ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49854

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 5, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.017, 0.037, 0.058, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.020, 0.040, 0.061, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.040 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.015, 0.038, 0.060, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C6 B 0, 0.195, 0.314, 0.432, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.314 std_dev=0.119
C5 B 0, 0.180, 0.299, 0.419, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.299 std_dev=0.119
C4 B 0, 0.208, 0.329, 0.449, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.329 std_dev=0.121
N1 B 0, 0.178, 0.309, 0.440, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.309 std_dev=0.131
N3 B 0, 0.128, 0.276, 0.424, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.276 std_dev=0.148
O4 B 0, 0.287, 0.455, 0.624, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.455 std_dev=0.169
C2 B 0, 0.074, 0.244, 0.414, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.244 std_dev=0.170
O2 B 0, 0.081, 0.288, 0.496, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.288 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.214, 0.429, 0.644, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.429 std_dev=0.215
O4' B 0, 0.249, 0.469, 0.688, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.469 std_dev=0.220
C3' B 0, 0.278, 0.564, 0.850, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.564 std_dev=0.286
C4' B 0, 0.235, 0.552, 0.869, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.552 std_dev=0.317
C2' B 0, 0.174, 0.583, 0.991, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.583 std_dev=0.408
C5' B 0, 0.255, 0.693, 1.132, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.693 std_dev=0.438
O5' B 0, 0.255, 0.733, 1.211, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.733 std_dev=0.478
O3' B 0, 0.185, 0.679, 1.173, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.679 std_dev=0.494
O4' A 0, -0.185, 0.545, 1.275, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.545 std_dev=0.730
C2' A 0, -0.174, 0.605, 1.383, 2.014 max_d=2.014 avg_d=0.605 std_dev=0.779
P B 0, 0.274, 1.089, 1.904, 2.356 max_d=2.356 avg_d=1.089 std_dev=0.815
OP2 B 0, 0.292, 1.139, 1.987, 2.481 max_d=2.481 avg_d=1.139 std_dev=0.848
O2' B 0, -0.109, 0.809, 1.727, 3.136 max_d=3.136 avg_d=0.809 std_dev=0.918
C3' A 0, -0.174, 0.817, 1.809, 2.504 max_d=2.504 avg_d=0.817 std_dev=0.992
OP1 B 0, 0.262, 1.274, 2.286, 2.783 max_d=2.783 avg_d=1.274 std_dev=1.012
C4' A 0, -0.209, 0.833, 1.875, 2.650 max_d=2.650 avg_d=0.833 std_dev=1.042
O3' A 0, -0.108, 0.998, 2.104, 2.805 max_d=2.805 avg_d=0.998 std_dev=1.106
O2' A 0, -0.204, 0.930, 2.064, 2.950 max_d=2.950 avg_d=0.930 std_dev=1.134
O5' A 0, -0.098, 1.107, 2.311, 3.784 max_d=3.784 avg_d=1.107 std_dev=1.205
OP2 A 0, -0.174, 1.139, 2.452, 4.604 max_d=4.604 avg_d=1.139 std_dev=1.313
P A 0, -0.214, 1.238, 2.690, 4.657 max_d=4.657 avg_d=1.238 std_dev=1.452
C5' A 0, -0.319, 1.306, 2.931, 4.596 max_d=4.596 avg_d=1.306 std_dev=1.625
OP1 A 0, -0.267, 1.367, 3.001, 5.146 max_d=5.146 avg_d=1.367 std_dev=1.634

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.29 0.01 0.35 0.41 0.29 0.33
C2 0.02 0.00 0.51 0.47 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.32 0.25 0.49 0.44 0.44 0.48
C2' 0.00 0.51 0.00 0.00 0.26 0.03 0.13 0.19 0.23 0.24 0.40 0.51 0.16 0.12 0.01 0.00 0.05 0.02 0.68 0.81 0.73 0.73
C3' 0.01 0.47 0.00 0.00 0.37 0.01 0.38 0.02 0.45 0.19 0.49 0.41 0.45 0.29 0.22 0.01 0.01 0.02 0.36 0.56 0.20 0.39
C4 0.01 0.01 0.26 0.37 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.21 0.14 0.51 0.48 0.45 0.49
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.14 0.07 0.08 0.10 0.14 0.07 0.30 0.03 0.00 0.03 0.17 0.24 0.03
C5 0.01 0.01 0.13 0.38 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.23 0.08 0.58 0.54 0.54 0.59
C5' 0.09 0.10 0.19 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.13 0.23 0.10 0.10 0.17 0.22 0.12 0.14 0.22 0.03 0.01 0.16 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.23 0.45 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.30 0.13 0.58 0.53 0.56 0.60
C8 0.01 0.01 0.24 0.19 0.00 0.14 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.42 0.09 0.13 0.60 0.58 0.54 0.60
N1 0.02 0.00 0.40 0.49 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.33 0.21 0.54 0.48 0.50 0.54
N3 0.02 0.00 0.51 0.41 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.27 0.24 0.45 0.42 0.39 0.44
N6 0.02 0.01 0.16 0.45 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.32 0.10 0.62 0.58 0.62 0.65
N7 0.01 0.01 0.12 0.29 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.40 0.17 0.06 0.62 0.60 0.61 0.65
N9 0.00 0.01 0.01 0.22 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.13 0.02 0.49 0.48 0.42 0.47
O2' 0.02 0.24 0.00 0.01 0.07 0.30 0.22 0.14 0.15 0.42 0.11 0.26 0.23 0.40 0.19 0.00 0.08 0.20 0.34 0.53 0.63 0.46
O3' 0.29 0.32 0.05 0.01 0.21 0.03 0.23 0.22 0.30 0.09 0.33 0.27 0.32 0.17 0.13 0.08 0.00 0.19 0.10 0.33 0.18 0.16
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.14 0.00 0.08 0.03 0.13 0.13 0.21 0.24 0.10 0.06 0.02 0.20 0.19 0.00 0.05 0.13 0.24 0.05
O5' 0.35 0.49 0.68 0.36 0.51 0.03 0.58 0.01 0.58 0.60 0.54 0.45 0.62 0.62 0.49 0.34 0.10 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.41 0.44 0.81 0.56 0.48 0.17 0.54 0.16 0.53 0.58 0.48 0.42 0.58 0.60 0.48 0.53 0.33 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.44 0.73 0.20 0.45 0.24 0.54 0.37 0.56 0.54 0.50 0.39 0.62 0.61 0.42 0.63 0.18 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.48 0.73 0.39 0.49 0.03 0.59 0.01 0.60 0.60 0.54 0.44 0.65 0.65 0.47 0.46 0.16 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.13 0.25 0.10 0.13 0.10 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.44 0.19 0.10 0.18 0.19 0.27 0.37 0.27
C2 0.14 0.11 0.27 0.19 0.11 0.18 0.10 0.17 0.10 0.11 0.10 0.13 0.20 0.37 0.15 0.24 0.13 0.15 0.26 0.18
C2' 0.34 0.34 0.33 0.41 0.49 0.36 0.50 0.38 0.45 0.38 0.40 0.27 0.40 0.24 0.54 0.38 0.45 0.51 0.66 0.59
C3' 0.21 0.21 0.19 0.33 0.19 0.23 0.19 0.28 0.20 0.20 0.21 0.23 0.41 0.22 0.18 0.23 0.32 0.35 0.42 0.33
C4 0.13 0.11 0.19 0.22 0.09 0.14 0.09 0.13 0.09 0.11 0.09 0.14 0.29 0.27 0.13 0.20 0.14 0.20 0.31 0.21
C4' 0.19 0.16 0.15 0.25 0.29 0.18 0.31 0.29 0.26 0.20 0.20 0.13 0.55 0.20 0.35 0.23 0.36 0.44 0.50 0.41
C5 0.13 0.11 0.21 0.22 0.11 0.15 0.09 0.13 0.09 0.11 0.10 0.14 0.24 0.28 0.15 0.20 0.13 0.18 0.28 0.19
C5' 0.36 0.31 0.32 0.26 0.46 0.30 0.50 0.42 0.45 0.37 0.34 0.27 0.75 0.31 0.54 0.40 0.48 0.55 0.62 0.55
C6 0.14 0.11 0.28 0.19 0.13 0.18 0.11 0.17 0.10 0.12 0.12 0.14 0.18 0.36 0.18 0.23 0.12 0.14 0.24 0.17
C8 0.14 0.12 0.13 0.25 0.09 0.13 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.15 0.43 0.18 0.12 0.17 0.18 0.25 0.34 0.24
N1 0.15 0.11 0.30 0.18 0.13 0.20 0.11 0.19 0.11 0.12 0.12 0.13 0.20 0.40 0.17 0.24 0.13 0.14 0.24 0.18
N3 0.13 0.11 0.22 0.21 0.09 0.16 0.09 0.14 0.09 0.11 0.09 0.14 0.25 0.31 0.13 0.22 0.13 0.19 0.30 0.20
N6 0.15 0.11 0.32 0.18 0.15 0.20 0.11 0.19 0.11 0.12 0.13 0.13 0.20 0.40 0.19 0.24 0.13 0.12 0.21 0.17
N7 0.14 0.11 0.15 0.24 0.10 0.13 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.15 0.34 0.21 0.15 0.18 0.15 0.21 0.30 0.20
N9 0.14 0.12 0.15 0.24 0.09 0.13 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.14 0.39 0.21 0.11 0.18 0.17 0.24 0.34 0.24
O2' 0.67 0.68 0.56 0.65 0.82 0.73 0.83 0.78 0.78 0.72 0.74 0.60 0.51 0.48 0.85 0.79 0.80 0.85 0.97 0.96
O3' 0.20 0.19 0.21 0.35 0.22 0.23 0.24 0.30 0.23 0.21 0.19 0.19 0.36 0.22 0.23 0.22 0.35 0.38 0.46 0.37
O4' 0.15 0.11 0.14 0.25 0.27 0.13 0.29 0.24 0.23 0.16 0.15 0.12 0.53 0.19 0.36 0.17 0.34 0.46 0.54 0.41
O5' 0.71 0.71 0.68 0.81 0.66 0.71 0.64 0.67 0.66 0.70 0.69 0.74 0.82 0.79 0.63 0.69 0.71 0.75 0.80 0.77
OP1 0.83 0.79 0.85 0.89 0.78 0.79 0.81 0.77 0.82 0.81 0.76 0.78 1.08 0.90 0.75 0.79 0.82 0.89 0.94 0.90
OP2 0.86 0.84 0.83 0.85 0.85 0.80 0.86 0.78 0.86 0.85 0.83 0.82 1.05 0.86 0.84 0.83 0.82 0.86 0.90 0.88
P 0.86 0.83 0.85 0.90 0.81 0.82 0.83 0.80 0.84 0.85 0.81 0.83 1.07 0.92 0.78 0.83 0.83 0.89 0.93 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.27 0.03 0.00 0.15 0.18 0.19 0.15
C2 0.03 0.00 0.13 0.22 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.14 0.02 0.11 0.11 0.14 0.19 0.13
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.04 0.03 0.12 0.15 0.15 0.02 0.09 0.24 0.00 0.03 0.05 0.01 0.37 0.47 0.50 0.43
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.33 0.00 0.32 0.01 0.27 0.20 0.29 0.17 0.01 0.01 0.36 0.02 0.07 0.28 0.16 0.14
C4 0.03 0.01 0.04 0.33 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.01 0.34 0.16 0.01 0.03 0.18 0.22 0.30 0.23
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.06 0.06 0.08 0.28 0.02 0.13 0.00 0.01 0.11 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.12 0.32 0.01 0.16 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.19 0.01 0.07 0.19 0.19 0.24 0.19
C5' 0.06 0.07 0.15 0.01 0.13 0.01 0.17 0.00 0.14 0.06 0.09 0.11 0.12 0.19 0.15 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.27 0.02 0.15 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.13 0.02 0.10 0.12 0.10 0.16 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.08 0.02 0.02 0.09 0.11 0.15 0.10
N3 0.03 0.00 0.09 0.29 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.10 0.02 0.08 0.14 0.18 0.26 0.19
O2 0.04 0.00 0.24 0.17 0.01 0.08 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.28 0.01 0.18 0.12 0.16 0.19 0.13
O2' 0.02 0.19 0.00 0.01 0.34 0.28 0.36 0.12 0.31 0.20 0.26 0.17 0.00 0.06 0.36 0.19 0.25 0.41 0.56 0.36
O3' 0.27 0.14 0.03 0.01 0.16 0.02 0.19 0.19 0.13 0.08 0.10 0.28 0.06 0.00 0.19 0.18 0.23 0.41 0.36 0.31
O4 0.03 0.02 0.05 0.36 0.01 0.13 0.01 0.15 0.02 0.02 0.02 0.01 0.36 0.19 0.00 0.04 0.22 0.27 0.37 0.28
O4' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.10 0.02 0.08 0.18 0.19 0.18 0.04 0.00 0.08 0.05 0.12 0.11
O5' 0.15 0.11 0.37 0.07 0.18 0.01 0.19 0.01 0.12 0.09 0.14 0.12 0.25 0.23 0.22 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.14 0.47 0.28 0.22 0.11 0.19 0.06 0.10 0.11 0.18 0.16 0.41 0.41 0.27 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.19 0.50 0.16 0.30 0.03 0.24 0.01 0.16 0.15 0.26 0.19 0.56 0.36 0.37 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.13 0.43 0.14 0.23 0.02 0.19 0.01 0.10 0.10 0.19 0.13 0.36 0.31 0.28 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00