ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49820

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 1, 6, 8, 4, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.013, 0.031, 0.050, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.021, 0.113, 0.205, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.113 std_dev=0.092
O4' A 0, 0.020, 0.121, 0.222, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.121 std_dev=0.101
O2' A 0, 0.040, 0.177, 0.313, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.177 std_dev=0.137
C2 B 0, 0.104, 0.251, 0.399, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.251 std_dev=0.148
O2 B 0, 0.075, 0.224, 0.372, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.224 std_dev=0.149
C4' A 0, 0.027, 0.180, 0.333, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.180 std_dev=0.153
N3 B 0, 0.092, 0.250, 0.408, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.250 std_dev=0.158
N1 B 0, 0.148, 0.324, 0.500, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.324 std_dev=0.176
C2' B 0, 0.140, 0.319, 0.497, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.319 std_dev=0.179
O2' B 0, 0.149, 0.329, 0.509, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.329 std_dev=0.180
C1' B 0, 0.154, 0.337, 0.519, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.337 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.123, 0.313, 0.503, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.313 std_dev=0.190
C3' A 0, -0.030, 0.161, 0.353, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.161 std_dev=0.191
O5' A 0, 0.107, 0.314, 0.522, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.314 std_dev=0.208
P A 0, 0.151, 0.366, 0.582, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.366 std_dev=0.216
C6 B 0, 0.182, 0.399, 0.616, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.399 std_dev=0.217
C5 B 0, 0.176, 0.396, 0.616, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.396 std_dev=0.220
OP2 A 0, 0.141, 0.366, 0.590, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.366 std_dev=0.224
C3' B 0, 0.165, 0.390, 0.616, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.390 std_dev=0.225
N4 B 0, 0.083, 0.315, 0.547, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.315 std_dev=0.232
OP1 A 0, 0.195, 0.435, 0.675, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.435 std_dev=0.240
O3' B 0, 0.172, 0.416, 0.659, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.416 std_dev=0.244
O4' B 0, 0.165, 0.410, 0.656, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.410 std_dev=0.245
C4' B 0, 0.170, 0.424, 0.677, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.424 std_dev=0.253
O3' A 0, -0.074, 0.190, 0.454, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.190 std_dev=0.264
C5' A 0, 0.003, 0.293, 0.583, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.293 std_dev=0.290
C5' B 0, 0.182, 0.506, 0.829, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.506 std_dev=0.323
O5' B 0, 0.177, 0.529, 0.881, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.529 std_dev=0.352
P B 0, 0.206, 0.592, 0.979, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.592 std_dev=0.387
OP2 B 0, 0.173, 0.605, 1.038, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.605 std_dev=0.433
OP1 B 0, 0.139, 0.725, 1.312, 3.048 max_d=3.048 avg_d=0.725 std_dev=0.587

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.12 0.11 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.10 0.12 0.12 0.13 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.13 0.16 0.10
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.11 0.17 0.14
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.06 0.10 0.10 0.11 0.08
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.10 0.03 0.09 0.09 0.11 0.07
C5' 0.04 0.16 0.02 0.02 0.15 0.00 0.18 0.00 0.18 0.18 0.18 0.15 0.19 0.20 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.15 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.05 0.10 0.10 0.11 0.08
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.03 0.05 0.10 0.10 0.11 0.09
N1 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.16 0.08 0.11 0.10 0.12 0.08
N3 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.17 0.10 0.12 0.12 0.13 0.10
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.12 0.04 0.11 0.10 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.10 0.10 0.11 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.09 0.11 0.10 0.07
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.10 0.06 0.11 0.11 0.11 0.07 0.05 0.00 0.03 0.01 0.10 0.16 0.18 0.12
O3' 0.07 0.18 0.02 0.00 0.12 0.01 0.10 0.02 0.13 0.03 0.16 0.17 0.12 0.05 0.07 0.03 0.00 0.02 0.17 0.14 0.16 0.15
O4' 0.00 0.10 0.02 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.10 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.18 0.12 0.14
O5' 0.08 0.12 0.08 0.16 0.10 0.02 0.09 0.01 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10 0.09 0.10 0.17 0.17 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.12 0.12 0.13 0.11 0.10 0.08 0.09 0.15 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.16 0.14 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.13 0.16 0.17 0.11 0.06 0.11 0.09 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.11 0.10 0.18 0.16 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.10 0.10 0.14 0.08 0.02 0.07 0.01 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.12 0.15 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.13 0.09 0.10 0.05 0.08 0.08 0.48 0.11 0.15
C2 0.12 0.09 0.08 0.07 0.09 0.11 0.09 0.13 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.11 0.08 0.14 0.13 0.40 0.17 0.18
C2' 0.08 0.08 0.07 0.08 0.12 0.08 0.13 0.08 0.11 0.08 0.08 0.15 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.43 0.13 0.10
C3' 0.08 0.08 0.08 0.10 0.13 0.09 0.14 0.09 0.12 0.09 0.09 0.17 0.09 0.08 0.11 0.09 0.14 0.39 0.18 0.07
C4 0.09 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.11 0.09 0.10 0.05 0.10 0.11 0.44 0.14 0.16
C4' 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.12 0.09 0.11 0.10 0.09 0.15 0.11 0.10 0.12 0.09 0.12 0.44 0.17 0.11
C5 0.09 0.07 0.06 0.05 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.11 0.09 0.10 0.05 0.10 0.11 0.41 0.15 0.16
C5' 0.20 0.19 0.22 0.24 0.18 0.20 0.19 0.18 0.20 0.20 0.18 0.19 0.21 0.22 0.26 0.19 0.21 0.39 0.27 0.13
C6 0.11 0.09 0.08 0.07 0.09 0.11 0.09 0.13 0.09 0.10 0.08 0.11 0.10 0.11 0.07 0.13 0.14 0.38 0.18 0.18
C8 0.08 0.07 0.07 0.05 0.10 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.13 0.09 0.10 0.06 0.08 0.09 0.46 0.12 0.15
N1 0.12 0.09 0.09 0.08 0.09 0.12 0.09 0.14 0.10 0.10 0.08 0.11 0.11 0.12 0.09 0.15 0.15 0.38 0.19 0.19
N3 0.10 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.11 0.09 0.11 0.06 0.12 0.12 0.43 0.15 0.17
N6 0.13 0.10 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10 0.14 0.11 0.11 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.15 0.15 0.36 0.20 0.19
N7 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.12 0.08 0.10 0.05 0.08 0.10 0.43 0.14 0.15
N9 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.12 0.09 0.10 0.05 0.08 0.09 0.46 0.13 0.15
O2' 0.14 0.13 0.13 0.12 0.14 0.13 0.16 0.14 0.15 0.13 0.12 0.17 0.14 0.16 0.12 0.14 0.14 0.47 0.15 0.16
O3' 0.08 0.08 0.08 0.06 0.11 0.07 0.12 0.07 0.10 0.08 0.08 0.16 0.11 0.12 0.06 0.08 0.10 0.41 0.15 0.08
O4' 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.13 0.10 0.12 0.07 0.10 0.09 0.56 0.11 0.20
O5' 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.14 0.12 0.14 0.10 0.10 0.12 0.51 0.22 0.17
OP1 0.07 0.06 0.08 0.10 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.10 0.09 0.10 0.13 0.06 0.10 0.46 0.27 0.11
OP2 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.13 0.10 0.10 0.12 0.06 0.08 0.49 0.23 0.12
P 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.11 0.09 0.10 0.10 0.05 0.08 0.49 0.23 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.15 0.14 0.07
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.07 0.34 0.14 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.10 0.08
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.09 0.47 0.14 0.17
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.11 0.46 0.15 0.17
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.15 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.10 0.35 0.14 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.28 0.13 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.08 0.42 0.13 0.15
N4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.53 0.15 0.19
O2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.04 0.06 0.30 0.15 0.13
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.03 0.02 0.04 0.09 0.11 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.04 0.05 0.09 0.03 0.00 0.01 0.06 0.17 0.08 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.19 0.05
O5' 0.05 0.07 0.04 0.05 0.09 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.08 0.09 0.06 0.04 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.34 0.14 0.10 0.47 0.08 0.46 0.15 0.35 0.28 0.42 0.53 0.30 0.09 0.17 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.14 0.10 0.07 0.14 0.15 0.15 0.17 0.14 0.13 0.13 0.15 0.15 0.11 0.08 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.13 0.08 0.06 0.17 0.02 0.17 0.01 0.14 0.11 0.15 0.19 0.13 0.05 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00