ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49849

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 5, 6, 5, 7, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.012, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.006, 0.029, 0.051, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.008, 0.033, 0.059, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.033 std_dev=0.025
N3 B 0, 0.220, 0.350, 0.480, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.350 std_dev=0.130
C2 B 0, 0.252, 0.383, 0.513, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.383 std_dev=0.131
N1 B 0, 0.270, 0.420, 0.570, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.420 std_dev=0.150
C4 B 0, 0.196, 0.370, 0.544, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.370 std_dev=0.174
C1' B 0, 0.315, 0.489, 0.663, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.489 std_dev=0.174
O2 B 0, 0.239, 0.431, 0.623, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.431 std_dev=0.192
O4 B 0, 0.185, 0.385, 0.585, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.385 std_dev=0.200
C6 B 0, 0.235, 0.457, 0.679, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.457 std_dev=0.222
C5 B 0, 0.200, 0.441, 0.683, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.441 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.221, 0.581, 0.940, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.581 std_dev=0.359
O4' B 0, 0.302, 0.770, 1.238, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.770 std_dev=0.468
O4' A 0, -0.163, 0.366, 0.896, 2.065 max_d=2.065 avg_d=0.366 std_dev=0.530
C2' A 0, -0.184, 0.350, 0.884, 2.096 max_d=2.096 avg_d=0.350 std_dev=0.534
O2' B 0, 0.202, 0.765, 1.328, 2.526 max_d=2.526 avg_d=0.765 std_dev=0.563
C3' B 0, 0.131, 0.770, 1.410, 2.479 max_d=2.479 avg_d=0.770 std_dev=0.639
C4' B 0, 0.192, 0.862, 1.532, 2.704 max_d=2.704 avg_d=0.862 std_dev=0.670
C3' A 0, -0.146, 0.573, 1.292, 2.687 max_d=2.687 avg_d=0.573 std_dev=0.719
O3' A 0, -0.082, 0.682, 1.446, 2.697 max_d=2.697 avg_d=0.682 std_dev=0.764
O2' A 0, -0.267, 0.517, 1.302, 3.076 max_d=3.076 avg_d=0.517 std_dev=0.784
C4' A 0, -0.150, 0.684, 1.517, 3.102 max_d=3.102 avg_d=0.684 std_dev=0.833
O3' B 0, 0.094, 0.929, 1.764, 3.252 max_d=3.252 avg_d=0.929 std_dev=0.835
C5' B 0, 0.173, 1.124, 2.076, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.124 std_dev=0.951
O5' B 0, 0.202, 1.203, 2.205, 3.773 max_d=3.773 avg_d=1.203 std_dev=1.002
O5' A 0, -0.121, 0.900, 1.922, 4.171 max_d=4.171 avg_d=0.900 std_dev=1.021
P A 0, -0.156, 0.983, 2.122, 4.413 max_d=4.413 avg_d=0.983 std_dev=1.139
P B 0, 0.119, 1.269, 2.420, 4.281 max_d=4.281 avg_d=1.269 std_dev=1.150
OP1 B 0, 0.324, 1.551, 2.778, 4.110 max_d=4.110 avg_d=1.551 std_dev=1.227
OP1 A 0, 0.016, 1.288, 2.559, 4.441 max_d=4.441 avg_d=1.288 std_dev=1.272
OP2 A 0, -0.038, 1.268, 2.575, 4.946 max_d=4.946 avg_d=1.268 std_dev=1.307
OP2 B 0, 0.142, 1.458, 2.775, 4.833 max_d=4.833 avg_d=1.458 std_dev=1.317
C5' A 0, -0.150, 1.268, 2.685, 5.161 max_d=5.161 avg_d=1.268 std_dev=1.417

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.17 0.01 0.20 0.43 0.38 0.22
C2 0.04 0.00 0.34 0.33 0.01 0.12 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.20 0.24 0.32 0.40 0.61 0.30
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.18 0.03 0.09 0.09 0.17 0.16 0.27 0.34 0.13 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.37 0.56 0.54 0.32
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.29 0.01 0.34 0.03 0.37 0.23 0.37 0.28 0.40 0.30 0.21 0.02 0.01 0.04 0.32 0.47 0.38 0.20
C4 0.02 0.01 0.18 0.29 0.00 0.10 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.16 0.12 0.26 0.36 0.57 0.25
C4' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.18 0.30 0.12 0.12 0.23 0.29 0.14 0.22 0.02 0.00 0.02 0.52 0.22 0.24
C5 0.01 0.01 0.09 0.34 0.00 0.19 0.00 0.47 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.21 0.05 0.27 0.32 0.64 0.26
C5' 0.07 0.28 0.09 0.03 0.31 0.01 0.47 0.00 0.47 0.56 0.37 0.23 0.56 0.61 0.31 0.14 0.14 0.03 0.01 0.27 0.25 0.03
C6 0.02 0.01 0.17 0.37 0.01 0.18 0.01 0.47 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.25 0.10 0.29 0.33 0.67 0.28
C8 0.02 0.01 0.16 0.23 0.01 0.30 0.01 0.56 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.38 0.15 0.16 0.27 0.29 0.57 0.23
N1 0.03 0.00 0.27 0.37 0.01 0.12 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.18 0.30 0.37 0.66 0.30
N3 0.04 0.00 0.34 0.28 0.00 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.17 0.24 0.30 0.41 0.56 0.27
N6 0.02 0.01 0.13 0.40 0.01 0.23 0.01 0.56 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.22 0.29 0.07 0.31 0.32 0.71 0.30
N7 0.01 0.01 0.08 0.30 0.01 0.29 0.00 0.61 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.35 0.21 0.10 0.30 0.29 0.64 0.26
N9 0.00 0.01 0.02 0.21 0.00 0.14 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.10 0.02 0.22 0.35 0.52 0.21
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.12 0.22 0.20 0.14 0.17 0.38 0.19 0.27 0.22 0.35 0.16 0.00 0.07 0.16 0.16 0.73 0.36 0.37
O3' 0.17 0.20 0.03 0.01 0.16 0.02 0.21 0.14 0.25 0.15 0.24 0.17 0.29 0.21 0.10 0.07 0.00 0.08 0.31 0.62 0.29 0.26
O4' 0.01 0.24 0.02 0.04 0.12 0.00 0.05 0.03 0.10 0.16 0.18 0.24 0.07 0.10 0.02 0.16 0.08 0.00 0.20 0.44 0.30 0.26
O5' 0.20 0.32 0.37 0.32 0.26 0.02 0.27 0.01 0.29 0.27 0.30 0.30 0.31 0.30 0.22 0.16 0.31 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.40 0.56 0.47 0.36 0.52 0.32 0.27 0.33 0.29 0.37 0.41 0.32 0.29 0.35 0.73 0.62 0.44 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.61 0.54 0.38 0.57 0.22 0.64 0.25 0.67 0.57 0.66 0.56 0.71 0.64 0.52 0.36 0.29 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.30 0.32 0.20 0.25 0.24 0.26 0.03 0.28 0.23 0.30 0.27 0.30 0.26 0.21 0.37 0.26 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.15 0.31 0.46 0.16 0.20 0.16 0.21 0.14 0.14 0.14 0.19 0.26 0.34 0.20 0.13 0.31 0.44 0.77 0.49
C2 0.20 0.16 0.46 0.47 0.14 0.23 0.13 0.21 0.13 0.16 0.13 0.20 0.31 0.38 0.18 0.21 0.30 0.34 0.67 0.44
C2' 0.19 0.18 0.26 0.33 0.29 0.17 0.31 0.22 0.26 0.21 0.21 0.19 0.29 0.23 0.35 0.25 0.24 0.27 0.74 0.35
C3' 0.31 0.31 0.39 0.51 0.22 0.32 0.22 0.27 0.24 0.28 0.28 0.37 0.27 0.37 0.21 0.28 0.31 0.44 0.78 0.49
C4 0.18 0.16 0.39 0.46 0.15 0.20 0.14 0.19 0.13 0.15 0.14 0.20 0.26 0.34 0.19 0.17 0.28 0.36 0.70 0.44
C4' 0.35 0.35 0.35 0.54 0.42 0.41 0.43 0.43 0.40 0.37 0.37 0.33 0.27 0.37 0.46 0.38 0.48 0.65 0.89 0.68
C5 0.18 0.16 0.40 0.43 0.14 0.19 0.13 0.16 0.13 0.15 0.13 0.20 0.25 0.30 0.17 0.18 0.24 0.31 0.64 0.39
C5' 0.73 0.72 0.63 0.75 0.78 0.75 0.79 0.76 0.77 0.75 0.73 0.69 0.61 0.60 0.80 0.79 0.74 0.87 0.99 0.88
C6 0.20 0.15 0.46 0.43 0.13 0.21 0.12 0.17 0.13 0.15 0.13 0.19 0.30 0.32 0.16 0.22 0.24 0.28 0.58 0.37
C8 0.15 0.15 0.29 0.42 0.15 0.18 0.15 0.17 0.14 0.14 0.14 0.18 0.23 0.29 0.19 0.13 0.25 0.36 0.69 0.42
N1 0.21 0.15 0.48 0.45 0.13 0.22 0.12 0.20 0.13 0.16 0.13 0.19 0.33 0.36 0.17 0.23 0.27 0.30 0.61 0.40
N3 0.19 0.16 0.42 0.47 0.15 0.22 0.14 0.21 0.14 0.16 0.14 0.20 0.28 0.37 0.19 0.19 0.30 0.37 0.72 0.46
N6 0.21 0.14 0.49 0.40 0.12 0.21 0.11 0.17 0.13 0.15 0.12 0.18 0.34 0.31 0.15 0.24 0.20 0.23 0.50 0.32
N7 0.16 0.15 0.33 0.41 0.14 0.17 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.19 0.22 0.26 0.17 0.15 0.21 0.31 0.63 0.38
N9 0.16 0.16 0.33 0.45 0.15 0.20 0.15 0.19 0.14 0.14 0.14 0.19 0.25 0.32 0.19 0.14 0.28 0.39 0.73 0.46
O2' 0.44 0.43 0.36 0.37 0.52 0.43 0.54 0.49 0.51 0.46 0.45 0.39 0.45 0.34 0.56 0.55 0.45 0.42 0.81 0.48
O3' 0.30 0.28 0.37 0.46 0.24 0.29 0.25 0.27 0.26 0.28 0.26 0.32 0.27 0.32 0.23 0.28 0.30 0.46 0.79 0.49
O4' 0.18 0.19 0.27 0.49 0.30 0.29 0.31 0.33 0.26 0.20 0.22 0.19 0.26 0.34 0.37 0.18 0.43 0.60 0.88 0.64
O5' 0.43 0.41 0.43 0.64 0.48 0.53 0.51 0.58 0.48 0.44 0.42 0.40 0.43 0.53 0.52 0.48 0.60 0.77 0.95 0.78
OP1 0.37 0.32 0.45 0.36 0.36 0.36 0.43 0.43 0.42 0.37 0.30 0.30 0.73 0.38 0.35 0.37 0.44 0.41 1.03 0.51
OP2 0.72 0.72 0.83 0.60 0.66 0.60 0.64 0.58 0.66 0.70 0.70 0.75 1.15 0.66 0.63 0.63 0.54 0.43 1.07 0.56
P 0.34 0.32 0.42 0.32 0.33 0.30 0.36 0.35 0.35 0.33 0.31 0.33 0.75 0.33 0.34 0.32 0.34 0.41 0.96 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.19 0.01 0.01 0.16 0.15 0.29 0.18
C2 0.02 0.00 0.15 0.22 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.11 0.01 0.07 0.11 0.15 0.47 0.25
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.05 0.03 0.12 0.15 0.15 0.03 0.11 0.27 0.00 0.03 0.06 0.01 0.31 0.39 0.42 0.33
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.29 0.01 0.27 0.01 0.22 0.18 0.27 0.21 0.02 0.01 0.31 0.02 0.07 0.21 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.29 0.00 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.19 0.00 0.05 0.16 0.29 0.61 0.34
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.14 0.07 0.08 0.07 0.23 0.03 0.14 0.00 0.01 0.07 0.09 0.06
C5 0.02 0.01 0.12 0.27 0.01 0.16 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.21 0.01 0.10 0.16 0.29 0.56 0.31
C5' 0.07 0.07 0.15 0.01 0.14 0.01 0.17 0.00 0.14 0.07 0.10 0.09 0.10 0.16 0.16 0.01 0.01 0.06 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.22 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.16 0.01 0.12 0.13 0.21 0.45 0.24
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.07 0.01 0.02 0.10 0.15 0.40 0.21
N3 0.02 0.01 0.11 0.27 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.13 0.01 0.05 0.14 0.22 0.56 0.31
O2 0.03 0.01 0.27 0.21 0.02 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.20 0.02 0.14 0.13 0.13 0.44 0.24
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.28 0.23 0.30 0.10 0.26 0.15 0.21 0.12 0.00 0.07 0.31 0.15 0.21 0.31 0.43 0.26
O3' 0.19 0.11 0.03 0.01 0.19 0.03 0.21 0.16 0.16 0.07 0.13 0.20 0.07 0.00 0.22 0.13 0.24 0.26 0.37 0.22
O4 0.01 0.01 0.06 0.31 0.00 0.14 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.22 0.00 0.05 0.18 0.33 0.66 0.37
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.05 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.05 0.14 0.15 0.13 0.05 0.00 0.08 0.24 0.17 0.19
O5' 0.16 0.11 0.31 0.07 0.16 0.01 0.16 0.01 0.13 0.10 0.14 0.13 0.21 0.24 0.18 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.15 0.39 0.21 0.29 0.07 0.29 0.06 0.21 0.15 0.22 0.13 0.31 0.26 0.33 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.47 0.42 0.10 0.61 0.09 0.56 0.17 0.45 0.40 0.56 0.44 0.43 0.37 0.66 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.25 0.33 0.07 0.34 0.06 0.31 0.02 0.24 0.21 0.31 0.24 0.26 0.22 0.37 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00