 0.01 0.12 0.02 0.11 0.09 0.15 0.13 0.19 0.21 0.15 0.13 0.06 0.06 0.00 0.08 0.19 0.32 0.36 0.19
O4' 0.00 0.14 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.08 0.11 0.14 0.06 0.05 0.01 0.10 0.08 0.00 0.18 0.13 0.27 0.21
O5' 0.19 0.28 0.20 0.12 0.30 0.02 0.36 0.01 0.36 0.41 0.32 0.26 0.39 0.42 0.30 0.12 0.19 0.18 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.23 0.36 0.31 0.23 0.14 0.31 0.13 0.33 0.31 0.28 0.21 0.39 0.37 0.21 0.34 0.32 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.61 0.34 0.18 0.64 0.14 0.84 0.16 0.87 0.82 0.75 0.53 0.99 0.97 0.58 0.36 0.36 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.38 0.27 0.15 0.40 0.04 0.51 0.01 0.51 0.52 0.45 0.34 0.58 0.59 0.38 0.23 0.19 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.21 0.25 0.39 0.16 0.23 0.17 0.35 0.15 0.18 0.18 0.19 0.29 0.45 0.36 0.22 0.53 0.67 1.03 0.75
C2 0.28 0.22 0.41 0.46 0.17 0.33 0.18 0.39 0.19 0.22 0.16 0.22 0.30 0.48 0.61 0.34 0.48 0.51 0.85 0.60
C2' 0.22 0.24 0.30 0.39 0.18 0.26 0.20 0.37 0.18 0.19 0.20 0.23 0.33 0.44 0.40 0.25 0.53 0.68 1.03 0.76
C3' 0.22 0.23 0.27 0.40 0.21 0.24 0.26 0.36 0.23 0.21 0.20 0.25 0.31 0.40 0.31 0.23 0.53 0.69 1.02 0.76
C4 0.23 0.22 0.31 0.40 0.16 0.26 0.16 0.36 0.16 0.19 0.17 0.21 0.29 0.45 0.44 0.26 0.50 0.58 0.94 0.67
C4' 0.16 0.18 0.20 0.42 0.18 0.22 0.23 0.37 0.20 0.16 0.16 0.22 0.25 0.42 0.30 0.17 0.56 0.75 1.06 0.80
C5 0.22 0.22 0.29 0.40 0.16 0.25 0.16 0.36 0.16 0.19 0.17 0.21 0.29 0.43 0.42 0.26 0.50 0.57 0.92 0.66
C5' 0.26 0.25 0.27 0.53 0.29 0.35 0.36 0.49 0.33 0.27 0.25 0.32 0.27 0.43 0.41 0.29 0.67 0.88 1.14 0.90
C6 0.26 0.22 0.36 0.42 0.17 0.29 0.18 0.38 0.19 0.22 0.16 0.22 0.30 0.44 0.52 0.31 0.48 0.52 0.85 0.61
C8 0.19 0.20 0.21 0.39 0.16 0.23 0.18 0.36 0.16 0.17 0.18 0.20 0.26 0.44 0.32 0.20 0.54 0.68 1.03 0.76
N1 0.28 0.22 0.43 0.47 0.17 0.34 0.19 0.40 0.20 0.23 0.16 0.23 0.30 0.47 0.63 0.35 0.47 0.50 0.82 0.58
N3 0.25 0.22 0.36 0.43 0.16 0.29 0.17 0.37 0.17 0.21 0.17 0.21 0.30 0.46 0.53 0.30 0.48 0.55 0.91 0.64
N6 0.26 0.22 0.36 0.42 0.18 0.30 0.20 0.38 0.21 0.22 0.16 0.23 0.30 0.42 0.52 0.32 0.48 0.50 0.81 0.58
N7 0.19 0.21 0.22 0.38 0.16 0.23 0.17 0.35 0.15 0.17 0.18 0.20 0.26 0.43 0.33 0.21 0.53 0.64 0.98 0.72
N9 0.20 0.21 0.25 0.39 0.16 0.23 0.17 0.35 0.15 0.18 0.18 0.20 0.28 0.44 0.37 0.23 0.52 0.65 1.00 0.73
O2' 0.37 0.38 0.41 0.48 0.34 0.41 0.35 0.50 0.34 0.35 0.35 0.37 0.44 0.52 0.51 0.41 0.64 0.77 1.10 0.85
O3' 0.22 0.21 0.28 0.40 0.21 0.23 0.29 0.36 0.25 0.20 0.18 0.27 0.31 0.38 0.31 0.22 0.54 0.71 1.02 0.77
O4' 0.17 0.19 0.19 0.40 0.15 0.21 0.18 0.35 0.15 0.15 0.17 0.18 0.26 0.47 0.32 0.17 0.55 0.74 1.07 0.79
O5' 0.50 0.49 0.50 0.78 0.52 0.59 0.56 0.67 0.54 0.51 0.49 0.53 0.49 0.39 0.63 0.52 0.85 1.07 1.34 1.10
OP1 0.67 0.58 0.64 0.99 0.64 0.81 0.76 0.90 0.75 0.66 0.56 0.63 0.54 0.50 0.88 0.72 1.10 1.36 1.59 1.36
OP2 1.35 1.30 1.38 1.64 1.36 1.46 1.42 1.53 1.41 1.36 1.29 1.35 1.25 1.19 1.52 1.38 1.69 1.91 2.13 1.92
P 0.79 0.75 0.80 1.10 0.80 0.91 0.85 0.98 0.84 0.79 0.74 0.79 0.72 0.65 0.98 0.82 1.16 1.40 1.63 1.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.32 0.00 0.22 0.19 0.35 0.24
C2 0.02 0.00 0.18 0.24 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.24 0.10 0.33 0.32 0.61 0.41
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.05 0.02 0.13 0.21 0.17 0.02 0.14 0.05 0.32 0.00 0.04 0.01 0.51 0.46 0.64 0.53
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.34 0.01 0.35 0.02 0.30 0.21 0.30 0.37 0.21 0.03 0.01 0.04 0.33 0.26 0.32 0.25
C4 0.01 0.01 0.05 0.34 0.00 0.14 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.20 0.03 0.44 0.54 0.85 0.63
C4' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.17 0.08 0.10 0.16 0.07 0.30 0.02 0.01 0.02 0.19 0.12 0.10
C5 0.01 0.01 0.13 0.35 0.00 0.18 0.00 0.33 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.23 0.08 0.46 0.57 0.84 0.65
C5' 0.08 0.17 0.21 0.02 0.29 0.01 0.33 0.00 0.28 0.17 0.23 0.32 0.14 0.12 0.24 0.02 0.01 0.11 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.30 0.01 0.17 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.18 0.11 0.41 0.45 0.68 0.53
N1 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.16 0.01 0.32 0.30 0.54 0.39
N3 0.01 0.00 0.14 0.30 0.00 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.21 0.08 0.39 0.43 0.75 0.52
N4 0.01 0.01 0.05 0.37 0.00 0.16 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.24 0.03 0.48 0.63 0.94 0.70
O2 0.03 0.01 0.32 0.21 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.36 0.38 0.16 0.28 0.25 0.52 0.33
O2' 0.02 0.26 0.00 0.03 0.34 0.30 0.36 0.12 0.32 0.20 0.30 0.37 0.36 0.00 0.07 0.20 0.40 0.33 0.70 0.43
O3' 0.32 0.24 0.04 0.01 0.20 0.02 0.23 0.24 0.18 0.16 0.21 0.24 0.38 0.07 0.00 0.22 0.38 0.54 0.46 0.40
O4' 0.00 0.10 0.01 0.04 0.03 0.01 0.08 0.02 0.11 0.01 0.08 0.03 0.16 0.20 0.22 0.00 0.07 0.15 0.13 0.11
O5' 0.22 0.33 0.51 0.33 0.44 0.02 0.46 0.01 0.41 0.32 0.39 0.48 0.28 0.40 0.38 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.32 0.46 0.26 0.54 0.19 0.57 0.11 0.45 0.30 0.43 0.63 0.25 0.33 0.54 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.61 0.64 0.32 0.85 0.12 0.84 0.21 0.68 0.54 0.75 0.94 0.52 0.70 0.46 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.41 0.53 0.25 0.63 0.10 0.65 0.02 0.53 0.39 0.52 0.70 0.33 0.43 0.40 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00