ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49850

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 4, 1, 7, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.002, 0.023, 0.045, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.023 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.001, 0.036, 0.070, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.036 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.003, 0.041, 0.079, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.041 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.003, 0.048, 0.093, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.048 std_dev=0.045
N1 B 0, 0.212, 0.321, 0.429, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.321 std_dev=0.109
C6 B 0, 0.305, 0.444, 0.584, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.444 std_dev=0.140
C5 B 0, 0.420, 0.615, 0.810, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.615 std_dev=0.195
C2 B 0, 0.393, 0.621, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.621 std_dev=0.228
O2 B 0, 0.512, 0.797, 1.082, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.797 std_dev=0.285
N3 B 0, 0.676, 0.972, 1.268, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.972 std_dev=0.296
C4 B 0, 0.633, 0.936, 1.239, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.936 std_dev=0.303
C1' B 0, 0.172, 0.504, 0.836, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.504 std_dev=0.332
O4' A 0, -0.038, 0.324, 0.686, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.324 std_dev=0.362
C2' A 0, -0.049, 0.328, 0.705, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.328 std_dev=0.377
C3' B 0, 0.494, 0.896, 1.298, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.896 std_dev=0.402
O4 B 0, 0.858, 1.268, 1.677, 1.831 max_d=1.831 avg_d=1.268 std_dev=0.410
C2' B 0, 0.353, 0.827, 1.302, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.827 std_dev=0.475
O2' A 0, 0.013, 0.531, 1.049, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.531 std_dev=0.518
C4' A 0, 0.253, 0.779, 1.305, 2.463 max_d=2.463 avg_d=0.779 std_dev=0.526
C3' A 0, 0.174, 0.711, 1.248, 2.529 max_d=2.529 avg_d=0.711 std_dev=0.537
O3' B 0, 0.603, 1.176, 1.748, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.176 std_dev=0.572
C4' B 0, 0.600, 1.184, 1.769, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.184 std_dev=0.584
O4' B 0, 0.356, 0.956, 1.556, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.956 std_dev=0.600
O3' A 0, 0.262, 0.950, 1.638, 3.115 max_d=3.115 avg_d=0.950 std_dev=0.688
C5' A 0, 0.552, 1.394, 2.235, 4.341 max_d=4.341 avg_d=1.394 std_dev=0.842
C5' B 0, 0.819, 1.754, 2.690, 3.176 max_d=3.176 avg_d=1.754 std_dev=0.935
O5' B 0, 0.840, 1.825, 2.810, 3.234 max_d=3.234 avg_d=1.825 std_dev=0.985
O5' A 0, 0.520, 1.518, 2.515, 5.123 max_d=5.123 avg_d=1.518 std_dev=0.997
P B 0, 1.101, 2.467, 3.833, 4.633 max_d=4.633 avg_d=2.467 std_dev=1.366
O2' B 0, 0.085, 1.461, 2.838, 3.700 max_d=3.700 avg_d=1.461 std_dev=1.376
OP2 B 0, 1.166, 2.643, 4.121, 4.953 max_d=4.953 avg_d=2.643 std_dev=1.477
P A 0, 0.317, 1.798, 3.279, 7.083 max_d=7.083 avg_d=1.798 std_dev=1.481
OP1 B 0, 1.448, 2.946, 4.444, 5.384 max_d=5.384 avg_d=2.946 std_dev=1.498
OP2 A 0, 0.535, 2.129, 3.723, 7.168 max_d=7.168 avg_d=2.129 std_dev=1.594
OP1 A 0, -0.100, 1.712, 3.524, 8.325 max_d=8.325 avg_d=1.712 std_dev=1.812

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.01 0.22 0.29 0.29 0.27
C2 0.03 0.00 0.29 0.28 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.35 0.17 0.38 0.46 0.67 0.55
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.16 0.02 0.09 0.10 0.15 0.14 0.24 0.29 0.11 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.22 0.26 0.26 0.18
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.20 0.00 0.22 0.03 0.25 0.15 0.28 0.24 0.26 0.18 0.12 0.02 0.01 0.03 0.31 0.33 0.33 0.22
C4 0.02 0.01 0.16 0.20 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.21 0.09 0.35 0.37 0.52 0.42
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.15 0.10 0.10 0.13 0.15 0.07 0.16 0.02 0.00 0.01 0.23 0.22 0.17
C5 0.01 0.01 0.09 0.22 0.00 0.11 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.19 0.04 0.43 0.43 0.56 0.46
C5' 0.06 0.19 0.10 0.03 0.17 0.00 0.25 0.00 0.25 0.29 0.22 0.17 0.29 0.31 0.16 0.10 0.11 0.02 0.01 0.27 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.25 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.26 0.08 0.42 0.44 0.62 0.49
C8 0.01 0.01 0.14 0.15 0.01 0.15 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.25 0.11 0.11 0.53 0.50 0.46 0.49
N1 0.03 0.01 0.24 0.28 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.32 0.13 0.39 0.45 0.67 0.52
N3 0.03 0.00 0.29 0.24 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.31 0.18 0.36 0.43 0.62 0.51
N6 0.02 0.01 0.11 0.26 0.01 0.13 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.25 0.06 0.47 0.49 0.66 0.53
N7 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.15 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.14 0.07 0.54 0.53 0.57 0.54
N9 0.00 0.01 0.03 0.12 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.10 0.01 0.36 0.36 0.39 0.35
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.12 0.16 0.17 0.10 0.16 0.25 0.18 0.23 0.20 0.25 0.11 0.00 0.04 0.11 0.11 0.36 0.11 0.19
O3' 0.15 0.35 0.02 0.01 0.21 0.02 0.19 0.11 0.26 0.11 0.32 0.31 0.25 0.14 0.10 0.04 0.00 0.10 0.36 0.45 0.39 0.29
O4' 0.01 0.17 0.01 0.03 0.09 0.00 0.04 0.02 0.08 0.11 0.13 0.18 0.06 0.07 0.01 0.11 0.10 0.00 0.22 0.34 0.35 0.32
O5' 0.22 0.38 0.22 0.31 0.35 0.01 0.43 0.01 0.42 0.53 0.39 0.36 0.47 0.54 0.36 0.11 0.36 0.22 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.29 0.46 0.26 0.33 0.37 0.23 0.43 0.27 0.44 0.50 0.45 0.43 0.49 0.53 0.36 0.36 0.45 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.67 0.26 0.33 0.52 0.22 0.56 0.28 0.62 0.46 0.67 0.62 0.66 0.57 0.39 0.11 0.39 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.55 0.18 0.22 0.42 0.17 0.46 0.01 0.49 0.49 0.52 0.51 0.53 0.54 0.35 0.19 0.29 0.32 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.08 0.37 0.43 0.12 0.18 0.14 0.24 0.11 0.08 0.08 0.12 0.15 0.35 0.16 0.35 0.52 0.68 0.98 0.72
C2 0.12 0.11 0.63 0.37 0.18 0.39 0.17 0.45 0.14 0.11 0.14 0.11 0.65 0.38 0.21 0.59 0.41 0.46 0.67 0.50
C2' 0.16 0.15 0.42 0.41 0.25 0.20 0.27 0.25 0.22 0.17 0.18 0.14 0.27 0.27 0.31 0.38 0.35 0.48 0.77 0.54
C3' 0.18 0.18 0.32 0.38 0.17 0.21 0.18 0.28 0.17 0.16 0.16 0.21 0.20 0.27 0.19 0.35 0.50 0.63 0.80 0.65
C4 0.10 0.08 0.50 0.39 0.16 0.27 0.16 0.31 0.12 0.09 0.11 0.11 0.38 0.34 0.20 0.47 0.43 0.50 0.77 0.56
C4' 0.18 0.17 0.28 0.47 0.20 0.23 0.21 0.34 0.20 0.18 0.18 0.16 0.19 0.37 0.21 0.30 0.61 0.82 1.04 0.83
C5 0.10 0.09 0.52 0.37 0.18 0.29 0.17 0.34 0.13 0.10 0.13 0.11 0.43 0.33 0.21 0.49 0.39 0.44 0.65 0.50
C5' 0.39 0.38 0.37 0.58 0.43 0.44 0.44 0.55 0.42 0.40 0.39 0.35 0.42 0.50 0.44 0.44 0.71 0.95 1.11 0.93
C6 0.11 0.11 0.63 0.34 0.19 0.39 0.18 0.47 0.14 0.11 0.16 0.10 0.68 0.36 0.21 0.59 0.37 0.42 0.53 0.45
C8 0.09 0.08 0.35 0.40 0.14 0.16 0.14 0.22 0.10 0.08 0.08 0.12 0.14 0.31 0.19 0.33 0.46 0.58 0.82 0.63
N1 0.12 0.12 0.67 0.35 0.19 0.43 0.18 0.52 0.15 0.12 0.16 0.11 0.77 0.39 0.21 0.62 0.39 0.45 0.56 0.47
N3 0.11 0.09 0.56 0.39 0.17 0.31 0.16 0.36 0.13 0.10 0.12 0.11 0.48 0.36 0.20 0.52 0.44 0.49 0.78 0.56
N6 0.11 0.13 0.68 0.31 0.19 0.46 0.18 0.56 0.15 0.12 0.17 0.10 0.83 0.38 0.20 0.64 0.38 0.46 0.39 0.43
N7 0.09 0.08 0.41 0.37 0.17 0.20 0.16 0.25 0.12 0.08 0.10 0.12 0.24 0.30 0.21 0.39 0.39 0.47 0.67 0.52
N9 0.10 0.08 0.41 0.42 0.14 0.19 0.14 0.24 0.11 0.08 0.08 0.11 0.20 0.33 0.18 0.38 0.47 0.59 0.87 0.65
O2' 0.33 0.32 0.53 0.49 0.37 0.33 0.39 0.34 0.36 0.34 0.33 0.31 0.39 0.35 0.39 0.47 0.38 0.52 0.87 0.59
O3' 0.18 0.17 0.33 0.38 0.19 0.21 0.21 0.30 0.19 0.17 0.16 0.21 0.21 0.25 0.24 0.34 0.48 0.60 0.75 0.62
O4' 0.16 0.12 0.28 0.46 0.17 0.21 0.19 0.32 0.17 0.14 0.12 0.13 0.21 0.39 0.20 0.30 0.64 0.86 1.12 0.88
O5' 0.64 0.64 0.53 0.60 0.73 0.65 0.74 0.76 0.70 0.66 0.67 0.59 0.70 0.63 0.78 0.73 0.75 0.91 0.98 0.91
OP1 0.74 0.70 0.63 0.63 0.84 0.72 0.88 0.81 0.84 0.76 0.73 0.64 0.91 0.65 0.89 0.82 0.80 0.87 0.92 0.89
OP2 0.79 0.78 0.71 0.65 0.86 0.72 0.87 0.78 0.83 0.80 0.79 0.76 0.96 0.69 0.91 0.85 0.80 0.86 0.91 0.89
P 0.75 0.73 0.63 0.59 0.87 0.70 0.90 0.77 0.85 0.78 0.76 0.67 0.93 0.62 0.93 0.82 0.80 0.91 0.97 0.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.32 0.02 0.00 0.16 0.20 0.14 0.19
C2 0.02 0.00 0.30 0.27 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.17 0.01 0.28 0.27 0.33 0.31 0.35
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.07 0.02 0.18 0.19 0.25 0.04 0.23 0.49 0.00 0.04 0.09 0.02 0.48 0.48 0.53 0.48
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.41 0.01 0.40 0.02 0.33 0.24 0.36 0.20 0.03 0.01 0.45 0.03 0.27 0.35 0.13 0.23
C4 0.02 0.01 0.07 0.41 0.00 0.20 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.24 0.00 0.03 0.51 0.67 0.72 0.67
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.20 0.00 0.35 0.01 0.36 0.11 0.07 0.31 0.29 0.03 0.22 0.01 0.02 0.14 0.17 0.06
C5 0.01 0.01 0.18 0.40 0.00 0.35 0.00 0.49 0.00 0.01 0.01 0.01 0.61 0.25 0.01 0.24 0.61 0.81 0.76 0.79
C5' 0.05 0.19 0.19 0.02 0.29 0.01 0.49 0.00 0.46 0.13 0.16 0.41 0.12 0.22 0.33 0.02 0.01 0.16 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.25 0.33 0.01 0.36 0.00 0.46 0.00 0.01 0.01 0.01 0.62 0.19 0.01 0.31 0.51 0.64 0.51 0.62
N1 0.01 0.01 0.04 0.24 0.01 0.11 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.16 0.01 0.01 0.26 0.34 0.27 0.34
N3 0.02 0.00 0.23 0.36 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.18 0.01 0.19 0.36 0.45 0.51 0.47
O2 0.03 0.00 0.49 0.20 0.01 0.31 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00 0.56 0.25 0.01 0.51 0.31 0.37 0.24 0.36
O2' 0.02 0.18 0.00 0.03 0.35 0.29 0.61 0.12 0.62 0.20 0.11 0.56 0.00 0.07 0.38 0.20 0.32 0.33 0.60 0.37
O3' 0.32 0.17 0.04 0.01 0.24 0.03 0.25 0.22 0.19 0.16 0.18 0.25 0.07 0.00 0.28 0.20 0.31 0.50 0.36 0.35
O4 0.02 0.01 0.09 0.45 0.00 0.22 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.28 0.00 0.03 0.58 0.78 0.87 0.77
O4' 0.00 0.28 0.02 0.03 0.03 0.01 0.24 0.02 0.31 0.01 0.19 0.51 0.20 0.20 0.03 0.00 0.14 0.22 0.29 0.23
O5' 0.16 0.27 0.48 0.27 0.51 0.02 0.61 0.01 0.51 0.26 0.36 0.31 0.32 0.31 0.58 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.33 0.48 0.35 0.67 0.14 0.81 0.16 0.64 0.34 0.45 0.37 0.33 0.50 0.78 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.31 0.53 0.13 0.72 0.17 0.76 0.26 0.51 0.27 0.51 0.24 0.60 0.36 0.87 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.35 0.48 0.23 0.67 0.06 0.79 0.01 0.62 0.34 0.47 0.36 0.37 0.35 0.77 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00