ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49848

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 7, 8, 6, 4, 5, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.018, 0.045, 0.072, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.045 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.017, 0.047, 0.076, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.047 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.020, 0.056, 0.092, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.056 std_dev=0.036
N1 B 0, 0.190, 0.378, 0.566, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.378 std_dev=0.188
N3 B 0, 0.250, 0.455, 0.660, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.455 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.223, 0.430, 0.637, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.430 std_dev=0.207
C1' B 0, 0.216, 0.428, 0.639, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.428 std_dev=0.211
C4 B 0, 0.242, 0.455, 0.668, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.455 std_dev=0.213
C6 B 0, 0.153, 0.377, 0.602, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.377 std_dev=0.224
C5 B 0, 0.181, 0.424, 0.667, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.424 std_dev=0.243
O4 B 0, 0.285, 0.533, 0.782, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.533 std_dev=0.248
O2 B 0, 0.253, 0.514, 0.775, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.514 std_dev=0.261
O4' B 0, 0.283, 0.816, 1.348, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.816 std_dev=0.532
C2' B 0, 0.384, 0.931, 1.478, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.931 std_dev=0.547
O4' A 0, 0.490, 1.048, 1.606, 1.760 max_d=1.760 avg_d=1.048 std_dev=0.558
C2' A 0, 0.516, 1.106, 1.697, 1.834 max_d=1.834 avg_d=1.106 std_dev=0.591
O2' B 0, 0.534, 1.285, 2.037, 2.338 max_d=2.338 avg_d=1.285 std_dev=0.752
O5' A 0, 0.467, 1.239, 2.012, 2.636 max_d=2.636 avg_d=1.239 std_dev=0.772
P A 0, 0.510, 1.348, 2.187, 4.769 max_d=4.769 avg_d=1.348 std_dev=0.839
C3' A 0, 0.584, 1.426, 2.268, 2.542 max_d=2.542 avg_d=1.426 std_dev=0.842
C4' B 0, 0.405, 1.266, 2.128, 2.601 max_d=2.601 avg_d=1.266 std_dev=0.862
C4' A 0, 0.710, 1.578, 2.446, 2.773 max_d=2.773 avg_d=1.578 std_dev=0.868
C3' B 0, 0.501, 1.394, 2.287, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.394 std_dev=0.893
O2' A 0, 0.904, 1.805, 2.707, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.805 std_dev=0.901
O5' B 0, 0.336, 1.293, 2.250, 2.894 max_d=2.894 avg_d=1.293 std_dev=0.957
P B 0, 0.329, 1.290, 2.251, 3.046 max_d=3.046 avg_d=1.290 std_dev=0.961
OP1 B 0, 0.461, 1.453, 2.444, 3.282 max_d=3.282 avg_d=1.453 std_dev=0.992
OP2 B 0, 0.330, 1.336, 2.342, 3.209 max_d=3.209 avg_d=1.336 std_dev=1.006
OP2 A 0, 0.937, 2.063, 3.190, 5.785 max_d=5.785 avg_d=2.063 std_dev=1.126
C5' B 0, 0.442, 1.577, 2.713, 3.672 max_d=3.672 avg_d=1.577 std_dev=1.136
O3' A 0, 0.492, 1.665, 2.837, 3.032 max_d=3.032 avg_d=1.665 std_dev=1.173
O3' B 0, 0.642, 1.879, 3.117, 3.612 max_d=3.612 avg_d=1.879 std_dev=1.238
C5' A 0, 1.181, 2.446, 3.711, 4.095 max_d=4.095 avg_d=2.446 std_dev=1.265
OP1 A 0, 0.500, 1.767, 3.034, 4.874 max_d=4.874 avg_d=1.767 std_dev=1.267

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.00 0.22 0.33 0.56 0.28
C2 0.02 0.00 0.44 0.43 0.01 0.16 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.49 0.35 0.25 0.26 0.35 0.71 0.37
C2' 0.00 0.44 0.00 0.01 0.23 0.01 0.11 0.21 0.20 0.20 0.34 0.44 0.15 0.11 0.02 0.01 0.03 0.02 0.59 0.43 1.09 0.62
C3' 0.01 0.43 0.01 0.00 0.36 0.01 0.42 0.02 0.46 0.35 0.46 0.37 0.49 0.41 0.27 0.02 0.01 0.02 0.37 0.32 0.78 0.38
C4 0.01 0.01 0.23 0.36 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.32 0.18 0.13 0.24 0.29 0.68 0.33
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.17 0.25 0.16 0.15 0.20 0.24 0.12 0.32 0.03 0.01 0.01 0.42 0.25 0.22
C5 0.01 0.01 0.11 0.42 0.00 0.17 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.15 0.05 0.25 0.26 0.71 0.34
C5' 0.06 0.19 0.21 0.02 0.14 0.01 0.23 0.00 0.23 0.32 0.20 0.16 0.28 0.33 0.13 0.11 0.24 0.01 0.01 0.22 0.29 0.02
C6 0.01 0.01 0.20 0.46 0.01 0.17 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.43 0.21 0.10 0.25 0.28 0.74 0.36
C8 0.01 0.01 0.20 0.35 0.01 0.25 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.43 0.17 0.17 0.28 0.24 0.65 0.32
N1 0.02 0.00 0.34 0.46 0.01 0.16 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.46 0.29 0.19 0.25 0.31 0.74 0.38
N3 0.02 0.00 0.44 0.37 0.00 0.15 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.45 0.35 0.25 0.26 0.35 0.68 0.35
N6 0.02 0.01 0.15 0.49 0.01 0.20 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.46 0.24 0.07 0.25 0.27 0.76 0.37
N7 0.01 0.01 0.11 0.41 0.01 0.24 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.46 0.19 0.10 0.28 0.25 0.70 0.34
N9 0.01 0.01 0.02 0.27 0.00 0.12 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.24 0.11 0.01 0.24 0.27 0.63 0.30
O2' 0.02 0.49 0.01 0.02 0.32 0.32 0.39 0.11 0.43 0.43 0.46 0.45 0.46 0.46 0.24 0.00 0.05 0.24 0.39 0.60 1.05 0.55
O3' 0.35 0.35 0.03 0.01 0.18 0.03 0.15 0.24 0.21 0.17 0.29 0.35 0.24 0.19 0.11 0.05 0.00 0.24 0.21 0.48 0.64 0.23
O4' 0.00 0.25 0.02 0.02 0.13 0.01 0.05 0.01 0.10 0.17 0.19 0.25 0.07 0.10 0.01 0.24 0.24 0.00 0.14 0.43 0.27 0.32
O5' 0.22 0.26 0.59 0.37 0.24 0.01 0.25 0.01 0.25 0.28 0.25 0.26 0.25 0.28 0.24 0.39 0.21 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.33 0.35 0.43 0.32 0.29 0.42 0.26 0.22 0.28 0.24 0.31 0.35 0.27 0.25 0.27 0.60 0.48 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.56 0.71 1.09 0.78 0.68 0.25 0.71 0.29 0.74 0.65 0.74 0.68 0.76 0.70 0.63 1.05 0.64 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.37 0.62 0.38 0.33 0.22 0.34 0.02 0.36 0.32 0.38 0.35 0.37 0.34 0.30 0.55 0.23 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.18 0.37 0.56 0.17 0.22 0.17 0.26 0.15 0.16 0.15 0.23 0.38 0.32 0.21 0.17 0.54 0.57 0.63 0.61
C2 0.20 0.15 0.54 0.49 0.17 0.21 0.15 0.22 0.13 0.15 0.14 0.20 0.40 0.38 0.23 0.26 0.49 0.47 0.54 0.52
C2' 0.29 0.29 0.30 0.39 0.44 0.26 0.46 0.33 0.40 0.32 0.33 0.27 0.41 0.27 0.51 0.42 0.58 0.52 0.58 0.56
C3' 0.56 0.55 0.68 0.86 0.51 0.59 0.52 0.59 0.53 0.54 0.52 0.59 0.40 0.53 0.50 0.50 0.46 0.55 0.59 0.56
C4 0.19 0.16 0.46 0.51 0.17 0.20 0.15 0.22 0.13 0.15 0.13 0.22 0.36 0.31 0.23 0.21 0.51 0.50 0.56 0.55
C4' 0.43 0.43 0.47 0.74 0.48 0.53 0.49 0.58 0.47 0.44 0.44 0.42 0.34 0.47 0.52 0.44 0.51 0.62 0.63 0.64
C5 0.19 0.15 0.47 0.49 0.17 0.19 0.15 0.21 0.13 0.14 0.14 0.21 0.35 0.31 0.23 0.22 0.49 0.47 0.51 0.52
C5' 0.59 0.58 0.54 0.84 0.67 0.70 0.69 0.76 0.66 0.61 0.60 0.54 0.39 0.60 0.71 0.66 0.58 0.71 0.68 0.72
C6 0.20 0.14 0.54 0.46 0.18 0.20 0.15 0.21 0.13 0.14 0.16 0.20 0.39 0.37 0.23 0.26 0.46 0.44 0.48 0.48
C8 0.18 0.18 0.36 0.52 0.16 0.20 0.16 0.23 0.15 0.16 0.15 0.24 0.36 0.27 0.22 0.18 0.51 0.52 0.55 0.57
N1 0.21 0.14 0.57 0.47 0.18 0.22 0.15 0.22 0.13 0.15 0.15 0.19 0.42 0.40 0.23 0.27 0.47 0.44 0.50 0.49
N3 0.20 0.15 0.50 0.52 0.17 0.20 0.15 0.22 0.13 0.15 0.13 0.21 0.38 0.34 0.23 0.23 0.51 0.50 0.57 0.55
N6 0.21 0.15 0.58 0.42 0.19 0.21 0.16 0.21 0.14 0.15 0.18 0.19 0.43 0.40 0.23 0.28 0.44 0.41 0.43 0.44
N7 0.19 0.16 0.40 0.49 0.17 0.19 0.15 0.21 0.13 0.15 0.13 0.23 0.33 0.26 0.23 0.19 0.49 0.47 0.51 0.52
N9 0.19 0.17 0.39 0.53 0.16 0.20 0.16 0.24 0.14 0.16 0.14 0.23 0.36 0.29 0.22 0.18 0.52 0.53 0.59 0.58
O2' 0.63 0.60 0.41 0.39 0.67 0.60 0.70 0.64 0.68 0.63 0.61 0.59 0.68 0.53 0.70 0.80 0.86 0.77 0.79 0.82
O3' 0.54 0.50 0.60 0.77 0.53 0.58 0.58 0.63 0.57 0.53 0.49 0.49 0.38 0.44 0.53 0.53 0.48 0.59 0.65 0.60
O4' 0.28 0.29 0.38 0.65 0.38 0.40 0.39 0.47 0.35 0.30 0.32 0.28 0.40 0.39 0.45 0.30 0.60 0.69 0.74 0.73
O5' 0.36 0.35 0.30 0.53 0.43 0.41 0.46 0.50 0.42 0.37 0.37 0.33 0.63 0.39 0.47 0.42 0.57 0.65 0.60 0.68
OP1 0.41 0.38 0.51 0.61 0.42 0.47 0.48 0.54 0.47 0.41 0.38 0.38 0.85 0.62 0.43 0.41 0.57 0.50 0.50 0.50
OP2 0.76 0.77 0.87 0.87 0.72 0.75 0.72 0.76 0.73 0.75 0.75 0.80 1.16 0.90 0.69 0.71 0.56 0.54 0.52 0.49
P 0.45 0.43 0.52 0.57 0.45 0.46 0.49 0.52 0.48 0.44 0.42 0.44 0.92 0.59 0.46 0.44 0.45 0.40 0.36 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.34 0.02 0.00 0.31 0.31 0.27 0.23
C2 0.02 0.00 0.20 0.31 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.17 0.01 0.10 0.39 0.36 0.31 0.37
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.05 0.02 0.15 0.22 0.19 0.03 0.15 0.36 0.00 0.04 0.06 0.02 0.63 0.74 0.62 0.61
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.43 0.01 0.40 0.02 0.33 0.25 0.39 0.26 0.02 0.01 0.46 0.02 0.35 0.45 0.23 0.29
C4 0.02 0.01 0.05 0.43 0.00 0.18 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.23 0.00 0.04 0.49 0.48 0.43 0.51
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.18 0.00 0.22 0.00 0.20 0.10 0.12 0.06 0.32 0.03 0.19 0.00 0.02 0.16 0.29 0.06
C5 0.02 0.01 0.15 0.40 0.01 0.22 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.28 0.01 0.11 0.49 0.47 0.39 0.50
C5' 0.08 0.09 0.22 0.02 0.21 0.00 0.25 0.00 0.20 0.10 0.14 0.08 0.11 0.23 0.23 0.01 0.01 0.19 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.19 0.33 0.01 0.20 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.21 0.01 0.13 0.45 0.39 0.32 0.40
N1 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.13 0.02 0.02 0.38 0.34 0.28 0.33
N3 0.02 0.00 0.15 0.39 0.01 0.12 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.15 0.01 0.07 0.45 0.42 0.38 0.45
O2 0.03 0.00 0.36 0.26 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.32 0.01 0.17 0.35 0.34 0.30 0.33
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.40 0.32 0.43 0.11 0.38 0.24 0.31 0.18 0.00 0.06 0.43 0.22 0.35 0.53 0.63 0.42
O3' 0.34 0.17 0.04 0.01 0.23 0.03 0.28 0.23 0.21 0.13 0.15 0.32 0.06 0.00 0.28 0.25 0.32 0.32 0.46 0.32
O4 0.02 0.01 0.06 0.46 0.00 0.19 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.01 0.43 0.28 0.00 0.05 0.52 0.53 0.49 0.56
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.04 0.00 0.11 0.01 0.13 0.02 0.07 0.17 0.22 0.25 0.05 0.00 0.10 0.18 0.36 0.19
O5' 0.31 0.39 0.63 0.35 0.49 0.02 0.49 0.01 0.45 0.38 0.45 0.35 0.35 0.32 0.52 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.31 0.36 0.74 0.45 0.48 0.16 0.47 0.19 0.39 0.34 0.42 0.34 0.53 0.32 0.53 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.31 0.62 0.23 0.43 0.29 0.39 0.36 0.32 0.28 0.38 0.30 0.63 0.46 0.49 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.37 0.61 0.29 0.51 0.06 0.50 0.01 0.40 0.33 0.45 0.33 0.42 0.32 0.56 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00