ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49822

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 2, 5, 4, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.025 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.005, 0.030, 0.055, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.030 std_dev=0.025
C2 B 0, 0.087, 0.339, 0.590, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.339 std_dev=0.251
N3 B 0, 0.137, 0.392, 0.646, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.392 std_dev=0.255
N1 B 0, 0.115, 0.375, 0.636, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.375 std_dev=0.261
C4 B 0, 0.131, 0.402, 0.673, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.402 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.141, 0.426, 0.711, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.426 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.129, 0.424, 0.719, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.424 std_dev=0.295
O2 B 0, 0.087, 0.399, 0.712, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.399 std_dev=0.312
N4 B 0, 0.151, 0.502, 0.853, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.502 std_dev=0.351
O4' A 0, -0.122, 0.247, 0.616, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.247 std_dev=0.369
C1' B 0, 0.117, 0.498, 0.879, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.498 std_dev=0.381
C2' A 0, -0.118, 0.264, 0.647, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.264 std_dev=0.382
C3' B 0, 0.152, 0.591, 1.029, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.591 std_dev=0.439
O2' A 0, -0.127, 0.356, 0.838, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.356 std_dev=0.482
C4' A 0, -0.158, 0.348, 0.854, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.348 std_dev=0.506
O3' B 0, 0.157, 0.717, 1.277, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.717 std_dev=0.560
C2' B 0, 0.072, 0.651, 1.230, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.651 std_dev=0.579
C3' A 0, -0.179, 0.403, 0.985, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.403 std_dev=0.582
O3' A 0, -0.205, 0.536, 1.277, 2.270 max_d=2.270 avg_d=0.536 std_dev=0.741
O4' B 0, -0.004, 0.823, 1.651, 2.560 max_d=2.560 avg_d=0.823 std_dev=0.828
C4' B 0, -0.045, 0.875, 1.796, 2.792 max_d=2.792 avg_d=0.875 std_dev=0.920
C5' A 0, -0.301, 0.642, 1.585, 2.858 max_d=2.858 avg_d=0.642 std_dev=0.943
O5' A 0, -0.374, 0.816, 2.006, 3.554 max_d=3.554 avg_d=0.816 std_dev=1.190
O5' B 0, -0.232, 1.127, 2.486, 4.061 max_d=4.061 avg_d=1.127 std_dev=1.359
O2' B 0, -0.237, 1.192, 2.620, 4.114 max_d=4.114 avg_d=1.192 std_dev=1.428
C5' B 0, -0.304, 1.201, 2.707, 4.290 max_d=4.290 avg_d=1.201 std_dev=1.506
P A 0, -0.558, 1.168, 2.894, 4.820 max_d=4.820 avg_d=1.168 std_dev=1.726
OP2 A 0, -0.529, 1.209, 2.947, 5.541 max_d=5.541 avg_d=1.209 std_dev=1.738
P B 0, -0.436, 1.513, 3.463, 5.891 max_d=5.891 avg_d=1.513 std_dev=1.949
OP2 B 0, -0.432, 1.619, 3.669, 6.163 max_d=6.163 avg_d=1.619 std_dev=2.050
OP1 B 0, -0.455, 1.599, 3.653, 6.581 max_d=6.581 avg_d=1.599 std_dev=2.054
OP1 A 0, -0.694, 1.370, 3.435, 5.674 max_d=5.674 avg_d=1.370 std_dev=2.065

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.23 0.21 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.25 0.11 0.07 0.21 0.12 0.07
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.11 0.01 0.03 0.02 0.08 0.14 0.17 0.23 0.05 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.21 0.09 0.08
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.09 0.00 0.05 0.02 0.08 0.18 0.16 0.20 0.06 0.13 0.04 0.01 0.01 0.01 0.08 0.22 0.09 0.10
C4 0.01 0.00 0.11 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.09 0.05 0.07 0.16 0.10 0.06
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.09 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.10 0.15 0.14 0.08
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.04 0.10 0.18 0.14 0.09
C8 0.01 0.00 0.14 0.18 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.20 0.09 0.13 0.12 0.17 0.10
N1 0.01 0.00 0.17 0.16 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.08 0.08 0.20 0.13 0.08
N3 0.02 0.00 0.23 0.20 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.23 0.11 0.06 0.19 0.11 0.06
N6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.11 0.17 0.17 0.10
N7 0.01 0.00 0.09 0.13 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.16 0.06 0.13 0.13 0.19 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.12 0.09 0.06
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.10 0.05 0.04 0.04 0.09 0.09 0.16 0.21 0.06 0.05 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.19 0.07 0.06
O3' 0.01 0.25 0.03 0.01 0.09 0.02 0.05 0.03 0.09 0.20 0.18 0.23 0.07 0.16 0.05 0.04 0.00 0.01 0.10 0.26 0.12 0.13
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.08 0.11 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.08 0.07
O5' 0.03 0.07 0.06 0.08 0.07 0.02 0.10 0.01 0.10 0.13 0.08 0.06 0.11 0.13 0.07 0.05 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.21 0.21 0.22 0.16 0.09 0.15 0.06 0.18 0.12 0.20 0.19 0.17 0.13 0.12 0.19 0.26 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.12 0.09 0.09 0.10 0.02 0.14 0.01 0.14 0.17 0.13 0.11 0.17 0.19 0.09 0.07 0.12 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.08 0.10 0.06 0.03 0.08 0.01 0.09 0.10 0.08 0.06 0.10 0.11 0.06 0.06 0.13 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.21 0.15 0.16 0.10 0.13 0.14 0.35 0.17 0.20 0.15 0.14 0.28 0.47 0.41 0.31 0.32 0.54 0.69 0.50
C2 0.30 0.19 0.32 0.11 0.14 0.39 0.14 0.33 0.14 0.20 0.11 0.24 0.28 0.35 0.49 0.57 0.20 0.24 0.46 0.23
C2' 0.32 0.26 0.13 0.10 0.22 0.20 0.26 0.28 0.28 0.27 0.23 0.22 0.29 0.45 0.43 0.39 0.18 0.37 0.51 0.31
C3' 0.46 0.37 0.27 0.12 0.36 0.29 0.43 0.28 0.44 0.42 0.33 0.33 0.37 0.71 0.59 0.47 0.14 0.30 0.42 0.23
C4 0.29 0.21 0.19 0.10 0.11 0.25 0.14 0.27 0.16 0.21 0.13 0.20 0.29 0.32 0.45 0.44 0.16 0.31 0.51 0.27
C4' 0.41 0.30 0.27 0.08 0.19 0.17 0.26 0.33 0.32 0.34 0.23 0.12 0.33 0.83 0.57 0.33 0.27 0.52 0.58 0.46
C5 0.28 0.22 0.18 0.08 0.13 0.27 0.15 0.29 0.16 0.21 0.14 0.22 0.30 0.29 0.46 0.45 0.15 0.24 0.42 0.20
C5' 0.51 0.35 0.48 0.22 0.25 0.22 0.36 0.29 0.43 0.43 0.28 0.16 0.37 1.09 0.72 0.35 0.21 0.47 0.48 0.39
C6 0.27 0.20 0.26 0.09 0.16 0.38 0.16 0.37 0.15 0.20 0.12 0.26 0.30 0.31 0.48 0.55 0.22 0.22 0.37 0.22
C8 0.27 0.23 0.14 0.12 0.13 0.15 0.17 0.33 0.19 0.22 0.19 0.14 0.29 0.48 0.42 0.29 0.24 0.42 0.51 0.35
N1 0.29 0.18 0.34 0.11 0.16 0.44 0.15 0.40 0.14 0.19 0.12 0.27 0.28 0.40 0.50 0.61 0.25 0.24 0.39 0.25
N3 0.30 0.20 0.26 0.11 0.12 0.30 0.14 0.27 0.15 0.20 0.12 0.21 0.28 0.30 0.47 0.50 0.17 0.29 0.53 0.27
N6 0.25 0.20 0.28 0.12 0.19 0.44 0.18 0.45 0.15 0.19 0.14 0.29 0.30 0.36 0.48 0.58 0.31 0.28 0.37 0.32
N7 0.27 0.24 0.14 0.10 0.14 0.20 0.18 0.30 0.19 0.22 0.19 0.18 0.30 0.39 0.43 0.35 0.16 0.30 0.42 0.22
N9 0.28 0.22 0.15 0.12 0.11 0.17 0.15 0.30 0.17 0.21 0.16 0.15 0.29 0.42 0.43 0.35 0.24 0.43 0.57 0.38
O2' 0.25 0.20 0.21 0.22 0.15 0.13 0.18 0.33 0.19 0.20 0.17 0.16 0.26 0.37 0.33 0.33 0.28 0.50 0.65 0.44
O3' 0.48 0.39 0.29 0.14 0.42 0.32 0.49 0.29 0.49 0.45 0.37 0.40 0.38 0.72 0.59 0.50 0.15 0.28 0.42 0.22
O4' 0.35 0.24 0.18 0.09 0.10 0.13 0.14 0.41 0.20 0.25 0.17 0.17 0.31 0.72 0.50 0.27 0.39 0.64 0.75 0.60
O5' 0.66 0.49 0.67 0.43 0.44 0.39 0.57 0.22 0.63 0.59 0.42 0.34 0.47 1.23 0.89 0.51 0.16 0.32 0.45 0.25
OP1 0.83 0.58 1.02 0.71 0.60 0.56 0.82 0.43 0.88 0.76 0.50 0.48 0.51 1.63 1.14 0.60 0.37 0.28 0.65 0.30
OP2 0.93 0.73 1.12 0.84 0.78 0.70 0.98 0.49 1.01 0.90 0.66 0.68 0.65 1.64 1.23 0.74 0.54 0.51 0.88 0.56
P 0.83 0.60 0.98 0.69 0.57 0.55 0.77 0.38 0.84 0.76 0.50 0.44 0.55 1.60 1.13 0.60 0.30 0.26 0.56 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.00 0.16 0.12 0.24 0.15
C2 0.01 0.00 0.28 0.18 0.00 0.12 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.22 0.25 0.27 0.18 0.18 0.31 0.20
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.06 0.01 0.17 0.19 0.24 0.03 0.22 0.07 0.47 0.00 0.03 0.03 0.54 0.44 0.58 0.53
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.25 0.01 0.25 0.02 0.22 0.14 0.23 0.27 0.17 0.02 0.01 0.01 0.25 0.29 0.23 0.21
C4 0.01 0.00 0.06 0.25 0.00 0.16 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.31 0.12 0.02 0.26 0.39 0.40 0.28
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.16 0.00 0.31 0.00 0.32 0.09 0.08 0.17 0.32 0.24 0.02 0.01 0.01 0.19 0.21 0.09
C5 0.01 0.00 0.17 0.25 0.00 0.31 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.59 0.07 0.23 0.41 0.53 0.43 0.42
C5' 0.08 0.24 0.19 0.02 0.34 0.00 0.49 0.00 0.45 0.20 0.25 0.38 0.40 0.05 0.19 0.01 0.01 0.13 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.24 0.22 0.00 0.32 0.00 0.45 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.60 0.10 0.30 0.35 0.44 0.35 0.34
N1 0.00 0.01 0.03 0.14 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.19 0.01 0.11 0.19 0.28 0.14
N3 0.01 0.00 0.22 0.23 0.00 0.08 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.20 0.19 0.15 0.23 0.35 0.18
N4 0.01 0.01 0.07 0.27 0.00 0.17 0.01 0.38 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.35 0.11 0.03 0.31 0.46 0.45 0.34
O2 0.02 0.00 0.47 0.17 0.01 0.32 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.61 0.34 0.50 0.33 0.28 0.33 0.34
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.31 0.24 0.59 0.05 0.60 0.18 0.13 0.35 0.61 0.00 0.04 0.16 0.45 0.33 0.65 0.47
O3' 0.31 0.25 0.03 0.01 0.12 0.02 0.07 0.19 0.10 0.19 0.20 0.11 0.34 0.04 0.00 0.19 0.17 0.40 0.42 0.26
O4' 0.00 0.27 0.03 0.01 0.02 0.01 0.23 0.01 0.30 0.01 0.19 0.03 0.50 0.16 0.19 0.00 0.09 0.21 0.14 0.09
O5' 0.16 0.18 0.54 0.25 0.26 0.01 0.41 0.01 0.35 0.11 0.15 0.31 0.33 0.45 0.17 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.12 0.18 0.44 0.29 0.39 0.19 0.53 0.13 0.44 0.19 0.23 0.46 0.28 0.33 0.40 0.21 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.31 0.58 0.23 0.40 0.21 0.43 0.28 0.35 0.28 0.35 0.45 0.33 0.65 0.42 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.20 0.53 0.21 0.28 0.09 0.42 0.01 0.34 0.14 0.18 0.34 0.34 0.47 0.26 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00