ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49844

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 14, 16, 7, 5, 6, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.012, 0.027, 0.043, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.014, 0.032, 0.051, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.017, 0.039, 0.062, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.039 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.022, 0.050, 0.077, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.050 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.025, 0.059, 0.094, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.059 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.021, 0.057, 0.094, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.057 std_dev=0.036
C4 B 0, 0.221, 0.412, 0.604, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.412 std_dev=0.192
N1 B 0, 0.214, 0.410, 0.607, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.410 std_dev=0.197
N3 B 0, 0.206, 0.422, 0.637, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.422 std_dev=0.215
C2 B 0, 0.246, 0.462, 0.679, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.462 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.351, 0.585, 0.820, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.585 std_dev=0.234
C6 B 0, 0.230, 0.472, 0.714, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.472 std_dev=0.242
C5 B 0, 0.245, 0.508, 0.771, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.508 std_dev=0.263
O4 B 0, 0.228, 0.496, 0.764, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.496 std_dev=0.268
O2 B 0, 0.351, 0.655, 0.959, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.655 std_dev=0.304
O4' B 0, 0.592, 0.930, 1.268, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.930 std_dev=0.338
C2' B 0, 0.498, 0.849, 1.199, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.849 std_dev=0.351
O4' A 0, 0.330, 0.724, 1.118, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.724 std_dev=0.394
C2' A 0, 0.348, 0.776, 1.204, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.776 std_dev=0.428
C4' B 0, 0.780, 1.283, 1.786, 2.466 max_d=2.466 avg_d=1.283 std_dev=0.503
C3' B 0, 0.721, 1.256, 1.792, 2.012 max_d=2.012 avg_d=1.256 std_dev=0.535
C3' A 0, 0.916, 1.459, 2.002, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.459 std_dev=0.543
C4' A 0, 0.638, 1.219, 1.800, 2.316 max_d=2.316 avg_d=1.219 std_dev=0.581
O2' A 0, 0.696, 1.291, 1.886, 2.495 max_d=2.495 avg_d=1.291 std_dev=0.595
O2' B 0, 0.781, 1.392, 2.003, 2.856 max_d=2.856 avg_d=1.392 std_dev=0.611
C5' B 0, 0.934, 1.673, 2.413, 3.351 max_d=3.351 avg_d=1.673 std_dev=0.739
O5' B 0, 0.892, 1.664, 2.435, 3.369 max_d=3.369 avg_d=1.664 std_dev=0.771
O3' A 0, 1.460, 2.297, 3.133, 3.388 max_d=3.388 avg_d=2.297 std_dev=0.837
O3' B 0, 0.972, 1.841, 2.710, 3.254 max_d=3.254 avg_d=1.841 std_dev=0.869
P B 0, 1.036, 2.029, 3.022, 4.501 max_d=4.501 avg_d=2.029 std_dev=0.993
C5' A 0, 0.651, 1.654, 2.656, 3.555 max_d=3.555 avg_d=1.654 std_dev=1.003
OP2 B 0, 1.248, 2.266, 3.285, 4.700 max_d=4.700 avg_d=2.266 std_dev=1.019
O5' A 0, 0.981, 2.010, 3.039, 5.309 max_d=5.309 avg_d=2.010 std_dev=1.029
OP1 B 0, 1.297, 2.407, 3.517, 5.449 max_d=5.449 avg_d=2.407 std_dev=1.110
P A 0, 1.290, 2.445, 3.600, 6.631 max_d=6.631 avg_d=2.445 std_dev=1.155
OP2 A 0, 1.623, 2.871, 4.119, 6.742 max_d=6.742 avg_d=2.871 std_dev=1.248
OP1 A 0, 1.229, 2.671, 4.113, 7.824 max_d=7.824 avg_d=2.671 std_dev=1.442

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.34 0.01 0.27 0.32 0.56 0.26
C2 0.04 0.00 0.40 0.37 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.40 0.49 0.29 0.36 0.42 0.84 0.45
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.03 0.12 0.22 0.20 0.20 0.32 0.40 0.15 0.12 0.04 0.00 0.07 0.03 0.64 0.62 0.83 0.59
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.32 0.01 0.38 0.02 0.41 0.32 0.41 0.33 0.44 0.38 0.24 0.03 0.01 0.02 0.42 0.56 0.48 0.38
C4 0.02 0.01 0.21 0.32 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.31 0.15 0.34 0.37 0.78 0.39
C4' 0.01 0.17 0.03 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.16 0.28 0.15 0.17 0.19 0.27 0.12 0.28 0.04 0.01 0.02 0.39 0.32 0.20
C5 0.01 0.01 0.12 0.38 0.00 0.17 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.32 0.27 0.07 0.44 0.51 0.85 0.50
C5' 0.10 0.25 0.22 0.02 0.22 0.01 0.34 0.00 0.34 0.46 0.28 0.22 0.40 0.48 0.24 0.10 0.23 0.02 0.01 0.22 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.41 0.01 0.16 0.01 0.34 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.33 0.34 0.13 0.42 0.52 0.88 0.51
C8 0.02 0.02 0.20 0.32 0.01 0.28 0.01 0.46 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.43 0.19 0.19 0.59 0.60 0.80 0.61
N1 0.03 0.00 0.32 0.41 0.02 0.15 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.35 0.42 0.23 0.38 0.46 0.88 0.47
N3 0.04 0.01 0.40 0.33 0.01 0.17 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.47 0.29 0.34 0.37 0.79 0.39
N6 0.02 0.01 0.15 0.44 0.02 0.19 0.02 0.40 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.37 0.34 0.09 0.49 0.62 0.93 0.58
N7 0.01 0.02 0.12 0.38 0.01 0.27 0.01 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.43 0.24 0.11 0.59 0.65 0.88 0.64
N9 0.01 0.02 0.04 0.24 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.22 0.19 0.02 0.37 0.38 0.71 0.39
O2' 0.03 0.40 0.00 0.03 0.25 0.28 0.32 0.10 0.33 0.43 0.35 0.38 0.37 0.43 0.22 0.00 0.10 0.20 0.55 0.70 0.81 0.57
O3' 0.34 0.49 0.07 0.01 0.31 0.04 0.27 0.23 0.34 0.19 0.42 0.47 0.34 0.24 0.19 0.10 0.00 0.22 0.32 0.71 0.42 0.39
O4' 0.01 0.29 0.03 0.02 0.15 0.01 0.07 0.02 0.13 0.19 0.23 0.29 0.09 0.11 0.02 0.20 0.22 0.00 0.14 0.36 0.52 0.29
O5' 0.27 0.36 0.64 0.42 0.34 0.02 0.44 0.01 0.42 0.59 0.38 0.34 0.49 0.59 0.37 0.55 0.32 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.42 0.62 0.56 0.37 0.39 0.51 0.22 0.52 0.60 0.46 0.37 0.62 0.65 0.38 0.70 0.71 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.56 0.84 0.83 0.48 0.78 0.32 0.85 0.30 0.88 0.80 0.88 0.79 0.93 0.88 0.71 0.81 0.42 0.52 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.45 0.59 0.38 0.39 0.20 0.50 0.02 0.51 0.61 0.47 0.39 0.58 0.64 0.39 0.57 0.39 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.20 0.35 0.46 0.17 0.23 0.17 0.29 0.16 0.18 0.18 0.26 0.35 0.44 0.21 0.26 0.46 0.81 0.72 0.58
C2 0.18 0.15 0.53 0.47 0.18 0.29 0.17 0.28 0.15 0.15 0.15 0.18 0.40 0.64 0.23 0.31 0.38 0.54 0.58 0.43
C2' 0.23 0.23 0.33 0.43 0.39 0.26 0.42 0.34 0.34 0.26 0.27 0.24 0.31 0.37 0.48 0.33 0.41 0.81 0.73 0.53
C3' 0.48 0.47 0.56 0.66 0.41 0.49 0.42 0.49 0.43 0.45 0.43 0.52 0.51 0.55 0.41 0.48 0.60 0.83 0.81 0.67
C4 0.19 0.17 0.44 0.46 0.17 0.25 0.16 0.26 0.14 0.16 0.14 0.23 0.32 0.52 0.22 0.28 0.41 0.65 0.63 0.48
C4' 0.40 0.40 0.40 0.56 0.46 0.43 0.47 0.50 0.44 0.41 0.42 0.40 0.47 0.46 0.51 0.45 0.61 0.90 0.83 0.73
C5 0.19 0.16 0.45 0.45 0.17 0.25 0.16 0.25 0.14 0.15 0.14 0.23 0.32 0.53 0.23 0.28 0.38 0.60 0.58 0.45
C5' 0.66 0.66 0.57 0.70 0.77 0.67 0.78 0.75 0.74 0.69 0.70 0.61 0.68 0.60 0.83 0.74 0.81 1.04 0.97 0.91
C6 0.19 0.14 0.53 0.45 0.20 0.28 0.18 0.27 0.15 0.15 0.17 0.18 0.39 0.62 0.24 0.31 0.35 0.49 0.52 0.39
C8 0.20 0.21 0.33 0.44 0.16 0.23 0.16 0.27 0.16 0.18 0.18 0.27 0.35 0.41 0.21 0.25 0.43 0.76 0.66 0.54
N1 0.19 0.15 0.56 0.47 0.20 0.30 0.18 0.29 0.16 0.16 0.17 0.17 0.44 0.67 0.24 0.32 0.36 0.48 0.53 0.39
N3 0.18 0.16 0.48 0.47 0.17 0.26 0.16 0.27 0.14 0.15 0.14 0.21 0.34 0.57 0.22 0.29 0.40 0.62 0.63 0.47
N6 0.19 0.16 0.56 0.45 0.23 0.30 0.20 0.29 0.18 0.17 0.21 0.17 0.46 0.66 0.26 0.32 0.33 0.42 0.46 0.35
N7 0.20 0.19 0.37 0.43 0.17 0.23 0.16 0.25 0.14 0.17 0.15 0.27 0.32 0.44 0.23 0.26 0.40 0.66 0.59 0.48
N9 0.20 0.19 0.37 0.45 0.17 0.23 0.16 0.27 0.15 0.17 0.16 0.25 0.33 0.45 0.21 0.26 0.44 0.75 0.68 0.54
O2' 0.58 0.57 0.52 0.55 0.69 0.60 0.72 0.68 0.67 0.61 0.60 0.53 0.51 0.54 0.74 0.71 0.67 1.01 0.96 0.80
O3' 0.47 0.43 0.53 0.63 0.44 0.49 0.49 0.52 0.47 0.44 0.41 0.48 0.48 0.51 0.48 0.48 0.64 0.90 0.91 0.76
O4' 0.26 0.27 0.31 0.48 0.35 0.31 0.36 0.39 0.32 0.28 0.30 0.28 0.43 0.42 0.41 0.32 0.57 0.92 0.82 0.71
O5' 0.78 0.77 0.65 0.72 0.94 0.78 0.96 0.85 0.90 0.82 0.82 0.69 0.81 0.70 1.02 0.89 0.87 0.99 1.06 0.96
OP1 1.01 0.95 0.91 0.96 1.12 1.03 1.20 1.11 1.15 1.04 0.98 0.86 1.08 0.97 1.16 1.12 1.19 1.31 1.38 1.24
OP2 1.00 1.00 0.94 0.92 1.07 0.94 1.11 0.96 1.07 1.02 1.01 0.98 1.10 0.96 1.10 1.08 1.02 1.13 1.07 0.99
P 0.87 0.85 0.72 0.68 1.05 0.81 1.09 0.86 1.02 0.91 0.91 0.77 0.98 0.71 1.13 0.99 0.93 1.03 1.10 0.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.32 0.02 0.01 0.20 0.24 0.25 0.21
C2 0.02 0.00 0.22 0.28 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.23 0.02 0.13 0.32 0.48 0.39 0.35
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.05 0.02 0.17 0.16 0.22 0.02 0.15 0.39 0.00 0.03 0.07 0.02 0.39 0.43 0.45 0.39
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.37 0.01 0.36 0.03 0.30 0.22 0.35 0.27 0.02 0.01 0.40 0.02 0.25 0.30 0.22 0.21
C4 0.02 0.01 0.05 0.37 0.00 0.17 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.18 0.01 0.04 0.48 0.79 0.60 0.57
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.17 0.00 0.24 0.01 0.23 0.10 0.09 0.12 0.29 0.03 0.18 0.01 0.02 0.19 0.26 0.08
C5 0.02 0.02 0.17 0.36 0.01 0.24 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.02 0.48 0.21 0.01 0.12 0.51 0.79 0.57 0.59
C5' 0.05 0.12 0.16 0.03 0.28 0.01 0.34 0.00 0.30 0.13 0.18 0.13 0.13 0.22 0.31 0.02 0.01 0.27 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.30 0.01 0.23 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.43 0.16 0.01 0.16 0.43 0.60 0.40 0.46
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.12 0.02 0.01 0.31 0.42 0.32 0.33
N3 0.02 0.01 0.15 0.35 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.19 0.01 0.09 0.40 0.64 0.51 0.46
O2 0.04 0.01 0.39 0.27 0.02 0.12 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.38 0.02 0.22 0.26 0.38 0.36 0.30
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.39 0.29 0.48 0.13 0.43 0.22 0.25 0.20 0.00 0.06 0.42 0.20 0.26 0.33 0.45 0.29
O3' 0.32 0.23 0.03 0.01 0.18 0.03 0.21 0.22 0.16 0.12 0.19 0.38 0.06 0.00 0.23 0.20 0.37 0.50 0.45 0.40
O4 0.02 0.02 0.07 0.40 0.01 0.18 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.02 0.42 0.23 0.00 0.05 0.51 0.88 0.68 0.62
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.16 0.01 0.09 0.22 0.20 0.20 0.05 0.00 0.17 0.27 0.38 0.25
O5' 0.20 0.32 0.39 0.25 0.48 0.02 0.51 0.01 0.43 0.31 0.40 0.26 0.26 0.37 0.51 0.17 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.24 0.48 0.43 0.30 0.79 0.19 0.79 0.27 0.60 0.42 0.64 0.38 0.33 0.50 0.88 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.39 0.45 0.22 0.60 0.26 0.57 0.30 0.40 0.32 0.51 0.36 0.45 0.45 0.68 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.35 0.39 0.21 0.57 0.08 0.59 0.02 0.46 0.33 0.46 0.30 0.29 0.40 0.62 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00