Doublet Group distance statistics: 49824

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1'	A	0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N9	A	0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N6	A	0, 0.010, 0.031, 0.053, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N7	A	0, 0.008, 0.032, 0.055, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.032 std_dev=0.024
C8	A	0, 0.008, 0.041, 0.074, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.041 std_dev=0.033
O4'	A	0, -0.041, 0.133, 0.306, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.133 std_dev=0.173
C2'	A	0, -0.030, 0.171, 0.371, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.171 std_dev=0.200
C4	B	0, 0.260, 0.498, 0.736, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.498 std_dev=0.238
C4'	A	0, -0.001, 0.243, 0.486, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.243 std_dev=0.243
N4	B	0, 0.247, 0.500, 0.753, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.500 std_dev=0.253
C6	B	0, 0.346, 0.628, 0.909, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.628 std_dev=0.281
C5	B	0, 0.296, 0.581, 0.866, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.581 std_dev=0.285
N1	B	0, 0.341, 0.632, 0.923, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.632 std_dev=0.291
O2'	A	0, -0.048, 0.254, 0.556, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.254 std_dev=0.302
C3'	A	0, -0.027, 0.286, 0.600, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.286 std_dev=0.313
N3	B	0, 0.155, 0.487, 0.819, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.487 std_dev=0.332
C1'	B	0, 0.404, 0.741, 1.079, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.741 std_dev=0.337
C2	B	0, 0.192, 0.574, 0.956, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.574 std_dev=0.382
O4'	B	0, 0.377, 0.810, 1.242, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.810 std_dev=0.433
O3'	A	0, -0.025, 0.430, 0.884, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.430 std_dev=0.455
C5'	A	0, -0.059, 0.406, 0.871, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.406 std_dev=0.465
O2	B	0, 0.144, 0.673, 1.201, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.673 std_dev=0.528
C3'	B	0, 0.367, 0.935, 1.503, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.935 std_dev=0.568
O3'	B	0, 0.362, 0.933, 1.504, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.933 std_dev=0.571
O5'	A	0, -0.131, 0.467, 1.066, 2.100 max_d=2.100 avg_d=0.467 std_dev=0.598
C4'	B	0, 0.201, 0.828, 1.455, 2.191 max_d=2.191 avg_d=0.828 std_dev=0.627
C2'	B	0, 0.367, 1.022, 1.676, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.022 std_dev=0.654
O5'	B	0, 0.542, 1.317, 2.092, 2.595 max_d=2.595 avg_d=1.317 std_dev=0.775
OP1	B	0, 0.397, 1.293, 2.189, 3.213 max_d=3.213 avg_d=1.293 std_dev=0.896
P	B	0, 0.310, 1.236, 2.161, 3.303 max_d=3.303 avg_d=1.236 std_dev=0.925
C5'	B	0, 0.240, 1.173, 2.106, 3.478 max_d=3.478 avg_d=1.173 std_dev=0.933
O2'	B	0, 0.268, 1.221, 2.175, 3.625 max_d=3.625 avg_d=1.221 std_dev=0.953
OP1	A	0, -0.220, 0.785, 1.790, 3.494 max_d=3.494 avg_d=0.785 std_dev=1.005
OP2	B	0, 0.239, 1.328, 2.417, 4.047 max_d=4.047 avg_d=1.328 std_dev=1.089
P	A	0, -0.433, 0.835, 2.103, 4.332 max_d=4.332 avg_d=0.835 std_dev=1.268
OP2	A	0, -0.876, 1.160, 3.197, 6.823 max_d=6.823 avg_d=1.160 std_dev=2.037

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.16	0.12	0.22	0.11
C2	0.01	0.00	0.11	0.12	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.20	0.14	0.03	0.35	0.24	0.27	0.37
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.06	0.02	0.03	0.02	0.05	0.06	0.09	0.12	0.04	0.04	0.02	0.00	0.01	0.01	0.19	0.09	0.38	0.04
C3'	0.02	0.12	0.00	0.00	0.09	0.00	0.12	0.02	0.11	0.18	0.11	0.11	0.13	0.17	0.10	0.01	0.01	0.01	0.24	0.24	0.38	0.10
C4	0.01	0.00	0.06	0.09	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.09	0.02	0.38	0.27	0.35	0.41
C4'	0.01	0.04	0.02	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.06	0.10	0.04	0.04	0.08	0.10	0.05	0.08	0.01	0.00	0.01	0.07	0.56	0.17
C5	0.01	0.00	0.03	0.12	0.00	0.07	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.08	0.14	0.01	0.49	0.42	0.72	0.62
C5'	0.02	0.07	0.02	0.02	0.08	0.00	0.11	0.00	0.11	0.14	0.09	0.06	0.13	0.15	0.08	0.07	0.02	0.01	0.01	0.28	0.28	0.01
C6	0.01	0.00	0.05	0.11	0.01	0.06	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.12	0.13	0.01	0.49	0.44	0.78	0.65
C8	0.01	0.01	0.06	0.18	0.00	0.10	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.20	0.04	0.51	0.43	0.73	0.63
N1	0.01	0.00	0.09	0.11	0.00	0.04	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.17	0.12	0.02	0.43	0.35	0.55	0.52
N3	0.01	0.00	0.12	0.11	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.19	0.14	0.03	0.30	0.18	0.13	0.28
N6	0.01	0.00	0.04	0.13	0.01	0.08	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.16	0.01	0.55	0.55	1.02	0.78
N7	0.01	0.00	0.04	0.17	0.00	0.10	0.00	0.15	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.21	0.03	0.55	0.52	0.97	0.76
N9	0.00	0.01	0.02	0.10	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.03	0.09	0.01	0.36	0.25	0.28	0.38
O2'	0.01	0.20	0.00	0.01	0.11	0.08	0.08	0.07	0.12	0.03	0.17	0.19	0.10	0.03	0.03	0.00	0.03	0.08	0.09	0.11	0.70	0.20
O3'	0.01	0.14	0.01	0.01	0.09	0.01	0.14	0.02	0.13	0.20	0.12	0.14	0.16	0.21	0.09	0.03	0.00	0.01	0.19	0.23	0.69	0.24
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.02	0.03	0.01	0.03	0.01	0.08	0.01	0.00	0.11	0.17	0.30	0.13
O5'	0.16	0.35	0.19	0.24	0.38	0.01	0.49	0.01	0.49	0.51	0.43	0.30	0.55	0.55	0.36	0.09	0.19	0.11	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.12	0.24	0.09	0.24	0.27	0.07	0.42	0.28	0.44	0.43	0.35	0.18	0.55	0.52	0.25	0.11	0.23	0.17	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.22	0.27	0.38	0.38	0.35	0.56	0.72	0.28	0.78	0.73	0.55	0.13	1.02	0.97	0.28	0.70	0.69	0.30	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.11	0.37	0.04	0.10	0.41	0.17	0.62	0.01	0.65	0.63	0.52	0.28	0.78	0.76	0.38	0.20	0.24	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.11	0.12	0.26	0.25	0.16	0.14	0.16	0.27	0.14	0.12	0.14	0.19	0.10	0.21	0.12	0.21	0.28	0.25	0.27	0.24
C2	0.14	0.19	0.43	0.29	0.22	0.16	0.20	0.19	0.18	0.17	0.22	0.24	0.18	0.44	0.15	0.22	0.28	0.28	0.25	0.25
C2'	0.13	0.13	0.26	0.22	0.13	0.18	0.13	0.30	0.13	0.13	0.13	0.14	0.13	0.23	0.15	0.25	0.28	0.26	0.30	0.26
C3'	0.12	0.11	0.28	0.25	0.13	0.12	0.13	0.25	0.12	0.11	0.11	0.15	0.11	0.25	0.11	0.18	0.25	0.22	0.25	0.21
C4	0.10	0.11	0.31	0.25	0.17	0.13	0.15	0.23	0.13	0.11	0.14	0.20	0.10	0.26	0.12	0.21	0.27	0.25	0.25	0.23
C4'	0.11	0.10	0.23	0.26	0.11	0.13	0.11	0.29	0.11	0.10	0.10	0.12	0.10	0.20	0.12	0.19	0.27	0.23	0.27	0.23
C5	0.10	0.11	0.27	0.23	0.16	0.14	0.15	0.24	0.13	0.11	0.13	0.21	0.11	0.23	0.14	0.21	0.27	0.25	0.26	0.23
C5'	0.09	0.09	0.20	0.26	0.10	0.13	0.11	0.31	0.10	0.09	0.09	0.11	0.09	0.18	0.12	0.19	0.28	0.25	0.29	0.25
C6	0.09	0.12	0.33	0.22	0.21	0.13	0.19	0.21	0.15	0.12	0.18	0.25	0.09	0.30	0.13	0.21	0.27	0.26	0.25	0.23
C8	0.16	0.15	0.22	0.25	0.17	0.18	0.17	0.32	0.16	0.15	0.16	0.18	0.16	0.21	0.18	0.23	0.28	0.25	0.29	0.24
N1	0.14	0.19	0.42	0.26	0.24	0.16	0.22	0.19	0.19	0.17	0.23	0.26	0.17	0.43	0.14	0.22	0.28	0.28	0.25	0.25
N3	0.12	0.15	0.38	0.28	0.19	0.14	0.17	0.21	0.15	0.14	0.18	0.22	0.14	0.36	0.13	0.21	0.28	0.27	0.24	0.24
N6	0.08	0.11	0.29	0.19	0.23	0.14	0.21	0.21	0.16	0.12	0.19	0.28	0.10	0.28	0.18	0.22	0.27	0.26	0.26	0.24
N7	0.15	0.16	0.22	0.24	0.16	0.18	0.16	0.31	0.15	0.15	0.15	0.18	0.17	0.21	0.20	0.23	0.27	0.25	0.29	0.24
N9	0.11	0.12	0.25	0.25	0.16	0.14	0.16	0.27	0.14	0.12	0.13	0.19	0.11	0.21	0.13	0.21	0.27	0.25	0.26	0.23
O2'	0.16	0.16	0.25	0.21	0.16	0.21	0.16	0.32	0.15	0.16	0.16	0.16	0.17	0.23	0.19	0.28	0.30	0.28	0.31	0.28
O3'	0.14	0.13	0.31	0.26	0.16	0.11	0.18	0.23	0.16	0.14	0.14	0.19	0.12	0.29	0.10	0.16	0.23	0.20	0.23	0.19
O4'	0.13	0.13	0.22	0.26	0.17	0.15	0.18	0.31	0.16	0.14	0.14	0.20	0.11	0.19	0.14	0.22	0.28	0.25	0.28	0.24
O5'	0.54	0.54	0.67	0.76	0.52	0.51	0.50	0.52	0.51	0.53	0.54	0.52	0.54	0.50	0.58	0.42	0.40	0.36	0.31	0.35
OP1	0.68	0.65	0.75	0.92	0.67	0.73	0.69	0.78	0.69	0.67	0.65	0.67	0.63	0.49	0.73	0.64	0.65	0.64	0.65	0.66
OP2	1.51	1.42	1.62	1.77	1.57	1.56	1.66	1.61	1.63	1.52	1.43	1.59	1.31	1.35	1.53	1.47	1.56	1.59	1.62	1.61
P	0.99	0.96	1.11	1.25	1.01	1.02	1.04	1.04	1.03	0.99	0.96	1.02	0.90	0.88	1.06	0.92	0.93	0.93	0.93	0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.19	0.00	0.13	0.18	0.18	0.11
C2	0.02	0.00	0.19	0.15	0.00	0.04	0.00	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.13	0.14	0.10	0.16	0.17	0.20	0.12
C2'	0.00	0.19	0.00	0.00	0.04	0.02	0.11	0.10	0.16	0.02	0.15	0.05	0.32	0.00	0.02	0.02	0.33	0.42	0.36	0.35
C3'	0.02	0.15	0.00	0.00	0.21	0.01	0.21	0.05	0.18	0.12	0.19	0.23	0.15	0.01	0.02	0.03	0.23	0.32	0.07	0.19
C4	0.01	0.00	0.04	0.21	0.00	0.11	0.00	0.27	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.22	0.09	0.03	0.14	0.11	0.19	0.07
C4'	0.03	0.04	0.02	0.01	0.11	0.00	0.17	0.01	0.17	0.06	0.04	0.12	0.12	0.19	0.04	0.00	0.03	0.11	0.23	0.03
C5	0.01	0.00	0.11	0.21	0.00	0.17	0.00	0.34	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.37	0.13	0.10	0.14	0.09	0.18	0.08
C5'	0.04	0.13	0.10	0.05	0.27	0.01	0.34	0.00	0.31	0.16	0.19	0.31	0.14	0.09	0.15	0.02	0.01	0.22	0.35	0.02
C6	0.01	0.00	0.16	0.18	0.00	0.17	0.00	0.31	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.37	0.12	0.14	0.13	0.10	0.18	0.07
N1	0.01	0.01	0.02	0.12	0.00	0.06	0.01	0.16	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.13	0.10	0.01	0.13	0.14	0.18	0.08
N3	0.01	0.00	0.15	0.19	0.00	0.04	0.00	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.11	0.10	0.07	0.16	0.15	0.20	0.10
N4	0.01	0.01	0.05	0.23	0.00	0.12	0.01	0.31	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.24	0.10	0.03	0.14	0.11	0.20	0.08
O2	0.03	0.00	0.32	0.15	0.01	0.12	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.34	0.24	0.18	0.19	0.20	0.21	0.16
O2'	0.03	0.13	0.00	0.01	0.22	0.19	0.37	0.09	0.37	0.13	0.11	0.24	0.34	0.00	0.02	0.11	0.16	0.26	0.34	0.22
O3'	0.19	0.14	0.02	0.02	0.09	0.04	0.13	0.15	0.12	0.10	0.10	0.10	0.24	0.02	0.00	0.08	0.17	0.18	0.23	0.14
O4'	0.00	0.10	0.02	0.03	0.03	0.00	0.10	0.02	0.14	0.01	0.07	0.03	0.18	0.11	0.08	0.00	0.08	0.12	0.17	0.07
O5'	0.13	0.16	0.33	0.23	0.14	0.03	0.14	0.01	0.13	0.13	0.16	0.14	0.19	0.16	0.17	0.08	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.18	0.17	0.42	0.32	0.11	0.11	0.09	0.22	0.10	0.14	0.15	0.11	0.20	0.26	0.18	0.12	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.18	0.20	0.36	0.07	0.19	0.23	0.18	0.35	0.18	0.18	0.20	0.20	0.21	0.34	0.23	0.17	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.11	0.12	0.35	0.19	0.07	0.03	0.08	0.02	0.07	0.08	0.10	0.08	0.16	0.22	0.14	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00