ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49853

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 3, 4, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.025 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.007, 0.031, 0.056, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.031 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.006, 0.030, 0.055, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.030 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.006, 0.036, 0.066, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.036 std_dev=0.030
C4 B 0, 0.164, 0.348, 0.531, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.348 std_dev=0.184
O4 B 0, 0.207, 0.410, 0.613, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.410 std_dev=0.203
N3 B 0, 0.116, 0.330, 0.544, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.330 std_dev=0.214
C5 B 0, 0.204, 0.420, 0.636, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.420 std_dev=0.216
C6 B 0, 0.191, 0.424, 0.656, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.424 std_dev=0.233
N1 B 0, 0.170, 0.415, 0.661, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.415 std_dev=0.245
C2 B 0, 0.152, 0.402, 0.652, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.402 std_dev=0.250
C1' B 0, 0.231, 0.552, 0.873, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.552 std_dev=0.321
O4' B 0, 0.230, 0.564, 0.898, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.564 std_dev=0.334
C4' B 0, 0.231, 0.597, 0.962, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.597 std_dev=0.366
O2 B 0, 0.138, 0.510, 0.882, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.510 std_dev=0.372
C2' B 0, 0.254, 0.686, 1.118, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.686 std_dev=0.432
C3' B 0, 0.243, 0.713, 1.183, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.713 std_dev=0.470
C5' B 0, 0.156, 0.692, 1.228, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.692 std_dev=0.536
O5' B 0, 0.152, 0.735, 1.318, 2.538 max_d=2.538 avg_d=0.735 std_dev=0.583
O2' B 0, 0.296, 0.908, 1.520, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.908 std_dev=0.612
O4' A 0, -0.053, 0.635, 1.322, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.635 std_dev=0.687
C2' A 0, -0.079, 0.638, 1.354, 2.127 max_d=2.127 avg_d=0.638 std_dev=0.716
P B 0, 0.145, 0.933, 1.721, 3.332 max_d=3.332 avg_d=0.933 std_dev=0.788
O3' B 0, 0.225, 1.043, 1.860, 3.003 max_d=3.003 avg_d=1.043 std_dev=0.818
OP2 B 0, 0.212, 1.135, 2.058, 3.810 max_d=3.810 avg_d=1.135 std_dev=0.923
C3' A 0, -0.115, 0.816, 1.748, 2.776 max_d=2.776 avg_d=0.816 std_dev=0.932
OP1 B 0, 0.235, 1.230, 2.225, 3.588 max_d=3.588 avg_d=1.230 std_dev=0.995
C4' A 0, -0.135, 0.919, 1.973, 3.152 max_d=3.152 avg_d=0.919 std_dev=1.054
O2' A 0, -0.038, 1.062, 2.161, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.062 std_dev=1.099
O3' A 0, -0.223, 0.919, 2.061, 3.737 max_d=3.737 avg_d=0.919 std_dev=1.142
O5' A 0, -0.285, 1.070, 2.426, 3.968 max_d=3.968 avg_d=1.070 std_dev=1.355
P A 0, -0.243, 1.324, 2.892, 4.550 max_d=4.550 avg_d=1.324 std_dev=1.567
OP2 A 0, -0.193, 1.463, 3.119, 4.878 max_d=4.878 avg_d=1.463 std_dev=1.656
C5' A 0, -0.200, 1.498, 3.196, 5.163 max_d=5.163 avg_d=1.498 std_dev=1.698
OP1 A 0, -0.233, 1.474, 3.180, 4.789 max_d=4.789 avg_d=1.474 std_dev=1.706

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.31 0.00 0.26 0.37 0.29 0.21
C2 0.03 0.00 0.40 0.25 0.01 0.24 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.47 0.38 0.38 0.29 0.25 0.55 0.27
C2' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.22 0.02 0.13 0.17 0.21 0.18 0.33 0.39 0.17 0.09 0.04 0.01 0.07 0.03 0.54 0.61 0.68 0.54
C3' 0.03 0.25 0.00 0.00 0.25 0.00 0.34 0.03 0.34 0.38 0.30 0.21 0.39 0.40 0.23 0.02 0.02 0.02 0.37 0.43 0.39 0.34
C4 0.02 0.01 0.22 0.25 0.00 0.11 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.22 0.20 0.22 0.22 0.47 0.20
C4' 0.02 0.24 0.02 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.14 0.33 0.17 0.23 0.17 0.29 0.13 0.25 0.05 0.01 0.01 0.37 0.15 0.16
C5 0.01 0.01 0.13 0.34 0.01 0.16 0.00 0.39 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.19 0.08 0.21 0.23 0.54 0.25
C5' 0.08 0.34 0.17 0.03 0.27 0.01 0.39 0.00 0.38 0.50 0.35 0.30 0.45 0.52 0.26 0.10 0.17 0.03 0.01 0.24 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.34 0.01 0.14 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.21 0.17 0.20 0.24 0.60 0.28
C8 0.01 0.01 0.18 0.38 0.01 0.33 0.00 0.50 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.47 0.30 0.22 0.31 0.26 0.40 0.27
N1 0.03 0.00 0.33 0.30 0.01 0.17 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.28 0.30 0.22 0.22 0.60 0.27
N3 0.03 0.00 0.39 0.21 0.00 0.23 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.45 0.39 0.38 0.30 0.28 0.49 0.26
N6 0.01 0.01 0.17 0.39 0.01 0.17 0.01 0.45 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.30 0.23 0.11 0.23 0.32 0.65 0.34
N7 0.01 0.02 0.09 0.40 0.01 0.29 0.00 0.52 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.42 0.31 0.12 0.31 0.31 0.53 0.33
N9 0.00 0.01 0.04 0.23 0.00 0.13 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.17 0.01 0.21 0.24 0.38 0.17
O2' 0.03 0.47 0.01 0.02 0.22 0.25 0.26 0.10 0.28 0.47 0.36 0.45 0.30 0.42 0.20 0.00 0.12 0.20 0.47 0.65 0.68 0.52
O3' 0.31 0.38 0.07 0.02 0.22 0.05 0.19 0.17 0.21 0.30 0.28 0.39 0.23 0.31 0.17 0.12 0.00 0.20 0.42 0.51 0.49 0.43
O4' 0.00 0.38 0.03 0.02 0.20 0.01 0.08 0.03 0.17 0.22 0.30 0.38 0.11 0.12 0.01 0.20 0.20 0.00 0.23 0.43 0.18 0.27
O5' 0.26 0.29 0.54 0.37 0.22 0.01 0.21 0.01 0.20 0.31 0.22 0.30 0.23 0.31 0.21 0.47 0.42 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.25 0.61 0.43 0.22 0.37 0.23 0.24 0.24 0.26 0.22 0.28 0.32 0.31 0.24 0.65 0.51 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.55 0.68 0.39 0.47 0.15 0.54 0.23 0.60 0.40 0.60 0.49 0.65 0.53 0.38 0.68 0.49 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.27 0.54 0.34 0.20 0.16 0.25 0.02 0.28 0.27 0.27 0.26 0.34 0.33 0.17 0.52 0.43 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.19 0.22 0.27 0.15 0.18 0.16 0.21 0.14 0.17 0.15 0.27 0.30 0.22 0.19 0.20 0.31 0.67 0.58 0.43
C2 0.18 0.11 0.29 0.29 0.17 0.18 0.15 0.17 0.11 0.12 0.11 0.17 0.33 0.42 0.25 0.23 0.19 0.44 0.40 0.28
C2' 0.27 0.27 0.29 0.34 0.27 0.26 0.28 0.29 0.27 0.26 0.26 0.29 0.30 0.24 0.30 0.28 0.41 0.67 0.55 0.43
C3' 0.46 0.46 0.46 0.45 0.49 0.43 0.49 0.40 0.48 0.47 0.47 0.46 0.54 0.39 0.51 0.47 0.40 0.76 0.50 0.46
C4 0.19 0.15 0.24 0.26 0.16 0.17 0.15 0.17 0.12 0.14 0.11 0.24 0.30 0.29 0.23 0.21 0.24 0.54 0.46 0.34
C4' 0.36 0.36 0.29 0.30 0.55 0.36 0.59 0.45 0.50 0.40 0.41 0.32 0.42 0.26 0.64 0.43 0.46 0.94 0.77 0.68
C5 0.19 0.14 0.25 0.26 0.17 0.17 0.15 0.17 0.11 0.13 0.11 0.24 0.30 0.29 0.25 0.21 0.22 0.50 0.42 0.31
C5' 0.63 0.63 0.49 0.46 0.88 0.63 0.92 0.76 0.82 0.69 0.70 0.56 0.61 0.44 0.99 0.75 0.74 1.21 1.06 1.00
C6 0.18 0.10 0.29 0.28 0.19 0.18 0.16 0.16 0.11 0.11 0.13 0.18 0.32 0.39 0.26 0.22 0.18 0.41 0.35 0.25
C8 0.21 0.21 0.21 0.25 0.15 0.18 0.15 0.20 0.14 0.17 0.16 0.29 0.30 0.19 0.21 0.20 0.29 0.64 0.52 0.40
N1 0.18 0.09 0.31 0.30 0.19 0.19 0.16 0.17 0.11 0.11 0.13 0.14 0.34 0.45 0.26 0.23 0.17 0.39 0.35 0.24
N3 0.19 0.13 0.26 0.27 0.16 0.17 0.15 0.17 0.11 0.13 0.11 0.21 0.31 0.34 0.23 0.22 0.22 0.51 0.45 0.32
N6 0.17 0.09 0.31 0.29 0.22 0.18 0.17 0.16 0.12 0.11 0.18 0.13 0.34 0.43 0.28 0.23 0.15 0.35 0.30 0.21
N7 0.20 0.19 0.22 0.24 0.16 0.17 0.15 0.18 0.12 0.16 0.12 0.28 0.29 0.21 0.25 0.20 0.25 0.56 0.45 0.35
N9 0.20 0.19 0.22 0.26 0.15 0.18 0.15 0.19 0.13 0.16 0.14 0.27 0.29 0.22 0.21 0.20 0.28 0.62 0.52 0.39
O2' 0.68 0.66 0.59 0.67 0.77 0.70 0.80 0.79 0.76 0.70 0.69 0.60 0.47 0.54 0.82 0.74 0.90 1.00 1.04 0.95
O3' 0.52 0.51 0.53 0.56 0.61 0.52 0.64 0.52 0.60 0.54 0.53 0.48 0.53 0.48 0.66 0.54 0.58 0.86 0.66 0.61
O4' 0.25 0.24 0.23 0.29 0.44 0.28 0.48 0.38 0.39 0.28 0.28 0.28 0.34 0.26 0.55 0.30 0.44 0.90 0.79 0.66
O5' 0.46 0.43 0.32 0.23 0.71 0.45 0.79 0.57 0.68 0.52 0.50 0.34 0.53 0.22 0.84 0.59 0.54 1.01 0.95 0.81
OP1 0.50 0.45 0.50 0.54 0.63 0.54 0.72 0.62 0.65 0.53 0.48 0.40 0.59 0.59 0.69 0.60 0.63 1.10 0.93 0.80
OP2 0.55 0.55 0.63 0.61 0.62 0.51 0.70 0.52 0.62 0.55 0.55 0.61 0.71 0.70 0.69 0.58 0.50 1.03 0.79 0.68
P 0.44 0.40 0.40 0.38 0.65 0.43 0.75 0.53 0.64 0.48 0.45 0.36 0.55 0.43 0.76 0.55 0.52 1.05 0.88 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.18 0.02 0.01 0.06 0.15 0.27 0.17
C2 0.02 0.00 0.12 0.14 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.15 0.01 0.07 0.14 0.36 0.24 0.18
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.13 0.11 0.15 0.03 0.08 0.22 0.00 0.04 0.07 0.02 0.25 0.22 0.38 0.27
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.21 0.01 0.24 0.02 0.22 0.13 0.18 0.15 0.03 0.01 0.23 0.02 0.16 0.25 0.22 0.15
C4 0.02 0.01 0.06 0.21 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.23 0.17 0.01 0.03 0.25 0.59 0.35 0.30
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.07 0.19 0.02 0.09 0.00 0.02 0.20 0.22 0.06
C5 0.02 0.01 0.13 0.24 0.01 0.12 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.22 0.01 0.04 0.26 0.59 0.35 0.31
C5' 0.04 0.08 0.11 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.10 0.08 0.10 0.12 0.15 0.01 0.01 0.28 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.22 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.20 0.01 0.06 0.21 0.42 0.26 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.11 0.02 0.02 0.13 0.30 0.23 0.17
N3 0.02 0.00 0.08 0.18 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.13 0.01 0.06 0.20 0.49 0.29 0.24
O2 0.05 0.01 0.22 0.15 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.25 0.02 0.12 0.11 0.30 0.23 0.17
O2' 0.01 0.14 0.00 0.03 0.23 0.19 0.27 0.10 0.24 0.13 0.18 0.21 0.00 0.07 0.25 0.13 0.19 0.25 0.39 0.24
O3' 0.18 0.15 0.04 0.01 0.17 0.02 0.22 0.12 0.20 0.11 0.13 0.25 0.07 0.00 0.19 0.12 0.19 0.49 0.32 0.27
O4 0.02 0.01 0.07 0.23 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.25 0.19 0.00 0.04 0.26 0.66 0.40 0.33
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.12 0.13 0.12 0.04 0.00 0.11 0.21 0.38 0.23
O5' 0.06 0.14 0.25 0.16 0.25 0.02 0.26 0.01 0.21 0.13 0.20 0.11 0.19 0.19 0.26 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.15 0.36 0.22 0.25 0.59 0.20 0.59 0.28 0.42 0.30 0.49 0.30 0.25 0.49 0.66 0.21 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.24 0.38 0.22 0.35 0.22 0.35 0.23 0.26 0.23 0.29 0.23 0.39 0.32 0.40 0.38 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.18 0.27 0.15 0.30 0.06 0.31 0.02 0.23 0.17 0.24 0.17 0.24 0.27 0.33 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00