ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49846

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 3, 17, 8, 5, 6, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.014, 0.038, 0.061, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.038 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.008, 0.032, 0.056, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.032 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.007, 0.037, 0.067, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.037 std_dev=0.030
N1 B 0, 0.229, 0.391, 0.553, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.391 std_dev=0.162
N3 B 0, 0.201, 0.363, 0.526, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.363 std_dev=0.163
C2 B 0, 0.154, 0.338, 0.521, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.338 std_dev=0.184
C4 B 0, 0.304, 0.501, 0.698, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.501 std_dev=0.197
C1' B 0, 0.320, 0.542, 0.764, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.542 std_dev=0.222
O4 B 0, 0.405, 0.646, 0.886, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.646 std_dev=0.241
C6 B 0, 0.344, 0.609, 0.874, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.609 std_dev=0.265
C5 B 0, 0.385, 0.678, 0.971, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.678 std_dev=0.293
O4' B 0, 0.375, 0.682, 0.989, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.682 std_dev=0.307
O2 B 0, 0.222, 0.541, 0.860, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.541 std_dev=0.319
C2' B 0, 0.329, 0.671, 1.012, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.671 std_dev=0.341
C3' B 0, 0.482, 0.880, 1.278, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.880 std_dev=0.398
C4' B 0, 0.489, 0.917, 1.345, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.917 std_dev=0.428
O5' B 0, 0.677, 1.124, 1.571, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.124 std_dev=0.447
C5' B 0, 0.675, 1.201, 1.728, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.201 std_dev=0.526
P B 0, 0.941, 1.480, 2.020, 2.837 max_d=2.837 avg_d=1.480 std_dev=0.539
O3' B 0, 0.615, 1.177, 1.740, 2.434 max_d=2.434 avg_d=1.177 std_dev=0.562
O2' B 0, 0.341, 0.919, 1.497, 3.857 max_d=3.857 avg_d=0.919 std_dev=0.578
OP2 B 0, 1.071, 1.679, 2.287, 2.945 max_d=2.945 avg_d=1.679 std_dev=0.608
O4' A 0, 0.521, 1.166, 1.812, 2.205 max_d=2.205 avg_d=1.166 std_dev=0.645
C2' A 0, 0.563, 1.232, 1.902, 2.235 max_d=2.235 avg_d=1.232 std_dev=0.669
O3' A 0, 0.981, 1.722, 2.464, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.722 std_dev=0.742
C3' A 0, 0.782, 1.547, 2.312, 2.705 max_d=2.705 avg_d=1.547 std_dev=0.765
OP1 B 0, 1.183, 2.007, 2.830, 4.530 max_d=4.530 avg_d=2.007 std_dev=0.824
C4' A 0, 0.759, 1.663, 2.567, 2.886 max_d=2.886 avg_d=1.663 std_dev=0.904
O2' A 0, 0.837, 1.929, 3.021, 3.503 max_d=3.503 avg_d=1.929 std_dev=1.092
O5' A 0, 1.537, 2.737, 3.938, 5.844 max_d=5.844 avg_d=2.737 std_dev=1.201
C5' A 0, 1.254, 2.668, 4.082, 4.822 max_d=4.822 avg_d=2.668 std_dev=1.414
P A 0, 1.830, 3.606, 5.383, 7.855 max_d=7.855 avg_d=3.606 std_dev=1.776
OP1 A 0, 1.951, 3.959, 5.968, 10.045 max_d=10.045 avg_d=3.959 std_dev=2.009
OP2 A 0, 2.005, 4.445, 6.884, 8.345 max_d=8.345 avg_d=4.445 std_dev=2.439

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.37 0.01 0.25 0.84 0.56 0.40
C2 0.03 0.00 0.45 0.31 0.01 0.19 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.45 0.33 0.39 1.26 1.00 0.75
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.24 0.03 0.14 0.23 0.23 0.21 0.37 0.45 0.18 0.11 0.04 0.01 0.06 0.03 0.42 0.88 0.64 0.54
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.26 0.01 0.31 0.03 0.35 0.24 0.35 0.27 0.36 0.30 0.19 0.02 0.01 0.04 0.37 0.54 0.44 0.38
C4 0.02 0.01 0.24 0.26 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.32 0.18 0.34 1.23 0.81 0.62
C4' 0.02 0.19 0.03 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.08 0.20 0.14 0.18 0.09 0.17 0.06 0.30 0.04 0.01 0.02 0.33 0.33 0.16
C5 0.01 0.01 0.14 0.31 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.25 0.09 0.42 1.41 0.84 0.68
C5' 0.09 0.29 0.23 0.03 0.17 0.01 0.19 0.00 0.21 0.30 0.24 0.27 0.23 0.29 0.15 0.13 0.24 0.02 0.01 0.30 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.23 0.35 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.31 0.16 0.40 1.45 0.91 0.74
C8 0.02 0.01 0.21 0.24 0.01 0.20 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.47 0.12 0.18 0.58 1.37 0.76 0.66
N1 0.03 0.00 0.37 0.35 0.01 0.14 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.39 0.26 0.38 1.38 0.99 0.77
N3 0.03 0.00 0.45 0.27 0.00 0.18 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.45 0.32 0.36 1.15 0.91 0.68
N6 0.02 0.01 0.18 0.36 0.01 0.09 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.29 0.11 0.45 1.54 0.92 0.77
N7 0.01 0.01 0.11 0.30 0.01 0.17 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.44 0.17 0.09 0.56 1.49 0.83 0.71
N9 0.00 0.01 0.04 0.19 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.23 0.02 0.37 1.15 0.68 0.54
O2' 0.03 0.35 0.01 0.02 0.12 0.30 0.22 0.13 0.18 0.47 0.22 0.36 0.25 0.44 0.19 0.00 0.09 0.18 0.40 0.81 0.63 0.48
O3' 0.37 0.45 0.06 0.01 0.32 0.04 0.25 0.24 0.31 0.12 0.39 0.45 0.29 0.17 0.23 0.09 0.00 0.24 0.39 0.70 0.50 0.48
O4' 0.01 0.33 0.03 0.04 0.18 0.01 0.09 0.02 0.16 0.18 0.26 0.32 0.11 0.09 0.02 0.18 0.24 0.00 0.19 0.68 0.57 0.37
O5' 0.25 0.39 0.42 0.37 0.34 0.02 0.42 0.01 0.40 0.58 0.38 0.36 0.45 0.56 0.37 0.40 0.39 0.19 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.84 1.26 0.88 0.54 1.23 0.33 1.41 0.30 1.45 1.37 1.38 1.15 1.54 1.49 1.15 0.81 0.70 0.68 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.56 1.00 0.64 0.44 0.81 0.33 0.84 0.31 0.91 0.76 0.99 0.91 0.92 0.83 0.68 0.63 0.50 0.57 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.40 0.75 0.54 0.38 0.62 0.16 0.68 0.02 0.74 0.66 0.77 0.68 0.77 0.71 0.54 0.48 0.48 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.17 0.21 0.23 0.17 0.15 0.17 0.17 0.15 0.15 0.15 0.23 0.26 0.27 0.21 0.17 0.37 0.54 0.51 0.41
C2 0.20 0.14 0.30 0.26 0.15 0.20 0.13 0.18 0.12 0.14 0.13 0.20 0.34 0.35 0.20 0.22 0.29 0.37 0.38 0.27
C2' 0.23 0.21 0.23 0.27 0.32 0.23 0.34 0.31 0.28 0.23 0.23 0.24 0.29 0.30 0.40 0.25 0.48 0.64 0.67 0.56
C3' 0.51 0.48 0.46 0.46 0.46 0.50 0.49 0.52 0.50 0.50 0.46 0.50 0.49 0.43 0.45 0.54 0.59 0.73 0.70 0.63
C4 0.19 0.16 0.25 0.23 0.16 0.17 0.15 0.17 0.13 0.15 0.13 0.22 0.28 0.30 0.20 0.19 0.33 0.44 0.43 0.33
C4' 0.38 0.37 0.32 0.38 0.51 0.42 0.55 0.50 0.50 0.42 0.41 0.31 0.31 0.33 0.57 0.45 0.62 0.82 0.79 0.71
C5 0.19 0.16 0.25 0.24 0.15 0.17 0.14 0.17 0.13 0.15 0.13 0.22 0.28 0.30 0.20 0.20 0.32 0.41 0.41 0.31
C5' 0.54 0.51 0.42 0.53 0.74 0.62 0.80 0.75 0.73 0.60 0.57 0.40 0.39 0.45 0.82 0.66 0.86 1.09 1.06 0.99
C6 0.20 0.14 0.29 0.26 0.15 0.20 0.13 0.19 0.12 0.15 0.13 0.20 0.32 0.34 0.20 0.22 0.29 0.36 0.36 0.26
C8 0.18 0.18 0.21 0.22 0.17 0.16 0.17 0.18 0.15 0.16 0.16 0.23 0.26 0.26 0.21 0.18 0.37 0.52 0.48 0.39
N1 0.20 0.14 0.31 0.27 0.15 0.21 0.13 0.20 0.12 0.14 0.13 0.19 0.35 0.36 0.19 0.23 0.28 0.34 0.35 0.25
N3 0.19 0.15 0.27 0.24 0.15 0.18 0.14 0.17 0.12 0.14 0.13 0.21 0.30 0.32 0.20 0.20 0.31 0.42 0.42 0.31
N6 0.21 0.15 0.31 0.27 0.16 0.22 0.14 0.21 0.14 0.16 0.15 0.19 0.35 0.36 0.20 0.24 0.27 0.33 0.32 0.24
N7 0.19 0.17 0.22 0.22 0.16 0.16 0.15 0.17 0.14 0.16 0.14 0.23 0.26 0.27 0.20 0.18 0.34 0.46 0.43 0.35
N9 0.18 0.17 0.22 0.23 0.16 0.16 0.16 0.17 0.15 0.16 0.15 0.23 0.26 0.27 0.21 0.18 0.36 0.50 0.48 0.38
O2' 0.69 0.65 0.60 0.65 0.78 0.72 0.82 0.80 0.78 0.71 0.68 0.58 0.60 0.63 0.82 0.76 0.90 0.99 1.04 0.98
O3' 0.44 0.39 0.37 0.39 0.43 0.45 0.49 0.50 0.47 0.43 0.37 0.41 0.41 0.37 0.45 0.50 0.59 0.74 0.73 0.65
O4' 0.28 0.28 0.28 0.34 0.45 0.31 0.47 0.38 0.40 0.32 0.34 0.25 0.27 0.32 0.53 0.32 0.54 0.73 0.69 0.61
O5' 0.86 0.82 0.76 0.82 1.09 0.93 1.16 1.05 1.07 0.92 0.89 0.69 0.70 0.71 1.19 0.98 1.10 1.30 1.32 1.24
OP1 1.60 1.62 1.59 1.61 1.73 1.64 1.75 1.73 1.70 1.64 1.66 1.58 1.54 1.56 1.76 1.64 1.81 1.95 2.04 1.93
OP2 1.18 1.11 1.03 1.13 1.47 1.30 1.61 1.50 1.48 1.25 1.18 0.97 0.93 1.01 1.58 1.36 1.56 1.79 1.86 1.78
P 0.94 0.91 0.84 0.92 1.20 1.03 1.29 1.20 1.18 1.01 0.99 0.81 0.78 0.82 1.30 1.08 1.28 1.52 1.60 1.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.12 0.03 0.01 0.13 0.17 0.25 0.11
C2 0.02 0.00 0.10 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.15 0.02 0.06 0.25 0.32 0.32 0.23
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.07 0.01 0.10 0.08 0.11 0.04 0.09 0.18 0.01 0.02 0.08 0.01 0.22 0.31 0.28 0.23
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.17 0.00 0.18 0.02 0.17 0.10 0.16 0.16 0.02 0.01 0.19 0.01 0.21 0.30 0.19 0.19
C4 0.03 0.01 0.07 0.17 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.16 0.01 0.04 0.37 0.48 0.44 0.37
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.07 0.12 0.03 0.10 0.00 0.02 0.14 0.23 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.18 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.17 0.01 0.05 0.40 0.47 0.43 0.38
C5' 0.03 0.08 0.08 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.07 0.11 0.09 0.06 0.09 0.15 0.01 0.01 0.18 0.25 0.03
C6 0.01 0.01 0.11 0.17 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.15 0.01 0.06 0.35 0.36 0.33 0.29
N1 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.02 0.24 0.28 0.29 0.20
N3 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.01 0.05 0.32 0.41 0.39 0.30
O2 0.03 0.00 0.18 0.16 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.23 0.02 0.09 0.20 0.28 0.29 0.19
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.16 0.12 0.19 0.06 0.17 0.08 0.11 0.13 0.00 0.04 0.17 0.09 0.13 0.25 0.30 0.17
O3' 0.12 0.15 0.02 0.01 0.16 0.03 0.17 0.09 0.15 0.09 0.15 0.23 0.04 0.00 0.18 0.08 0.22 0.36 0.25 0.24
O4 0.03 0.02 0.08 0.19 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.18 0.00 0.05 0.40 0.54 0.49 0.41
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.09 0.09 0.08 0.05 0.00 0.11 0.10 0.30 0.12
O5' 0.13 0.25 0.22 0.21 0.37 0.02 0.40 0.01 0.35 0.24 0.32 0.20 0.13 0.22 0.40 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.32 0.31 0.30 0.48 0.14 0.47 0.18 0.36 0.28 0.41 0.28 0.25 0.36 0.54 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.32 0.28 0.19 0.44 0.23 0.43 0.25 0.33 0.29 0.39 0.29 0.30 0.25 0.49 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.23 0.23 0.19 0.37 0.04 0.38 0.03 0.29 0.20 0.30 0.19 0.17 0.24 0.41 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00