ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49845

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 12, 14, 8, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.001, 0.017, 0.034, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.016, 0.038, 0.061, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.013, 0.044, 0.075, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.044 std_dev=0.031
C6 B 0, 0.166, 0.321, 0.476, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.321 std_dev=0.155
N1 B 0, 0.166, 0.337, 0.507, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.337 std_dev=0.171
C5 B 0, 0.234, 0.417, 0.600, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.417 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.261, 0.448, 0.635, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.448 std_dev=0.187
C2 B 0, 0.179, 0.379, 0.580, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.379 std_dev=0.201
C1' B 0, 0.332, 0.551, 0.770, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.551 std_dev=0.219
N3 B 0, 0.138, 0.361, 0.584, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.361 std_dev=0.223
O4 B 0, 0.412, 0.652, 0.892, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.652 std_dev=0.240
O2 B 0, 0.340, 0.583, 0.827, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.583 std_dev=0.244
O4' B 0, 0.407, 0.819, 1.232, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.819 std_dev=0.413
C2' B 0, 0.421, 0.897, 1.373, 2.330 max_d=2.330 avg_d=0.897 std_dev=0.476
C2' A 0, -0.104, 0.427, 0.958, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.427 std_dev=0.531
O4' A 0, -0.062, 0.473, 1.008, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.473 std_dev=0.535
O2' B 0, 0.473, 1.101, 1.730, 3.721 max_d=3.721 avg_d=1.101 std_dev=0.629
C4' B 0, 0.451, 1.114, 1.777, 2.941 max_d=2.941 avg_d=1.114 std_dev=0.663
C3' B 0, 0.470, 1.139, 1.808, 2.905 max_d=2.905 avg_d=1.139 std_dev=0.669
C3' A 0, 0.024, 0.784, 1.545, 2.926 max_d=2.926 avg_d=0.784 std_dev=0.761
O2' A 0, -0.221, 0.574, 1.368, 2.998 max_d=2.998 avg_d=0.574 std_dev=0.794
C4' A 0, 0.032, 0.855, 1.679, 3.272 max_d=3.272 avg_d=0.855 std_dev=0.824
O5' A 0, 0.264, 1.116, 1.968, 3.929 max_d=3.929 avg_d=1.116 std_dev=0.852
O3' B 0, 0.608, 1.472, 2.337, 3.957 max_d=3.957 avg_d=1.472 std_dev=0.865
O3' A 0, 0.122, 1.041, 1.960, 3.108 max_d=3.108 avg_d=1.041 std_dev=0.919
C5' B 0, 0.435, 1.361, 2.286, 3.509 max_d=3.509 avg_d=1.361 std_dev=0.926
P A 0, 0.435, 1.452, 2.470, 4.660 max_d=4.660 avg_d=1.452 std_dev=1.018
OP2 A 0, 0.576, 1.680, 2.784, 4.544 max_d=4.544 avg_d=1.680 std_dev=1.104
C5' A 0, 0.081, 1.316, 2.551, 5.163 max_d=5.163 avg_d=1.316 std_dev=1.235
OP1 A 0, 0.501, 1.882, 3.263, 6.464 max_d=6.464 avg_d=1.882 std_dev=1.381
O5' B 0, 0.389, 1.857, 3.324, 5.810 max_d=5.810 avg_d=1.857 std_dev=1.467
P B 0, 0.267, 2.023, 3.778, 7.188 max_d=7.188 avg_d=2.023 std_dev=1.755
OP1 B 0, 0.298, 2.154, 4.009, 8.414 max_d=8.414 avg_d=2.154 std_dev=1.855
OP2 B 0, 0.290, 2.187, 4.083, 7.655 max_d=7.655 avg_d=2.187 std_dev=1.896

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.22 0.44 0.37 0.25
C2 0.04 0.00 0.35 0.36 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.25 0.22 0.30 0.41 0.61 0.33
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.19 0.01 0.10 0.15 0.17 0.16 0.28 0.35 0.12 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.47 0.55 0.71 0.45
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.30 0.01 0.35 0.03 0.38 0.25 0.39 0.31 0.40 0.31 0.21 0.02 0.01 0.02 0.35 0.44 0.51 0.27
C4 0.02 0.01 0.19 0.30 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.11 0.28 0.36 0.59 0.31
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.21 0.13 0.13 0.18 0.22 0.11 0.24 0.03 0.00 0.02 0.48 0.20 0.23
C5 0.01 0.01 0.10 0.35 0.00 0.16 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.18 0.05 0.30 0.33 0.71 0.38
C5' 0.06 0.21 0.15 0.03 0.19 0.01 0.27 0.00 0.28 0.31 0.24 0.18 0.33 0.34 0.17 0.09 0.18 0.02 0.01 0.28 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.38 0.01 0.15 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.22 0.09 0.31 0.35 0.75 0.40
C8 0.02 0.02 0.16 0.25 0.01 0.21 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.35 0.12 0.14 0.29 0.30 0.64 0.35
N1 0.03 0.00 0.28 0.39 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.25 0.24 0.17 0.31 0.37 0.70 0.37
N3 0.04 0.00 0.35 0.31 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.22 0.22 0.29 0.42 0.54 0.30
N6 0.02 0.01 0.12 0.40 0.01 0.18 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.30 0.25 0.06 0.32 0.36 0.82 0.45
N7 0.01 0.01 0.08 0.31 0.01 0.22 0.00 0.34 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.35 0.18 0.08 0.31 0.33 0.75 0.42
N9 0.01 0.02 0.02 0.21 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.09 0.01 0.26 0.35 0.53 0.28
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.18 0.24 0.26 0.09 0.26 0.35 0.25 0.27 0.30 0.35 0.18 0.00 0.05 0.19 0.26 0.70 0.58 0.40
O3' 0.25 0.25 0.03 0.01 0.15 0.03 0.18 0.18 0.22 0.12 0.24 0.22 0.25 0.18 0.09 0.05 0.00 0.17 0.31 0.58 0.40 0.23
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.11 0.00 0.05 0.02 0.09 0.14 0.17 0.22 0.06 0.08 0.01 0.19 0.17 0.00 0.21 0.47 0.27 0.32
O5' 0.22 0.30 0.47 0.35 0.28 0.02 0.30 0.01 0.31 0.29 0.31 0.29 0.32 0.31 0.26 0.26 0.31 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.41 0.55 0.44 0.36 0.48 0.33 0.28 0.35 0.30 0.37 0.42 0.36 0.33 0.35 0.70 0.58 0.47 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.61 0.71 0.51 0.59 0.20 0.71 0.25 0.75 0.64 0.70 0.54 0.82 0.75 0.53 0.58 0.40 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.33 0.45 0.27 0.31 0.23 0.38 0.02 0.40 0.35 0.37 0.30 0.45 0.42 0.28 0.40 0.23 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.19 0.31 0.44 0.19 0.22 0.19 0.26 0.16 0.16 0.17 0.25 0.32 0.37 0.24 0.19 0.83 0.83 0.95 0.88
C2 0.22 0.17 0.44 0.41 0.18 0.24 0.16 0.25 0.14 0.17 0.15 0.23 0.36 0.41 0.24 0.27 0.63 0.57 0.74 0.63
C2' 0.22 0.22 0.27 0.34 0.29 0.23 0.31 0.32 0.27 0.22 0.22 0.25 0.32 0.31 0.36 0.30 0.72 0.71 0.85 0.75
C3' 0.40 0.40 0.46 0.54 0.35 0.39 0.34 0.38 0.35 0.38 0.37 0.45 0.42 0.44 0.36 0.38 0.80 0.71 0.74 0.76
C4 0.20 0.17 0.37 0.41 0.17 0.21 0.16 0.23 0.14 0.16 0.15 0.24 0.31 0.36 0.24 0.23 0.71 0.65 0.79 0.71
C4' 0.34 0.34 0.36 0.50 0.39 0.37 0.40 0.39 0.37 0.35 0.36 0.36 0.37 0.40 0.43 0.36 0.92 0.90 0.93 0.94
C5 0.20 0.17 0.38 0.39 0.18 0.21 0.16 0.23 0.14 0.16 0.15 0.24 0.31 0.35 0.24 0.24 0.65 0.58 0.70 0.63
C5' 0.49 0.49 0.45 0.58 0.54 0.51 0.54 0.52 0.52 0.50 0.50 0.49 0.47 0.49 0.57 0.53 1.00 0.96 0.95 1.00
C6 0.23 0.17 0.44 0.39 0.18 0.23 0.16 0.24 0.15 0.17 0.16 0.22 0.36 0.39 0.24 0.28 0.57 0.49 0.62 0.55
C8 0.18 0.19 0.29 0.40 0.18 0.20 0.17 0.24 0.15 0.16 0.16 0.25 0.30 0.32 0.24 0.19 0.76 0.72 0.80 0.77
N1 0.23 0.17 0.47 0.40 0.18 0.25 0.15 0.25 0.15 0.17 0.16 0.22 0.39 0.42 0.24 0.30 0.57 0.50 0.65 0.56
N3 0.21 0.17 0.40 0.42 0.18 0.22 0.16 0.24 0.14 0.16 0.15 0.24 0.32 0.39 0.24 0.24 0.70 0.65 0.81 0.71
N6 0.24 0.17 0.47 0.37 0.19 0.25 0.17 0.26 0.16 0.18 0.18 0.20 0.42 0.41 0.24 0.31 0.50 0.42 0.53 0.47
N7 0.19 0.18 0.32 0.38 0.18 0.19 0.16 0.22 0.14 0.16 0.15 0.25 0.28 0.31 0.24 0.21 0.68 0.61 0.69 0.66
N9 0.18 0.18 0.32 0.41 0.18 0.21 0.17 0.24 0.15 0.16 0.16 0.25 0.30 0.35 0.24 0.20 0.77 0.74 0.85 0.79
O2' 0.46 0.44 0.38 0.42 0.46 0.45 0.49 0.53 0.47 0.46 0.43 0.45 0.45 0.41 0.48 0.55 0.82 0.85 1.01 0.89
O3' 0.35 0.34 0.39 0.47 0.35 0.36 0.37 0.38 0.35 0.34 0.33 0.37 0.37 0.36 0.38 0.36 0.77 0.70 0.71 0.74
O4' 0.23 0.25 0.28 0.46 0.34 0.29 0.35 0.34 0.30 0.25 0.28 0.27 0.35 0.38 0.42 0.26 0.93 0.96 1.03 1.00
O5' 0.36 0.37 0.38 0.56 0.38 0.42 0.39 0.45 0.38 0.36 0.37 0.39 0.39 0.48 0.40 0.37 0.84 0.91 0.91 0.94
OP1 0.48 0.42 0.53 0.57 0.47 0.54 0.55 0.61 0.54 0.47 0.41 0.41 0.72 0.58 0.47 0.50 0.60 0.64 0.75 0.67
OP2 0.82 0.83 0.86 0.81 0.79 0.78 0.77 0.77 0.79 0.81 0.82 0.84 1.03 0.83 0.77 0.78 0.64 0.55 0.67 0.59
P 0.52 0.49 0.56 0.57 0.51 0.52 0.54 0.54 0.53 0.51 0.49 0.49 0.76 0.58 0.50 0.51 0.52 0.56 0.65 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.22 0.02 0.01 0.28 0.29 0.38 0.29
C2 0.02 0.00 0.16 0.22 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.14 0.02 0.09 0.48 0.43 0.48 0.47
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.02 0.15 0.16 0.17 0.03 0.12 0.30 0.00 0.04 0.08 0.01 0.45 0.49 0.47 0.41
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.31 0.00 0.31 0.02 0.27 0.18 0.27 0.21 0.02 0.01 0.33 0.02 0.38 0.44 0.22 0.30
C4 0.02 0.01 0.07 0.31 0.00 0.14 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.30 0.22 0.00 0.04 0.67 0.67 0.65 0.70
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.17 0.08 0.08 0.08 0.24 0.03 0.15 0.00 0.02 0.18 0.33 0.09
C5 0.02 0.01 0.15 0.31 0.01 0.18 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.26 0.01 0.10 0.69 0.71 0.61 0.72
C5' 0.07 0.11 0.16 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.10 0.14 0.12 0.09 0.15 0.20 0.01 0.01 0.28 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.27 0.01 0.17 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.21 0.01 0.13 0.61 0.59 0.49 0.59
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.10 0.02 0.02 0.46 0.43 0.42 0.43
N3 0.02 0.00 0.12 0.27 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.15 0.01 0.07 0.59 0.55 0.58 0.59
O2 0.03 0.01 0.30 0.21 0.02 0.08 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.25 0.02 0.17 0.41 0.36 0.45 0.41
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.30 0.24 0.35 0.09 0.31 0.17 0.22 0.21 0.00 0.06 0.32 0.16 0.26 0.36 0.47 0.28
O3' 0.22 0.14 0.04 0.01 0.22 0.03 0.26 0.15 0.21 0.10 0.15 0.25 0.06 0.00 0.26 0.16 0.36 0.53 0.36 0.35
O4 0.02 0.02 0.08 0.33 0.00 0.15 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.32 0.26 0.00 0.05 0.71 0.74 0.73 0.77
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.04 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.07 0.17 0.16 0.16 0.05 0.00 0.14 0.26 0.45 0.28
O5' 0.28 0.48 0.45 0.38 0.67 0.02 0.69 0.01 0.61 0.46 0.59 0.41 0.26 0.36 0.71 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.43 0.49 0.44 0.67 0.18 0.71 0.28 0.59 0.43 0.55 0.36 0.36 0.53 0.74 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.48 0.47 0.22 0.65 0.33 0.61 0.40 0.49 0.42 0.58 0.45 0.47 0.36 0.73 0.45 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.47 0.41 0.30 0.70 0.09 0.72 0.02 0.59 0.43 0.59 0.41 0.28 0.35 0.77 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00