ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49847

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 7, 13, 10, 9, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.014, 0.028, 0.041, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.013, 0.037, 0.060, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.037 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.014, 0.038, 0.062, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.038 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.016, 0.044, 0.071, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.044 std_dev=0.028
C4 B 0, 0.218, 0.363, 0.508, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.363 std_dev=0.145
N3 B 0, 0.164, 0.320, 0.475, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.320 std_dev=0.156
C2 B 0, 0.264, 0.439, 0.615, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.439 std_dev=0.175
O4 B 0, 0.260, 0.438, 0.616, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.438 std_dev=0.178
C5 B 0, 0.275, 0.458, 0.641, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.458 std_dev=0.183
N1 B 0, 0.261, 0.444, 0.627, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.444 std_dev=0.183
C6 B 0, 0.187, 0.411, 0.636, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.411 std_dev=0.225
C1' B 0, 0.387, 0.642, 0.897, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.642 std_dev=0.255
O2 B 0, 0.346, 0.611, 0.876, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.611 std_dev=0.265
O4' B 0, 0.382, 0.769, 1.157, 2.194 max_d=2.194 avg_d=0.769 std_dev=0.388
C2' B 0, 0.460, 0.944, 1.429, 3.360 max_d=3.360 avg_d=0.944 std_dev=0.485
C2' A 0, 0.161, 0.685, 1.209, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.685 std_dev=0.524
O4' A 0, 0.145, 0.674, 1.202, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.674 std_dev=0.528
C4' B 0, 0.382, 0.948, 1.514, 3.229 max_d=3.229 avg_d=0.948 std_dev=0.566
C3' B 0, 0.426, 1.077, 1.728, 4.476 max_d=4.476 avg_d=1.077 std_dev=0.651
C3' A 0, 0.324, 1.006, 1.688, 2.462 max_d=2.462 avg_d=1.006 std_dev=0.682
O2' B 0, 0.470, 1.166, 1.862, 4.436 max_d=4.436 avg_d=1.166 std_dev=0.696
C4' A 0, 0.246, 1.040, 1.833, 2.851 max_d=2.851 avg_d=1.040 std_dev=0.793
C5' B 0, 0.269, 1.158, 2.046, 5.926 max_d=5.926 avg_d=1.158 std_dev=0.889
O2' A 0, 0.256, 1.149, 2.042, 2.765 max_d=2.765 avg_d=1.149 std_dev=0.893
O3' B 0, 0.506, 1.414, 2.323, 6.142 max_d=6.142 avg_d=1.414 std_dev=0.908
O3' A 0, 0.471, 1.428, 2.385, 2.944 max_d=2.944 avg_d=1.428 std_dev=0.957
C5' A 0, 0.638, 1.754, 2.870, 4.161 max_d=4.161 avg_d=1.754 std_dev=1.116
O5' B 0, 0.075, 1.205, 2.336, 7.459 max_d=7.459 avg_d=1.205 std_dev=1.130
P B 0, -0.107, 1.383, 2.874, 10.344 max_d=10.344 avg_d=1.383 std_dev=1.490
OP1 B 0, 1.556, 3.094, 4.632, 11.573 max_d=11.573 avg_d=3.094 std_dev=1.538
OP2 B 0, 0.286, 1.941, 3.596, 11.291 max_d=11.291 avg_d=1.941 std_dev=1.655
O5' A 0, 0.445, 2.153, 3.860, 6.130 max_d=6.130 avg_d=2.153 std_dev=1.708
P A 0, 0.804, 2.791, 4.777, 8.622 max_d=8.622 avg_d=2.791 std_dev=1.987
OP2 A 0, 1.077, 3.112, 5.147, 9.373 max_d=9.373 avg_d=3.112 std_dev=2.035
OP1 A 0, 0.942, 3.132, 5.321, 9.147 max_d=9.147 avg_d=3.132 std_dev=2.189

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.11 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.34 0.01 0.28 0.47 0.57 0.27
C2 0.03 0.00 0.48 0.34 0.01 0.24 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.42 0.37 0.43 0.74 0.87 0.56
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.27 0.03 0.16 0.24 0.25 0.20 0.39 0.47 0.20 0.09 0.05 0.00 0.05 0.02 0.53 0.68 0.71 0.53
C3' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.29 0.01 0.35 0.04 0.38 0.27 0.38 0.29 0.41 0.34 0.21 0.02 0.01 0.05 0.35 0.48 0.29 0.30
C4 0.02 0.01 0.27 0.29 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.30 0.19 0.39 0.65 0.80 0.44
C4' 0.03 0.24 0.03 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.27 0.16 0.24 0.12 0.23 0.09 0.32 0.04 0.01 0.02 0.27 0.32 0.14
C5 0.01 0.01 0.16 0.35 0.00 0.11 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.27 0.09 0.48 0.75 0.89 0.52
C5' 0.11 0.34 0.24 0.04 0.20 0.01 0.30 0.00 0.27 0.51 0.27 0.32 0.33 0.49 0.24 0.14 0.24 0.03 0.01 0.20 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.25 0.38 0.01 0.10 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.32 0.17 0.46 0.75 0.91 0.53
C8 0.02 0.01 0.20 0.27 0.00 0.27 0.01 0.51 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.47 0.14 0.22 0.63 0.87 0.94 0.67
N1 0.02 0.00 0.39 0.38 0.01 0.16 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.38 0.29 0.43 0.74 0.89 0.53
N3 0.03 0.00 0.47 0.29 0.00 0.24 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.42 0.41 0.36 0.41 0.68 0.81 0.50
N6 0.02 0.01 0.20 0.41 0.01 0.12 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.28 0.33 0.12 0.52 0.82 0.96 0.58
N7 0.01 0.01 0.09 0.34 0.00 0.23 0.00 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.21 0.12 0.63 0.90 1.00 0.69
N9 0.01 0.01 0.05 0.21 0.00 0.09 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.21 0.02 0.41 0.63 0.75 0.42
O2' 0.03 0.43 0.00 0.02 0.18 0.32 0.24 0.14 0.23 0.47 0.31 0.42 0.28 0.42 0.19 0.00 0.08 0.19 0.45 0.56 0.67 0.44
O3' 0.34 0.42 0.05 0.01 0.30 0.04 0.27 0.24 0.32 0.14 0.38 0.41 0.33 0.21 0.21 0.08 0.00 0.23 0.38 0.59 0.34 0.39
O4' 0.01 0.37 0.02 0.05 0.19 0.01 0.09 0.03 0.17 0.22 0.29 0.36 0.12 0.12 0.02 0.19 0.23 0.00 0.17 0.38 0.56 0.26
O5' 0.28 0.43 0.53 0.35 0.39 0.02 0.48 0.01 0.46 0.63 0.43 0.41 0.52 0.63 0.41 0.45 0.38 0.17 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.47 0.74 0.68 0.48 0.65 0.27 0.75 0.20 0.75 0.87 0.74 0.68 0.82 0.90 0.63 0.56 0.59 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.57 0.87 0.71 0.29 0.80 0.32 0.89 0.28 0.91 0.94 0.89 0.81 0.96 1.00 0.75 0.67 0.34 0.56 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.56 0.53 0.30 0.44 0.14 0.52 0.02 0.53 0.67 0.53 0.50 0.58 0.69 0.42 0.44 0.39 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.13 0.22 0.33 0.14 0.25 0.14 0.36 0.12 0.12 0.12 0.16 0.19 0.40 0.18 0.22 0.46 0.70 0.70 0.59
C2 0.17 0.14 0.30 0.47 0.17 0.40 0.16 0.63 0.14 0.14 0.15 0.16 0.31 0.56 0.21 0.32 0.81 1.08 1.24 1.06
C2' 0.18 0.18 0.23 0.33 0.36 0.25 0.38 0.35 0.30 0.21 0.23 0.18 0.23 0.39 0.46 0.23 0.47 0.71 0.72 0.61
C3' 0.48 0.47 0.46 0.51 0.41 0.51 0.42 0.55 0.44 0.46 0.43 0.50 0.44 0.53 0.39 0.52 0.57 0.71 0.73 0.62
C4 0.14 0.13 0.25 0.39 0.17 0.32 0.15 0.48 0.13 0.13 0.14 0.16 0.24 0.45 0.21 0.27 0.62 0.83 0.91 0.78
C4' 0.41 0.40 0.39 0.49 0.51 0.49 0.53 0.58 0.49 0.43 0.43 0.36 0.33 0.52 0.55 0.50 0.65 0.86 0.86 0.75
C5 0.14 0.13 0.25 0.39 0.17 0.32 0.16 0.48 0.14 0.13 0.15 0.15 0.24 0.44 0.21 0.27 0.62 0.80 0.89 0.77
C5' 0.77 0.74 0.70 0.80 0.93 0.86 0.97 0.97 0.91 0.81 0.79 0.65 0.64 0.79 1.00 0.89 1.04 1.24 1.23 1.16
C6 0.17 0.14 0.29 0.45 0.17 0.39 0.16 0.60 0.15 0.15 0.16 0.16 0.30 0.51 0.20 0.32 0.77 0.97 1.13 0.97
C8 0.12 0.12 0.20 0.30 0.15 0.23 0.15 0.31 0.12 0.12 0.12 0.15 0.17 0.35 0.20 0.20 0.40 0.61 0.58 0.50
N1 0.17 0.15 0.32 0.49 0.17 0.42 0.16 0.66 0.15 0.15 0.16 0.16 0.33 0.57 0.20 0.34 0.86 1.11 1.30 1.11
N3 0.15 0.13 0.28 0.43 0.17 0.36 0.16 0.55 0.14 0.13 0.14 0.16 0.27 0.51 0.21 0.29 0.71 0.95 1.07 0.91
N6 0.18 0.15 0.31 0.47 0.17 0.42 0.16 0.64 0.16 0.16 0.17 0.16 0.32 0.52 0.19 0.35 0.83 0.99 1.15 1.02
N7 0.13 0.12 0.21 0.32 0.17 0.26 0.16 0.36 0.13 0.12 0.13 0.15 0.18 0.36 0.21 0.23 0.46 0.64 0.65 0.56
N9 0.13 0.13 0.22 0.34 0.16 0.27 0.15 0.38 0.13 0.12 0.13 0.16 0.20 0.40 0.20 0.23 0.49 0.71 0.72 0.62
O2' 0.62 0.59 0.56 0.61 0.75 0.65 0.78 0.73 0.73 0.65 0.64 0.52 0.58 0.62 0.80 0.68 0.83 1.04 1.05 0.99
O3' 0.43 0.40 0.40 0.46 0.39 0.48 0.43 0.56 0.43 0.42 0.37 0.43 0.38 0.48 0.38 0.50 0.60 0.76 0.80 0.69
O4' 0.25 0.26 0.27 0.40 0.41 0.37 0.42 0.47 0.36 0.29 0.31 0.21 0.20 0.44 0.48 0.36 0.56 0.80 0.80 0.68
O5' 0.90 0.86 0.84 0.95 1.05 1.01 1.10 1.11 1.03 0.93 0.91 0.77 0.78 0.94 1.13 1.02 1.15 1.29 1.33 1.27
OP1 1.26 1.20 1.15 1.25 1.48 1.38 1.59 1.55 1.49 1.32 1.26 1.07 1.09 1.19 1.56 1.43 1.63 1.82 1.94 1.82
OP2 1.35 1.29 1.23 1.33 1.58 1.47 1.68 1.62 1.58 1.41 1.35 1.16 1.18 1.28 1.67 1.53 1.68 1.82 1.90 1.83
P 1.06 1.00 0.96 1.08 1.31 1.19 1.41 1.35 1.30 1.12 1.08 0.86 0.88 1.04 1.42 1.23 1.43 1.60 1.71 1.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.19 0.22 0.23
C2 0.02 0.00 0.10 0.15 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.01 0.12 0.20 0.33 0.29 0.27
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.08 0.02 0.10 0.02 0.10 0.04 0.09 0.17 0.00 0.02 0.09 0.01 0.09 0.19 0.17 0.09
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.16 0.00 0.23 0.02 0.23 0.09 0.15 0.27 0.01 0.01 0.18 0.02 0.15 0.29 0.24 0.16
C4 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.03 0.25 0.49 0.45 0.34
C4' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.18 0.05 0.08 0.23 0.06 0.03 0.09 0.00 0.02 0.16 0.13 0.10
C5 0.01 0.01 0.10 0.23 0.01 0.17 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.24 0.01 0.10 0.43 0.61 0.66 0.53
C5' 0.03 0.15 0.02 0.02 0.16 0.01 0.29 0.00 0.29 0.08 0.12 0.33 0.06 0.04 0.17 0.02 0.01 0.20 0.15 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.23 0.01 0.18 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.22 0.01 0.12 0.42 0.51 0.58 0.50
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.02 0.16 0.28 0.28 0.25
N3 0.02 0.00 0.09 0.15 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.01 0.08 0.17 0.38 0.31 0.24
O2 0.04 0.01 0.17 0.27 0.01 0.23 0.01 0.33 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.27 0.02 0.21 0.43 0.49 0.52 0.48
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.07 0.06 0.11 0.06 0.11 0.04 0.06 0.17 0.00 0.05 0.08 0.06 0.05 0.18 0.13 0.12
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.20 0.03 0.24 0.04 0.22 0.09 0.17 0.27 0.05 0.00 0.23 0.02 0.21 0.46 0.35 0.28
O4 0.02 0.01 0.09 0.18 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.23 0.00 0.04 0.27 0.55 0.49 0.36
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.03 0.00 0.10 0.02 0.12 0.02 0.08 0.21 0.06 0.02 0.04 0.00 0.14 0.30 0.30 0.32
O5' 0.09 0.20 0.09 0.15 0.25 0.02 0.43 0.01 0.42 0.16 0.17 0.43 0.05 0.21 0.27 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.33 0.19 0.29 0.49 0.16 0.61 0.20 0.51 0.28 0.38 0.49 0.18 0.46 0.55 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.29 0.17 0.24 0.45 0.13 0.66 0.15 0.58 0.28 0.31 0.52 0.13 0.35 0.49 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.27 0.09 0.16 0.34 0.10 0.53 0.02 0.50 0.25 0.24 0.48 0.12 0.28 0.36 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00