ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49839

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.014, 0.092, 0.170, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.092 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.050, 0.141, 0.232, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.141 std_dev=0.091
O4' A 0, 0.007, 0.099, 0.191, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.099 std_dev=0.092
C4' A 0, 0.003, 0.143, 0.282, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.143 std_dev=0.140
C3' A 0, -0.003, 0.142, 0.287, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.142 std_dev=0.145
N1 B 0, 0.056, 0.217, 0.378, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.217 std_dev=0.161
O6 B 0, 0.053, 0.237, 0.422, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.237 std_dev=0.184
C6 B 0, 0.050, 0.237, 0.425, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.237 std_dev=0.188
O3' A 0, 0.019, 0.210, 0.402, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.210 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.063, 0.262, 0.461, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.262 std_dev=0.199
N2 B 0, 0.079, 0.282, 0.484, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.282 std_dev=0.203
C5 B 0, 0.075, 0.306, 0.536, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.306 std_dev=0.231
C5' A 0, 0.013, 0.247, 0.481, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.247 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.082, 0.323, 0.565, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.323 std_dev=0.241
C4 B 0, 0.082, 0.335, 0.587, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.335 std_dev=0.252
O5' A 0, 0.033, 0.294, 0.556, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.294 std_dev=0.261
N7 B 0, 0.119, 0.382, 0.644, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.382 std_dev=0.263
N9 B 0, 0.114, 0.409, 0.705, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.409 std_dev=0.295
C8 B 0, 0.139, 0.435, 0.731, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.435 std_dev=0.296
OP2 A 0, 0.029, 0.345, 0.660, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.345 std_dev=0.316
P A 0, 0.017, 0.349, 0.681, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.349 std_dev=0.332
C1' B 0, 0.122, 0.455, 0.789, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.455 std_dev=0.334
C2' B 0, 0.164, 0.519, 0.874, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.519 std_dev=0.355
O2' B 0, 0.146, 0.503, 0.859, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.503 std_dev=0.356
O4' B 0, 0.141, 0.524, 0.907, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.524 std_dev=0.383
C3' B 0, 0.162, 0.561, 0.960, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.561 std_dev=0.399
C4' B 0, 0.131, 0.533, 0.935, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.533 std_dev=0.402
O3' B 0, 0.131, 0.553, 0.975, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.553 std_dev=0.422
OP1 A 0, -0.002, 0.438, 0.878, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.438 std_dev=0.440
O5' B 0, 0.074, 0.538, 1.001, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.538 std_dev=0.463
C5' B 0, 0.247, 0.721, 1.195, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.721 std_dev=0.474
P B 0, 0.180, 0.656, 1.133, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.656 std_dev=0.477
OP2 B 0, 0.306, 0.937, 1.568, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.937 std_dev=0.631
OP1 B 0, 0.309, 1.022, 1.734, 1.817 max_d=1.817 avg_d=1.022 std_dev=0.712

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.10 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.10 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.09 0.13 0.08
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.09 0.14 0.08
C8 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.08 0.09 0.12 0.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.07 0.07 0.12 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.09 0.04
N6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.12 0.16 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.09 0.12 0.15 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.08 0.05
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01
O5' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.09 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.09 0.09 0.07 0.04 0.12 0.12 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.10 0.03 0.02 0.10 0.02 0.13 0.01 0.14 0.12 0.12 0.09 0.16 0.15 0.08 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.04 0.10 0.11 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.05 0.14 0.04 0.08 0.04 0.08 0.20 0.06 0.11 0.05 0.05 0.06 0.10 0.09 0.18 0.05 0.07 0.49 0.07 0.12 0.15 0.11
C2 0.08 0.06 0.10 0.02 0.08 0.05 0.08 0.20 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.18 0.01 0.05 0.47 0.08 0.09 0.21 0.10
C2' 0.09 0.06 0.13 0.03 0.08 0.04 0.08 0.20 0.07 0.09 0.06 0.05 0.07 0.09 0.09 0.17 0.04 0.06 0.49 0.07 0.11 0.12 0.10
C3' 0.10 0.07 0.13 0.04 0.09 0.04 0.09 0.20 0.08 0.11 0.07 0.06 0.08 0.11 0.10 0.16 0.04 0.07 0.48 0.09 0.12 0.10 0.10
C4 0.09 0.06 0.12 0.02 0.08 0.04 0.08 0.20 0.07 0.10 0.05 0.05 0.06 0.10 0.09 0.18 0.02 0.06 0.48 0.07 0.10 0.19 0.11
C4' 0.11 0.06 0.14 0.05 0.09 0.04 0.10 0.19 0.08 0.13 0.06 0.06 0.08 0.13 0.11 0.17 0.04 0.08 0.50 0.08 0.14 0.11 0.13
C5 0.09 0.05 0.12 0.03 0.08 0.05 0.08 0.20 0.07 0.10 0.05 0.04 0.06 0.10 0.09 0.17 0.04 0.07 0.47 0.07 0.10 0.21 0.11
C5' 0.13 0.09 0.16 0.07 0.11 0.03 0.12 0.17 0.10 0.15 0.08 0.09 0.10 0.15 0.13 0.18 0.05 0.09 0.52 0.10 0.16 0.11 0.15
C6 0.09 0.06 0.10 0.03 0.08 0.05 0.08 0.19 0.08 0.09 0.06 0.05 0.07 0.09 0.09 0.17 0.03 0.06 0.45 0.08 0.10 0.24 0.11
C8 0.10 0.05 0.14 0.06 0.08 0.05 0.08 0.19 0.06 0.11 0.04 0.04 0.06 0.11 0.10 0.17 0.06 0.08 0.48 0.06 0.13 0.17 0.11
N1 0.08 0.06 0.09 0.03 0.08 0.05 0.08 0.20 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.17 0.01 0.06 0.45 0.09 0.10 0.24 0.10
N3 0.09 0.06 0.11 0.01 0.08 0.04 0.08 0.20 0.07 0.09 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.18 0.01 0.06 0.48 0.08 0.10 0.19 0.11
N6 0.09 0.06 0.10 0.05 0.08 0.06 0.09 0.19 0.08 0.09 0.06 0.04 0.07 0.09 0.09 0.16 0.05 0.07 0.43 0.08 0.10 0.26 0.11
N7 0.10 0.05 0.13 0.06 0.08 0.05 0.08 0.19 0.06 0.11 0.04 0.03 0.06 0.11 0.10 0.16 0.06 0.08 0.47 0.06 0.12 0.20 0.11
N9 0.10 0.05 0.13 0.04 0.08 0.04 0.08 0.20 0.06 0.10 0.05 0.04 0.06 0.10 0.09 0.18 0.04 0.07 0.49 0.07 0.11 0.17 0.11
O2' 0.09 0.06 0.13 0.04 0.07 0.03 0.08 0.20 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.09 0.09 0.18 0.05 0.07 0.49 0.07 0.12 0.13 0.11
O3' 0.10 0.07 0.13 0.04 0.09 0.04 0.10 0.21 0.09 0.11 0.07 0.07 0.08 0.11 0.10 0.16 0.04 0.07 0.47 0.09 0.12 0.09 0.10
O4' 0.10 0.05 0.14 0.04 0.08 0.04 0.09 0.20 0.06 0.12 0.04 0.05 0.06 0.12 0.10 0.17 0.04 0.07 0.49 0.07 0.14 0.14 0.12
O5' 0.13 0.11 0.17 0.07 0.12 0.03 0.13 0.17 0.11 0.15 0.11 0.11 0.12 0.15 0.13 0.19 0.06 0.09 0.52 0.11 0.14 0.10 0.15
OP1 0.20 0.16 0.22 0.13 0.19 0.07 0.20 0.12 0.18 0.23 0.15 0.14 0.17 0.23 0.21 0.22 0.09 0.17 0.52 0.18 0.21 0.19 0.21
OP2 0.18 0.16 0.21 0.11 0.18 0.05 0.19 0.15 0.18 0.19 0.16 0.16 0.17 0.20 0.18 0.21 0.09 0.13 0.52 0.18 0.14 0.10 0.15
P 0.17 0.13 0.19 0.10 0.16 0.04 0.16 0.15 0.14 0.19 0.13 0.12 0.14 0.19 0.17 0.20 0.07 0.13 0.52 0.15 0.17 0.13 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.00 0.15 0.34 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.10 0.01 0.33 0.00 0.14 0.30 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.08 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.03 0.17 0.35 0.07
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.07 0.06 0.09 0.11 0.09 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.17 0.07 0.19 0.36 0.09
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.33 0.01 0.12 0.31 0.05
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.09 0.17 0.36 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.38 0.01 0.08 0.29 0.05
C5' 0.03 0.14 0.03 0.02 0.14 0.01 0.19 0.00 0.20 0.18 0.18 0.12 0.11 0.21 0.12 0.04 0.03 0.01 0.01 0.23 0.18 0.37 0.02
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.02 0.40 0.00 0.08 0.27 0.05
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.37 0.01 0.08 0.32 0.05
N1 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.08 0.01 0.37 0.00 0.11 0.28 0.06
N2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.13 0.02 0.31 0.01 0.16 0.30 0.06
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.10 0.01 0.29 0.01 0.15 0.31 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.40 0.01 0.06 0.28 0.05
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.30 0.01 0.12 0.33 0.06
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.08 0.04 0.06 0.04 0.08 0.02 0.11 0.16 0.12 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.06 0.08 0.17 0.38 0.07
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.08 0.13 0.10 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.07 0.18 0.37 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.03 0.14 0.34 0.04
O5' 0.16 0.33 0.14 0.17 0.33 0.02 0.38 0.01 0.40 0.37 0.37 0.31 0.29 0.40 0.30 0.06 0.09 0.09 0.00 0.41 0.03 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.41 0.00 0.05 0.24 0.05
OP1 0.15 0.14 0.17 0.19 0.12 0.17 0.08 0.18 0.08 0.08 0.11 0.16 0.15 0.06 0.12 0.17 0.18 0.14 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.30 0.35 0.36 0.31 0.36 0.29 0.37 0.27 0.32 0.28 0.30 0.31 0.28 0.33 0.38 0.37 0.34 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.07 0.09 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00