ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49860

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.036 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.010, 0.045, 0.081, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.045 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.012, 0.050, 0.088, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.050 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.015, 0.061, 0.108, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.061 std_dev=0.047
N3 B 0, 0.171, 0.356, 0.541, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.356 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.215, 0.438, 0.661, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.438 std_dev=0.223
C6 B 0, 0.249, 0.483, 0.717, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.483 std_dev=0.234
N1 B 0, 0.272, 0.517, 0.761, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.517 std_dev=0.245
C5 B 0, 0.257, 0.504, 0.752, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.504 std_dev=0.247
C2 B 0, 0.169, 0.451, 0.732, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.451 std_dev=0.281
O4 B 0, 0.217, 0.552, 0.886, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.552 std_dev=0.334
O3' A 0, 0.071, 0.420, 0.768, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.420 std_dev=0.349
O5' B 0, 0.303, 0.670, 1.037, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.670 std_dev=0.367
C1' B 0, 0.243, 0.673, 1.103, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.673 std_dev=0.430
P B 0, 0.336, 0.772, 1.208, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.772 std_dev=0.436
O4' B 0, 0.271, 0.721, 1.171, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.721 std_dev=0.450
O2 B 0, 0.066, 0.535, 1.005, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.535 std_dev=0.470
OP1 A 0, 0.066, 0.554, 1.041, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.554 std_dev=0.488
OP1 B 0, 0.377, 0.885, 1.393, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.885 std_dev=0.508
P A 0, 0.054, 0.567, 1.080, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.567 std_dev=0.513
OP2 B 0, 0.251, 0.764, 1.277, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.764 std_dev=0.513
C2' A 0, -0.091, 0.442, 0.976, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.442 std_dev=0.533
C3' A 0, -0.043, 0.504, 1.051, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.504 std_dev=0.547
C2' B 0, 0.202, 0.771, 1.340, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.771 std_dev=0.569
O4' A 0, -0.147, 0.432, 1.012, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.432 std_dev=0.579
C4' B 0, 0.260, 0.886, 1.511, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.886 std_dev=0.626
C3' B 0, 0.239, 0.872, 1.505, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.872 std_dev=0.633
C5' B 0, 0.258, 0.932, 1.607, 2.283 max_d=2.283 avg_d=0.932 std_dev=0.675
OP2 A 0, 0.013, 0.761, 1.510, 2.411 max_d=2.411 avg_d=0.761 std_dev=0.749
C4' A 0, -0.208, 0.577, 1.363, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.577 std_dev=0.785
O2' B 0, 0.100, 0.944, 1.788, 2.468 max_d=2.468 avg_d=0.944 std_dev=0.844
O2' A 0, -0.152, 0.699, 1.550, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.699 std_dev=0.851
O3' B 0, 0.173, 1.116, 2.059, 2.698 max_d=2.698 avg_d=1.116 std_dev=0.943
O5' A 0, -0.245, 0.824, 1.892, 2.808 max_d=2.808 avg_d=0.824 std_dev=1.069
C5' A 0, -0.409, 1.115, 2.638, 3.562 max_d=3.562 avg_d=1.115 std_dev=1.524

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.11 0.33 0.47 0.15
C2 0.01 0.00 0.28 0.11 0.00 0.22 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.56 0.21 0.33 0.27 0.23 0.68 0.25
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.16 0.02 0.11 0.13 0.17 0.12 0.25 0.26 0.14 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.27 0.32 0.89 0.37
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.08 0.05 0.10 0.09 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.30 0.31 0.71 0.34
C4 0.01 0.00 0.16 0.06 0.00 0.08 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.13 0.17 0.17 0.28 0.64 0.24
C4' 0.01 0.22 0.02 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.07 0.19 0.16 0.21 0.04 0.14 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.40 0.08 0.21
C5 0.00 0.00 0.11 0.06 0.00 0.02 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.10 0.08 0.16 0.29 0.69 0.27
C5' 0.08 0.16 0.13 0.03 0.03 0.00 0.15 0.00 0.07 0.40 0.07 0.15 0.14 0.35 0.16 0.11 0.03 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.08 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.13 0.16 0.16 0.26 0.73 0.28
C8 0.01 0.01 0.12 0.05 0.00 0.19 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.03 0.19 0.26 0.36 0.62 0.28
N1 0.01 0.00 0.25 0.10 0.00 0.16 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.47 0.18 0.26 0.22 0.24 0.72 0.27
N3 0.02 0.00 0.26 0.09 0.00 0.21 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.51 0.20 0.32 0.26 0.25 0.63 0.22
N6 0.01 0.01 0.14 0.07 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.11 0.13 0.15 0.26 0.75 0.29
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.14 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.04 0.10 0.24 0.34 0.69 0.29
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.14 0.32 0.59 0.22
O2' 0.01 0.56 0.01 0.02 0.27 0.02 0.17 0.11 0.30 0.21 0.47 0.51 0.25 0.10 0.03 0.00 0.07 0.01 0.29 0.37 1.03 0.43
O3' 0.08 0.21 0.03 0.01 0.13 0.02 0.10 0.03 0.13 0.03 0.18 0.20 0.11 0.04 0.07 0.07 0.00 0.10 0.19 0.29 0.56 0.18
O4' 0.00 0.33 0.01 0.01 0.17 0.00 0.08 0.02 0.16 0.19 0.26 0.32 0.13 0.10 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.57 0.17 0.38
O5' 0.11 0.27 0.27 0.30 0.17 0.02 0.16 0.01 0.16 0.26 0.22 0.26 0.15 0.24 0.14 0.29 0.19 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.33 0.23 0.32 0.31 0.28 0.40 0.29 0.04 0.26 0.36 0.24 0.25 0.26 0.34 0.32 0.37 0.29 0.57 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.68 0.89 0.71 0.64 0.08 0.69 0.07 0.73 0.62 0.72 0.63 0.75 0.69 0.59 1.03 0.56 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.25 0.37 0.34 0.24 0.21 0.27 0.01 0.28 0.28 0.27 0.22 0.29 0.29 0.22 0.43 0.18 0.38 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.29 0.29 0.19 0.20 0.24 0.21 0.21 0.24 0.28 0.23 0.36 0.41 0.19 0.22 0.31 0.25 0.18 0.17 0.18
C2 0.30 0.21 0.37 0.31 0.06 0.31 0.08 0.24 0.14 0.21 0.10 0.30 0.50 0.37 0.11 0.28 0.26 0.22 0.09 0.18
C2' 0.32 0.24 0.25 0.13 0.29 0.18 0.30 0.22 0.20 0.21 0.14 0.40 0.44 0.12 0.49 0.28 0.20 0.27 0.43 0.27
C3' 0.44 0.36 0.32 0.18 0.24 0.29 0.27 0.25 0.29 0.35 0.25 0.46 0.48 0.17 0.33 0.43 0.21 0.15 0.24 0.15
C4 0.31 0.25 0.32 0.23 0.10 0.26 0.12 0.22 0.17 0.24 0.15 0.34 0.44 0.26 0.13 0.28 0.25 0.18 0.09 0.16
C4' 0.66 0.59 0.49 0.38 0.55 0.54 0.60 0.44 0.63 0.63 0.55 0.57 0.59 0.31 0.50 0.71 0.62 0.50 0.42 0.54
C5 0.30 0.23 0.32 0.25 0.06 0.27 0.09 0.23 0.16 0.23 0.12 0.32 0.43 0.28 0.09 0.27 0.26 0.20 0.09 0.17
C5' 1.05 0.93 0.78 0.65 0.96 0.90 1.05 0.81 1.08 1.03 0.90 0.86 0.86 0.51 0.90 1.14 1.04 0.90 0.83 0.98
C6 0.29 0.19 0.36 0.31 0.02 0.30 0.06 0.26 0.14 0.20 0.06 0.27 0.47 0.37 0.09 0.26 0.28 0.25 0.12 0.21
C8 0.30 0.28 0.27 0.18 0.15 0.22 0.17 0.21 0.21 0.26 0.21 0.33 0.36 0.18 0.15 0.28 0.25 0.17 0.12 0.16
N1 0.29 0.18 0.38 0.34 0.03 0.32 0.06 0.26 0.13 0.20 0.07 0.26 0.50 0.41 0.09 0.27 0.28 0.26 0.12 0.21
N3 0.31 0.24 0.34 0.26 0.10 0.28 0.12 0.22 0.17 0.23 0.14 0.33 0.47 0.30 0.14 0.28 0.25 0.19 0.09 0.16
N6 0.26 0.14 0.37 0.35 0.05 0.32 0.07 0.28 0.13 0.18 0.05 0.21 0.47 0.42 0.11 0.25 0.31 0.30 0.18 0.25
N7 0.29 0.26 0.28 0.21 0.07 0.24 0.11 0.22 0.18 0.24 0.16 0.33 0.37 0.21 0.09 0.27 0.26 0.18 0.08 0.17
N9 0.31 0.27 0.29 0.20 0.15 0.24 0.17 0.21 0.20 0.26 0.20 0.35 0.40 0.20 0.17 0.29 0.25 0.17 0.13 0.16
O2' 0.16 0.10 0.15 0.14 0.55 0.12 0.58 0.36 0.37 0.14 0.22 0.31 0.39 0.10 0.78 0.10 0.41 0.56 0.77 0.59
O3' 0.36 0.31 0.29 0.18 0.27 0.24 0.30 0.27 0.27 0.29 0.23 0.42 0.45 0.17 0.37 0.33 0.15 0.21 0.34 0.21
O4' 0.53 0.49 0.42 0.33 0.50 0.43 0.52 0.36 0.53 0.52 0.49 0.46 0.49 0.28 0.48 0.56 0.55 0.46 0.39 0.48
O5' 0.77 0.70 0.52 0.41 0.80 0.61 0.86 0.54 0.84 0.77 0.71 0.63 0.58 0.28 0.81 0.84 0.81 0.69 0.65 0.76
OP1 0.52 0.55 0.34 0.36 0.54 0.43 0.52 0.57 0.52 0.53 0.55 0.55 0.36 0.38 0.54 0.53 0.21 0.20 0.23 0.21
OP2 0.52 0.61 0.54 0.60 0.48 0.54 0.41 0.64 0.44 0.52 0.60 0.68 0.52 0.67 0.45 0.48 0.15 0.15 0.13 0.14
P 0.44 0.47 0.26 0.24 0.48 0.31 0.47 0.38 0.46 0.45 0.48 0.47 0.28 0.27 0.50 0.46 0.31 0.18 0.17 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.10 0.08 0.06
C2 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.09 0.01 0.02 0.18 0.12 0.07 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.04 0.10 0.04 0.06 0.08 0.00 0.03 0.10 0.00 0.18 0.16 0.07 0.14
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.00 0.15 0.05 0.13 0.06 0.11 0.12 0.01 0.01 0.14 0.01 0.25 0.22 0.07 0.18
C4 0.02 0.01 0.09 0.12 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.15 0.00 0.02 0.24 0.18 0.13 0.17
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.09 0.05 0.08 0.04 0.01 0.02 0.11 0.00 0.02 0.08 0.18 0.02
C5 0.02 0.01 0.11 0.15 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.17 0.00 0.03 0.27 0.21 0.16 0.20
C5' 0.04 0.16 0.04 0.05 0.23 0.01 0.22 0.00 0.17 0.13 0.21 0.13 0.02 0.07 0.25 0.01 0.01 0.12 0.29 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.13 0.00 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.03 0.24 0.19 0.11 0.16
N1 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.01 0.17 0.14 0.07 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.12 0.00 0.01 0.21 0.14 0.09 0.13
O2 0.04 0.00 0.08 0.12 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.12 0.01 0.05 0.16 0.11 0.07 0.09
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.07 0.05 0.09 0.10 0.00 0.04 0.11 0.03 0.06 0.07 0.09 0.05
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.15 0.02 0.17 0.07 0.14 0.06 0.12 0.12 0.04 0.00 0.18 0.02 0.21 0.18 0.09 0.15
O4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.11 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.18 0.00 0.02 0.26 0.19 0.16 0.19
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.09 0.14 0.02
O5' 0.09 0.18 0.18 0.25 0.24 0.02 0.27 0.01 0.24 0.17 0.21 0.16 0.06 0.21 0.26 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.10 0.12 0.16 0.22 0.18 0.08 0.21 0.12 0.19 0.14 0.14 0.11 0.07 0.18 0.19 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.07 0.07 0.07 0.13 0.18 0.16 0.29 0.11 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.16 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.14 0.18 0.17 0.02 0.20 0.02 0.16 0.11 0.13 0.09 0.05 0.15 0.19 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00