ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49861

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.003, 0.022, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.002, 0.025, 0.047, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.039 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.001, 0.026, 0.050, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.026 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C8 A 0, -0.008, 0.034, 0.075, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.034 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.032, 0.226, 0.419, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.226 std_dev=0.194
O4' A 0, 0.083, 0.283, 0.482, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.283 std_dev=0.199
C2 B 0, 0.297, 0.604, 0.911, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.604 std_dev=0.307
N3 B 0, 0.309, 0.619, 0.930, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.619 std_dev=0.310
O2' A 0, 0.067, 0.380, 0.694, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.380 std_dev=0.314
N1 B 0, 0.257, 0.573, 0.889, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.573 std_dev=0.316
C4 B 0, 0.288, 0.622, 0.956, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.622 std_dev=0.334
C6 B 0, 0.169, 0.527, 0.885, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.527 std_dev=0.358
C5 B 0, 0.192, 0.557, 0.922, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.557 std_dev=0.365
O2 B 0, 0.354, 0.721, 1.088, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.721 std_dev=0.367
C1' B 0, 0.297, 0.667, 1.038, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.667 std_dev=0.370
C2' B 0, 0.325, 0.709, 1.093, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.709 std_dev=0.384
C4' B 0, 0.353, 0.746, 1.138, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.746 std_dev=0.393
O4' B 0, 0.311, 0.714, 1.117, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.714 std_dev=0.403
O4 B 0, 0.341, 0.757, 1.174, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.757 std_dev=0.417
C3' A 0, 0.166, 0.605, 1.043, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.605 std_dev=0.438
C4' A 0, 0.160, 0.624, 1.088, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.624 std_dev=0.464
C3' B 0, 0.493, 1.034, 1.576, 1.511 max_d=1.511 avg_d=1.034 std_dev=0.541
O3' A 0, 0.177, 0.851, 1.525, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.851 std_dev=0.674
C5' B 0, 0.544, 1.238, 1.931, 1.961 max_d=1.961 avg_d=1.238 std_dev=0.693
O5' B 0, 0.475, 1.253, 2.031, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.253 std_dev=0.778
C5' A 0, 0.242, 1.021, 1.799, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.021 std_dev=0.778
O2' B 0, 0.818, 1.654, 2.490, 2.270 max_d=2.270 avg_d=1.654 std_dev=0.836
O5' A 0, 0.643, 1.529, 2.414, 2.472 max_d=2.472 avg_d=1.529 std_dev=0.885
O3' B 0, 0.977, 1.973, 2.970, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.973 std_dev=0.997
P A 0, 0.607, 1.802, 2.997, 3.252 max_d=3.252 avg_d=1.802 std_dev=1.195
P B 0, 0.651, 1.878, 3.105, 3.668 max_d=3.668 avg_d=1.878 std_dev=1.227
OP1 A 0, 0.746, 2.169, 3.592, 4.187 max_d=4.187 avg_d=2.169 std_dev=1.423
OP1 B 0, 1.105, 2.564, 4.022, 4.396 max_d=4.396 avg_d=2.564 std_dev=1.459
OP2 B 0, 0.830, 2.342, 3.854, 4.626 max_d=4.626 avg_d=2.342 std_dev=1.512
OP2 A 0, 1.260, 2.917, 4.574, 4.665 max_d=4.665 avg_d=2.917 std_dev=1.657

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.22 0.22 0.18
C2 0.04 0.00 0.06 0.18 0.01 0.06 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.28 0.17 0.05 0.09 0.16 0.30 0.17
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.25 0.15 0.10
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.18 0.00 0.23 0.02 0.24 0.22 0.21 0.15 0.28 0.25 0.15 0.03 0.01 0.01 0.01 0.28 0.15 0.07
C4 0.02 0.01 0.03 0.18 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.14 0.03 0.12 0.11 0.29 0.13
C4' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.15 0.18 0.10 0.05 0.18 0.19 0.09 0.08 0.02 0.01 0.01 0.24 0.11 0.09
C5 0.02 0.00 0.04 0.23 0.00 0.15 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.21 0.03 0.19 0.07 0.35 0.13
C5' 0.04 0.20 0.03 0.02 0.23 0.00 0.33 0.00 0.34 0.34 0.28 0.15 0.41 0.39 0.21 0.08 0.03 0.01 0.01 0.18 0.16 0.02
C6 0.03 0.00 0.04 0.24 0.01 0.15 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.23 0.03 0.20 0.06 0.37 0.13
C8 0.01 0.01 0.07 0.22 0.01 0.18 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.21 0.04 0.22 0.11 0.34 0.13
N1 0.04 0.00 0.05 0.21 0.01 0.10 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.20 0.04 0.14 0.08 0.33 0.14
N3 0.04 0.00 0.07 0.15 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.26 0.14 0.05 0.06 0.20 0.28 0.19
N6 0.02 0.01 0.05 0.28 0.01 0.18 0.01 0.41 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.28 0.04 0.25 0.12 0.41 0.16
N7 0.01 0.00 0.07 0.25 0.00 0.19 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.25 0.04 0.25 0.14 0.40 0.16
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.09 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.11 0.02 0.12 0.10 0.27 0.12
O2' 0.02 0.28 0.00 0.03 0.17 0.08 0.15 0.08 0.19 0.05 0.25 0.26 0.18 0.08 0.07 0.00 0.08 0.11 0.11 0.28 0.11 0.10
O3' 0.04 0.17 0.02 0.01 0.14 0.02 0.21 0.03 0.23 0.21 0.20 0.14 0.28 0.25 0.11 0.08 0.00 0.02 0.08 0.36 0.12 0.11
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.11 0.02 0.00 0.08 0.17 0.18 0.14
O5' 0.07 0.09 0.02 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.20 0.22 0.14 0.06 0.25 0.25 0.12 0.11 0.08 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.22 0.16 0.25 0.28 0.11 0.24 0.07 0.18 0.06 0.11 0.08 0.20 0.12 0.14 0.10 0.28 0.36 0.17 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.22 0.30 0.15 0.15 0.29 0.11 0.35 0.16 0.37 0.34 0.33 0.28 0.41 0.40 0.27 0.11 0.12 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.17 0.10 0.07 0.13 0.09 0.13 0.02 0.13 0.13 0.14 0.19 0.16 0.16 0.12 0.10 0.11 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.12 0.20 0.19 0.20 0.15 0.22 0.29 0.17 0.13 0.13 0.16 0.38 0.24 0.27 0.13 0.97 0.72 0.63 0.66
C2 0.18 0.20 0.19 0.23 0.30 0.19 0.28 0.32 0.24 0.21 0.26 0.18 0.36 0.31 0.36 0.20 0.83 0.71 0.54 0.53
C2' 0.14 0.13 0.17 0.18 0.22 0.16 0.24 0.33 0.19 0.15 0.15 0.15 0.35 0.23 0.29 0.16 0.94 0.66 0.59 0.62
C3' 0.28 0.28 0.27 0.30 0.34 0.32 0.36 0.46 0.33 0.30 0.29 0.27 0.39 0.32 0.39 0.32 1.04 0.67 0.62 0.68
C4 0.14 0.15 0.18 0.20 0.27 0.16 0.25 0.31 0.20 0.16 0.20 0.15 0.37 0.26 0.34 0.16 0.87 0.66 0.51 0.53
C4' 0.21 0.20 0.20 0.23 0.29 0.25 0.32 0.39 0.28 0.23 0.22 0.19 0.33 0.23 0.35 0.25 1.05 0.71 0.69 0.74
C5 0.15 0.17 0.18 0.19 0.29 0.16 0.27 0.30 0.22 0.18 0.24 0.15 0.36 0.26 0.36 0.17 0.79 0.56 0.41 0.43
C5' 0.41 0.38 0.35 0.39 0.43 0.45 0.47 0.58 0.45 0.41 0.38 0.36 0.42 0.39 0.45 0.45 1.16 0.74 0.72 0.82
C6 0.18 0.22 0.17 0.21 0.32 0.17 0.29 0.30 0.24 0.21 0.28 0.18 0.35 0.30 0.37 0.20 0.73 0.55 0.39 0.37
C8 0.14 0.14 0.21 0.19 0.24 0.16 0.24 0.30 0.19 0.15 0.15 0.18 0.37 0.24 0.32 0.15 0.87 0.54 0.44 0.49
N1 0.20 0.23 0.18 0.23 0.32 0.19 0.29 0.31 0.25 0.23 0.29 0.20 0.35 0.32 0.37 0.21 0.75 0.64 0.47 0.43
N3 0.15 0.17 0.18 0.22 0.27 0.18 0.26 0.32 0.21 0.18 0.22 0.15 0.37 0.29 0.34 0.17 0.88 0.73 0.57 0.58
N6 0.19 0.24 0.17 0.21 0.32 0.16 0.29 0.27 0.25 0.23 0.30 0.20 0.33 0.32 0.35 0.21 0.62 0.45 0.32 0.24
N7 0.14 0.15 0.19 0.18 0.28 0.16 0.26 0.30 0.21 0.16 0.21 0.17 0.36 0.24 0.35 0.16 0.79 0.48 0.35 0.39
N9 0.13 0.13 0.19 0.19 0.23 0.15 0.23 0.30 0.18 0.14 0.15 0.16 0.37 0.24 0.31 0.14 0.91 0.64 0.53 0.57
O2' 0.10 0.09 0.20 0.17 0.21 0.10 0.23 0.26 0.16 0.10 0.11 0.16 0.40 0.24 0.31 0.09 0.96 0.76 0.69 0.69
O3' 0.31 0.30 0.27 0.28 0.37 0.33 0.38 0.47 0.35 0.32 0.32 0.29 0.40 0.31 0.41 0.34 1.05 0.68 0.64 0.70
O4' 0.12 0.11 0.17 0.18 0.18 0.14 0.22 0.29 0.18 0.13 0.11 0.16 0.33 0.20 0.24 0.13 0.98 0.70 0.66 0.69
O5' 0.29 0.22 0.25 0.35 0.33 0.33 0.40 0.42 0.37 0.29 0.23 0.17 0.25 0.30 0.36 0.34 1.10 0.77 0.82 0.85
OP1 0.32 0.29 0.31 0.19 0.33 0.26 0.37 0.34 0.36 0.33 0.29 0.28 0.43 0.22 0.34 0.35 0.99 0.54 0.56 0.67
OP2 0.54 0.56 0.51 0.34 0.48 0.39 0.48 0.32 0.50 0.53 0.54 0.59 0.65 0.37 0.44 0.53 0.95 0.46 0.59 0.63
P 0.33 0.33 0.35 0.21 0.31 0.23 0.33 0.24 0.33 0.33 0.32 0.37 0.48 0.23 0.29 0.33 0.94 0.53 0.59 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.30 0.23 0.57 0.26
C2 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.08 0.01 0.04 0.52 0.19 0.39 0.15
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.12 0.09 0.03 0.04 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.29 0.35 0.46 0.15
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.16 0.01 0.19 0.02 0.18 0.10 0.12 0.10 0.02 0.01 0.18 0.01 0.38 0.57 0.52 0.35
C4 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.13 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.00 0.03 0.66 0.24 0.30 0.28
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.13 0.00 0.17 0.00 0.16 0.07 0.08 0.03 0.10 0.02 0.15 0.00 0.01 0.26 0.50 0.18
C5 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01 0.17 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.19 0.01 0.02 0.65 0.21 0.30 0.26
C5' 0.07 0.17 0.12 0.02 0.30 0.00 0.33 0.00 0.29 0.18 0.23 0.12 0.02 0.10 0.33 0.01 0.01 0.36 0.38 0.01
C6 0.01 0.02 0.09 0.18 0.01 0.16 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.17 0.01 0.01 0.57 0.11 0.42 0.15
N1 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.08 0.01 0.01 0.48 0.15 0.46 0.14
N3 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00 0.08 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.09 0.01 0.04 0.61 0.22 0.33 0.20
O2 0.04 0.01 0.11 0.10 0.01 0.03 0.02 0.12 0.03 0.03 0.00 0.00 0.17 0.13 0.01 0.07 0.45 0.22 0.40 0.16
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.11 0.10 0.09 0.02 0.08 0.06 0.14 0.17 0.00 0.03 0.12 0.09 0.13 0.23 0.54 0.23
O3' 0.10 0.08 0.01 0.01 0.14 0.02 0.19 0.10 0.17 0.08 0.09 0.13 0.03 0.00 0.17 0.10 0.41 0.75 0.68 0.50
O4 0.01 0.01 0.04 0.18 0.00 0.15 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.00 0.03 0.69 0.30 0.31 0.34
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.09 0.10 0.03 0.00 0.30 0.41 0.79 0.49
O5' 0.30 0.52 0.29 0.38 0.66 0.01 0.65 0.01 0.57 0.48 0.61 0.45 0.13 0.41 0.69 0.30 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.23 0.19 0.35 0.57 0.24 0.26 0.21 0.36 0.11 0.15 0.22 0.22 0.23 0.75 0.30 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.57 0.39 0.46 0.52 0.30 0.50 0.30 0.38 0.42 0.46 0.33 0.40 0.54 0.68 0.31 0.79 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.15 0.15 0.35 0.28 0.18 0.26 0.01 0.15 0.14 0.20 0.16 0.23 0.50 0.34 0.49 0.01 0.01 0.01 0.00