ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49856

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, -0.002, 0.014, 0.029, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N1 A 0, -0.002, 0.016, 0.035, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.016 std_dev=0.019
N3 A 0, -0.002, 0.017, 0.036, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.017 std_dev=0.019
C5 A 0, -0.003, 0.017, 0.037, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.017 std_dev=0.020
C4 A 0, -0.007, 0.021, 0.049, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.021 std_dev=0.028
N9 A 0, -0.005, 0.027, 0.059, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.027 std_dev=0.032
N6 A 0, -0.001, 0.038, 0.078, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.038 std_dev=0.040
N7 A 0, -0.006, 0.036, 0.077, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.036 std_dev=0.042
C8 A 0, -0.012, 0.044, 0.101, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.044 std_dev=0.057
N1 B 0, 0.188, 0.376, 0.565, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.376 std_dev=0.189
C4 B 0, 0.162, 0.354, 0.547, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.354 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.143, 0.339, 0.535, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.339 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.227, 0.436, 0.646, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.436 std_dev=0.210
C5 B 0, 0.198, 0.417, 0.636, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.417 std_dev=0.219
O4 B 0, 0.154, 0.393, 0.632, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.393 std_dev=0.239
N3 B 0, 0.074, 0.315, 0.556, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.315 std_dev=0.241
O2 B 0, 0.181, 0.425, 0.668, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.425 std_dev=0.243
C1' B 0, 0.220, 0.498, 0.776, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.498 std_dev=0.278
C3' B 0, 0.249, 0.603, 0.956, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.603 std_dev=0.354
O3' B 0, 0.248, 0.617, 0.986, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.617 std_dev=0.369
C2' B 0, 0.178, 0.597, 1.015, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.597 std_dev=0.419
O4' B 0, 0.270, 0.743, 1.216, 1.989 max_d=1.989 avg_d=0.743 std_dev=0.473
C2' A 0, -0.136, 0.352, 0.840, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.352 std_dev=0.488
O4' A 0, -0.167, 0.323, 0.813, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.323 std_dev=0.490
C4' B 0, 0.239, 0.803, 1.368, 2.248 max_d=2.248 avg_d=0.803 std_dev=0.564
C3' A 0, 0.115, 0.719, 1.324, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.719 std_dev=0.605
O3' A 0, 0.344, 1.017, 1.691, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.017 std_dev=0.674
O2' A 0, -0.074, 0.623, 1.320, 2.708 max_d=2.708 avg_d=0.623 std_dev=0.697
C4' A 0, 0.045, 0.759, 1.473, 2.670 max_d=2.670 avg_d=0.759 std_dev=0.714
O5' A 0, 0.118, 0.886, 1.654, 3.049 max_d=3.049 avg_d=0.886 std_dev=0.768
P A 0, 0.304, 1.187, 2.071, 3.566 max_d=3.566 avg_d=1.187 std_dev=0.883
OP2 A 0, 0.520, 1.432, 2.344, 3.533 max_d=3.533 avg_d=1.432 std_dev=0.912
O2' B 0, -0.018, 0.924, 1.866, 3.781 max_d=3.781 avg_d=0.924 std_dev=0.942
C5' B 0, -0.020, 1.067, 2.154, 4.014 max_d=4.014 avg_d=1.067 std_dev=1.087
C5' A 0, 0.041, 1.254, 2.467, 4.477 max_d=4.477 avg_d=1.254 std_dev=1.213
O5' B 0, -0.086, 1.147, 2.380, 4.292 max_d=4.292 avg_d=1.147 std_dev=1.233
OP1 A 0, 0.245, 1.597, 2.950, 4.758 max_d=4.758 avg_d=1.597 std_dev=1.353
P B 0, -0.191, 1.444, 3.079, 6.024 max_d=6.024 avg_d=1.444 std_dev=1.635
OP2 B 0, -0.105, 1.679, 3.463, 6.613 max_d=6.613 avg_d=1.679 std_dev=1.784
OP1 B 0, -0.451, 1.470, 3.391, 7.111 max_d=7.111 avg_d=1.470 std_dev=1.921

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.00 0.19 0.56 0.27 0.32
C2 0.02 0.00 0.30 0.24 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.24 0.19 0.22 0.45 0.45 0.28
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.07 0.12 0.17 0.23 0.31 0.08 0.11 0.03 0.00 0.01 0.02 0.35 0.49 0.54 0.25
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.20 0.01 0.25 0.01 0.27 0.26 0.26 0.21 0.29 0.28 0.17 0.02 0.01 0.03 0.36 0.36 0.52 0.14
C4 0.01 0.00 0.15 0.20 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.13 0.09 0.21 0.40 0.43 0.22
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.12 0.24 0.07 0.11 0.16 0.23 0.10 0.17 0.03 0.00 0.01 0.57 0.08 0.25
C5 0.00 0.01 0.07 0.25 0.00 0.13 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.14 0.03 0.23 0.29 0.50 0.16
C5' 0.02 0.13 0.07 0.01 0.16 0.01 0.29 0.00 0.28 0.40 0.19 0.12 0.36 0.43 0.19 0.10 0.09 0.02 0.01 0.26 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.27 0.01 0.12 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.16 0.06 0.23 0.29 0.52 0.17
C8 0.01 0.01 0.17 0.26 0.00 0.24 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.35 0.21 0.14 0.26 0.28 0.47 0.14
N1 0.02 0.00 0.23 0.26 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.20 0.13 0.22 0.36 0.49 0.22
N3 0.03 0.00 0.31 0.21 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.24 0.19 0.23 0.49 0.41 0.30
N6 0.01 0.01 0.08 0.29 0.01 0.16 0.01 0.36 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.28 0.18 0.04 0.25 0.23 0.56 0.16
N7 0.01 0.01 0.11 0.28 0.00 0.23 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.36 0.22 0.10 0.27 0.23 0.54 0.16
N9 0.00 0.00 0.03 0.17 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.10 0.02 0.21 0.41 0.38 0.21
O2' 0.01 0.25 0.00 0.02 0.14 0.17 0.23 0.10 0.22 0.35 0.20 0.26 0.28 0.36 0.16 0.00 0.04 0.13 0.14 0.76 0.28 0.34
O3' 0.17 0.24 0.01 0.01 0.13 0.03 0.14 0.09 0.16 0.21 0.20 0.24 0.18 0.22 0.10 0.04 0.00 0.10 0.43 0.51 0.64 0.26
O4' 0.00 0.19 0.02 0.03 0.09 0.00 0.03 0.02 0.06 0.14 0.13 0.19 0.04 0.10 0.02 0.13 0.10 0.00 0.26 0.59 0.25 0.41
O5' 0.19 0.22 0.35 0.36 0.21 0.01 0.23 0.01 0.23 0.26 0.22 0.23 0.25 0.27 0.21 0.14 0.43 0.26 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.56 0.45 0.49 0.36 0.40 0.57 0.29 0.26 0.29 0.28 0.36 0.49 0.23 0.23 0.41 0.76 0.51 0.59 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.45 0.54 0.52 0.43 0.08 0.50 0.11 0.52 0.47 0.49 0.41 0.56 0.54 0.38 0.28 0.64 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.32 0.28 0.25 0.14 0.22 0.25 0.16 0.02 0.17 0.14 0.22 0.30 0.16 0.16 0.21 0.34 0.26 0.41 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.15 0.17 0.27 0.16 0.19 0.18 0.19 0.14 0.14 0.11 0.21 0.25 0.26 0.21 0.31 0.29 0.50 0.72 0.57
C2 0.24 0.12 0.30 0.26 0.15 0.37 0.15 0.36 0.12 0.14 0.08 0.20 0.33 0.33 0.21 0.51 0.23 0.25 0.58 0.40
C2' 0.29 0.27 0.20 0.14 0.25 0.28 0.27 0.25 0.26 0.27 0.24 0.29 0.32 0.19 0.25 0.44 0.26 0.25 0.52 0.28
C3' 0.25 0.25 0.27 0.37 0.24 0.32 0.26 0.35 0.25 0.25 0.24 0.28 0.23 0.36 0.24 0.35 0.40 0.49 0.66 0.50
C4 0.22 0.14 0.23 0.25 0.15 0.29 0.15 0.27 0.13 0.15 0.09 0.22 0.26 0.29 0.21 0.43 0.20 0.29 0.56 0.41
C4' 0.24 0.22 0.25 0.44 0.32 0.34 0.36 0.43 0.32 0.26 0.24 0.20 0.20 0.35 0.37 0.30 0.55 0.77 0.89 0.79
C5 0.22 0.14 0.24 0.23 0.14 0.32 0.13 0.31 0.11 0.15 0.09 0.22 0.27 0.29 0.21 0.47 0.15 0.20 0.44 0.32
C5' 0.50 0.46 0.47 0.67 0.56 0.62 0.61 0.73 0.59 0.52 0.47 0.40 0.32 0.56 0.58 0.56 0.83 1.05 1.11 1.04
C6 0.24 0.12 0.31 0.24 0.15 0.40 0.13 0.41 0.11 0.14 0.09 0.19 0.35 0.33 0.21 0.54 0.19 0.21 0.40 0.30
C8 0.19 0.17 0.17 0.22 0.15 0.21 0.15 0.19 0.13 0.15 0.14 0.22 0.25 0.24 0.21 0.33 0.17 0.31 0.49 0.39
N1 0.24 0.11 0.33 0.25 0.15 0.42 0.14 0.42 0.11 0.14 0.09 0.19 0.38 0.34 0.21 0.55 0.22 0.23 0.48 0.34
N3 0.23 0.13 0.25 0.26 0.15 0.32 0.16 0.29 0.13 0.14 0.08 0.21 0.28 0.31 0.21 0.46 0.23 0.30 0.62 0.45
N6 0.23 0.11 0.35 0.23 0.16 0.46 0.12 0.49 0.10 0.13 0.13 0.17 0.42 0.35 0.21 0.59 0.23 0.28 0.29 0.28
N7 0.20 0.17 0.20 0.21 0.14 0.27 0.13 0.26 0.12 0.15 0.12 0.23 0.24 0.26 0.20 0.40 0.12 0.20 0.38 0.29
N9 0.20 0.16 0.18 0.24 0.15 0.23 0.16 0.20 0.14 0.15 0.11 0.22 0.25 0.26 0.21 0.36 0.21 0.37 0.60 0.46
O2' 0.56 0.50 0.42 0.31 0.44 0.50 0.46 0.44 0.49 0.51 0.46 0.53 0.57 0.29 0.39 0.67 0.45 0.41 0.66 0.44
O3' 0.29 0.27 0.28 0.36 0.30 0.36 0.34 0.42 0.33 0.29 0.26 0.28 0.27 0.34 0.31 0.40 0.49 0.57 0.75 0.57
O4' 0.19 0.16 0.15 0.35 0.29 0.27 0.34 0.35 0.29 0.20 0.18 0.16 0.26 0.28 0.35 0.28 0.47 0.72 0.87 0.78
O5' 0.36 0.35 0.30 0.46 0.38 0.43 0.43 0.51 0.41 0.37 0.35 0.35 0.37 0.36 0.40 0.41 0.56 0.86 0.87 0.85
OP1 0.32 0.29 0.35 0.38 0.30 0.40 0.37 0.52 0.36 0.32 0.29 0.30 0.56 0.41 0.29 0.38 0.66 0.85 0.96 0.76
OP2 0.62 0.72 0.69 0.39 0.61 0.42 0.48 0.32 0.51 0.62 0.73 0.79 0.94 0.49 0.62 0.53 0.35 0.35 0.50 0.29
P 0.35 0.38 0.37 0.26 0.33 0.32 0.34 0.38 0.34 0.35 0.37 0.42 0.64 0.31 0.33 0.36 0.49 0.68 0.78 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.01 0.00 0.13 0.09 0.14 0.03
C2 0.01 0.00 0.20 0.20 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.11 0.01 0.20 0.12 0.07 0.19 0.12
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.03 0.02 0.15 0.13 0.19 0.02 0.14 0.34 0.00 0.03 0.05 0.02 0.28 0.33 0.36 0.28
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.26 0.01 0.24 0.01 0.20 0.16 0.25 0.17 0.01 0.01 0.28 0.01 0.12 0.21 0.17 0.11
C4 0.01 0.00 0.03 0.26 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.14 0.00 0.04 0.32 0.43 0.49 0.44
C4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.15 0.00 0.25 0.00 0.25 0.08 0.07 0.22 0.19 0.04 0.16 0.00 0.01 0.07 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.15 0.24 0.00 0.25 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.44 0.14 0.01 0.18 0.41 0.56 0.54 0.55
C5' 0.04 0.12 0.13 0.01 0.20 0.00 0.34 0.00 0.32 0.07 0.10 0.29 0.08 0.15 0.22 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.19 0.20 0.01 0.25 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01 0.44 0.11 0.01 0.23 0.35 0.43 0.38 0.43
N1 0.00 0.00 0.02 0.16 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.10 0.01 0.01 0.15 0.16 0.20 0.17
N3 0.01 0.00 0.14 0.25 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.12 0.01 0.13 0.19 0.22 0.32 0.25
O2 0.02 0.00 0.34 0.17 0.01 0.22 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.38 0.14 0.01 0.37 0.16 0.14 0.11 0.13
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.26 0.19 0.44 0.08 0.44 0.14 0.10 0.38 0.00 0.06 0.28 0.15 0.22 0.26 0.42 0.25
O3' 0.21 0.11 0.03 0.01 0.14 0.04 0.14 0.15 0.11 0.10 0.12 0.14 0.06 0.00 0.16 0.14 0.30 0.21 0.35 0.24
O4 0.01 0.01 0.05 0.28 0.00 0.16 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.16 0.00 0.04 0.36 0.51 0.58 0.50
O4' 0.00 0.20 0.02 0.01 0.04 0.00 0.18 0.02 0.23 0.01 0.13 0.37 0.15 0.14 0.04 0.00 0.16 0.10 0.17 0.10
O5' 0.13 0.12 0.28 0.12 0.32 0.01 0.41 0.01 0.35 0.15 0.19 0.16 0.22 0.30 0.36 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.07 0.33 0.21 0.43 0.07 0.56 0.05 0.43 0.16 0.22 0.14 0.26 0.21 0.51 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.19 0.36 0.17 0.49 0.04 0.54 0.01 0.38 0.20 0.32 0.11 0.42 0.35 0.58 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.12 0.28 0.11 0.44 0.03 0.55 0.01 0.43 0.17 0.25 0.13 0.25 0.24 0.50 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00