ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49819

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 3, 4, 6, 7, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.029, 0.042, 0.055, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.042 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.032, 0.046, 0.059, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.046 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.038, 0.051, 0.065, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.051 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.037, 0.053, 0.068, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.053 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.049, 0.066, 0.083, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.066 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.026, 0.045, 0.063, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.045 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.046, 0.065, 0.084, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.065 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.045, 0.066, 0.087, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.066 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.053, 0.074, 0.096, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.074 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.017, 0.050, 0.084, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.050 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.068, 0.254, 0.440, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.254 std_dev=0.186
O2' A 0, 0.245, 0.434, 0.624, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.434 std_dev=0.189
O4' A 0, 0.115, 0.314, 0.514, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.314 std_dev=0.199
C4' A 0, 0.381, 0.632, 0.883, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.632 std_dev=0.251
N3 B 0, 0.811, 1.085, 1.360, 1.471 max_d=1.471 avg_d=1.085 std_dev=0.275
N1 B 0, 0.773, 1.064, 1.355, 1.384 max_d=1.384 avg_d=1.064 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.872, 1.186, 1.500, 1.686 max_d=1.686 avg_d=1.186 std_dev=0.314
C6 B 0, 0.588, 0.913, 1.238, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.913 std_dev=0.325
C3' A 0, 0.153, 0.479, 0.805, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.479 std_dev=0.326
C4 B 0, 0.616, 0.945, 1.273, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.945 std_dev=0.329
O5' A 0, 1.067, 1.399, 1.730, 2.116 max_d=2.116 avg_d=1.399 std_dev=0.332
C5 B 0, 0.468, 0.862, 1.256, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.862 std_dev=0.394
C1' B 0, 0.799, 1.196, 1.593, 1.713 max_d=1.713 avg_d=1.196 std_dev=0.397
N4 B 0, 0.553, 0.952, 1.352, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.952 std_dev=0.400
C5' A 0, 0.732, 1.147, 1.562, 1.870 max_d=1.870 avg_d=1.147 std_dev=0.415
O2 B 0, 0.985, 1.423, 1.860, 2.203 max_d=2.203 avg_d=1.423 std_dev=0.438
O3' A 0, 0.161, 0.646, 1.131, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.646 std_dev=0.485
C2' B 0, 1.370, 1.861, 2.352, 2.978 max_d=2.978 avg_d=1.861 std_dev=0.491
OP1 A 0, 1.676, 2.187, 2.698, 2.934 max_d=2.934 avg_d=2.187 std_dev=0.511
O3' B 0, 1.094, 1.629, 2.165, 2.369 max_d=2.369 avg_d=1.629 std_dev=0.535
P A 0, 1.686, 2.274, 2.863, 2.938 max_d=2.938 avg_d=2.274 std_dev=0.589
O4' B 0, 1.271, 1.934, 2.596, 2.894 max_d=2.894 avg_d=1.934 std_dev=0.662
O2' B 0, 1.427, 2.099, 2.771, 3.415 max_d=3.415 avg_d=2.099 std_dev=0.672
C3' B 0, 1.353, 2.123, 2.893, 3.229 max_d=3.229 avg_d=2.123 std_dev=0.770
C4' B 0, 1.485, 2.428, 3.371, 3.684 max_d=3.684 avg_d=2.428 std_dev=0.943
OP2 A 0, 2.846, 3.910, 4.974, 5.093 max_d=5.093 avg_d=3.910 std_dev=1.064
OP2 B 0, 2.707, 3.823, 4.940, 5.202 max_d=5.202 avg_d=3.823 std_dev=1.116
OP1 B 0, 3.000, 4.173, 5.346, 5.306 max_d=5.306 avg_d=4.173 std_dev=1.173
P B 0, 2.471, 3.659, 4.846, 4.943 max_d=4.943 avg_d=3.659 std_dev=1.188
O5' B 0, 1.816, 3.173, 4.530, 4.830 max_d=4.830 avg_d=3.173 std_dev=1.357
C5' B 0, 2.504, 3.931, 5.358, 5.539 max_d=5.539 avg_d=3.931 std_dev=1.427

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.15 0.20 0.17
C2 0.03 0.00 0.21 0.22 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.29 0.02 0.32 0.29 0.42 0.40
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.02 0.10 0.09 0.16 0.21 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.18 0.24 0.12
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.02 0.10 0.16 0.17 0.21 0.09 0.12 0.05 0.02 0.01 0.02 0.26 0.28 0.21 0.12
C4 0.01 0.01 0.11 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.02 0.35 0.32 0.50 0.45
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.09 0.08 0.10 0.06 0.08 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.10 0.41 0.12
C5 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.46 0.47 0.82 0.64
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.15 0.11 0.10 0.13 0.15 0.08 0.05 0.04 0.01 0.01 0.26 0.25 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.14 0.02 0.48 0.49 0.87 0.66
C8 0.01 0.02 0.09 0.16 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.17 0.03 0.49 0.47 0.82 0.66
N1 0.02 0.00 0.16 0.17 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.23 0.02 0.41 0.40 0.67 0.54
N3 0.03 0.00 0.21 0.21 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.26 0.03 0.27 0.23 0.31 0.32
N6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.12 0.03 0.55 0.60 1.09 0.79
N7 0.01 0.02 0.05 0.12 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.14 0.03 0.54 0.57 1.04 0.77
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.33 0.30 0.44 0.41
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.10 0.05 0.07 0.05 0.11 0.05 0.16 0.19 0.09 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.15 0.55 0.19
O3' 0.01 0.29 0.02 0.01 0.13 0.02 0.09 0.04 0.14 0.17 0.23 0.26 0.12 0.14 0.05 0.03 0.00 0.02 0.21 0.29 0.47 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.09 0.15 0.22 0.14
O5' 0.16 0.32 0.19 0.26 0.35 0.02 0.46 0.01 0.48 0.49 0.41 0.27 0.55 0.54 0.33 0.06 0.21 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.29 0.18 0.28 0.32 0.10 0.47 0.26 0.49 0.47 0.40 0.23 0.60 0.57 0.30 0.15 0.29 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.42 0.24 0.21 0.50 0.41 0.82 0.25 0.87 0.82 0.67 0.31 1.09 1.04 0.44 0.55 0.47 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.40 0.12 0.12 0.45 0.12 0.64 0.01 0.66 0.66 0.54 0.32 0.79 0.77 0.41 0.19 0.14 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.22 0.26 0.11 0.14 0.12 0.30 0.10 0.09 0.09 0.16 0.14 0.43 0.47 0.17 0.28 0.35 0.68 0.40
C2 0.11 0.09 0.31 0.31 0.13 0.15 0.11 0.27 0.08 0.09 0.09 0.19 0.14 0.36 0.53 0.20 0.27 0.25 0.58 0.30
C2' 0.10 0.10 0.22 0.24 0.16 0.17 0.18 0.29 0.14 0.10 0.10 0.22 0.15 0.38 0.42 0.19 0.27 0.32 0.67 0.37
C3' 0.13 0.13 0.26 0.24 0.27 0.17 0.32 0.23 0.25 0.17 0.16 0.35 0.13 0.46 0.40 0.19 0.29 0.42 0.75 0.46
C4 0.10 0.10 0.24 0.27 0.11 0.15 0.11 0.29 0.08 0.08 0.08 0.17 0.14 0.36 0.48 0.18 0.27 0.28 0.62 0.34
C4' 0.14 0.14 0.29 0.28 0.21 0.14 0.25 0.24 0.22 0.16 0.15 0.24 0.13 0.56 0.47 0.15 0.30 0.47 0.76 0.49
C5 0.10 0.10 0.23 0.25 0.11 0.15 0.11 0.29 0.08 0.08 0.08 0.17 0.14 0.33 0.45 0.18 0.26 0.26 0.60 0.33
C5' 0.24 0.22 0.41 0.36 0.31 0.17 0.37 0.24 0.34 0.27 0.24 0.35 0.20 0.72 0.53 0.17 0.34 0.58 0.82 0.57
C6 0.11 0.09 0.27 0.27 0.12 0.15 0.10 0.27 0.08 0.08 0.09 0.18 0.14 0.32 0.47 0.19 0.25 0.24 0.56 0.29
C8 0.10 0.11 0.19 0.22 0.12 0.15 0.13 0.30 0.11 0.10 0.11 0.15 0.14 0.42 0.41 0.17 0.27 0.34 0.66 0.39
N1 0.12 0.10 0.33 0.31 0.13 0.15 0.11 0.26 0.09 0.09 0.10 0.19 0.14 0.36 0.51 0.20 0.26 0.24 0.55 0.28
N3 0.10 0.09 0.28 0.30 0.12 0.14 0.11 0.28 0.08 0.08 0.08 0.18 0.14 0.36 0.52 0.18 0.27 0.27 0.61 0.33
N6 0.12 0.10 0.29 0.26 0.13 0.16 0.11 0.26 0.09 0.09 0.11 0.18 0.14 0.31 0.43 0.20 0.24 0.22 0.54 0.27
N7 0.10 0.11 0.18 0.22 0.11 0.15 0.12 0.30 0.10 0.09 0.10 0.16 0.14 0.37 0.40 0.18 0.26 0.30 0.63 0.36
N9 0.09 0.10 0.21 0.25 0.11 0.15 0.12 0.30 0.10 0.09 0.09 0.16 0.14 0.40 0.46 0.17 0.27 0.32 0.66 0.38
O2' 0.12 0.12 0.22 0.25 0.12 0.18 0.14 0.31 0.11 0.10 0.10 0.18 0.17 0.37 0.45 0.21 0.27 0.32 0.67 0.37
O3' 0.15 0.14 0.26 0.24 0.32 0.22 0.38 0.25 0.30 0.19 0.18 0.43 0.16 0.44 0.36 0.23 0.31 0.45 0.77 0.48
O4' 0.11 0.12 0.25 0.27 0.12 0.13 0.14 0.29 0.13 0.11 0.11 0.15 0.14 0.54 0.49 0.15 0.30 0.42 0.73 0.46
O5' 0.67 0.63 0.75 0.72 0.70 0.62 0.75 0.47 0.73 0.68 0.64 0.73 0.59 0.96 0.78 0.65 0.75 0.97 1.18 0.98
OP1 0.88 0.79 0.96 0.94 0.87 0.88 0.97 0.75 0.96 0.88 0.78 0.86 0.73 1.11 0.92 0.92 1.10 1.36 1.51 1.35
OP2 1.65 1.52 1.74 1.75 1.68 1.69 1.82 1.60 1.79 1.66 1.51 1.68 1.40 1.81 1.66 1.69 1.91 2.16 2.34 2.16
P 1.11 1.02 1.19 1.18 1.11 1.11 1.21 0.97 1.19 1.11 1.01 1.11 0.95 1.32 1.14 1.13 1.28 1.51 1.68 1.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.10 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.24 0.01 0.18 0.11 0.46 0.26
C2 0.02 0.00 0.14 0.14 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.31 0.14 0.17 0.16 0.51 0.26
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.21 0.15 0.03 0.11 0.05 0.24 0.00 0.02 0.02 0.38 0.26 0.64 0.42
C3' 0.03 0.14 0.01 0.00 0.17 0.01 0.18 0.03 0.16 0.11 0.16 0.18 0.15 0.02 0.01 0.04 0.21 0.30 0.28 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.17 0.00 0.12 0.00 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.26 0.21 0.06 0.29 0.39 0.71 0.49
C4' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.16 0.07 0.10 0.13 0.16 0.17 0.02 0.01 0.02 0.24 0.20 0.10
C5 0.03 0.01 0.12 0.18 0.00 0.17 0.00 0.43 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.31 0.14 0.10 0.38 0.50 0.81 0.63
C5' 0.10 0.20 0.21 0.03 0.34 0.01 0.43 0.00 0.39 0.22 0.26 0.37 0.22 0.12 0.18 0.02 0.02 0.17 0.22 0.03
C6 0.03 0.01 0.15 0.16 0.01 0.16 0.01 0.39 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.11 0.13 0.36 0.42 0.75 0.58
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.07 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.19 0.04 0.21 0.21 0.56 0.36
N3 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.10 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.24 0.29 0.11 0.22 0.24 0.58 0.34
N4 0.02 0.02 0.05 0.18 0.01 0.13 0.02 0.37 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.28 0.21 0.06 0.31 0.45 0.75 0.53
O2 0.04 0.01 0.24 0.15 0.02 0.16 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.34 0.42 0.23 0.18 0.15 0.42 0.15
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.26 0.17 0.31 0.12 0.29 0.15 0.24 0.28 0.34 0.00 0.07 0.09 0.37 0.24 0.73 0.41
O3' 0.24 0.31 0.02 0.01 0.21 0.02 0.14 0.18 0.11 0.19 0.29 0.21 0.42 0.07 0.00 0.16 0.21 0.57 0.23 0.23
O4' 0.01 0.14 0.02 0.04 0.06 0.01 0.10 0.02 0.13 0.04 0.11 0.06 0.23 0.09 0.16 0.00 0.16 0.17 0.31 0.19
O5' 0.18 0.17 0.38 0.21 0.29 0.02 0.38 0.02 0.36 0.21 0.22 0.31 0.18 0.37 0.21 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.16 0.26 0.30 0.39 0.24 0.50 0.17 0.42 0.21 0.24 0.45 0.15 0.24 0.57 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 0.51 0.64 0.28 0.71 0.20 0.81 0.22 0.75 0.56 0.58 0.75 0.42 0.73 0.23 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.26 0.42 0.13 0.49 0.10 0.63 0.03 0.58 0.36 0.34 0.53 0.15 0.41 0.23 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00