ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49831

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 8, 5, 4, 3, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.003, 0.020, 0.036, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.025 std_dev=0.020
O2' A 0, -0.009, 0.123, 0.255, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.123 std_dev=0.132
O4' A 0, -0.042, 0.101, 0.245, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.101 std_dev=0.144
C2' A 0, -0.055, 0.093, 0.241, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.093 std_dev=0.148
C2 B 0, 0.069, 0.268, 0.467, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.268 std_dev=0.199
N3 B 0, 0.083, 0.289, 0.494, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.289 std_dev=0.205
O5' A 0, 0.024, 0.238, 0.453, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.238 std_dev=0.215
N1 B 0, 0.066, 0.297, 0.529, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.297 std_dev=0.231
C4 B 0, 0.099, 0.332, 0.564, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.332 std_dev=0.233
C4' A 0, -0.066, 0.169, 0.405, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.169 std_dev=0.235
P A 0, 0.080, 0.319, 0.558, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.319 std_dev=0.239
C3' A 0, -0.074, 0.171, 0.417, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.171 std_dev=0.246
N2 B 0, 0.001, 0.255, 0.509, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.255 std_dev=0.254
C6 B 0, 0.094, 0.358, 0.622, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.358 std_dev=0.264
C2' B 0, 0.044, 0.313, 0.582, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.313 std_dev=0.269
C5 B 0, 0.099, 0.372, 0.645, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.372 std_dev=0.273
N9 B 0, 0.075, 0.365, 0.655, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.365 std_dev=0.290
O3' B 0, 0.036, 0.361, 0.686, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.361 std_dev=0.325
O6 B 0, 0.080, 0.408, 0.737, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.408 std_dev=0.328
C1' B 0, 0.020, 0.355, 0.689, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.355 std_dev=0.334
C3' B 0, 0.027, 0.364, 0.701, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.364 std_dev=0.337
OP2 A 0, 0.073, 0.418, 0.764, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.418 std_dev=0.346
O3' A 0, -0.105, 0.257, 0.619, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.257 std_dev=0.362
N7 B 0, 0.082, 0.445, 0.808, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.445 std_dev=0.363
O2' B 0, -0.044, 0.324, 0.692, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.324 std_dev=0.368
C8 B 0, 0.067, 0.437, 0.806, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.437 std_dev=0.370
C5' A 0, -0.107, 0.271, 0.650, 2.093 max_d=2.093 avg_d=0.271 std_dev=0.379
OP1 A 0, 0.011, 0.400, 0.790, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.400 std_dev=0.389
O4' B 0, -0.048, 0.418, 0.884, 2.621 max_d=2.621 avg_d=0.418 std_dev=0.466
O5' B 0, 0.024, 0.513, 1.003, 2.631 max_d=2.631 avg_d=0.513 std_dev=0.490
C4' B 0, -0.073, 0.436, 0.945, 2.894 max_d=2.894 avg_d=0.436 std_dev=0.509
P B 0, -0.019, 0.538, 1.094, 3.039 max_d=3.039 avg_d=0.538 std_dev=0.557
OP2 B 0, 0.007, 0.566, 1.126, 3.034 max_d=3.034 avg_d=0.566 std_dev=0.559
C5' B 0, -0.159, 0.515, 1.190, 3.906 max_d=3.906 avg_d=0.515 std_dev=0.675
OP1 B 0, -0.205, 0.558, 1.320, 4.397 max_d=4.397 avg_d=0.558 std_dev=0.762

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.29 0.09
C2 0.03 0.00 0.11 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.08 0.14 0.11 0.31 0.10
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.09 0.11 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.09 0.21 0.06
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.10 0.05 0.11 0.10 0.10 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.14 0.14 0.14 0.09
C4 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.05 0.13 0.12 0.32 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.18 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.15 0.17 0.31 0.13
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.11 0.08 0.06 0.10 0.11 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.08 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.05 0.15 0.18 0.30 0.13
C8 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.03 0.13 0.18 0.34 0.15
N1 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.07 0.15 0.15 0.30 0.11
N3 0.03 0.01 0.11 0.10 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.12 0.07 0.12 0.10 0.31 0.10
N6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.13 0.05 0.16 0.21 0.28 0.14
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.15 0.21 0.32 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.11 0.11 0.32 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.07 0.09 0.03 0.05 0.02 0.00 0.06 0.02 0.05 0.09 0.22 0.06
O3' 0.02 0.14 0.03 0.01 0.09 0.03 0.10 0.05 0.13 0.06 0.14 0.12 0.13 0.08 0.05 0.06 0.00 0.02 0.16 0.20 0.12 0.13
O4' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.07 0.28 0.11
O5' 0.06 0.14 0.11 0.14 0.13 0.02 0.15 0.01 0.15 0.13 0.15 0.12 0.16 0.15 0.11 0.05 0.16 0.06 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.05 0.11 0.09 0.14 0.12 0.07 0.17 0.08 0.18 0.18 0.15 0.10 0.21 0.21 0.11 0.09 0.20 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.31 0.21 0.14 0.32 0.18 0.31 0.12 0.30 0.34 0.30 0.31 0.28 0.32 0.32 0.22 0.12 0.28 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.06 0.09 0.11 0.03 0.13 0.02 0.13 0.15 0.11 0.10 0.14 0.15 0.12 0.06 0.13 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.08 0.16 0.12 0.09 0.19 0.11 0.14 0.18 0.09 0.16 0.10 0.12 0.11 0.12 0.29 0.13 0.21 0.25 0.27 0.19 0.13 0.10
C2 0.29 0.12 0.23 0.20 0.12 0.33 0.10 0.31 0.15 0.16 0.18 0.16 0.12 0.11 0.19 0.35 0.20 0.34 0.36 0.20 0.38 0.14 0.24
C2' 0.23 0.11 0.18 0.13 0.12 0.22 0.08 0.17 0.11 0.10 0.10 0.14 0.16 0.08 0.15 0.29 0.14 0.24 0.29 0.18 0.21 0.10 0.12
C3' 0.20 0.13 0.16 0.12 0.12 0.19 0.07 0.14 0.09 0.09 0.07 0.18 0.16 0.07 0.13 0.26 0.13 0.21 0.28 0.15 0.16 0.10 0.09
C4 0.24 0.10 0.19 0.15 0.10 0.26 0.09 0.22 0.16 0.11 0.17 0.12 0.11 0.08 0.15 0.31 0.16 0.27 0.30 0.22 0.27 0.10 0.16
C4' 0.16 0.09 0.15 0.10 0.08 0.14 0.10 0.09 0.16 0.07 0.11 0.15 0.12 0.12 0.09 0.26 0.13 0.15 0.23 0.25 0.12 0.15 0.07
C5 0.25 0.11 0.19 0.16 0.11 0.28 0.10 0.24 0.15 0.13 0.17 0.15 0.12 0.10 0.16 0.30 0.16 0.29 0.32 0.20 0.28 0.11 0.17
C5' 0.10 0.08 0.12 0.07 0.06 0.08 0.12 0.06 0.18 0.10 0.11 0.15 0.09 0.15 0.07 0.22 0.12 0.09 0.18 0.27 0.07 0.19 0.09
C6 0.29 0.14 0.21 0.20 0.14 0.33 0.12 0.32 0.15 0.18 0.18 0.19 0.13 0.13 0.20 0.32 0.19 0.34 0.36 0.18 0.36 0.15 0.23
C8 0.20 0.09 0.15 0.12 0.09 0.20 0.10 0.15 0.17 0.09 0.17 0.09 0.12 0.10 0.12 0.26 0.14 0.22 0.26 0.24 0.18 0.13 0.10
N1 0.31 0.14 0.23 0.22 0.14 0.36 0.12 0.35 0.15 0.19 0.18 0.19 0.13 0.14 0.21 0.35 0.22 0.36 0.38 0.19 0.40 0.17 0.26
N3 0.26 0.11 0.21 0.17 0.11 0.29 0.09 0.25 0.16 0.13 0.18 0.13 0.11 0.09 0.16 0.34 0.18 0.30 0.32 0.22 0.32 0.11 0.19
N6 0.31 0.15 0.22 0.22 0.16 0.37 0.14 0.36 0.15 0.22 0.18 0.22 0.14 0.17 0.23 0.31 0.21 0.37 0.38 0.17 0.38 0.18 0.26
N7 0.22 0.10 0.16 0.14 0.10 0.23 0.09 0.20 0.15 0.11 0.17 0.12 0.12 0.09 0.14 0.27 0.15 0.25 0.29 0.20 0.22 0.11 0.13
N9 0.21 0.09 0.17 0.12 0.09 0.21 0.10 0.16 0.17 0.09 0.17 0.09 0.11 0.09 0.13 0.29 0.14 0.23 0.27 0.25 0.21 0.11 0.11
O2' 0.22 0.09 0.17 0.12 0.10 0.21 0.08 0.16 0.13 0.09 0.11 0.12 0.14 0.08 0.13 0.30 0.13 0.23 0.27 0.22 0.20 0.12 0.11
O3' 0.18 0.14 0.15 0.11 0.12 0.18 0.07 0.13 0.07 0.08 0.07 0.19 0.16 0.06 0.13 0.23 0.12 0.20 0.27 0.12 0.14 0.11 0.08
O4' 0.18 0.10 0.17 0.12 0.10 0.17 0.14 0.12 0.21 0.11 0.17 0.13 0.13 0.15 0.11 0.30 0.14 0.18 0.24 0.31 0.16 0.16 0.10
O5' 0.23 0.20 0.24 0.17 0.14 0.19 0.09 0.11 0.12 0.09 0.10 0.31 0.23 0.10 0.15 0.35 0.21 0.20 0.29 0.22 0.17 0.12 0.11
OP1 0.21 0.13 0.15 0.20 0.24 0.22 0.32 0.31 0.34 0.33 0.22 0.06 0.15 0.37 0.26 0.10 0.15 0.24 0.12 0.42 0.27 0.41 0.32
OP2 0.12 0.10 0.09 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.13 0.08 0.12 0.25 0.11 0.15 0.11 0.11
P 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.15 0.12 0.19 0.13 0.13 0.14 0.09 0.17 0.09 0.16 0.08 0.09 0.17 0.28 0.10 0.21 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02 0.04 0.20 0.11
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.14 0.02 0.06 0.15 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.10 0.08 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.05 0.14 0.08 0.02
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.08 0.12 0.10 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.15 0.05 0.24 0.04 0.09
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.16 0.01 0.06 0.16 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.16 0.07
C5 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.20 0.01 0.08 0.14 0.08
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.17 0.16 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.20 0.01 0.09 0.14 0.09
C8 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03 0.21 0.01 0.07 0.16 0.08
N1 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.02 0.18 0.01 0.07 0.14 0.08
N2 0.03 0.00 0.10 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.04 0.12 0.03 0.06 0.15 0.08
N3 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.12 0.01 0.05 0.16 0.08
N7 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.09 0.03 0.23 0.01 0.09 0.14 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.15 0.01 0.05 0.17 0.08
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.06 0.09 0.12 0.09 0.06 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.09 0.10 0.12 0.08
O3' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.09 0.09 0.16 0.11 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.12 0.06 0.31 0.10 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.26 0.16
O5' 0.08 0.14 0.11 0.15 0.16 0.01 0.20 0.01 0.20 0.21 0.18 0.12 0.12 0.23 0.15 0.05 0.12 0.04 0.00 0.22 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.03 0.22 0.00 0.10 0.14 0.11
OP1 0.04 0.06 0.14 0.24 0.06 0.09 0.08 0.17 0.09 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.10 0.31 0.06 0.02 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.15 0.08 0.04 0.16 0.16 0.14 0.16 0.14 0.16 0.14 0.15 0.16 0.14 0.17 0.12 0.10 0.26 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.07 0.02 0.09 0.07 0.07 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.14 0.16 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00