ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49840

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, -0.002, 0.007, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, -0.002, 0.009, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N9 A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.001, 0.018, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.017
O4' A 0, -0.009, 0.062, 0.132, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.062 std_dev=0.071
C2' A 0, -0.021, 0.070, 0.162, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.070 std_dev=0.091
C2 B 0, -0.018, 0.083, 0.185, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.083 std_dev=0.102
O5' A 0, -0.025, 0.088, 0.201, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.088 std_dev=0.113
C3' A 0, -0.026, 0.090, 0.205, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.090 std_dev=0.116
OP2 A 0, -0.027, 0.099, 0.225, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.099 std_dev=0.126
P A 0, -0.034, 0.099, 0.231, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.099 std_dev=0.133
N1 B 0, -0.034, 0.104, 0.242, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.104 std_dev=0.138
C4' A 0, -0.032, 0.106, 0.244, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.106 std_dev=0.138
OP1 A 0, -0.033, 0.108, 0.249, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.108 std_dev=0.141
O2' A 0, -0.032, 0.115, 0.262, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.115 std_dev=0.147
N3 B 0, -0.033, 0.115, 0.262, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.115 std_dev=0.147
C6 B 0, -0.049, 0.133, 0.315, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.133 std_dev=0.182
C4 B 0, -0.048, 0.141, 0.329, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.141 std_dev=0.188
C5' A 0, -0.052, 0.147, 0.346, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.147 std_dev=0.199
C5 B 0, -0.054, 0.147, 0.347, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.147 std_dev=0.200
O3' A 0, -0.055, 0.155, 0.365, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.155 std_dev=0.210
N2 B 0, -0.047, 0.181, 0.409, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.181 std_dev=0.228
O6 B 0, -0.079, 0.221, 0.521, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.221 std_dev=0.300
N9 B 0, -0.089, 0.246, 0.581, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.246 std_dev=0.335
N7 B 0, -0.095, 0.252, 0.600, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.252 std_dev=0.347
C8 B 0, -0.110, 0.296, 0.703, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.296 std_dev=0.406
C1' B 0, -0.115, 0.324, 0.764, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.324 std_dev=0.439
C2' B 0, -0.129, 0.355, 0.840, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.355 std_dev=0.485
O2' B 0, -0.117, 0.395, 0.907, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.395 std_dev=0.512
O4' B 0, -0.148, 0.424, 0.996, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.424 std_dev=0.572
C3' B 0, -0.163, 0.440, 1.043, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.440 std_dev=0.603
C4' B 0, -0.178, 0.474, 1.125, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.474 std_dev=0.652
O3' B 0, -0.182, 0.495, 1.172, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.495 std_dev=0.677
O5' B 0, -0.191, 0.508, 1.207, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.508 std_dev=0.699
C5' B 0, -0.188, 0.519, 1.226, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.519 std_dev=0.707
P B 0, -0.202, 0.562, 1.325, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.562 std_dev=0.763
OP2 B 0, -0.206, 0.572, 1.350, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.572 std_dev=0.778
OP1 B 0, -0.261, 0.717, 1.695, 2.100 max_d=2.100 avg_d=0.717 std_dev=0.978

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.08 0.07 0.10 0.09
C2 0.03 0.00 0.09 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.10 0.01 0.05 0.07 0.09 0.08
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.09 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03
C4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.06 0.07 0.11 0.09
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.03 0.06 0.09 0.08
C5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.02 0.02 0.07 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.02 0.02 0.05 0.08 0.06
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.08 0.12 0.10
N1 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.09 0.01 0.03 0.05 0.08 0.07
N3 0.03 0.00 0.09 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.09 0.01 0.07 0.08 0.11 0.09
N6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04
N7 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.10 0.08
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.08 0.12 0.10
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.12 0.06 0.02 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01
O3' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.06 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.09 0.06 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.11 0.02 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.12 0.13 0.12
O5' 0.08 0.05 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.07 0.02 0.05 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.08 0.05 0.08 0.03 0.06 0.08 0.05 0.11 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.09 0.05 0.02 0.11 0.04 0.09 0.02 0.08 0.12 0.08 0.11 0.05 0.10 0.12 0.03 0.02 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.08 0.01 0.03 0.09 0.01 0.08 0.01 0.06 0.10 0.07 0.09 0.04 0.08 0.10 0.01 0.06 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.25 0.05 0.27 0.27 0.10 0.29 0.01 0.29 0.07 0.10 0.06 0.07 0.14 0.02 0.15 0.29 0.30 0.27 0.31 0.14 0.44 0.29 0.27
C2 0.36 0.01 0.38 0.41 0.16 0.44 0.08 0.45 0.03 0.23 0.08 0.08 0.13 0.14 0.25 0.41 0.45 0.42 0.46 0.08 0.53 0.41 0.40
C2' 0.25 0.03 0.26 0.26 0.09 0.29 0.02 0.29 0.12 0.08 0.10 0.06 0.13 0.01 0.14 0.29 0.29 0.27 0.30 0.20 0.39 0.25 0.24
C3' 0.18 0.03 0.17 0.16 0.04 0.19 0.07 0.20 0.15 0.01 0.11 0.09 0.10 0.07 0.08 0.20 0.19 0.19 0.21 0.24 0.29 0.16 0.15
C4 0.32 0.03 0.34 0.35 0.15 0.37 0.07 0.37 0.03 0.18 0.06 0.02 0.15 0.10 0.22 0.35 0.38 0.35 0.39 0.08 0.49 0.37 0.34
C4' 0.11 0.01 0.10 0.09 0.01 0.12 0.10 0.12 0.15 0.05 0.10 0.09 0.06 0.11 0.02 0.12 0.11 0.12 0.14 0.22 0.26 0.13 0.11
C5 0.32 0.02 0.34 0.35 0.15 0.37 0.08 0.37 0.01 0.19 0.05 0.06 0.15 0.12 0.23 0.35 0.38 0.36 0.40 0.06 0.49 0.38 0.35
C5' 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.15 0.01 0.17 0.13 0.11 0.10 0.01 0.18 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.23 0.16 0.04 0.01
C6 0.36 0.02 0.38 0.41 0.16 0.42 0.10 0.43 0.00 0.24 0.06 0.13 0.13 0.16 0.26 0.40 0.43 0.41 0.45 0.04 0.53 0.42 0.39
C8 0.24 0.07 0.26 0.26 0.12 0.27 0.04 0.28 0.03 0.12 0.03 0.08 0.15 0.06 0.16 0.26 0.28 0.26 0.31 0.07 0.43 0.31 0.28
N1 0.37 0.02 0.39 0.43 0.16 0.46 0.10 0.47 0.01 0.25 0.08 0.13 0.12 0.16 0.27 0.42 0.46 0.44 0.48 0.06 0.54 0.43 0.41
N3 0.34 0.02 0.36 0.38 0.15 0.40 0.07 0.41 0.03 0.19 0.07 0.04 0.14 0.11 0.23 0.38 0.41 0.38 0.42 0.09 0.51 0.38 0.37
N6 0.37 0.05 0.39 0.42 0.16 0.44 0.11 0.44 0.01 0.26 0.07 0.18 0.10 0.18 0.27 0.40 0.44 0.43 0.47 0.02 0.53 0.43 0.41
N7 0.27 0.04 0.29 0.29 0.14 0.29 0.07 0.31 0.01 0.15 0.03 0.01 0.15 0.09 0.19 0.28 0.31 0.29 0.34 0.05 0.45 0.35 0.31
N9 0.27 0.05 0.29 0.29 0.13 0.31 0.04 0.32 0.04 0.13 0.05 0.05 0.15 0.06 0.18 0.30 0.32 0.30 0.34 0.10 0.46 0.33 0.30
O2' 0.27 0.03 0.28 0.28 0.09 0.31 0.03 0.31 0.13 0.07 0.11 0.07 0.13 0.02 0.15 0.32 0.32 0.29 0.31 0.23 0.41 0.25 0.25
O3' 0.20 0.07 0.19 0.17 0.07 0.22 0.04 0.22 0.13 0.03 0.08 0.14 0.14 0.05 0.11 0.22 0.19 0.22 0.23 0.23 0.29 0.16 0.15
O4' 0.19 0.07 0.19 0.19 0.07 0.21 0.01 0.21 0.06 0.05 0.03 0.12 0.12 0.02 0.10 0.20 0.21 0.20 0.24 0.12 0.38 0.25 0.22
O5' 0.06 0.02 0.07 0.05 0.04 0.06 0.13 0.06 0.18 0.10 0.12 0.13 0.04 0.16 0.03 0.08 0.08 0.05 0.09 0.25 0.21 0.08 0.06
OP1 0.02 0.09 0.03 0.01 0.04 0.00 0.14 0.00 0.15 0.14 0.03 0.22 0.07 0.20 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.23 0.15 0.02 0.01
OP2 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.18 0.13 0.06 0.24 0.06 0.18 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.26 0.13 0.02 0.01
P 0.03 0.08 0.04 0.02 0.03 0.02 0.13 0.03 0.16 0.12 0.05 0.22 0.07 0.18 0.04 0.06 0.04 0.01 0.05 0.23 0.18 0.06 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.12 0.06 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.12 0.00 0.17 0.14 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.23 0.12 0.09
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.03 0.27 0.12 0.11
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.12 0.00 0.16 0.12 0.07
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.13 0.00 0.17 0.15 0.09
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.14 0.00 0.18 0.16 0.09
C8 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.13 0.01 0.15 0.11 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.13 0.00 0.18 0.16 0.09
N2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.11 0.01 0.17 0.13 0.06
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.11 0.01 0.16 0.12 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.14 0.01 0.16 0.14 0.10
N9 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.00 0.15 0.10 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.02 0.25 0.13 0.10
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.34 0.15 0.15
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04
O5' 0.07 0.12 0.07 0.05 0.12 0.02 0.13 0.00 0.14 0.13 0.13 0.11 0.11 0.14 0.11 0.08 0.02 0.03 0.00 0.14 0.04 0.00 0.01
O6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.14 0.00 0.18 0.17 0.10
OP1 0.12 0.17 0.23 0.27 0.16 0.13 0.17 0.06 0.18 0.15 0.18 0.17 0.16 0.16 0.15 0.25 0.34 0.04 0.04 0.18 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.14 0.12 0.12 0.12 0.03 0.15 0.00 0.16 0.11 0.16 0.13 0.12 0.14 0.10 0.13 0.15 0.03 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.09 0.11 0.07 0.02 0.09 0.00 0.09 0.08 0.09 0.06 0.06 0.10 0.06 0.10 0.15 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00