ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49836

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.035 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.014, 0.035, 0.055, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.035 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.011, 0.035, 0.059, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.035 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.006, 0.032, 0.058, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.032 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.008, 0.035, 0.063, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.035 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.018, 0.057, 0.096, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.057 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.065, 0.165, 0.265, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.165 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.075, 0.203, 0.330, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.203 std_dev=0.127
O4' A 0, 0.094, 0.239, 0.384, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.239 std_dev=0.145
C3' A 0, 0.117, 0.280, 0.444, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.280 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.117, 0.290, 0.462, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.290 std_dev=0.173
O3' A 0, 0.140, 0.351, 0.563, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.351 std_dev=0.211
P A 0, 0.179, 0.407, 0.635, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.407 std_dev=0.228
O5' A 0, 0.115, 0.353, 0.592, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.353 std_dev=0.239
O6 B 0, 0.192, 0.460, 0.727, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.460 std_dev=0.268
N7 B 0, 0.202, 0.484, 0.766, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.484 std_dev=0.282
C5' A 0, 0.182, 0.465, 0.749, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.465 std_dev=0.283
OP2 A 0, 0.185, 0.475, 0.765, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.475 std_dev=0.290
C6 B 0, 0.192, 0.482, 0.773, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.482 std_dev=0.291
C5 B 0, 0.199, 0.494, 0.789, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.494 std_dev=0.295
OP1 A 0, 0.256, 0.567, 0.877, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.567 std_dev=0.310
C8 B 0, 0.199, 0.524, 0.850, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.524 std_dev=0.326
N1 B 0, 0.193, 0.520, 0.846, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.520 std_dev=0.326
C4 B 0, 0.208, 0.543, 0.878, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.543 std_dev=0.335
C2 B 0, 0.199, 0.563, 0.926, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.563 std_dev=0.364
N9 B 0, 0.217, 0.583, 0.948, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.583 std_dev=0.366
N3 B 0, 0.210, 0.580, 0.950, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.580 std_dev=0.370
N2 B 0, 0.206, 0.601, 0.996, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.601 std_dev=0.395
O2' B 0, 0.261, 0.690, 1.120, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.690 std_dev=0.429
C1' B 0, 0.250, 0.681, 1.112, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.681 std_dev=0.431
C2' B 0, 0.257, 0.708, 1.158, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.708 std_dev=0.450
O4' B 0, 0.296, 0.757, 1.217, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.757 std_dev=0.460
O5' B 0, 0.338, 0.829, 1.321, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.829 std_dev=0.491
C5' B 0, 0.296, 0.789, 1.282, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.789 std_dev=0.493
C4' B 0, 0.316, 0.810, 1.305, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.810 std_dev=0.495
C3' B 0, 0.305, 0.815, 1.324, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.815 std_dev=0.509
O3' B 0, 0.345, 0.924, 1.502, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.924 std_dev=0.579
P B 0, 0.256, 0.896, 1.536, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.896 std_dev=0.640
OP2 B 0, 0.342, 1.221, 2.099, 2.447 max_d=2.447 avg_d=1.221 std_dev=0.879
OP1 B 0, 0.307, 1.382, 2.456, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.382 std_dev=1.075

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.18 0.14 0.05
C2 0.05 0.00 0.07 0.08 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.10 0.04 0.11 0.17 0.08 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.19 0.14 0.06
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.15 0.08
C4 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.15 0.10 0.05
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.03
C5 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.08 0.13 0.08 0.05
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.14 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.07 0.03 0.09 0.13 0.09 0.07
C8 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.14 0.10 0.04
N1 0.04 0.00 0.06 0.08 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.09 0.03 0.10 0.16 0.08 0.08
N3 0.05 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.08 0.04 0.11 0.17 0.10 0.06
N6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.08 0.13 0.13 0.09
N7 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.05 0.12 0.08 0.04
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.15 0.12 0.04
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.08 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.20 0.13 0.05
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.05 0.09 0.08 0.06 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.17 0.22 0.17 0.11
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.19 0.16 0.09
O5' 0.05 0.11 0.12 0.16 0.09 0.01 0.08 0.02 0.09 0.05 0.10 0.11 0.08 0.05 0.07 0.06 0.17 0.09 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.18 0.17 0.19 0.21 0.15 0.18 0.13 0.14 0.13 0.14 0.16 0.17 0.13 0.12 0.15 0.20 0.22 0.19 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.08 0.14 0.15 0.10 0.16 0.08 0.18 0.09 0.10 0.08 0.10 0.13 0.08 0.12 0.13 0.17 0.16 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.06 0.08 0.05 0.03 0.05 0.02 0.07 0.04 0.08 0.06 0.09 0.04 0.04 0.05 0.11 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.09 0.11 0.14 0.11 0.16 0.12 0.24 0.11 0.16 0.09 0.11 0.09 0.16 0.13 0.11 0.12 0.15 0.44 0.13 0.53 0.20 0.09
C2 0.10 0.15 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.18 0.12 0.11 0.15 0.17 0.13 0.11 0.10 0.14 0.12 0.11 0.48 0.13 0.60 0.32 0.20
C2' 0.09 0.07 0.08 0.10 0.08 0.13 0.09 0.22 0.08 0.12 0.07 0.09 0.06 0.13 0.09 0.10 0.09 0.11 0.45 0.10 0.61 0.25 0.13
C3' 0.12 0.09 0.09 0.12 0.11 0.15 0.13 0.23 0.12 0.15 0.10 0.10 0.09 0.16 0.12 0.10 0.10 0.15 0.43 0.15 0.61 0.30 0.11
C4 0.10 0.10 0.10 0.11 0.08 0.12 0.08 0.20 0.07 0.12 0.09 0.13 0.08 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.46 0.07 0.54 0.20 0.12
C4' 0.15 0.13 0.12 0.15 0.14 0.19 0.16 0.25 0.15 0.17 0.14 0.15 0.14 0.18 0.15 0.12 0.14 0.19 0.39 0.17 0.56 0.28 0.09
C5 0.11 0.10 0.11 0.12 0.09 0.14 0.10 0.20 0.07 0.14 0.09 0.13 0.09 0.14 0.11 0.11 0.10 0.13 0.46 0.07 0.47 0.23 0.11
C5' 0.13 0.12 0.10 0.13 0.12 0.18 0.13 0.25 0.13 0.14 0.12 0.14 0.12 0.15 0.13 0.11 0.12 0.18 0.35 0.15 0.53 0.32 0.09
C6 0.11 0.12 0.12 0.12 0.09 0.13 0.09 0.19 0.09 0.13 0.12 0.15 0.11 0.12 0.11 0.14 0.11 0.12 0.48 0.09 0.47 0.32 0.14
C8 0.15 0.08 0.12 0.15 0.13 0.18 0.15 0.25 0.14 0.18 0.09 0.09 0.10 0.19 0.15 0.10 0.12 0.18 0.45 0.17 0.43 0.19 0.10
N1 0.11 0.15 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.18 0.13 0.12 0.15 0.17 0.13 0.11 0.11 0.15 0.13 0.11 0.48 0.13 0.54 0.37 0.19
N3 0.10 0.13 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.19 0.10 0.11 0.13 0.15 0.11 0.11 0.09 0.13 0.11 0.11 0.47 0.09 0.60 0.24 0.17
N6 0.13 0.12 0.13 0.13 0.10 0.14 0.10 0.19 0.09 0.15 0.12 0.15 0.11 0.14 0.13 0.15 0.12 0.14 0.49 0.09 0.40 0.36 0.14
N7 0.15 0.08 0.13 0.15 0.13 0.17 0.15 0.24 0.13 0.19 0.08 0.10 0.10 0.20 0.16 0.11 0.12 0.18 0.46 0.16 0.40 0.19 0.10
N9 0.12 0.08 0.10 0.12 0.10 0.15 0.11 0.22 0.09 0.15 0.07 0.11 0.08 0.16 0.12 0.10 0.11 0.14 0.45 0.11 0.50 0.17 0.09
O2' 0.09 0.07 0.08 0.10 0.08 0.14 0.09 0.23 0.08 0.12 0.07 0.10 0.07 0.13 0.09 0.10 0.09 0.11 0.45 0.10 0.62 0.27 0.13
O3' 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.13 0.11 0.22 0.10 0.13 0.07 0.08 0.07 0.15 0.10 0.11 0.09 0.12 0.43 0.13 0.65 0.36 0.13
O4' 0.18 0.16 0.16 0.20 0.18 0.22 0.19 0.28 0.18 0.20 0.16 0.18 0.17 0.21 0.19 0.14 0.18 0.22 0.41 0.19 0.50 0.23 0.11
O5' 0.06 0.09 0.05 0.08 0.06 0.12 0.07 0.20 0.07 0.07 0.07 0.13 0.08 0.08 0.06 0.11 0.07 0.12 0.28 0.09 0.59 0.28 0.14
OP1 0.04 0.08 0.08 0.07 0.05 0.10 0.12 0.19 0.15 0.10 0.09 0.18 0.07 0.15 0.06 0.15 0.07 0.09 0.29 0.22 0.55 0.26 0.12
OP2 0.29 0.28 0.30 0.34 0.27 0.38 0.24 0.44 0.22 0.26 0.24 0.32 0.29 0.24 0.27 0.29 0.33 0.34 0.55 0.19 0.18 0.51 0.30
P 0.10 0.08 0.09 0.12 0.10 0.17 0.12 0.25 0.13 0.12 0.10 0.10 0.09 0.14 0.11 0.13 0.11 0.15 0.36 0.15 0.43 0.37 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.22 0.04 0.13 0.70 0.16
C2 0.05 0.00 0.08 0.10 0.02 0.14 0.02 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.09 0.11 0.36 0.01 0.34 0.16 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.06 0.03 0.08 0.09 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.18 0.54 0.11
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.10 0.11 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.08 0.31 0.52 0.08
C4 0.02 0.02 0.05 0.06 0.00 0.08 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.06 0.40 0.02 0.27 0.45 0.11
C4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.10 0.04 0.14 0.16 0.13 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.10 0.22 0.60 0.14
C5 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07 0.05 0.47 0.02 0.34 0.43 0.12
C5' 0.05 0.25 0.08 0.02 0.17 0.01 0.17 0.00 0.21 0.11 0.24 0.27 0.22 0.14 0.10 0.07 0.04 0.01 0.02 0.21 0.18 0.31 0.02
C6 0.04 0.01 0.06 0.07 0.02 0.10 0.01 0.21 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.10 0.07 0.07 0.48 0.01 0.40 0.28 0.10
C8 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.11 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04 0.43 0.04 0.25 0.66 0.17
N1 0.05 0.01 0.08 0.10 0.03 0.14 0.02 0.24 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.13 0.09 0.10 0.43 0.01 0.39 0.17 0.07
N2 0.05 0.01 0.09 0.11 0.02 0.16 0.02 0.27 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.16 0.10 0.13 0.30 0.02 0.35 0.19 0.11
N3 0.04 0.01 0.08 0.09 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.13 0.08 0.10 0.32 0.02 0.27 0.30 0.07
N7 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.04 0.49 0.04 0.32 0.55 0.15
N9 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.10 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.02 0.36 0.03 0.22 0.63 0.16
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.09 0.03 0.07 0.07 0.10 0.04 0.13 0.16 0.13 0.04 0.03 0.00 0.05 0.03 0.06 0.10 0.20 0.55 0.10
O3' 0.07 0.09 0.01 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.07 0.06 0.05 0.00 0.06 0.15 0.08 0.38 0.65 0.15
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.10 0.13 0.10 0.04 0.02 0.03 0.06 0.00 0.24 0.07 0.13 0.77 0.20
O5' 0.22 0.36 0.08 0.09 0.40 0.04 0.47 0.02 0.48 0.43 0.43 0.30 0.32 0.49 0.36 0.06 0.15 0.24 0.00 0.50 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.01 0.07 0.08 0.02 0.10 0.02 0.21 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.10 0.08 0.07 0.50 0.00 0.44 0.26 0.10
OP1 0.13 0.34 0.18 0.31 0.27 0.22 0.34 0.18 0.40 0.25 0.39 0.35 0.27 0.32 0.22 0.20 0.38 0.13 0.02 0.44 0.00 0.01 0.01
OP2 0.70 0.16 0.54 0.52 0.45 0.60 0.43 0.31 0.28 0.66 0.17 0.19 0.30 0.55 0.63 0.55 0.65 0.77 0.02 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.07 0.11 0.08 0.11 0.14 0.12 0.02 0.10 0.17 0.07 0.11 0.07 0.15 0.16 0.10 0.15 0.20 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00