ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49818

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 3, 1, 5, 6, 10, 11, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.018, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.018, 0.028, 0.038, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.014, 0.028, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.001, 0.016, 0.030, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.027 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.034 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.020, 0.039, 0.059, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.039 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.022, 0.042, 0.062, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.042 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.024, 0.048, 0.073, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.048 std_dev=0.024
N3 B 0, 0.192, 0.316, 0.441, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.316 std_dev=0.125
C4 B 0, 0.200, 0.379, 0.558, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.379 std_dev=0.179
C2 B 0, 0.280, 0.459, 0.638, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.459 std_dev=0.179
O2 B 0, 0.365, 0.597, 0.829, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.597 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.434, 0.672, 0.909, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.672 std_dev=0.238
N4 B 0, 0.164, 0.414, 0.664, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.414 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.381, 0.651, 0.920, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.651 std_dev=0.269
C6 B 0, 0.491, 0.773, 1.056, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.773 std_dev=0.283
C1' B 0, 0.534, 0.888, 1.242, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.888 std_dev=0.354
C2' B 0, 0.739, 1.128, 1.518, 1.690 max_d=1.690 avg_d=1.128 std_dev=0.389
O4' B 0, 0.732, 1.141, 1.550, 1.855 max_d=1.855 avg_d=1.141 std_dev=0.409
C3' A 0, 0.981, 1.492, 2.004, 2.085 max_d=2.085 avg_d=1.492 std_dev=0.511
C4' B 0, 0.923, 1.456, 1.990, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.456 std_dev=0.534
C3' B 0, 0.879, 1.417, 1.954, 2.852 max_d=2.852 avg_d=1.417 std_dev=0.538
O3' A 0, 1.130, 1.668, 2.205, 3.115 max_d=3.115 avg_d=1.668 std_dev=0.538
O2' B 0, 0.709, 1.252, 1.795, 3.220 max_d=3.220 avg_d=1.252 std_dev=0.543
O5' B 0, 0.763, 1.389, 2.016, 3.040 max_d=3.040 avg_d=1.389 std_dev=0.627
C5' B 0, 0.998, 1.638, 2.278, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.638 std_dev=0.640
O4' A 0, 0.441, 1.125, 1.810, 1.931 max_d=1.931 avg_d=1.125 std_dev=0.685
C2' A 0, 0.583, 1.275, 1.968, 2.091 max_d=2.091 avg_d=1.275 std_dev=0.693
P B 0, 0.718, 1.420, 2.122, 3.162 max_d=3.162 avg_d=1.420 std_dev=0.702
C4' A 0, 0.651, 1.421, 2.192, 2.381 max_d=2.381 avg_d=1.421 std_dev=0.771
O3' B 0, 1.030, 1.801, 2.573, 3.838 max_d=3.838 avg_d=1.801 std_dev=0.771
OP2 B 0, 0.511, 1.333, 2.155, 3.719 max_d=3.719 avg_d=1.333 std_dev=0.822
O2' A 0, 1.173, 2.229, 3.286, 3.405 max_d=3.405 avg_d=2.229 std_dev=1.056
OP1 B 0, 0.587, 1.681, 2.775, 5.103 max_d=5.103 avg_d=1.681 std_dev=1.094
O5' A 0, 1.572, 2.891, 4.209, 4.382 max_d=4.382 avg_d=2.891 std_dev=1.318
C5' A 0, 1.153, 2.518, 3.884, 4.166 max_d=4.166 avg_d=2.518 std_dev=1.366
OP2 A 0, 2.547, 4.260, 5.973, 5.923 max_d=5.923 avg_d=4.260 std_dev=1.713
P A 0, 2.397, 4.215, 6.032, 5.935 max_d=5.935 avg_d=4.215 std_dev=1.818
OP1 A 0, 3.108, 5.047, 6.985, 7.759 max_d=7.759 avg_d=5.047 std_dev=1.939

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.36 0.01 0.20 0.40 0.32 0.20
C2 0.04 0.00 0.38 0.17 0.02 0.27 0.01 0.32 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.52 0.45 0.40 0.32 0.40 0.38 0.36
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.21 0.01 0.12 0.20 0.20 0.17 0.31 0.37 0.16 0.09 0.04 0.00 0.04 0.03 0.46 0.87 0.82 0.63
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.21 0.01 0.33 0.02 0.32 0.41 0.24 0.14 0.38 0.43 0.23 0.03 0.01 0.02 0.19 0.74 0.36 0.34
C4 0.02 0.02 0.21 0.21 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.25 0.21 0.32 0.35 0.37 0.38
C4' 0.01 0.27 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.08 0.33 0.18 0.27 0.10 0.26 0.10 0.32 0.03 0.01 0.02 0.36 0.23 0.09
C5 0.02 0.01 0.12 0.33 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.12 0.09 0.43 0.46 0.58 0.57
C5' 0.07 0.32 0.20 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.14 0.41 0.22 0.31 0.18 0.36 0.13 0.12 0.22 0.02 0.01 0.26 0.23 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.32 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.30 0.17 0.17 0.42 0.50 0.64 0.60
C8 0.02 0.02 0.17 0.41 0.01 0.33 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.51 0.18 0.24 0.54 0.47 0.52 0.60
N1 0.04 0.00 0.31 0.24 0.02 0.18 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.40 0.31 0.31 0.36 0.43 0.53 0.48
N3 0.04 0.00 0.37 0.14 0.01 0.27 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.51 0.47 0.39 0.30 0.39 0.31 0.30
N6 0.03 0.01 0.16 0.38 0.02 0.10 0.02 0.18 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.33 0.14 0.12 0.50 0.64 0.81 0.74
N7 0.02 0.02 0.09 0.43 0.01 0.26 0.01 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.47 0.19 0.13 0.57 0.60 0.71 0.73
N9 0.01 0.03 0.04 0.23 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.22 0.15 0.02 0.31 0.30 0.31 0.33
O2' 0.02 0.52 0.00 0.03 0.26 0.32 0.29 0.12 0.30 0.51 0.40 0.51 0.33 0.47 0.22 0.00 0.06 0.22 0.34 0.85 0.95 0.61
O3' 0.36 0.45 0.04 0.01 0.25 0.03 0.12 0.22 0.17 0.18 0.31 0.47 0.14 0.19 0.15 0.06 0.00 0.24 0.25 0.66 0.28 0.27
O4' 0.01 0.40 0.03 0.02 0.21 0.01 0.09 0.02 0.17 0.24 0.31 0.39 0.12 0.13 0.02 0.22 0.24 0.00 0.17 0.33 0.29 0.26
O5' 0.20 0.32 0.46 0.19 0.32 0.02 0.43 0.01 0.42 0.54 0.36 0.30 0.50 0.57 0.31 0.34 0.25 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.40 0.40 0.87 0.74 0.35 0.36 0.46 0.26 0.50 0.47 0.43 0.39 0.64 0.60 0.30 0.85 0.66 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.38 0.82 0.36 0.37 0.23 0.58 0.23 0.64 0.52 0.53 0.31 0.81 0.71 0.31 0.95 0.28 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.36 0.63 0.34 0.38 0.09 0.57 0.02 0.60 0.60 0.48 0.30 0.74 0.73 0.33 0.61 0.27 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.20 0.27 0.36 0.19 0.21 0.22 0.26 0.19 0.18 0.19 0.22 0.25 0.29 0.27 0.26 0.37 0.33 0.61 0.37
C2 0.24 0.20 0.46 0.44 0.14 0.25 0.14 0.25 0.15 0.19 0.14 0.21 0.28 0.34 0.36 0.23 0.39 0.28 0.50 0.33
C2' 0.22 0.22 0.26 0.38 0.32 0.32 0.35 0.39 0.30 0.24 0.25 0.39 0.22 0.26 0.35 0.35 0.45 0.54 0.77 0.56
C3' 0.55 0.47 0.41 0.40 0.46 0.61 0.54 0.64 0.56 0.53 0.43 0.43 0.47 0.54 0.46 0.71 0.38 0.66 0.57 0.54
C4 0.19 0.19 0.34 0.40 0.16 0.21 0.17 0.23 0.15 0.17 0.16 0.21 0.26 0.28 0.30 0.21 0.38 0.28 0.55 0.34
C4' 0.32 0.26 0.18 0.25 0.37 0.36 0.46 0.43 0.43 0.33 0.26 0.40 0.23 0.38 0.22 0.49 0.34 0.50 0.60 0.44
C5 0.20 0.19 0.34 0.40 0.15 0.21 0.16 0.23 0.15 0.17 0.16 0.20 0.25 0.27 0.29 0.20 0.39 0.28 0.53 0.34
C5' 0.50 0.41 0.31 0.32 0.55 0.51 0.66 0.59 0.63 0.51 0.42 0.57 0.34 0.53 0.27 0.68 0.51 0.66 0.71 0.61
C6 0.23 0.20 0.42 0.43 0.15 0.24 0.14 0.25 0.15 0.19 0.14 0.21 0.27 0.30 0.33 0.21 0.40 0.29 0.49 0.34
C8 0.19 0.20 0.25 0.36 0.19 0.21 0.21 0.25 0.19 0.18 0.20 0.22 0.24 0.29 0.27 0.24 0.39 0.32 0.60 0.37
N1 0.26 0.21 0.48 0.45 0.14 0.27 0.14 0.27 0.16 0.20 0.14 0.21 0.28 0.35 0.37 0.24 0.40 0.30 0.48 0.34
N3 0.21 0.20 0.40 0.41 0.15 0.22 0.16 0.23 0.15 0.17 0.15 0.20 0.27 0.30 0.33 0.22 0.37 0.28 0.53 0.33
N6 0.25 0.20 0.44 0.44 0.16 0.27 0.15 0.27 0.17 0.20 0.15 0.22 0.27 0.30 0.34 0.22 0.41 0.31 0.47 0.35
N7 0.18 0.20 0.27 0.37 0.17 0.20 0.18 0.23 0.17 0.17 0.18 0.20 0.24 0.28 0.27 0.21 0.39 0.30 0.57 0.35
N9 0.18 0.20 0.29 0.37 0.18 0.21 0.20 0.24 0.18 0.17 0.18 0.21 0.25 0.28 0.28 0.24 0.38 0.31 0.59 0.36
O2' 0.69 0.70 0.71 0.81 0.81 0.74 0.83 0.83 0.80 0.73 0.74 0.85 0.64 0.59 0.69 0.72 0.98 0.99 1.22 1.06
O3' 0.45 0.34 0.32 0.36 0.37 0.59 0.50 0.67 0.50 0.43 0.30 0.36 0.33 0.39 0.42 0.67 0.41 0.79 0.63 0.64
O4' 0.18 0.16 0.24 0.35 0.26 0.20 0.34 0.27 0.28 0.19 0.16 0.33 0.22 0.33 0.26 0.29 0.39 0.37 0.62 0.37
O5' 0.69 0.64 0.58 0.50 0.72 0.66 0.78 0.68 0.77 0.70 0.64 0.73 0.59 0.80 0.54 0.81 0.54 0.71 0.68 0.64
OP1 1.07 0.91 0.98 0.87 1.02 1.09 1.17 1.14 1.17 1.06 0.87 1.00 0.80 1.20 0.87 1.22 1.03 1.17 1.08 1.11
OP2 1.25 1.12 1.15 0.99 1.17 1.20 1.28 1.19 1.29 1.23 1.07 1.13 1.05 1.36 0.98 1.34 1.04 1.11 1.02 1.07
P 1.09 0.98 0.97 0.82 1.06 1.04 1.16 1.05 1.16 1.08 0.96 1.06 0.90 1.21 0.82 1.20 0.92 1.02 0.94 0.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.22 0.01 0.08 0.10 0.26 0.17
C2 0.02 0.00 0.12 0.18 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.14 0.09 0.22 0.12 0.29 0.17
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.02 0.09 0.11 0.11 0.02 0.10 0.06 0.20 0.01 0.03 0.02 0.24 0.25 0.52 0.37
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.31 0.00 0.33 0.02 0.29 0.19 0.25 0.34 0.11 0.02 0.01 0.02 0.12 0.16 0.20 0.12
C4 0.02 0.02 0.05 0.31 0.00 0.14 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.30 0.16 0.03 0.43 0.28 0.50 0.32
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.14 0.00 0.20 0.01 0.20 0.08 0.07 0.15 0.10 0.24 0.02 0.00 0.01 0.09 0.15 0.06
C5 0.02 0.02 0.09 0.33 0.01 0.20 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.23 0.07 0.49 0.32 0.50 0.35
C5' 0.03 0.09 0.11 0.02 0.21 0.01 0.28 0.00 0.24 0.10 0.14 0.24 0.11 0.13 0.14 0.01 0.01 0.11 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.20 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.17 0.10 0.40 0.23 0.33 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.19 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.07 0.01 0.23 0.11 0.26 0.16
N3 0.02 0.01 0.10 0.25 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.10 0.07 0.33 0.19 0.40 0.24
N4 0.03 0.02 0.06 0.34 0.01 0.15 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.32 0.20 0.03 0.48 0.34 0.59 0.38
O2 0.03 0.01 0.20 0.11 0.02 0.10 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.19 0.30 0.15 0.13 0.09 0.26 0.16
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.30 0.24 0.32 0.13 0.27 0.17 0.25 0.32 0.19 0.00 0.06 0.17 0.16 0.11 0.54 0.28
O3' 0.22 0.14 0.03 0.01 0.16 0.02 0.23 0.14 0.17 0.07 0.10 0.20 0.30 0.06 0.00 0.13 0.21 0.40 0.29 0.23
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.07 0.03 0.15 0.17 0.13 0.00 0.13 0.12 0.20 0.13
O5' 0.08 0.22 0.24 0.12 0.43 0.01 0.49 0.01 0.40 0.23 0.33 0.48 0.13 0.16 0.21 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.12 0.25 0.16 0.28 0.09 0.32 0.11 0.23 0.11 0.19 0.34 0.09 0.11 0.40 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.29 0.52 0.20 0.50 0.15 0.50 0.12 0.33 0.26 0.40 0.59 0.26 0.54 0.29 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.17 0.37 0.12 0.32 0.06 0.35 0.02 0.25 0.16 0.24 0.38 0.16 0.28 0.23 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00