ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49834

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 1, 2, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N2 B 0, 0.261, 0.551, 0.840, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.551 std_dev=0.289
C2 B 0, 0.239, 0.546, 0.852, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.546 std_dev=0.306
O2' A 0, 0.400, 0.739, 1.078, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.739 std_dev=0.339
N3 B 0, 0.213, 0.554, 0.895, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.554 std_dev=0.341
O4' A 0, 0.432, 0.779, 1.126, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.779 std_dev=0.347
C2' A 0, 0.437, 0.790, 1.144, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.790 std_dev=0.353
C4 B 0, 0.335, 0.692, 1.049, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.692 std_dev=0.357
N1 B 0, 0.332, 0.695, 1.059, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.695 std_dev=0.363
N9 B 0, 0.392, 0.804, 1.215, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.804 std_dev=0.411
C5 B 0, 0.407, 0.828, 1.250, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.828 std_dev=0.421
C8 B 0, 0.509, 0.966, 1.423, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.966 std_dev=0.457
C6 B 0, 0.386, 0.844, 1.302, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.844 std_dev=0.458
N7 B 0, 0.495, 0.995, 1.495, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.995 std_dev=0.500
C1' B 0, 0.321, 0.837, 1.353, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.837 std_dev=0.516
C4' A 0, 0.687, 1.234, 1.780, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.234 std_dev=0.547
C3' A 0, 0.727, 1.307, 1.888, 2.172 max_d=2.172 avg_d=1.307 std_dev=0.581
O6 B 0, 0.450, 1.034, 1.618, 2.123 max_d=2.123 avg_d=1.034 std_dev=0.584
C2' B 0, 1.155, 1.963, 2.772, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.963 std_dev=0.809
O4' B 0, 0.943, 1.761, 2.578, 2.629 max_d=2.629 avg_d=1.761 std_dev=0.817
O3' A 0, 0.997, 1.814, 2.632, 3.046 max_d=3.046 avg_d=1.814 std_dev=0.817
O5' A 0, 1.236, 2.116, 2.997, 3.263 max_d=3.263 avg_d=2.116 std_dev=0.880
C5' A 0, 1.146, 2.042, 2.938, 3.366 max_d=3.366 avg_d=2.042 std_dev=0.896
OP2 A 0, 1.205, 2.148, 3.090, 3.480 max_d=3.480 avg_d=2.148 std_dev=0.943
O2' B 0, 1.461, 2.450, 3.440, 3.523 max_d=3.523 avg_d=2.450 std_dev=0.989
C3' B 0, 1.179, 2.222, 3.266, 3.397 max_d=3.397 avg_d=2.222 std_dev=1.044
P A 0, 1.419, 2.507, 3.596, 4.049 max_d=4.049 avg_d=2.507 std_dev=1.088
C4' B 0, 1.290, 2.392, 3.494, 3.598 max_d=3.598 avg_d=2.392 std_dev=1.102
O3' B 0, 1.328, 2.548, 3.767, 3.967 max_d=3.967 avg_d=2.548 std_dev=1.220
O5' B 0, 1.778, 3.066, 4.355, 4.275 max_d=4.275 avg_d=3.066 std_dev=1.289
C5' B 0, 1.886, 3.291, 4.696, 4.619 max_d=4.619 avg_d=3.291 std_dev=1.405
OP1 A 0, 1.823, 3.283, 4.743, 5.415 max_d=5.415 avg_d=3.283 std_dev=1.460
OP2 B 0, 2.312, 3.874, 5.436, 5.121 max_d=5.121 avg_d=3.874 std_dev=1.562
P B 0, 2.371, 3.961, 5.551, 5.318 max_d=5.318 avg_d=3.961 std_dev=1.590
OP1 B 0, 2.830, 4.721, 6.612, 6.316 max_d=6.316 avg_d=4.721 std_dev=1.891

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.12 0.08
C2 0.03 0.00 0.17 0.18 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.23 0.12 0.11 0.15 0.21 0.15
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.10 0.13 0.17 0.05 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.07 0.04
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.11 0.08 0.16 0.17 0.10 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.11 0.07 0.07
C4 0.01 0.01 0.09 0.11 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.06 0.10 0.12 0.20 0.13
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.08 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.11 0.15 0.23 0.15
C5' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.10 0.07 0.12 0.11 0.09 0.07 0.06 0.08 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.05 0.11 0.16 0.23 0.15
C8 0.01 0.01 0.10 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.10 0.08 0.11 0.14 0.20 0.15
N1 0.03 0.00 0.13 0.16 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.09 0.12 0.16 0.23 0.16
N3 0.03 0.01 0.17 0.17 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.21 0.12 0.10 0.13 0.19 0.14
N6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.14 0.03 0.10 0.17 0.23 0.15
N7 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.08 0.05 0.11 0.17 0.24 0.17
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.10 0.17 0.12
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.06 0.08 0.03 0.08 0.05 0.07 0.10 0.13 0.04 0.06 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.10 0.06 0.05
O3' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.13 0.01 0.10 0.02 0.15 0.10 0.21 0.21 0.14 0.08 0.04 0.03 0.00 0.02 0.11 0.20 0.14 0.15
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.09 0.12 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.09 0.10 0.14 0.11
O5' 0.06 0.11 0.04 0.07 0.10 0.01 0.11 0.01 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10 0.11 0.09 0.04 0.11 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.07 0.15 0.08 0.11 0.12 0.06 0.15 0.06 0.16 0.14 0.16 0.13 0.17 0.17 0.10 0.10 0.20 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.21 0.07 0.07 0.20 0.04 0.23 0.02 0.23 0.20 0.23 0.19 0.23 0.24 0.17 0.06 0.14 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.04 0.07 0.13 0.02 0.15 0.02 0.15 0.15 0.16 0.14 0.15 0.17 0.12 0.05 0.15 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.12 0.37 0.15 0.11 0.17 0.13 0.22 0.15 0.11 0.16 0.12 0.10 0.12 0.10 0.44 0.19 0.23 0.18 0.18 0.21 0.34 0.26
C2 0.13 0.17 0.44 0.21 0.15 0.21 0.15 0.25 0.16 0.14 0.18 0.19 0.16 0.14 0.15 0.62 0.37 0.22 0.21 0.17 0.27 0.29 0.27
C2' 0.13 0.13 0.39 0.16 0.13 0.22 0.12 0.27 0.12 0.13 0.13 0.14 0.14 0.12 0.13 0.46 0.23 0.25 0.21 0.13 0.26 0.35 0.29
C3' 0.13 0.14 0.39 0.16 0.13 0.22 0.13 0.29 0.14 0.13 0.14 0.15 0.14 0.13 0.13 0.45 0.17 0.27 0.22 0.15 0.28 0.38 0.32
C4 0.10 0.15 0.39 0.17 0.13 0.20 0.13 0.24 0.15 0.12 0.17 0.17 0.13 0.12 0.12 0.51 0.29 0.23 0.20 0.17 0.24 0.32 0.27
C4' 0.10 0.09 0.40 0.20 0.09 0.16 0.11 0.21 0.13 0.10 0.12 0.08 0.08 0.11 0.09 0.45 0.10 0.24 0.17 0.17 0.23 0.37 0.28
C5 0.11 0.17 0.39 0.20 0.14 0.23 0.15 0.26 0.17 0.13 0.18 0.20 0.15 0.13 0.13 0.50 0.34 0.24 0.22 0.18 0.26 0.33 0.28
C5' 0.12 0.08 0.42 0.26 0.10 0.15 0.12 0.20 0.14 0.12 0.12 0.08 0.09 0.13 0.10 0.45 0.15 0.24 0.18 0.18 0.25 0.38 0.29
C6 0.14 0.19 0.43 0.26 0.17 0.25 0.17 0.28 0.18 0.15 0.19 0.21 0.18 0.15 0.16 0.59 0.44 0.23 0.25 0.18 0.29 0.33 0.30
C8 0.10 0.14 0.34 0.15 0.12 0.20 0.13 0.24 0.16 0.11 0.17 0.15 0.12 0.12 0.11 0.39 0.23 0.25 0.20 0.18 0.24 0.36 0.28
N1 0.15 0.19 0.45 0.26 0.17 0.24 0.17 0.27 0.18 0.16 0.19 0.21 0.18 0.16 0.17 0.64 0.44 0.22 0.24 0.18 0.30 0.31 0.29
N3 0.11 0.15 0.42 0.18 0.13 0.19 0.13 0.24 0.15 0.13 0.17 0.18 0.14 0.12 0.13 0.56 0.30 0.22 0.19 0.16 0.24 0.30 0.26
N6 0.17 0.20 0.44 0.32 0.19 0.30 0.19 0.32 0.20 0.17 0.21 0.22 0.20 0.17 0.18 0.63 0.53 0.25 0.29 0.20 0.32 0.35 0.32
N7 0.11 0.16 0.35 0.18 0.13 0.23 0.14 0.26 0.17 0.12 0.18 0.19 0.14 0.13 0.12 0.41 0.30 0.26 0.22 0.18 0.25 0.36 0.29
N9 0.09 0.13 0.37 0.15 0.11 0.19 0.13 0.23 0.15 0.11 0.16 0.14 0.11 0.12 0.10 0.45 0.23 0.23 0.19 0.17 0.22 0.34 0.27
O2' 0.12 0.12 0.38 0.15 0.12 0.21 0.11 0.26 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.45 0.22 0.24 0.20 0.14 0.25 0.34 0.28
O3' 0.15 0.18 0.39 0.17 0.16 0.24 0.18 0.32 0.20 0.16 0.20 0.19 0.16 0.18 0.16 0.46 0.18 0.28 0.23 0.23 0.31 0.39 0.34
O4' 0.10 0.15 0.40 0.20 0.13 0.14 0.16 0.18 0.21 0.13 0.21 0.16 0.12 0.16 0.11 0.46 0.11 0.23 0.17 0.25 0.18 0.35 0.26
O5' 0.09 0.08 0.41 0.24 0.09 0.13 0.10 0.20 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.43 0.11 0.23 0.17 0.14 0.25 0.37 0.29
OP1 0.11 0.08 0.29 0.22 0.12 0.20 0.15 0.29 0.16 0.16 0.12 0.08 0.08 0.17 0.13 0.28 0.14 0.34 0.26 0.21 0.38 0.50 0.42
OP2 0.10 0.08 0.28 0.19 0.09 0.20 0.10 0.27 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.25 0.11 0.31 0.23 0.12 0.32 0.43 0.35
P 0.08 0.08 0.35 0.26 0.09 0.14 0.12 0.21 0.15 0.12 0.13 0.09 0.07 0.14 0.09 0.34 0.14 0.27 0.20 0.19 0.29 0.42 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.14 0.01 0.10 0.02 0.10 0.24 0.13
C2 0.05 0.00 0.24 0.14 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.10 0.18 0.12 0.01 0.15 0.28 0.19
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.12 0.03 0.08 0.10 0.13 0.12 0.20 0.28 0.22 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.26 0.11 0.24 0.41 0.29
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.16 0.01 0.21 0.01 0.22 0.21 0.19 0.13 0.12 0.24 0.14 0.02 0.01 0.02 0.13 0.25 0.15 0.16 0.13
C4 0.02 0.01 0.12 0.16 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.04 0.09 0.11 0.01 0.12 0.25 0.15
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04 0.16 0.05 0.16 0.10 0.14 0.06 0.19 0.02 0.00 0.01 0.07 0.12 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.21 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.11 0.04 0.16 0.01 0.16 0.26 0.16
C5' 0.04 0.13 0.10 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.08 0.16 0.08 0.18 0.13 0.16 0.06 0.10 0.12 0.02 0.01 0.11 0.11 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.22 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.10 0.08 0.16 0.00 0.17 0.28 0.17
C8 0.01 0.02 0.12 0.21 0.01 0.16 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.28 0.16 0.11 0.19 0.03 0.15 0.22 0.14
N1 0.04 0.00 0.20 0.19 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.06 0.14 0.12 0.01 0.16 0.28 0.18
N2 0.06 0.00 0.28 0.13 0.01 0.16 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.17 0.23 0.14 0.01 0.17 0.30 0.22
N3 0.05 0.01 0.22 0.12 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.12 0.18 0.12 0.01 0.13 0.28 0.18
N7 0.01 0.01 0.06 0.24 0.01 0.14 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.18 0.06 0.22 0.03 0.19 0.26 0.18
N9 0.00 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.06 0.01 0.10 0.02 0.10 0.23 0.12
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.12 0.19 0.18 0.10 0.17 0.28 0.18 0.29 0.20 0.27 0.14 0.00 0.05 0.12 0.17 0.20 0.20 0.38 0.20
O3' 0.14 0.10 0.02 0.01 0.04 0.02 0.11 0.12 0.10 0.16 0.06 0.17 0.12 0.18 0.06 0.05 0.00 0.08 0.19 0.15 0.35 0.24 0.23
O4' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.09 0.00 0.04 0.02 0.08 0.11 0.14 0.23 0.18 0.06 0.01 0.12 0.08 0.00 0.08 0.05 0.12 0.13 0.09
O5' 0.10 0.12 0.26 0.13 0.11 0.01 0.16 0.01 0.16 0.19 0.12 0.14 0.12 0.22 0.10 0.17 0.19 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.11 0.25 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.20 0.15 0.05 0.20 0.00 0.21 0.29 0.20
OP1 0.10 0.15 0.24 0.15 0.12 0.12 0.16 0.11 0.17 0.15 0.16 0.17 0.13 0.19 0.10 0.20 0.35 0.12 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00
OP2 0.24 0.28 0.41 0.16 0.25 0.05 0.26 0.04 0.28 0.22 0.28 0.30 0.28 0.26 0.23 0.38 0.24 0.13 0.01 0.29 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.19 0.29 0.13 0.15 0.02 0.16 0.02 0.17 0.14 0.18 0.22 0.18 0.18 0.12 0.20 0.23 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00