ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49843

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 1, 4, 9, 19, 18, 18, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.017, 0.039, 0.060, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.039 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.019, 0.044, 0.070, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.044 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.017, 0.046, 0.076, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.046 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.024, 0.056, 0.088, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.056 std_dev=0.032
C2 B 0, 0.243, 0.392, 0.542, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.392 std_dev=0.150
N1 B 0, 0.296, 0.458, 0.620, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.458 std_dev=0.162
C6 B 0, 0.305, 0.484, 0.662, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.484 std_dev=0.179
N3 B 0, 0.256, 0.441, 0.625, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.441 std_dev=0.184
O2 B 0, 0.322, 0.537, 0.752, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.537 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.403, 0.659, 0.915, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.659 std_dev=0.256
C5 B 0, 0.372, 0.629, 0.886, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.629 std_dev=0.257
C1' B 0, 0.450, 0.728, 1.006, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.728 std_dev=0.278
O4' B 0, 0.523, 0.840, 1.157, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.840 std_dev=0.317
O4 B 0, 0.522, 0.878, 1.234, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.878 std_dev=0.356
O3' B 0, 0.954, 1.429, 1.904, 2.351 max_d=2.351 avg_d=1.429 std_dev=0.475
C3' B 0, 0.648, 1.126, 1.603, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.126 std_dev=0.477
C4' B 0, 0.597, 1.106, 1.615, 2.238 max_d=2.238 avg_d=1.106 std_dev=0.509
C2' A 0, 0.307, 0.863, 1.420, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.863 std_dev=0.556
O4' A 0, 0.315, 0.875, 1.435, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.875 std_dev=0.560
C2' B 0, 0.987, 1.610, 2.233, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.610 std_dev=0.623
O2' A 0, 0.514, 1.342, 2.171, 2.525 max_d=2.525 avg_d=1.342 std_dev=0.828
O5' A 0, 0.892, 1.783, 2.673, 4.169 max_d=4.169 avg_d=1.783 std_dev=0.891
C3' A 0, 0.387, 1.285, 2.183, 2.672 max_d=2.672 avg_d=1.285 std_dev=0.898
C4' A 0, 0.439, 1.357, 2.275, 2.955 max_d=2.955 avg_d=1.357 std_dev=0.918
O5' B 0, 0.568, 1.551, 2.534, 4.029 max_d=4.029 avg_d=1.551 std_dev=0.983
C5' B 0, 0.797, 1.789, 2.781, 3.762 max_d=3.762 avg_d=1.789 std_dev=0.992
O2' B 0, 1.775, 2.863, 3.951, 4.336 max_d=4.336 avg_d=2.863 std_dev=1.088
C5' A 0, 0.902, 2.116, 3.329, 4.201 max_d=4.201 avg_d=2.116 std_dev=1.214
O3' A 0, 0.378, 1.651, 2.923, 3.572 max_d=3.572 avg_d=1.651 std_dev=1.273
P B 0, 0.794, 2.072, 3.351, 5.114 max_d=5.114 avg_d=2.072 std_dev=1.279
OP1 B 0, 0.975, 2.262, 3.549, 5.388 max_d=5.388 avg_d=2.262 std_dev=1.287
P A 0, 1.169, 2.483, 3.797, 6.450 max_d=6.450 avg_d=2.483 std_dev=1.314
OP2 B 0, 0.802, 2.290, 3.777, 5.838 max_d=5.838 avg_d=2.290 std_dev=1.488
OP2 A 0, 1.502, 2.995, 4.487, 7.067 max_d=7.067 avg_d=2.995 std_dev=1.493
OP1 A 0, 1.020, 2.780, 4.541, 8.288 max_d=8.288 avg_d=2.780 std_dev=1.761

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.34 0.01 0.33 0.41 0.49 0.30
C2 0.04 0.00 0.48 0.43 0.01 0.22 0.02 0.34 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.45 0.41 0.37 0.58 0.88 0.86 0.81
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.26 0.02 0.14 0.24 0.24 0.22 0.39 0.48 0.18 0.12 0.04 0.00 0.03 0.02 0.67 0.58 1.01 0.64
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.37 0.01 0.43 0.04 0.47 0.34 0.48 0.38 0.50 0.41 0.27 0.03 0.01 0.03 0.40 0.40 0.58 0.31
C4 0.02 0.01 0.26 0.37 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.24 0.19 0.45 0.58 0.71 0.56
C4' 0.01 0.22 0.02 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.19 0.27 0.20 0.21 0.21 0.26 0.13 0.33 0.03 0.01 0.02 0.45 0.21 0.25
C5 0.01 0.02 0.14 0.43 0.00 0.18 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.21 0.09 0.45 0.55 0.77 0.59
C5' 0.09 0.34 0.24 0.04 0.22 0.01 0.30 0.00 0.32 0.42 0.33 0.30 0.37 0.42 0.20 0.12 0.24 0.02 0.01 0.26 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.24 0.47 0.01 0.19 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.28 0.17 0.51 0.70 0.86 0.72
C8 0.02 0.02 0.22 0.34 0.01 0.27 0.01 0.42 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.43 0.17 0.22 0.40 0.39 0.71 0.44
N1 0.03 0.01 0.39 0.48 0.01 0.20 0.01 0.33 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.39 0.35 0.29 0.57 0.85 0.91 0.82
N3 0.04 0.00 0.48 0.38 0.01 0.21 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.40 0.37 0.53 0.76 0.75 0.69
N6 0.02 0.02 0.18 0.50 0.01 0.21 0.01 0.37 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.40 0.29 0.11 0.51 0.69 0.90 0.73
N7 0.01 0.02 0.12 0.41 0.01 0.26 0.01 0.42 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.43 0.21 0.13 0.41 0.42 0.76 0.49
N9 0.01 0.02 0.04 0.27 0.01 0.13 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.12 0.02 0.37 0.41 0.61 0.39
O2' 0.03 0.45 0.00 0.03 0.28 0.33 0.34 0.12 0.36 0.43 0.39 0.42 0.40 0.43 0.22 0.00 0.06 0.25 0.48 0.63 0.98 0.53
O3' 0.34 0.41 0.03 0.01 0.24 0.03 0.21 0.24 0.28 0.17 0.35 0.40 0.29 0.21 0.12 0.06 0.00 0.24 0.35 0.61 0.47 0.33
O4' 0.01 0.37 0.02 0.03 0.19 0.01 0.09 0.02 0.17 0.22 0.29 0.37 0.11 0.13 0.02 0.25 0.24 0.00 0.25 0.51 0.24 0.33
O5' 0.33 0.58 0.67 0.40 0.45 0.02 0.45 0.01 0.51 0.40 0.57 0.53 0.51 0.41 0.37 0.48 0.35 0.25 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.41 0.88 0.58 0.40 0.58 0.45 0.55 0.26 0.70 0.39 0.85 0.76 0.69 0.42 0.41 0.63 0.61 0.51 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.86 1.01 0.58 0.71 0.21 0.77 0.26 0.86 0.71 0.91 0.75 0.90 0.76 0.61 0.98 0.47 0.24 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.81 0.64 0.31 0.56 0.25 0.59 0.02 0.72 0.44 0.82 0.69 0.73 0.49 0.39 0.53 0.33 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.13 0.33 0.49 0.15 0.19 0.16 0.26 0.12 0.11 0.11 0.18 0.33 0.39 0.21 0.16 0.59 0.68 0.76 0.71
C2 0.16 0.11 0.53 0.51 0.18 0.25 0.15 0.27 0.12 0.12 0.13 0.15 0.37 0.57 0.25 0.27 0.47 0.48 0.61 0.54
C2' 0.25 0.25 0.30 0.42 0.42 0.27 0.44 0.34 0.37 0.28 0.30 0.22 0.36 0.35 0.50 0.35 0.61 0.67 0.77 0.70
C3' 0.50 0.48 0.60 0.74 0.43 0.52 0.45 0.52 0.46 0.48 0.45 0.52 0.49 0.54 0.43 0.46 0.74 0.81 0.81 0.80
C4 0.14 0.11 0.43 0.49 0.17 0.20 0.16 0.24 0.12 0.11 0.12 0.17 0.30 0.46 0.25 0.21 0.51 0.56 0.65 0.61
C4' 0.39 0.39 0.44 0.67 0.48 0.49 0.50 0.59 0.46 0.41 0.41 0.38 0.42 0.50 0.52 0.43 0.70 0.85 0.86 0.86
C5 0.15 0.11 0.44 0.47 0.18 0.20 0.16 0.23 0.12 0.11 0.13 0.16 0.30 0.46 0.25 0.22 0.48 0.51 0.60 0.56
C5' 0.64 0.64 0.57 0.80 0.78 0.74 0.82 0.86 0.76 0.68 0.68 0.59 0.61 0.65 0.85 0.73 0.84 1.00 1.00 1.02
C6 0.16 0.12 0.53 0.48 0.19 0.24 0.16 0.26 0.13 0.13 0.15 0.15 0.37 0.55 0.25 0.27 0.44 0.45 0.54 0.50
C8 0.13 0.13 0.30 0.45 0.16 0.18 0.16 0.24 0.12 0.11 0.10 0.19 0.32 0.34 0.24 0.16 0.56 0.62 0.68 0.66
N1 0.17 0.12 0.57 0.50 0.19 0.26 0.16 0.28 0.13 0.13 0.15 0.14 0.41 0.60 0.25 0.29 0.43 0.44 0.56 0.50
N3 0.15 0.11 0.47 0.50 0.17 0.22 0.15 0.25 0.12 0.11 0.12 0.16 0.32 0.51 0.24 0.23 0.50 0.54 0.66 0.59
N6 0.18 0.13 0.57 0.47 0.19 0.26 0.16 0.27 0.14 0.14 0.17 0.14 0.43 0.58 0.24 0.29 0.40 0.40 0.48 0.44
N7 0.13 0.12 0.35 0.45 0.18 0.18 0.16 0.22 0.12 0.11 0.12 0.18 0.29 0.37 0.25 0.18 0.51 0.55 0.61 0.59
N9 0.13 0.12 0.35 0.48 0.16 0.18 0.16 0.24 0.12 0.11 0.10 0.18 0.31 0.39 0.24 0.18 0.56 0.62 0.70 0.66
O2' 0.62 0.60 0.47 0.48 0.69 0.61 0.71 0.67 0.68 0.63 0.62 0.57 0.60 0.54 0.72 0.76 0.84 0.89 0.98 0.93
O3' 0.45 0.41 0.53 0.68 0.49 0.49 0.55 0.54 0.52 0.46 0.41 0.40 0.44 0.49 0.53 0.46 0.83 0.92 0.94 0.91
O4' 0.28 0.28 0.37 0.61 0.46 0.41 0.48 0.53 0.40 0.32 0.34 0.25 0.40 0.48 0.55 0.32 0.72 0.87 0.94 0.90
O5' 0.51 0.52 0.57 0.72 0.61 0.58 0.63 0.67 0.57 0.52 0.54 0.54 0.78 0.72 0.69 0.54 0.72 0.89 0.91 0.91
OP1 0.58 0.56 0.66 0.63 0.73 0.55 0.81 0.66 0.71 0.59 0.59 0.59 1.04 0.74 0.84 0.60 0.84 0.94 1.09 0.98
OP2 0.89 0.90 0.98 0.89 1.01 0.77 1.03 0.78 0.95 0.90 0.92 0.92 1.30 1.04 1.09 0.86 0.96 0.98 1.13 1.05
P 0.64 0.64 0.71 0.62 0.75 0.53 0.80 0.57 0.71 0.64 0.65 0.67 1.10 0.73 0.85 0.63 0.81 0.89 1.02 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.30 0.03 0.01 0.26 0.28 0.29 0.26
C2 0.02 0.00 0.22 0.30 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.19 0.02 0.11 0.41 0.43 0.43 0.45
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.18 0.18 0.03 0.17 0.38 0.00 0.03 0.09 0.02 0.52 0.58 0.56 0.53
C3' 0.01 0.30 0.01 0.00 0.40 0.01 0.38 0.02 0.32 0.24 0.37 0.28 0.02 0.01 0.43 0.03 0.35 0.42 0.25 0.31
C4 0.03 0.01 0.07 0.40 0.00 0.18 0.01 0.23 0.02 0.02 0.01 0.02 0.35 0.23 0.01 0.05 0.56 0.63 0.61 0.64
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.18 0.00 0.22 0.01 0.20 0.10 0.12 0.09 0.30 0.03 0.19 0.01 0.02 0.15 0.26 0.06
C5 0.02 0.01 0.14 0.38 0.01 0.22 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.28 0.01 0.11 0.58 0.63 0.58 0.64
C5' 0.07 0.12 0.18 0.02 0.23 0.01 0.26 0.00 0.21 0.11 0.17 0.12 0.12 0.21 0.26 0.02 0.01 0.19 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.32 0.02 0.20 0.01 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.36 0.21 0.02 0.14 0.50 0.52 0.45 0.51
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.10 0.02 0.02 0.39 0.41 0.37 0.41
N3 0.02 0.01 0.17 0.37 0.01 0.12 0.01 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01 0.24 0.18 0.02 0.08 0.50 0.54 0.54 0.56
O2 0.03 0.01 0.38 0.28 0.02 0.09 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.35 0.02 0.18 0.36 0.37 0.40 0.40
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.35 0.30 0.41 0.12 0.36 0.20 0.24 0.20 0.00 0.07 0.38 0.20 0.27 0.36 0.54 0.33
O3' 0.30 0.19 0.03 0.01 0.23 0.03 0.28 0.21 0.21 0.10 0.18 0.35 0.07 0.00 0.28 0.20 0.36 0.48 0.45 0.38
O4 0.03 0.02 0.09 0.43 0.01 0.19 0.01 0.26 0.02 0.02 0.02 0.02 0.38 0.28 0.00 0.05 0.59 0.69 0.68 0.70
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.05 0.01 0.11 0.02 0.14 0.02 0.08 0.18 0.20 0.20 0.05 0.00 0.14 0.20 0.29 0.19
O5' 0.26 0.41 0.52 0.35 0.56 0.02 0.58 0.01 0.50 0.39 0.50 0.36 0.27 0.36 0.59 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.43 0.58 0.42 0.63 0.15 0.63 0.19 0.52 0.41 0.54 0.37 0.36 0.48 0.69 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.43 0.56 0.25 0.61 0.26 0.58 0.36 0.45 0.37 0.54 0.40 0.54 0.45 0.68 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.45 0.53 0.31 0.64 0.06 0.64 0.02 0.51 0.41 0.56 0.40 0.33 0.38 0.70 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00