ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49858

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.028 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.020, 0.058, 0.096, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.058 std_dev=0.038
O2' A 0, 0.053, 0.100, 0.146, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.100 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.025, 0.078, 0.130, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.078 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.036, 0.100, 0.165, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.100 std_dev=0.064
O3' A 0, 0.060, 0.128, 0.195, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.128 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.029, 0.111, 0.192, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.111 std_dev=0.081
C5' A 0, 0.057, 0.155, 0.253, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.155 std_dev=0.098
O5' A 0, 0.059, 0.182, 0.306, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.182 std_dev=0.124
P A 0, 0.111, 0.250, 0.388, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.250 std_dev=0.139
O2 B 0, 0.167, 0.320, 0.474, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.320 std_dev=0.154
C2 B 0, 0.113, 0.273, 0.433, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.273 std_dev=0.160
OP2 A 0, 0.134, 0.294, 0.454, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.294 std_dev=0.160
N3 B 0, 0.085, 0.247, 0.410, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.247 std_dev=0.163
OP1 A 0, 0.127, 0.306, 0.485, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.306 std_dev=0.179
C4 B 0, 0.089, 0.276, 0.463, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.276 std_dev=0.187
O4 B 0, 0.111, 0.300, 0.489, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.300 std_dev=0.189
N1 B 0, 0.100, 0.289, 0.479, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.289 std_dev=0.189
C1' B 0, 0.128, 0.323, 0.518, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.323 std_dev=0.195
C2' B 0, 0.158, 0.365, 0.573, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.365 std_dev=0.207
O4' B 0, 0.149, 0.358, 0.568, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.358 std_dev=0.209
O2' B 0, 0.215, 0.426, 0.636, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.426 std_dev=0.210
C6 B 0, 0.114, 0.326, 0.539, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.326 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.118, 0.333, 0.547, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.333 std_dev=0.215
C3' B 0, 0.162, 0.400, 0.638, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.400 std_dev=0.238
C4' B 0, 0.169, 0.409, 0.649, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.409 std_dev=0.240
O3' B 0, 0.194, 0.452, 0.711, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.452 std_dev=0.258
C5' B 0, 0.176, 0.444, 0.712, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.444 std_dev=0.268
O5' B 0, 0.159, 0.429, 0.700, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.429 std_dev=0.271
P B 0, 0.194, 0.478, 0.762, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.478 std_dev=0.284
OP1 B 0, 0.239, 0.544, 0.850, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.544 std_dev=0.306
OP2 B 0, 0.181, 0.489, 0.798, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.489 std_dev=0.308

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.10 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.05 0.02 0.03 0.10 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.11 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.10 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.09 0.02
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.07 0.08 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.04 0.08 0.08 0.05
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.07 0.07 0.04
N1 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.02 0.05 0.09 0.03
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.05 0.02 0.02 0.10 0.03
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.03 0.06 0.11 0.09 0.08
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.10 0.07 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.02
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.12 0.06
O3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.08 0.02
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02
O5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02 0.06 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.07 0.02 0.08 0.07 0.05 0.02 0.11 0.10 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08 0.08 0.05 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.07 0.09 0.12 0.08 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.02 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.08 0.07 0.02 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.03 0.04 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.04 0.03 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06
C2 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12
C2' 0.04 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.03 0.08 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05
C3' 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05
C4 0.06 0.06 0.04 0.04 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.05 0.05 0.03 0.09 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06
C4' 0.04 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.03 0.03 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05
C5 0.05 0.06 0.03 0.04 0.08 0.05 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.03 0.02 0.09 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06
C5' 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06
C6 0.06 0.08 0.05 0.06 0.11 0.06 0.11 0.07 0.10 0.08 0.10 0.05 0.05 0.05 0.12 0.07 0.09 0.09 0.10 0.09
C8 0.08 0.08 0.06 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.05 0.07 0.09 0.10 0.08 0.07 0.08 0.08
N1 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.13 0.11 0.13 0.12 0.13 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.13 0.14 0.13 0.13
N3 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09
N6 0.05 0.08 0.04 0.05 0.14 0.05 0.12 0.06 0.10 0.08 0.13 0.04 0.03 0.03 0.14 0.05 0.09 0.10 0.12 0.10
N7 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.05 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06
N9 0.06 0.06 0.03 0.04 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.03 0.03 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06
O2' 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.05 0.09 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07
O3' 0.05 0.06 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.03 0.04 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.06
O4' 0.06 0.06 0.04 0.05 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.04 0.03 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06
O5' 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06
OP1 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05
OP2 0.10 0.11 0.10 0.11 0.07 0.11 0.07 0.11 0.08 0.09 0.10 0.14 0.09 0.11 0.07 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10
P 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.03 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
O5' 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00