ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49857

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.001, 0.012, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.001, 0.017, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.017 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.003, 0.026, 0.049, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.026 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.026 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.006, 0.036, 0.065, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.036 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.002, 0.032, 0.063, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.032 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.001, 0.041, 0.082, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.041 std_dev=0.040
C1' B 0, 0.288, 0.493, 0.698, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.493 std_dev=0.205
N1 B 0, 0.338, 0.561, 0.784, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.561 std_dev=0.223
C2 B 0, 0.258, 0.483, 0.709, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.483 std_dev=0.226
N3 B 0, 0.287, 0.585, 0.884, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.585 std_dev=0.299
O4' B 0, 0.385, 0.695, 1.005, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.695 std_dev=0.310
O2 B 0, 0.177, 0.536, 0.895, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.536 std_dev=0.359
C6 B 0, 0.422, 0.828, 1.233, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.828 std_dev=0.405
C2' B 0, 0.198, 0.606, 1.013, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.606 std_dev=0.407
C2' A 0, -0.077, 0.380, 0.838, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.380 std_dev=0.458
C4' B 0, 0.322, 0.793, 1.264, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.793 std_dev=0.471
O4' A 0, -0.074, 0.399, 0.871, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.399 std_dev=0.473
C4 B 0, 0.355, 0.833, 1.311, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.833 std_dev=0.478
C3' B 0, 0.252, 0.797, 1.342, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.797 std_dev=0.545
C5 B 0, 0.417, 0.972, 1.526, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.972 std_dev=0.555
O2' B 0, 0.147, 0.713, 1.280, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.713 std_dev=0.566
O2' A 0, -0.147, 0.471, 1.089, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.471 std_dev=0.618
O4 B 0, 0.401, 1.029, 1.657, 1.869 max_d=1.869 avg_d=1.029 std_dev=0.628
C4' A 0, -0.035, 0.620, 1.274, 2.146 max_d=2.146 avg_d=0.620 std_dev=0.655
O5' B 0, 0.694, 1.353, 2.012, 2.501 max_d=2.501 avg_d=1.353 std_dev=0.659
C5' B 0, 0.360, 1.025, 1.689, 2.595 max_d=2.595 avg_d=1.025 std_dev=0.665
C3' A 0, -0.047, 0.621, 1.289, 2.173 max_d=2.173 avg_d=0.621 std_dev=0.668
O3' B 0, 0.170, 0.958, 1.745, 2.474 max_d=2.474 avg_d=0.958 std_dev=0.787
O3' A 0, -0.003, 0.857, 1.716, 2.728 max_d=2.728 avg_d=0.857 std_dev=0.859
C5' A 0, -0.117, 1.060, 2.236, 3.855 max_d=3.855 avg_d=1.060 std_dev=1.177
P B 0, 0.750, 2.255, 3.759, 4.256 max_d=4.256 avg_d=2.255 std_dev=1.505
O5' A 0, -0.274, 1.250, 2.773, 4.192 max_d=4.192 avg_d=1.250 std_dev=1.523
OP1 B 0, 0.706, 2.313, 3.920, 4.906 max_d=4.906 avg_d=2.313 std_dev=1.607
OP1 A 0, -0.351, 1.601, 3.553, 5.675 max_d=5.675 avg_d=1.601 std_dev=1.952
OP2 B 0, 0.806, 2.810, 4.813, 5.682 max_d=5.682 avg_d=2.810 std_dev=2.003
P A 0, -0.215, 1.882, 3.978, 5.951 max_d=5.951 avg_d=1.882 std_dev=2.097
OP2 A 0, 0.114, 2.543, 4.973, 6.773 max_d=6.773 avg_d=2.543 std_dev=2.430

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.15 0.27 0.32 0.24
C2 0.05 0.00 0.31 0.35 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.41 0.20 0.29 0.25 0.37 0.21
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.17 0.03 0.07 0.01 0.13 0.15 0.23 0.32 0.09 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01 0.25 0.31 0.28 0.17
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.26 0.00 0.24 0.02 0.29 0.08 0.34 0.32 0.28 0.14 0.14 0.03 0.02 0.02 0.32 0.40 0.50 0.30
C4 0.03 0.01 0.17 0.26 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.27 0.11 0.31 0.29 0.44 0.27
C4' 0.02 0.10 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.13 0.08 0.10 0.10 0.12 0.05 0.18 0.04 0.01 0.01 0.24 0.28 0.10
C5 0.03 0.01 0.07 0.24 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.13 0.26 0.05 0.40 0.38 0.57 0.37
C5' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.12 0.00 0.18 0.00 0.18 0.23 0.16 0.16 0.22 0.25 0.11 0.16 0.05 0.02 0.01 0.26 0.32 0.02
C6 0.04 0.01 0.13 0.29 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.34 0.09 0.41 0.36 0.56 0.35
C8 0.02 0.01 0.15 0.08 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.07 0.13 0.45 0.47 0.63 0.46
N1 0.05 0.00 0.23 0.34 0.02 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.40 0.16 0.35 0.28 0.45 0.27
N3 0.05 0.01 0.32 0.32 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.35 0.21 0.26 0.25 0.34 0.20
N6 0.04 0.01 0.09 0.28 0.02 0.10 0.02 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.16 0.33 0.06 0.47 0.44 0.66 0.42
N7 0.03 0.01 0.08 0.14 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.20 0.15 0.08 0.49 0.50 0.70 0.48
N9 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.12 0.02 0.30 0.32 0.45 0.31
O2' 0.04 0.15 0.01 0.03 0.08 0.18 0.13 0.16 0.13 0.19 0.12 0.16 0.16 0.20 0.09 0.00 0.06 0.15 0.12 0.32 0.33 0.19
O3' 0.04 0.41 0.04 0.02 0.27 0.04 0.26 0.05 0.34 0.07 0.40 0.35 0.33 0.15 0.12 0.06 0.00 0.04 0.26 0.47 0.81 0.40
O4' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.13 0.16 0.21 0.06 0.08 0.02 0.15 0.04 0.00 0.08 0.30 0.42 0.32
O5' 0.15 0.29 0.25 0.32 0.31 0.01 0.40 0.01 0.41 0.45 0.35 0.26 0.47 0.49 0.30 0.12 0.26 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.27 0.25 0.31 0.40 0.29 0.24 0.38 0.26 0.36 0.47 0.28 0.25 0.44 0.50 0.32 0.32 0.47 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.37 0.28 0.50 0.44 0.28 0.57 0.32 0.56 0.63 0.45 0.34 0.66 0.70 0.45 0.33 0.81 0.42 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.21 0.17 0.30 0.27 0.10 0.37 0.02 0.35 0.46 0.27 0.20 0.42 0.48 0.31 0.19 0.40 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.23 0.32 0.46 0.22 0.26 0.22 0.24 0.19 0.20 0.20 0.30 0.22 0.37 0.29 0.21 0.55 0.62 1.16 0.78
C2 0.23 0.18 0.44 0.46 0.27 0.28 0.24 0.20 0.22 0.20 0.24 0.17 0.34 0.38 0.33 0.22 0.31 0.11 0.71 0.32
C2' 0.24 0.23 0.32 0.44 0.36 0.29 0.38 0.37 0.30 0.23 0.24 0.30 0.24 0.31 0.46 0.26 0.66 0.68 1.24 0.85
C3' 0.25 0.24 0.33 0.43 0.23 0.22 0.28 0.29 0.17 0.16 0.14 0.42 0.35 0.34 0.38 0.16 0.58 0.70 1.21 0.81
C4 0.24 0.20 0.38 0.46 0.25 0.27 0.22 0.21 0.20 0.20 0.21 0.23 0.27 0.35 0.33 0.21 0.43 0.36 0.90 0.53
C4' 0.20 0.22 0.23 0.41 0.17 0.19 0.22 0.25 0.15 0.15 0.15 0.35 0.23 0.32 0.26 0.17 0.61 0.83 1.30 0.92
C5 0.24 0.19 0.39 0.44 0.25 0.26 0.22 0.19 0.19 0.20 0.21 0.22 0.27 0.32 0.33 0.21 0.38 0.29 0.80 0.46
C5' 0.22 0.28 0.18 0.39 0.19 0.15 0.26 0.26 0.18 0.18 0.22 0.43 0.26 0.34 0.29 0.18 0.67 1.00 1.40 1.03
C6 0.24 0.18 0.44 0.44 0.26 0.28 0.22 0.19 0.21 0.20 0.24 0.16 0.34 0.34 0.32 0.23 0.27 0.09 0.62 0.27
C8 0.22 0.22 0.29 0.43 0.22 0.24 0.22 0.24 0.17 0.19 0.17 0.33 0.20 0.31 0.33 0.20 0.53 0.61 1.07 0.73
N1 0.24 0.18 0.46 0.45 0.27 0.29 0.24 0.20 0.23 0.20 0.25 0.17 0.37 0.37 0.32 0.22 0.25 0.09 0.59 0.22
N3 0.23 0.19 0.40 0.46 0.26 0.27 0.23 0.20 0.21 0.20 0.22 0.19 0.30 0.37 0.33 0.21 0.40 0.26 0.85 0.46
N6 0.25 0.18 0.47 0.43 0.26 0.29 0.22 0.20 0.21 0.20 0.26 0.16 0.39 0.32 0.30 0.24 0.19 0.09 0.48 0.17
N7 0.23 0.21 0.33 0.42 0.24 0.24 0.22 0.21 0.17 0.19 0.17 0.31 0.22 0.28 0.35 0.20 0.45 0.47 0.92 0.59
N9 0.23 0.22 0.33 0.46 0.23 0.26 0.22 0.23 0.19 0.20 0.19 0.29 0.23 0.34 0.31 0.21 0.51 0.54 1.05 0.69
O2' 0.28 0.30 0.34 0.46 0.35 0.34 0.35 0.40 0.32 0.29 0.31 0.33 0.16 0.32 0.40 0.34 0.69 0.70 1.26 0.88
O3' 0.26 0.24 0.34 0.43 0.24 0.21 0.30 0.29 0.18 0.16 0.14 0.44 0.40 0.35 0.39 0.15 0.58 0.71 1.22 0.81
O4' 0.22 0.24 0.25 0.45 0.22 0.24 0.23 0.25 0.20 0.20 0.22 0.32 0.20 0.37 0.27 0.21 0.58 0.77 1.26 0.88
O5' 0.46 0.51 0.34 0.40 0.31 0.36 0.37 0.42 0.33 0.40 0.42 0.72 0.54 0.43 0.40 0.46 0.58 0.88 1.32 0.92
OP1 0.52 0.58 0.29 0.24 0.43 0.30 0.49 0.33 0.44 0.48 0.51 0.75 0.53 0.21 0.49 0.54 0.65 1.30 1.35 1.15
OP2 0.83 0.77 0.93 1.03 1.43 1.03 1.60 1.32 1.35 0.98 0.95 0.54 0.94 1.10 1.70 0.93 1.67 2.15 2.31 2.07
P 0.36 0.42 0.22 0.25 0.53 0.22 0.64 0.43 0.47 0.35 0.39 0.63 0.50 0.36 0.74 0.37 0.79 1.31 1.50 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.18 0.02 0.01 0.25 0.21 0.30 0.22
C2 0.02 0.00 0.08 0.17 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.02 0.03 0.43 0.44 0.71 0.53
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.13 0.10 0.02 0.07 0.16 0.00 0.04 0.07 0.01 0.51 0.27 0.64 0.35
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.33 0.01 0.36 0.02 0.32 0.19 0.25 0.12 0.03 0.01 0.38 0.04 0.35 0.17 0.52 0.20
C4 0.02 0.01 0.05 0.33 0.00 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.02 0.30 0.25 0.00 0.02 0.70 0.87 1.33 1.04
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.15 0.08 0.09 0.04 0.26 0.02 0.16 0.00 0.01 0.27 0.17 0.17
C5 0.01 0.01 0.08 0.36 0.01 0.17 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.33 0.01 0.05 0.78 0.96 1.45 1.16
C5' 0.05 0.10 0.13 0.02 0.20 0.01 0.22 0.00 0.19 0.11 0.15 0.07 0.12 0.15 0.23 0.01 0.01 0.12 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.32 0.01 0.15 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.26 0.01 0.06 0.70 0.77 1.16 0.95
N1 0.00 0.01 0.02 0.19 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.06 0.01 0.01 0.48 0.47 0.74 0.58
N3 0.02 0.01 0.07 0.25 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.13 0.02 0.02 0.56 0.64 1.01 0.77
O2 0.04 0.01 0.16 0.12 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.23 0.28 0.04 0.05 0.29 0.26 0.44 0.31
O2' 0.02 0.23 0.00 0.03 0.30 0.26 0.28 0.12 0.22 0.18 0.28 0.23 0.00 0.09 0.31 0.17 0.22 0.41 0.37 0.23
O3' 0.18 0.12 0.04 0.01 0.25 0.02 0.33 0.15 0.26 0.06 0.13 0.28 0.09 0.00 0.31 0.12 0.21 0.50 0.60 0.31
O4 0.02 0.02 0.07 0.38 0.00 0.16 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.04 0.31 0.31 0.00 0.02 0.75 0.98 1.47 1.14
O4' 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.17 0.12 0.02 0.00 0.12 0.29 0.19 0.26
O5' 0.25 0.43 0.51 0.35 0.70 0.01 0.78 0.01 0.70 0.48 0.56 0.29 0.22 0.21 0.75 0.12 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.21 0.44 0.27 0.17 0.87 0.27 0.96 0.12 0.77 0.47 0.64 0.26 0.41 0.50 0.98 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.71 0.64 0.52 1.33 0.17 1.45 0.22 1.16 0.74 1.01 0.44 0.37 0.60 1.47 0.19 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.53 0.35 0.20 1.04 0.17 1.16 0.02 0.95 0.58 0.77 0.31 0.23 0.31 1.14 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00