ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49826

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
P A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C3' A 0, 0.000, 0.081, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.081 std_dev=0.081
O2' A 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C5' A 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
OP1 A 0, 0.000, 0.161, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.161 std_dev=0.161
OP2 A 0, 0.000, 0.161, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.161 std_dev=0.161
O3' A 0, 0.000, 0.177, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.177 std_dev=0.177
O2 B 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
C2 B 0, 0.000, 0.227, 0.455, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.227 std_dev=0.227
O5' A 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
O4' B 0, 0.000, 0.307, 0.614, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.307 std_dev=0.307
OP2 B 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C3' B 0, 0.000, 0.333, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.333 std_dev=0.333
N3 B 0, 0.000, 0.338, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.338 std_dev=0.338
N1 B 0, 0.000, 0.350, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.350 std_dev=0.350
C4' B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C1' B 0, 0.000, 0.442, 0.884, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.442 std_dev=0.442
O3' B 0, 0.000, 0.444, 0.887, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.444 std_dev=0.444
C4 B 0, 0.000, 0.463, 0.925, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.463 std_dev=0.463
C6 B 0, 0.000, 0.517, 1.034, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.517 std_dev=0.517
P B 0, 0.000, 0.533, 1.065, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.533 std_dev=0.532
C5 B 0, 0.000, 0.558, 1.117, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.558 std_dev=0.558
C5' B 0, 0.000, 0.564, 1.128, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.564 std_dev=0.564
OP1 B 0, 0.000, 0.575, 1.150, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.575 std_dev=0.575
N4 B 0, 0.000, 0.577, 1.155, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.577 std_dev=0.577
O5' B 0, 0.000, 0.662, 1.324, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.662 std_dev=0.662
C2' B 0, 0.000, 0.713, 1.425, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.713 std_dev=0.713
O2' B 0, 0.000, 1.218, 2.436, 2.436 max_d=2.436 avg_d=1.218 std_dev=1.218

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00
C4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.03 0.00
C8 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00
N3 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02
N6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.05 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02
O2' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.00 0.01
O3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.07 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.03
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.00
O5' 0.00 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.06 0.08 0.04 0.13 0.09 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.05 0.01 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.00 0.00 0.14 0.15 0.07 0.22 0.10 0.16 0.06 0.03 0.22 0.10 0.29 0.08 0.09 0.05 0.08 0.10 0.11
C2 0.04 0.05 0.07 0.12 0.25 0.07 0.25 0.08 0.17 0.08 0.14 0.36 0.07 0.24 0.15 0.05 0.02 0.07 0.11 0.12
C2' 0.06 0.00 0.03 0.14 0.17 0.08 0.24 0.08 0.18 0.08 0.03 0.24 0.11 0.22 0.12 0.09 0.03 0.06 0.10 0.10
C3' 0.04 0.05 0.00 0.12 0.11 0.05 0.21 0.10 0.16 0.05 0.03 0.17 0.16 0.21 0.15 0.07 0.05 0.09 0.13 0.12
C4 0.04 0.01 0.02 0.14 0.20 0.07 0.24 0.09 0.16 0.07 0.07 0.30 0.09 0.28 0.10 0.07 0.04 0.07 0.11 0.12
C4' 0.03 0.06 0.04 0.12 0.07 0.04 0.17 0.12 0.13 0.03 0.05 0.11 0.15 0.27 0.11 0.07 0.08 0.10 0.13 0.13
C5 0.03 0.00 0.00 0.14 0.20 0.06 0.23 0.09 0.15 0.06 0.06 0.30 0.10 0.30 0.09 0.07 0.05 0.08 0.11 0.12
C5' 0.01 0.11 0.09 0.08 0.00 0.00 0.11 0.15 0.08 0.02 0.12 0.01 0.19 0.30 0.13 0.04 0.12 0.14 0.16 0.16
C6 0.03 0.03 0.03 0.13 0.24 0.06 0.23 0.08 0.15 0.07 0.12 0.34 0.08 0.28 0.11 0.06 0.04 0.08 0.11 0.13
C8 0.03 0.03 0.04 0.14 0.12 0.06 0.19 0.10 0.14 0.04 0.01 0.18 0.11 0.32 0.06 0.09 0.07 0.08 0.10 0.12
N1 0.03 0.05 0.07 0.12 0.25 0.06 0.24 0.08 0.16 0.08 0.15 0.36 0.06 0.24 0.14 0.05 0.03 0.07 0.12 0.12
N3 0.04 0.03 0.04 0.13 0.23 0.07 0.25 0.09 0.17 0.07 0.10 0.33 0.08 0.26 0.13 0.06 0.03 0.07 0.11 0.12
N6 0.01 0.02 0.02 0.13 0.22 0.06 0.20 0.09 0.13 0.05 0.12 0.31 0.09 0.30 0.10 0.04 0.05 0.09 0.13 0.14
N7 0.02 0.03 0.04 0.14 0.13 0.06 0.19 0.10 0.14 0.04 0.01 0.21 0.11 0.32 0.06 0.08 0.07 0.09 0.11 0.12
N9 0.04 0.01 0.01 0.14 0.16 0.07 0.22 0.10 0.16 0.06 0.03 0.24 0.10 0.30 0.08 0.08 0.05 0.08 0.10 0.11
O2' 0.06 0.01 0.04 0.15 0.18 0.08 0.25 0.07 0.19 0.08 0.05 0.25 0.10 0.22 0.12 0.09 0.03 0.06 0.10 0.10
O3' 0.03 0.08 0.00 0.09 0.09 0.02 0.19 0.12 0.14 0.02 0.06 0.14 0.19 0.20 0.20 0.04 0.07 0.11 0.16 0.14
O4' 0.04 0.02 0.03 0.15 0.11 0.06 0.19 0.10 0.15 0.05 0.00 0.15 0.10 0.30 0.05 0.09 0.07 0.08 0.10 0.11
O5' 0.07 0.19 0.15 0.01 0.08 0.07 0.04 0.21 0.02 0.09 0.20 0.08 0.28 0.33 0.22 0.04 0.18 0.20 0.24 0.23
OP1 0.12 0.02 0.00 0.22 0.04 0.14 0.19 0.00 0.19 0.09 0.06 0.01 0.09 0.19 0.03 0.19 0.02 0.02 0.02 0.01
OP2 0.04 0.11 0.04 0.11 0.02 0.03 0.13 0.09 0.12 0.01 0.14 0.03 0.20 0.18 0.13 0.07 0.07 0.09 0.12 0.10
P 0.06 0.07 0.03 0.14 0.00 0.06 0.14 0.08 0.14 0.04 0.10 0.02 0.15 0.19 0.08 0.11 0.05 0.06 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.00 0.00 0.10 0.11 0.13
C2 0.01 0.00 0.09 0.14 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.12 0.00 0.08 0.12 0.20 0.19
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.13 0.20 0.14 0.03 0.04 0.06 0.23 0.00 0.06 0.01 0.11 0.14 0.17 0.18
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.13 0.08 0.20 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.08 0.15
C4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.11 0.00 0.23 0.24 0.31 0.29
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.10 0.15 0.05 0.00 0.01 0.13 0.11 0.16
C5 0.00 0.00 0.13 0.02 0.00 0.09 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.15 0.00 0.27 0.28 0.32 0.31
C5' 0.08 0.11 0.20 0.02 0.24 0.00 0.29 0.00 0.26 0.15 0.16 0.26 0.02 0.03 0.14 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.18 0.00 0.21 0.24 0.26 0.27
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.18 0.01 0.09 0.15 0.19 0.20
N3 0.01 0.00 0.04 0.13 0.00 0.01 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.10 0.01 0.15 0.17 0.26 0.24
N4 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.10 0.01 0.26 0.26 0.35 0.32
O2 0.01 0.00 0.23 0.20 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.15 0.14
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.18 0.15 0.19 0.03 0.16 0.11 0.14 0.19 0.01 0.00 0.12 0.09 0.10 0.13 0.06 0.07
O3' 0.29 0.12 0.06 0.02 0.11 0.05 0.15 0.14 0.18 0.18 0.10 0.10 0.08 0.12 0.00 0.24 0.06 0.01 0.05 0.11
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.24 0.00 0.06 0.10 0.10 0.13
O5' 0.00 0.08 0.11 0.00 0.23 0.01 0.27 0.00 0.21 0.09 0.15 0.26 0.01 0.10 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.10 0.12 0.14 0.15 0.24 0.13 0.28 0.03 0.24 0.15 0.17 0.26 0.05 0.13 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.20 0.17 0.08 0.31 0.11 0.32 0.04 0.26 0.19 0.26 0.35 0.15 0.06 0.05 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.19 0.18 0.15 0.29 0.16 0.31 0.01 0.27 0.20 0.24 0.32 0.14 0.07 0.11 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00