ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49823

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 6, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.014, 0.034, 0.053, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.019
C2 B 0, 0.361, 0.601, 0.841, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.601 std_dev=0.240
N1 B 0, 0.322, 0.567, 0.811, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.567 std_dev=0.245
C6 B 0, 0.254, 0.532, 0.810, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.532 std_dev=0.278
N3 B 0, 0.354, 0.649, 0.944, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.649 std_dev=0.295
O2 B 0, 0.510, 0.829, 1.148, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.829 std_dev=0.319
C5 B 0, 0.429, 0.779, 1.130, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.779 std_dev=0.350
C4 B 0, 0.461, 0.822, 1.182, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.822 std_dev=0.360
O4' A 0, 0.637, 1.046, 1.456, 1.307 max_d=1.307 avg_d=1.046 std_dev=0.409
C2' A 0, 0.659, 1.073, 1.486, 1.355 max_d=1.355 avg_d=1.073 std_dev=0.414
O3' B 0, 0.482, 0.897, 1.312, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.897 std_dev=0.415
C1' B 0, 0.567, 0.985, 1.403, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.985 std_dev=0.418
O2' A 0, 0.725, 1.179, 1.633, 1.512 max_d=1.512 avg_d=1.179 std_dev=0.454
N4 B 0, 0.714, 1.192, 1.670, 1.628 max_d=1.628 avg_d=1.192 std_dev=0.478
C3' B 0, 0.708, 1.230, 1.753, 1.855 max_d=1.855 avg_d=1.230 std_dev=0.523
C2' B 0, 0.790, 1.329, 1.867, 1.936 max_d=1.936 avg_d=1.329 std_dev=0.539
C4' A 0, 0.946, 1.547, 2.148, 1.932 max_d=1.932 avg_d=1.547 std_dev=0.601
C3' A 0, 1.043, 1.701, 2.360, 2.140 max_d=2.140 avg_d=1.701 std_dev=0.658
O3' A 0, 1.428, 2.319, 3.211, 2.956 max_d=2.956 avg_d=2.319 std_dev=0.892
O4' B 0, 1.480, 2.482, 3.485, 3.217 max_d=3.217 avg_d=2.482 std_dev=1.002
C5' A 0, 1.646, 2.699, 3.752, 3.370 max_d=3.370 avg_d=2.699 std_dev=1.053
C4' B 0, 1.528, 2.614, 3.700, 3.461 max_d=3.461 avg_d=2.614 std_dev=1.086
O5' A 0, 1.832, 3.025, 4.217, 3.844 max_d=3.844 avg_d=3.025 std_dev=1.192
O2' B 0, 1.910, 3.119, 4.329, 3.979 max_d=3.979 avg_d=3.119 std_dev=1.209
P A 0, 2.135, 3.768, 5.402, 4.913 max_d=4.913 avg_d=3.768 std_dev=1.634
OP2 A 0, 2.241, 3.884, 5.526, 5.064 max_d=5.064 avg_d=3.884 std_dev=1.642
O5' B 0, 2.307, 4.011, 5.714, 5.147 max_d=5.147 avg_d=4.011 std_dev=1.703
C5' B 0, 2.582, 4.409, 6.236, 5.650 max_d=5.650 avg_d=4.409 std_dev=1.827
OP1 A 0, 2.392, 4.290, 6.187, 5.617 max_d=5.617 avg_d=4.290 std_dev=1.897
P B 0, 3.202, 5.626, 8.051, 7.250 max_d=7.250 avg_d=5.626 std_dev=2.424
OP2 B 0, 3.355, 5.798, 8.242, 7.517 max_d=7.517 avg_d=5.798 std_dev=2.444
OP1 B 0, 3.600, 6.330, 9.060, 8.082 max_d=8.082 avg_d=6.330 std_dev=2.730

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.15 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.21 0.20 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.25 0.10 0.08 0.21 0.12 0.10
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.09 0.17 0.21 0.07 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.27 0.04 0.08
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.10 0.00 0.07 0.01 0.11 0.11 0.17 0.18 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.30 0.05 0.11
C4 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.11 0.05 0.07 0.20 0.10 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.13 0.01 0.03
C5 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.11 0.22 0.13 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.12 0.06 0.03 0.10 0.12 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.11 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.04 0.11 0.24 0.15 0.13
C8 0.01 0.00 0.09 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.12 0.08 0.12 0.20 0.09 0.13
N1 0.01 0.00 0.17 0.17 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.21 0.07 0.10 0.23 0.14 0.11
N3 0.01 0.00 0.21 0.18 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.22 0.10 0.07 0.19 0.10 0.08
N6 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.10 0.02 0.13 0.25 0.18 0.16
N7 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.05 0.14 0.22 0.14 0.16
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.18 0.06 0.08
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.08 0.04 0.04 0.04 0.08 0.07 0.13 0.17 0.05 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.25 0.03 0.06
O3' 0.01 0.25 0.02 0.00 0.11 0.01 0.07 0.02 0.13 0.12 0.21 0.22 0.10 0.08 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.35 0.07 0.14
O4' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.07 0.10 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.07
O5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.11 0.01 0.11 0.12 0.10 0.07 0.13 0.14 0.06 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.21 0.27 0.30 0.20 0.13 0.22 0.04 0.24 0.20 0.23 0.19 0.25 0.22 0.18 0.25 0.35 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.12 0.04 0.05 0.10 0.01 0.13 0.01 0.15 0.09 0.14 0.10 0.18 0.14 0.06 0.03 0.07 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.08 0.11 0.09 0.03 0.13 0.01 0.13 0.13 0.11 0.08 0.16 0.16 0.08 0.06 0.14 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.19 0.06 0.20 0.11 0.12 0.12 0.27 0.11 0.16 0.14 0.19 0.26 0.46 0.24 0.23 0.16 0.33 0.57 0.32
C2 0.26 0.15 0.23 0.19 0.15 0.25 0.15 0.21 0.12 0.15 0.09 0.27 0.24 0.18 0.27 0.44 0.17 0.11 0.32 0.10
C2' 0.25 0.21 0.06 0.19 0.15 0.15 0.16 0.23 0.18 0.20 0.18 0.15 0.25 0.41 0.25 0.28 0.09 0.19 0.38 0.16
C3' 0.35 0.28 0.21 0.08 0.23 0.20 0.27 0.16 0.30 0.31 0.25 0.19 0.29 0.63 0.37 0.33 0.16 0.08 0.20 0.08
C4 0.25 0.18 0.09 0.17 0.11 0.17 0.12 0.19 0.11 0.16 0.11 0.23 0.26 0.29 0.27 0.33 0.09 0.12 0.35 0.11
C4' 0.35 0.26 0.26 0.07 0.13 0.13 0.16 0.18 0.22 0.27 0.20 0.09 0.30 0.76 0.39 0.24 0.15 0.24 0.43 0.25
C5 0.25 0.20 0.07 0.14 0.11 0.22 0.12 0.20 0.12 0.18 0.13 0.22 0.28 0.26 0.32 0.36 0.16 0.10 0.19 0.08
C5' 0.41 0.29 0.42 0.16 0.18 0.17 0.24 0.11 0.31 0.34 0.23 0.11 0.32 0.95 0.52 0.25 0.19 0.19 0.31 0.22
C6 0.25 0.18 0.15 0.14 0.13 0.30 0.12 0.28 0.12 0.17 0.10 0.24 0.27 0.13 0.33 0.46 0.27 0.20 0.09 0.20
C8 0.25 0.23 0.11 0.16 0.13 0.16 0.15 0.21 0.16 0.21 0.19 0.16 0.28 0.46 0.31 0.26 0.09 0.14 0.31 0.13
N1 0.26 0.15 0.24 0.16 0.16 0.31 0.14 0.28 0.12 0.16 0.09 0.27 0.25 0.16 0.31 0.49 0.26 0.18 0.16 0.17
N3 0.25 0.16 0.17 0.19 0.13 0.18 0.13 0.19 0.10 0.15 0.08 0.25 0.25 0.24 0.25 0.37 0.11 0.16 0.41 0.14
N6 0.25 0.19 0.16 0.15 0.14 0.38 0.12 0.40 0.13 0.18 0.11 0.22 0.28 0.11 0.38 0.52 0.41 0.38 0.19 0.38
N7 0.25 0.24 0.11 0.15 0.14 0.21 0.15 0.20 0.17 0.22 0.20 0.17 0.29 0.38 0.34 0.31 0.15 0.11 0.18 0.10
N9 0.24 0.20 0.06 0.17 0.11 0.14 0.12 0.22 0.12 0.17 0.14 0.19 0.27 0.41 0.27 0.26 0.09 0.20 0.42 0.19
O2' 0.20 0.17 0.10 0.27 0.12 0.15 0.13 0.30 0.13 0.15 0.14 0.15 0.23 0.34 0.19 0.24 0.15 0.34 0.56 0.30
O3' 0.36 0.29 0.22 0.09 0.27 0.22 0.31 0.17 0.33 0.33 0.27 0.24 0.29 0.63 0.37 0.35 0.19 0.09 0.16 0.10
O4' 0.31 0.23 0.19 0.10 0.09 0.11 0.10 0.26 0.14 0.22 0.16 0.18 0.31 0.69 0.35 0.21 0.20 0.36 0.60 0.37
O5' 0.48 0.36 0.52 0.28 0.29 0.28 0.38 0.13 0.44 0.43 0.29 0.20 0.35 1.01 0.62 0.34 0.27 0.18 0.11 0.18
OP1 0.59 0.39 0.78 0.52 0.40 0.41 0.59 0.32 0.64 0.54 0.31 0.30 0.32 1.28 0.84 0.41 0.41 0.38 0.41 0.37
OP2 0.66 0.47 0.83 0.59 0.53 0.51 0.73 0.42 0.74 0.63 0.40 0.44 0.38 1.27 0.90 0.49 0.57 0.55 0.57 0.54
P 0.61 0.42 0.76 0.50 0.39 0.41 0.56 0.29 0.61 0.55 0.33 0.26 0.37 1.27 0.84 0.42 0.37 0.31 0.29 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.00 0.19 0.17 0.19 0.19
C2 0.01 0.00 0.22 0.18 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.15 0.23 0.28 0.25 0.19 0.28
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.04 0.01 0.14 0.16 0.20 0.02 0.17 0.04 0.39 0.00 0.02 0.02 0.47 0.42 0.53 0.49
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.22 0.00 0.20 0.02 0.16 0.13 0.22 0.24 0.16 0.01 0.00 0.01 0.22 0.23 0.18 0.21
C4 0.01 0.00 0.04 0.22 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.07 0.02 0.16 0.12 0.11 0.13
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.11 0.00 0.23 0.00 0.25 0.06 0.05 0.12 0.26 0.19 0.02 0.00 0.01 0.07 0.09 0.01
C5 0.01 0.00 0.14 0.20 0.00 0.23 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.48 0.04 0.20 0.20 0.19 0.16 0.17
C5' 0.05 0.17 0.16 0.02 0.13 0.00 0.29 0.00 0.28 0.05 0.12 0.16 0.36 0.03 0.15 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01
C6 0.01 0.00 0.20 0.16 0.01 0.25 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.49 0.08 0.25 0.17 0.16 0.11 0.14
N1 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.14 0.01 0.16 0.15 0.14 0.16
N3 0.01 0.00 0.17 0.22 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.15 0.23 0.20 0.14 0.23
N4 0.01 0.01 0.04 0.24 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.07 0.02 0.16 0.13 0.15 0.13
O2 0.02 0.00 0.39 0.16 0.00 0.26 0.00 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.43 0.20 0.42 0.40 0.39 0.28 0.41
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.26 0.19 0.48 0.03 0.49 0.15 0.04 0.28 0.43 0.00 0.05 0.13 0.33 0.28 0.57 0.39
O3' 0.26 0.15 0.02 0.00 0.07 0.02 0.04 0.15 0.08 0.14 0.12 0.07 0.20 0.05 0.00 0.17 0.12 0.26 0.26 0.19
O4' 0.00 0.23 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.01 0.25 0.01 0.15 0.02 0.42 0.13 0.17 0.00 0.05 0.05 0.12 0.06
O5' 0.19 0.28 0.47 0.22 0.16 0.01 0.20 0.01 0.17 0.16 0.23 0.16 0.40 0.33 0.12 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.25 0.42 0.23 0.12 0.07 0.19 0.07 0.16 0.15 0.20 0.13 0.39 0.28 0.26 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.19 0.53 0.18 0.11 0.09 0.16 0.17 0.11 0.14 0.14 0.15 0.28 0.57 0.26 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.28 0.49 0.21 0.13 0.01 0.17 0.01 0.14 0.16 0.23 0.13 0.41 0.39 0.19 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00