ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49837

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.014, 0.032, 0.049, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.011, 0.030, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.016, 0.042, 0.068, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.042 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.026, 0.055, 0.083, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.055 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.021, 0.053, 0.084, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.053 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.055, 0.118, 0.182, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.118 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.118, 0.288, 0.458, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.288 std_dev=0.170
C4' A 0, 0.051, 0.250, 0.448, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.250 std_dev=0.199
C3' A 0, 0.101, 0.304, 0.508, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.304 std_dev=0.203
O2' B 0, 0.421, 0.680, 0.938, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.680 std_dev=0.258
C2' B 0, 0.471, 0.745, 1.020, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.745 std_dev=0.275
O3' A 0, 0.149, 0.441, 0.733, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.441 std_dev=0.292
C5' A 0, 0.088, 0.399, 0.710, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.399 std_dev=0.311
N7 B 0, 0.371, 0.708, 1.044, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.708 std_dev=0.337
C3' B 0, 0.571, 0.914, 1.257, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.914 std_dev=0.343
C8 B 0, 0.397, 0.745, 1.093, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.745 std_dev=0.348
O3' B 0, 0.603, 0.952, 1.300, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.952 std_dev=0.349
C5 B 0, 0.394, 0.744, 1.093, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.744 std_dev=0.349
O6 B 0, 0.317, 0.669, 1.020, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.669 std_dev=0.351
O5' A 0, 0.277, 0.631, 0.984, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.631 std_dev=0.353
C6 B 0, 0.374, 0.728, 1.082, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.728 std_dev=0.354
N9 B 0, 0.440, 0.799, 1.158, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.799 std_dev=0.359
C1' B 0, 0.465, 0.829, 1.192, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.829 std_dev=0.363
C4 B 0, 0.450, 0.815, 1.180, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.815 std_dev=0.365
N1 B 0, 0.433, 0.812, 1.192, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.812 std_dev=0.380
OP2 B 0, 0.703, 1.085, 1.467, 1.410 max_d=1.410 avg_d=1.085 std_dev=0.382
OP2 A 0, 0.304, 0.691, 1.078, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.691 std_dev=0.387
N3 B 0, 0.507, 0.897, 1.286, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.897 std_dev=0.390
C2 B 0, 0.506, 0.899, 1.293, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.899 std_dev=0.394
C4' B 0, 0.608, 1.023, 1.437, 1.564 max_d=1.564 avg_d=1.023 std_dev=0.415
N2 B 0, 0.586, 1.012, 1.437, 1.502 max_d=1.502 avg_d=1.012 std_dev=0.426
P B 0, 0.749, 1.188, 1.627, 1.676 max_d=1.676 avg_d=1.188 std_dev=0.439
O4' B 0, 0.535, 1.000, 1.466, 1.731 max_d=1.731 avg_d=1.000 std_dev=0.466
O5' B 0, 0.722, 1.233, 1.745, 1.973 max_d=1.973 avg_d=1.233 std_dev=0.512
OP1 B 0, 0.827, 1.346, 1.866, 1.998 max_d=1.998 avg_d=1.346 std_dev=0.519
C5' B 0, 0.712, 1.264, 1.815, 2.067 max_d=2.067 avg_d=1.264 std_dev=0.551
P A 0, 0.198, 0.816, 1.433, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.816 std_dev=0.617
OP1 A 0, 0.271, 1.075, 1.880, 2.085 max_d=2.085 avg_d=1.075 std_dev=0.804

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.17 0.12 0.19
C2 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.01 0.26 0.32 0.41 0.43
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.12 0.10
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.14 0.12 0.12 0.07 0.16 0.14 0.08 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.10 0.04
C4 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.26 0.34 0.36 0.42
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.11 0.06 0.02 0.11 0.12 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.14 0.02 0.34 0.46 0.48 0.54
C5' 0.03 0.11 0.02 0.01 0.13 0.00 0.20 0.00 0.20 0.21 0.16 0.08 0.24 0.24 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.35 0.47 0.54 0.57
C8 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.03 0.32 0.46 0.35 0.50
N1 0.01 0.00 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.32 0.41 0.50 0.52
N3 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.22 0.27 0.34 0.36
N6 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.18 0.02 0.39 0.54 0.60 0.64
N7 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.03 0.37 0.54 0.50 0.60
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.22 0.32 0.27 0.36
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.09 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04 0.09 0.06
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.15 0.13 0.13 0.07 0.18 0.16 0.08 0.04 0.00 0.01 0.05 0.27 0.11 0.10
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.21 0.06 0.13
O5' 0.09 0.26 0.07 0.05 0.26 0.01 0.34 0.01 0.35 0.32 0.32 0.22 0.39 0.37 0.22 0.05 0.05 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.32 0.03 0.10 0.34 0.06 0.46 0.09 0.47 0.46 0.41 0.27 0.54 0.54 0.32 0.04 0.27 0.21 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.41 0.12 0.10 0.36 0.03 0.48 0.02 0.54 0.35 0.50 0.34 0.60 0.50 0.27 0.09 0.11 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.43 0.10 0.04 0.42 0.03 0.54 0.01 0.57 0.50 0.52 0.36 0.64 0.60 0.36 0.06 0.10 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.46 0.38 0.38 0.38 0.40 0.44 0.33 0.50 0.27 0.39 0.29 0.42 0.44 0.33 0.43 0.31 0.32 0.50 0.44 0.21 0.48 0.35 0.42
C2 0.39 0.13 0.28 0.26 0.24 0.35 0.16 0.37 0.07 0.28 0.05 0.10 0.24 0.19 0.32 0.26 0.19 0.44 0.33 0.05 0.44 0.30 0.34
C2' 0.41 0.34 0.31 0.33 0.36 0.40 0.29 0.47 0.23 0.35 0.25 0.36 0.39 0.30 0.39 0.24 0.26 0.47 0.41 0.18 0.45 0.32 0.38
C3' 0.29 0.25 0.19 0.23 0.26 0.29 0.21 0.37 0.16 0.24 0.18 0.28 0.29 0.20 0.27 0.12 0.16 0.34 0.32 0.12 0.34 0.23 0.28
C4 0.44 0.25 0.35 0.34 0.33 0.41 0.24 0.44 0.14 0.34 0.14 0.24 0.35 0.26 0.39 0.31 0.27 0.48 0.39 0.09 0.47 0.33 0.38
C4' 0.30 0.29 0.23 0.26 0.27 0.30 0.22 0.38 0.18 0.25 0.21 0.33 0.31 0.21 0.28 0.15 0.21 0.34 0.33 0.14 0.34 0.23 0.28
C5 0.44 0.17 0.35 0.33 0.29 0.40 0.19 0.42 0.08 0.31 0.06 0.14 0.31 0.22 0.37 0.32 0.28 0.47 0.37 0.06 0.46 0.32 0.37
C5' 0.15 0.17 0.10 0.14 0.14 0.17 0.10 0.26 0.08 0.12 0.11 0.22 0.18 0.09 0.15 0.07 0.10 0.19 0.22 0.08 0.22 0.15 0.18
C6 0.39 0.06 0.30 0.27 0.21 0.35 0.12 0.36 0.04 0.26 0.06 0.05 0.20 0.16 0.30 0.29 0.22 0.42 0.32 0.09 0.44 0.30 0.34
C8 0.49 0.37 0.42 0.42 0.41 0.47 0.32 0.51 0.22 0.40 0.23 0.41 0.46 0.32 0.45 0.36 0.37 0.51 0.45 0.14 0.49 0.36 0.43
N1 0.37 0.06 0.27 0.24 0.19 0.33 0.12 0.34 0.04 0.24 0.06 0.05 0.18 0.16 0.28 0.26 0.17 0.41 0.30 0.08 0.43 0.30 0.33
N3 0.42 0.21 0.32 0.30 0.30 0.38 0.22 0.41 0.13 0.32 0.12 0.20 0.32 0.24 0.36 0.28 0.23 0.47 0.37 0.09 0.45 0.32 0.37
N6 0.35 0.08 0.28 0.25 0.14 0.32 0.08 0.32 0.10 0.22 0.15 0.17 0.11 0.12 0.25 0.30 0.20 0.39 0.28 0.15 0.43 0.30 0.32
N7 0.47 0.25 0.40 0.39 0.35 0.45 0.24 0.47 0.12 0.35 0.10 0.23 0.39 0.26 0.41 0.36 0.34 0.49 0.41 0.06 0.48 0.34 0.40
N9 0.47 0.35 0.39 0.39 0.39 0.45 0.31 0.49 0.22 0.38 0.23 0.37 0.43 0.31 0.43 0.33 0.33 0.50 0.43 0.16 0.48 0.35 0.41
O2' 0.41 0.33 0.32 0.34 0.35 0.40 0.28 0.47 0.22 0.34 0.24 0.36 0.38 0.28 0.38 0.26 0.27 0.46 0.41 0.16 0.45 0.31 0.37
O3' 0.22 0.18 0.13 0.17 0.19 0.23 0.14 0.32 0.10 0.17 0.12 0.21 0.22 0.14 0.20 0.10 0.11 0.28 0.28 0.08 0.29 0.19 0.23
O4' 0.45 0.42 0.38 0.40 0.42 0.44 0.36 0.50 0.31 0.40 0.34 0.46 0.46 0.35 0.43 0.31 0.35 0.48 0.45 0.25 0.47 0.35 0.42
O5' 0.11 0.12 0.06 0.08 0.11 0.13 0.09 0.23 0.08 0.10 0.09 0.15 0.13 0.09 0.11 0.12 0.05 0.16 0.20 0.10 0.20 0.14 0.16
OP1 0.12 0.12 0.20 0.14 0.13 0.08 0.17 0.12 0.22 0.15 0.18 0.12 0.11 0.18 0.12 0.26 0.18 0.08 0.14 0.29 0.16 0.25 0.15
OP2 0.20 0.23 0.25 0.16 0.16 0.14 0.10 0.12 0.08 0.09 0.17 0.29 0.22 0.06 0.15 0.37 0.19 0.14 0.15 0.09 0.14 0.13 0.12
P 0.17 0.17 0.24 0.17 0.14 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.16 0.19 0.16 0.11 0.14 0.33 0.21 0.11 0.15 0.14 0.16 0.18 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.11 0.11 0.06
C2 0.03 0.00 0.10 0.05 0.00 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.09 0.03 0.10 0.01 0.14 0.15 0.11
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.12 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.21 0.14 0.12
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.06 0.14 0.02 0.08 0.06 0.13 0.05 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.24 0.18 0.17
C4 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.02 0.10 0.01 0.14 0.14 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.11 0.04 0.04 0.03 0.11 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.15 0.06 0.06
C5 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.14 0.01 0.15 0.14 0.12
C5' 0.03 0.09 0.01 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.17 0.13 0.07 0.07 0.19 0.10 0.03 0.02 0.01 0.01 0.20 0.05 0.01 0.02
C6 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.16 0.00 0.16 0.15 0.14
C8 0.00 0.01 0.07 0.14 0.00 0.11 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.16 0.01 0.14 0.02 0.14 0.13 0.11
N1 0.03 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.03 0.03 0.13 0.01 0.15 0.15 0.12
N2 0.03 0.00 0.12 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.14 0.03 0.09 0.01 0.14 0.15 0.11
N3 0.03 0.00 0.10 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.09 0.02 0.09 0.00 0.13 0.14 0.10
N7 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.01 0.17 0.02 0.15 0.14 0.13
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.13 0.13 0.09
O2' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.09 0.03 0.05 0.03 0.08 0.05 0.14 0.22 0.17 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.07 0.26 0.15 0.14
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.02 0.06 0.16 0.03 0.14 0.09 0.16 0.05 0.02 0.00 0.01 0.13 0.10 0.38 0.31 0.28
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.03 0.07 0.14 0.10
O5' 0.05 0.10 0.04 0.07 0.10 0.01 0.14 0.01 0.16 0.14 0.13 0.09 0.09 0.17 0.08 0.05 0.13 0.09 0.00 0.19 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.10 0.03 0.19 0.00 0.17 0.16 0.16
OP1 0.11 0.14 0.21 0.24 0.14 0.15 0.15 0.05 0.16 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.13 0.26 0.38 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.15 0.14 0.18 0.14 0.06 0.14 0.01 0.15 0.13 0.15 0.15 0.14 0.14 0.13 0.15 0.31 0.14 0.02 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.11 0.12 0.17 0.10 0.06 0.12 0.02 0.14 0.11 0.12 0.11 0.10 0.13 0.09 0.14 0.28 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00