ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49825

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N6 A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C4' A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
N7 A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C8 A 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C3' A 0, 0.000, 0.160, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.160 std_dev=0.160
O3' A 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
O2' A 0, 0.000, 0.207, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C5' A 0, 0.000, 0.225, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.225 std_dev=0.225
N4 B 0, 0.000, 0.461, 0.921, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.461 std_dev=0.461
N3 B 0, 0.000, 0.466, 0.932, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.466 std_dev=0.466
C4 B 0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.500 std_dev=0.500
O5' A 0, 0.000, 0.635, 1.270, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.635 std_dev=0.635
O2 B 0, 0.000, 0.646, 1.293, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.646 std_dev=0.646
C2 B 0, 0.000, 0.652, 1.304, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.652 std_dev=0.652
C5 B 0, 0.000, 0.695, 1.389, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.695 std_dev=0.695
N1 B 0, 0.000, 0.888, 1.777, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.888 std_dev=0.888
C6 B 0, 0.000, 0.902, 1.804, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.902 std_dev=0.902
P A 0, 0.000, 0.953, 1.906, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.953 std_dev=0.953
OP1 A 0, 0.000, 0.994, 1.988, 1.988 max_d=1.988 avg_d=0.994 std_dev=0.994
OP2 A 0, 0.000, 1.124, 2.248, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.124 std_dev=1.124
C1' B 0, 0.000, 1.147, 2.294, 2.294 max_d=2.294 avg_d=1.147 std_dev=1.147
OP1 B 0, 0.000, 1.188, 2.376, 2.376 max_d=2.376 avg_d=1.188 std_dev=1.188
O4' B 0, 0.000, 1.241, 2.483, 2.483 max_d=2.483 avg_d=1.241 std_dev=1.241
C2' B 0, 0.000, 1.335, 2.669, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.335 std_dev=1.335
OP2 B 0, 0.000, 1.342, 2.684, 2.684 max_d=2.684 avg_d=1.342 std_dev=1.342
P B 0, 0.000, 1.386, 2.773, 2.773 max_d=2.773 avg_d=1.386 std_dev=1.386
C5' B 0, 0.000, 1.427, 2.853, 2.853 max_d=2.853 avg_d=1.427 std_dev=1.427
O5' B 0, 0.000, 1.433, 2.867, 2.867 max_d=2.867 avg_d=1.433 std_dev=1.433
C4' B 0, 0.000, 1.456, 2.912, 2.912 max_d=2.912 avg_d=1.456 std_dev=1.456
C3' B 0, 0.000, 1.459, 2.918, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.459 std_dev=1.459
O2' B 0, 0.000, 1.515, 3.030, 3.030 max_d=3.030 avg_d=1.515 std_dev=1.515
O3' B 0, 0.000, 1.809, 3.618, 3.618 max_d=3.618 avg_d=1.809 std_dev=1.809

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.08 0.10
C4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.08 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04
C8 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.07 0.13 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03
N6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.03 0.04 0.08 0.04
N7 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.06 0.07 0.12 0.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.09 0.06
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01 0.06 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.04 0.05
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.22 0.19 0.21
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.10 0.12 0.11
O5' 0.05 0.01 0.04 0.10 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.05 0.19 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.00 0.06 0.10 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.07 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.08 0.22 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.03 0.03 0.08 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.13 0.04 0.03 0.08 0.12 0.09 0.04 0.19 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.03 0.05 0.10 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.03 0.03 0.04 0.07 0.06 0.05 0.21 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.04 0.05 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.08 0.01 0.07 0.41 0.15 0.15
C2 0.02 0.07 0.02 0.04 0.13 0.03 0.11 0.04 0.07 0.05 0.12 0.18 0.04 0.02 0.04 0.03 0.13 0.44 0.10 0.21
C2' 0.04 0.05 0.01 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.04 0.06 0.09 0.04 0.00 0.01 0.05 0.10 0.43 0.13 0.18
C3' 0.07 0.06 0.03 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.03 0.01 0.08 0.11 0.43 0.12 0.19
C4 0.01 0.04 0.03 0.02 0.08 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.07 0.11 0.02 0.05 0.04 0.02 0.10 0.43 0.12 0.18
C4' 0.04 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.04 0.02 0.06 0.05 0.09 0.43 0.14 0.16
C5 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.01 0.06 0.07 0.03 0.10 0.44 0.09 0.20
C5' 0.09 0.09 0.03 0.01 0.11 0.06 0.10 0.05 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.02 0.04 0.10 0.12 0.46 0.10 0.19
C6 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.09 0.02 0.04 0.03 0.04 0.13 0.46 0.05 0.23
C8 0.01 0.00 0.08 0.09 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.10 0.14 0.01 0.06 0.41 0.13 0.15
N1 0.03 0.06 0.02 0.03 0.12 0.03 0.10 0.04 0.07 0.05 0.11 0.16 0.04 0.01 0.03 0.04 0.14 0.46 0.06 0.24
N3 0.02 0.06 0.01 0.02 0.12 0.01 0.09 0.02 0.06 0.04 0.11 0.17 0.04 0.03 0.01 0.02 0.11 0.43 0.12 0.19
N6 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.07 0.16 0.48 0.01 0.27
N7 0.01 0.01 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.14 0.02 0.08 0.42 0.10 0.18
N9 0.00 0.02 0.05 0.05 0.06 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.09 0.02 0.08 0.42 0.14 0.16
O2' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.05 0.09 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.41 0.15 0.17
O3' 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.04 0.11 0.13 0.44 0.10 0.21
O4' 0.01 0.02 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.09 0.12 0.01 0.05 0.40 0.17 0.13
O5' 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.10 0.01 0.01 0.34 0.23 0.07
OP1 0.02 0.00 0.05 0.08 0.03 0.05 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.13 0.01 0.04 0.29 0.29 0.01
OP2 0.04 0.04 0.07 0.10 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.08 0.14 0.04 0.06 0.24 0.32 0.02
P 0.02 0.01 0.06 0.08 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.13 0.02 0.03 0.29 0.29 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.28 0.23 0.08
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.37 0.12 0.17
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.25 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.22 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.33 0.05 0.19
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.09 0.23 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.08 0.28 0.06 0.18
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.12 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.07 0.29 0.12 0.15
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.33 0.15 0.14
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.08 0.37 0.08 0.19
N4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.31 0.01 0.21
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.08 0.38 0.14 0.16
O2' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.18 0.30 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.09 0.05 0.27 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.22 0.22 0.06
O5' 0.05 0.08 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.02 0.09 0.06 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.28 0.37 0.21 0.13 0.33 0.09 0.28 0.04 0.29 0.33 0.37 0.31 0.38 0.18 0.05 0.22 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.12 0.25 0.22 0.05 0.23 0.06 0.12 0.12 0.15 0.08 0.01 0.14 0.30 0.27 0.22 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.17 0.03 0.02 0.19 0.01 0.18 0.00 0.15 0.14 0.19 0.21 0.16 0.01 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00