ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49852

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 7, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.036, 0.051, 0.066, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.051 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.039, 0.055, 0.071, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.055 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.036, 0.055, 0.075, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.055 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.049, 0.072, 0.096, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.072 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.039, 0.064, 0.089, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.064 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.037, 0.063, 0.090, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.063 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.064, 0.093, 0.122, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.093 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.050, 0.080, 0.110, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.080 std_dev=0.030
N3 A 0, 0.080, 0.114, 0.149, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.114 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.060, 0.096, 0.131, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.096 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.189, 0.260, 0.332, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.260 std_dev=0.071
C5 B 0, 0.192, 0.353, 0.515, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.353 std_dev=0.162
C2 B 0, 0.265, 0.431, 0.596, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.431 std_dev=0.165
C4 B 0, 0.271, 0.441, 0.610, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.441 std_dev=0.169
N3 B 0, 0.321, 0.493, 0.666, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.493 std_dev=0.172
C6 B 0, 0.287, 0.482, 0.676, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.482 std_dev=0.195
N1 B 0, 0.274, 0.470, 0.666, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.470 std_dev=0.196
O4 B 0, 0.417, 0.658, 0.899, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.658 std_dev=0.241
O2 B 0, 0.328, 0.589, 0.850, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.589 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.404, 0.760, 1.117, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.760 std_dev=0.357
C2' B 0, 0.452, 0.923, 1.393, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.923 std_dev=0.471
O4' B 0, 0.463, 0.992, 1.521, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.992 std_dev=0.529
C2' A 0, 0.427, 1.053, 1.680, 1.934 max_d=1.934 avg_d=1.053 std_dev=0.627
O2' B 0, 0.667, 1.312, 1.957, 2.830 max_d=2.830 avg_d=1.312 std_dev=0.645
C3' B 0, 0.219, 0.961, 1.704, 2.583 max_d=2.583 avg_d=0.961 std_dev=0.742
C4' B 0, 0.350, 1.109, 1.868, 2.735 max_d=2.735 avg_d=1.109 std_dev=0.759
O4' A 0, 0.310, 1.094, 1.878, 2.185 max_d=2.185 avg_d=1.094 std_dev=0.784
C3' A 0, 0.628, 1.510, 2.393, 2.713 max_d=2.713 avg_d=1.510 std_dev=0.882
OP1 B 0, 0.800, 1.708, 2.616, 3.963 max_d=3.963 avg_d=1.708 std_dev=0.908
P B 0, 0.595, 1.505, 2.414, 3.480 max_d=3.480 avg_d=1.505 std_dev=0.910
O3' B 0, 0.412, 1.352, 2.292, 3.392 max_d=3.392 avg_d=1.352 std_dev=0.940
C5' B 0, 0.383, 1.335, 2.287, 3.365 max_d=3.365 avg_d=1.335 std_dev=0.952
O5' B 0, 0.302, 1.270, 2.237, 3.439 max_d=3.439 avg_d=1.270 std_dev=0.967
OP2 B 0, 0.647, 1.638, 2.629, 3.251 max_d=3.251 avg_d=1.638 std_dev=0.991
O2' A 0, 0.755, 1.762, 2.769, 2.969 max_d=2.969 avg_d=1.762 std_dev=1.007
O5' A 0, 1.066, 2.149, 3.231, 3.657 max_d=3.657 avg_d=2.149 std_dev=1.083
O3' A 0, 0.694, 1.796, 2.898, 3.561 max_d=3.561 avg_d=1.796 std_dev=1.102
C4' A 0, 0.446, 1.578, 2.711, 3.204 max_d=3.204 avg_d=1.578 std_dev=1.133
P A 0, 1.092, 2.372, 3.652, 6.014 max_d=6.014 avg_d=2.372 std_dev=1.280
OP2 A 0, 1.032, 2.470, 3.909, 6.740 max_d=6.740 avg_d=2.470 std_dev=1.439
OP1 A 0, 1.096, 2.671, 4.246, 7.505 max_d=7.505 avg_d=2.671 std_dev=1.575
C5' A 0, 0.895, 2.525, 4.154, 5.022 max_d=5.022 avg_d=2.525 std_dev=1.630

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.31 0.01 0.33 0.52 0.48 0.36
C2 0.06 0.00 0.57 0.46 0.01 0.25 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.57 0.47 0.45 0.66 0.95 0.89 0.85
C2' 0.00 0.57 0.00 0.00 0.30 0.02 0.15 0.19 0.27 0.27 0.45 0.57 0.20 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.57 0.83 0.87 0.65
C3' 0.01 0.46 0.00 0.00 0.35 0.01 0.39 0.03 0.44 0.31 0.47 0.41 0.45 0.36 0.23 0.03 0.01 0.04 0.34 0.64 0.47 0.37
C4 0.03 0.01 0.30 0.35 0.00 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.27 0.25 0.24 0.51 0.68 0.75 0.62
C4' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.15 0.27 0.19 0.23 0.16 0.24 0.10 0.33 0.03 0.01 0.02 0.42 0.16 0.19
C5 0.02 0.01 0.15 0.39 0.01 0.14 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.31 0.19 0.11 0.49 0.65 0.85 0.64
C5' 0.08 0.39 0.19 0.03 0.22 0.01 0.26 0.00 0.30 0.39 0.35 0.35 0.33 0.38 0.17 0.15 0.23 0.03 0.01 0.26 0.25 0.03
C6 0.04 0.01 0.27 0.44 0.01 0.15 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.29 0.21 0.57 0.78 0.94 0.77
C8 0.01 0.01 0.27 0.31 0.01 0.27 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.57 0.15 0.27 0.35 0.49 0.76 0.47
N1 0.05 0.00 0.45 0.47 0.02 0.19 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.43 0.41 0.36 0.65 0.93 0.96 0.87
N3 0.05 0.00 0.57 0.41 0.00 0.23 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.55 0.43 0.45 0.60 0.83 0.77 0.73
N6 0.03 0.01 0.20 0.45 0.02 0.16 0.02 0.33 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.36 0.28 0.14 0.55 0.77 0.98 0.78
N7 0.01 0.01 0.14 0.36 0.01 0.24 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.51 0.15 0.14 0.39 0.52 0.84 0.54
N9 0.00 0.02 0.02 0.23 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.24 0.10 0.02 0.39 0.53 0.65 0.46
O2' 0.02 0.57 0.00 0.03 0.27 0.33 0.31 0.15 0.33 0.57 0.43 0.55 0.36 0.51 0.24 0.00 0.05 0.21 0.32 0.74 0.77 0.49
O3' 0.31 0.47 0.02 0.01 0.25 0.03 0.19 0.23 0.29 0.15 0.41 0.43 0.28 0.15 0.10 0.05 0.00 0.20 0.42 0.52 0.45 0.32
O4' 0.01 0.45 0.02 0.04 0.24 0.01 0.11 0.03 0.21 0.27 0.36 0.45 0.14 0.14 0.02 0.21 0.20 0.00 0.30 0.48 0.37 0.39
O5' 0.33 0.66 0.57 0.34 0.51 0.02 0.49 0.01 0.57 0.35 0.65 0.60 0.55 0.39 0.39 0.32 0.42 0.30 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.52 0.95 0.83 0.64 0.68 0.42 0.65 0.26 0.78 0.49 0.93 0.83 0.77 0.52 0.53 0.74 0.52 0.48 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.48 0.89 0.87 0.47 0.75 0.16 0.85 0.25 0.94 0.76 0.96 0.77 0.98 0.84 0.65 0.77 0.45 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.36 0.85 0.65 0.37 0.62 0.19 0.64 0.03 0.77 0.47 0.87 0.73 0.78 0.54 0.46 0.49 0.32 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.17 0.29 0.36 0.17 0.21 0.18 0.23 0.16 0.17 0.15 0.21 0.35 0.41 0.21 0.19 0.31 0.44 0.64 0.46
C2 0.21 0.16 0.39 0.44 0.20 0.26 0.18 0.26 0.16 0.17 0.17 0.18 0.37 0.61 0.26 0.22 0.33 0.41 0.58 0.43
C2' 0.28 0.26 0.25 0.33 0.53 0.31 0.56 0.39 0.46 0.33 0.35 0.20 0.27 0.32 0.64 0.37 0.43 0.45 0.74 0.49
C3' 0.51 0.51 0.57 0.57 0.43 0.48 0.44 0.44 0.45 0.48 0.47 0.56 0.59 0.51 0.43 0.48 0.45 0.46 0.65 0.47
C4 0.19 0.16 0.34 0.40 0.19 0.23 0.18 0.24 0.15 0.16 0.16 0.20 0.35 0.50 0.25 0.20 0.32 0.41 0.60 0.43
C4' 0.53 0.52 0.51 0.54 0.60 0.55 0.62 0.60 0.59 0.55 0.54 0.49 0.55 0.50 0.63 0.57 0.64 0.78 0.89 0.80
C5 0.20 0.16 0.35 0.40 0.20 0.24 0.17 0.25 0.15 0.16 0.17 0.20 0.34 0.50 0.25 0.20 0.31 0.39 0.56 0.42
C5' 0.81 0.79 0.68 0.69 0.95 0.82 0.99 0.92 0.93 0.85 0.83 0.72 0.72 0.60 1.01 0.91 0.95 1.11 1.20 1.15
C6 0.21 0.16 0.39 0.43 0.21 0.26 0.18 0.26 0.16 0.17 0.19 0.19 0.36 0.58 0.26 0.22 0.32 0.38 0.54 0.41
C8 0.19 0.18 0.28 0.34 0.18 0.21 0.18 0.23 0.16 0.17 0.16 0.22 0.34 0.37 0.24 0.19 0.29 0.41 0.60 0.44
N1 0.21 0.16 0.40 0.45 0.21 0.26 0.18 0.27 0.16 0.17 0.19 0.18 0.37 0.63 0.26 0.23 0.33 0.39 0.55 0.41
N3 0.20 0.16 0.36 0.42 0.19 0.24 0.18 0.25 0.16 0.16 0.16 0.19 0.35 0.55 0.25 0.21 0.33 0.42 0.60 0.44
N6 0.22 0.17 0.41 0.44 0.21 0.27 0.18 0.27 0.17 0.17 0.20 0.19 0.37 0.60 0.25 0.23 0.33 0.37 0.50 0.39
N7 0.20 0.17 0.30 0.36 0.19 0.22 0.17 0.24 0.15 0.17 0.16 0.23 0.33 0.41 0.25 0.19 0.30 0.39 0.56 0.42
N9 0.19 0.17 0.30 0.37 0.18 0.22 0.18 0.24 0.16 0.17 0.15 0.21 0.34 0.43 0.24 0.19 0.31 0.42 0.61 0.45
O2' 0.82 0.77 0.64 0.74 1.00 0.88 1.07 0.98 1.00 0.87 0.84 0.65 0.60 0.69 1.06 0.97 1.00 1.03 1.23 1.08
O3' 0.43 0.40 0.49 0.53 0.46 0.44 0.50 0.46 0.47 0.42 0.39 0.41 0.50 0.49 0.50 0.43 0.50 0.51 0.73 0.53
O4' 0.44 0.43 0.45 0.53 0.60 0.51 0.63 0.60 0.56 0.48 0.49 0.36 0.48 0.53 0.68 0.49 0.70 0.88 1.01 0.89
O5' 0.48 0.47 0.42 0.35 0.63 0.45 0.68 0.55 0.60 0.50 0.49 0.46 0.58 0.36 0.72 0.56 0.60 0.80 0.98 0.86
OP1 0.59 0.59 0.56 0.57 0.76 0.60 0.83 0.73 0.73 0.61 0.62 0.62 0.69 0.57 0.87 0.67 0.83 0.98 1.18 1.03
OP2 0.84 0.88 0.90 0.90 1.00 0.82 1.01 0.87 0.92 0.86 0.91 0.91 0.98 0.98 1.10 0.86 0.95 0.97 1.14 1.04
P 0.59 0.60 0.59 0.56 0.76 0.57 0.81 0.66 0.70 0.61 0.62 0.63 0.74 0.59 0.87 0.65 0.75 0.88 1.06 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.18 0.03 0.00 0.13 0.18 0.26 0.19
C2 0.02 0.00 0.14 0.16 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.17 0.01 0.05 0.10 0.20 0.38 0.25
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.02 0.13 0.13 0.15 0.02 0.09 0.27 0.00 0.02 0.06 0.01 0.27 0.35 0.37 0.31
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.25 0.01 0.31 0.02 0.31 0.14 0.19 0.25 0.02 0.01 0.26 0.02 0.05 0.19 0.11 0.06
C4 0.02 0.01 0.05 0.25 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.18 0.00 0.03 0.13 0.24 0.40 0.26
C4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.14 0.05 0.06 0.08 0.18 0.03 0.11 0.00 0.01 0.10 0.09 0.06
C5 0.02 0.01 0.13 0.31 0.00 0.14 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.30 0.01 0.05 0.20 0.21 0.34 0.21
C5' 0.05 0.05 0.13 0.02 0.09 0.00 0.13 0.00 0.12 0.04 0.06 0.09 0.08 0.12 0.10 0.01 0.01 0.10 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.31 0.01 0.14 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.28 0.01 0.06 0.18 0.16 0.28 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.02 0.01 0.08 0.16 0.30 0.20
N3 0.02 0.00 0.09 0.19 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.11 0.01 0.03 0.10 0.22 0.41 0.27
O2 0.03 0.00 0.27 0.25 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.37 0.02 0.08 0.15 0.22 0.40 0.27
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.20 0.18 0.21 0.08 0.18 0.12 0.19 0.23 0.00 0.05 0.22 0.12 0.21 0.31 0.41 0.27
O3' 0.18 0.17 0.02 0.01 0.18 0.03 0.30 0.12 0.28 0.09 0.11 0.37 0.05 0.00 0.20 0.14 0.16 0.30 0.29 0.19
O4 0.03 0.01 0.06 0.26 0.00 0.11 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.20 0.00 0.03 0.15 0.27 0.43 0.28
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.08 0.12 0.14 0.03 0.00 0.05 0.18 0.21 0.17
O5' 0.13 0.10 0.27 0.05 0.13 0.01 0.20 0.01 0.18 0.08 0.10 0.15 0.21 0.16 0.15 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.18 0.20 0.35 0.19 0.24 0.10 0.21 0.10 0.16 0.16 0.22 0.22 0.31 0.30 0.27 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.38 0.37 0.11 0.40 0.09 0.34 0.09 0.28 0.30 0.41 0.40 0.41 0.29 0.43 0.21 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.25 0.31 0.06 0.26 0.06 0.21 0.01 0.17 0.20 0.27 0.27 0.27 0.19 0.28 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00