Doublet Group distance statistics: 49864

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6	A	0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C5	A	0, 0.001, 0.024, 0.047, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.023
C4	A	0, -0.001, 0.025, 0.052, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.026
N9	A	0, 0.005, 0.036, 0.066, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.036 std_dev=0.031
N6	A	0, -0.003, 0.040, 0.083, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.040 std_dev=0.043
N7	A	0, 0.002, 0.052, 0.102, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.052 std_dev=0.050
C8	A	0, -0.002, 0.059, 0.120, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.059 std_dev=0.061
C2	B	0, 0.023, 0.135, 0.246, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.135 std_dev=0.112
N1	B	0, 0.105, 0.250, 0.395, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.250 std_dev=0.145
N3	B	0, 0.086, 0.236, 0.385, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.236 std_dev=0.149
O4'	B	0, 0.149, 0.363, 0.576, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.363 std_dev=0.213
C1'	B	0, 0.122, 0.339, 0.555, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.339 std_dev=0.217
C4	B	0, 0.154, 0.378, 0.602, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.378 std_dev=0.224
O2	B	0, 0.023, 0.258, 0.493, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.258 std_dev=0.235
C6	B	0, 0.148, 0.434, 0.719, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.434 std_dev=0.285
O4	B	0, 0.216, 0.521, 0.826, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.521 std_dev=0.305
C5	B	0, 0.148, 0.472, 0.797, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.472 std_dev=0.324
C4'	B	0, 0.124, 0.491, 0.858, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.491 std_dev=0.367
C2'	A	0, 0.246, 0.618, 0.991, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.618 std_dev=0.373
O2'	B	0, 0.183, 0.580, 0.977, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.580 std_dev=0.397
C2'	B	0, 0.080, 0.481, 0.883, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.481 std_dev=0.401
O2'	A	0, 0.266, 0.678, 1.090, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.678 std_dev=0.412
O4'	A	0, 0.265, 0.693, 1.121, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.693 std_dev=0.428
C3'	B	0, 0.055, 0.492, 0.930, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.492 std_dev=0.437
O5'	B	0, 0.281, 0.735, 1.189, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.735 std_dev=0.454
OP2	B	0, 0.363, 0.862, 1.361, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.862 std_dev=0.499
P	B	0, 0.349, 0.876, 1.403, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.876 std_dev=0.527
C5'	B	0, 0.073, 0.607, 1.142, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.607 std_dev=0.534
P	A	0, 0.177, 0.747, 1.316, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.747 std_dev=0.570
OP1	B	0, 0.338, 0.925, 1.512, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.925 std_dev=0.587
O3'	B	0, 0.027, 0.627, 1.227, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.627 std_dev=0.600
C3'	A	0, 0.397, 1.051, 1.706, 1.734 max_d=1.734 avg_d=1.051 std_dev=0.654
C4'	A	0, 0.403, 1.069, 1.736, 1.767 max_d=1.767 avg_d=1.069 std_dev=0.667
O5'	A	0, 0.392, 1.070, 1.748, 1.861 max_d=1.861 avg_d=1.070 std_dev=0.678
OP2	A	0, 0.298, 1.157, 2.015, 2.359 max_d=2.359 avg_d=1.157 std_dev=0.858
OP1	A	0, 0.448, 1.319, 2.190, 2.401 max_d=2.401 avg_d=1.319 std_dev=0.871
O3'	A	0, 0.523, 1.459, 2.394, 2.407 max_d=2.407 avg_d=1.459 std_dev=0.936
C5'	A	0, 0.692, 1.779, 2.865, 2.916 max_d=2.916 avg_d=1.779 std_dev=1.087

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.12	0.19	0.58	0.30
C2	0.03	0.00	0.14	0.15	0.01	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.14	0.21	0.10	0.20	0.41	0.73	0.46
C2'	0.00	0.14	0.00	0.01	0.08	0.03	0.06	0.01	0.09	0.06	0.12	0.13	0.08	0.05	0.03	0.00	0.05	0.01	0.16	0.22	0.48	0.26
C3'	0.02	0.15	0.01	0.00	0.13	0.00	0.16	0.02	0.17	0.13	0.17	0.13	0.19	0.16	0.09	0.04	0.01	0.01	0.17	0.28	0.41	0.25
C4	0.02	0.01	0.08	0.13	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.08	0.16	0.05	0.20	0.38	0.68	0.42
C4'	0.01	0.03	0.03	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.04	0.09	0.02	0.03	0.05	0.09	0.04	0.11	0.03	0.00	0.01	0.12	0.33	0.13
C5	0.01	0.01	0.06	0.16	0.00	0.05	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.06	0.20	0.03	0.23	0.46	0.66	0.45
C5'	0.02	0.06	0.01	0.02	0.03	0.01	0.04	0.00	0.04	0.10	0.03	0.06	0.06	0.09	0.03	0.11	0.03	0.02	0.00	0.15	0.17	0.01
C6	0.02	0.01	0.09	0.17	0.01	0.04	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.08	0.24	0.05	0.23	0.50	0.68	0.46
C8	0.02	0.01	0.06	0.13	0.01	0.09	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.15	0.06	0.25	0.39	0.60	0.40
N1	0.03	0.00	0.12	0.17	0.01	0.02	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.11	0.24	0.08	0.22	0.47	0.72	0.47
N3	0.03	0.00	0.13	0.13	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.17	0.10	0.19	0.36	0.71	0.43
N6	0.01	0.01	0.08	0.19	0.01	0.05	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.26	0.03	0.24	0.55	0.64	0.47
N7	0.01	0.01	0.05	0.16	0.01	0.09	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.06	0.20	0.03	0.26	0.47	0.61	0.44
N9	0.01	0.01	0.03	0.09	0.00	0.04	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.11	0.00	0.19	0.32	0.63	0.38
O2'	0.01	0.14	0.00	0.04	0.08	0.11	0.06	0.11	0.08	0.06	0.11	0.13	0.08	0.06	0.04	0.00	0.09	0.06	0.10	0.15	0.44	0.19
O3'	0.02	0.21	0.05	0.01	0.16	0.03	0.20	0.03	0.24	0.15	0.24	0.17	0.26	0.20	0.11	0.09	0.00	0.01	0.16	0.40	0.39	0.24
O4'	0.01	0.10	0.01	0.01	0.05	0.00	0.03	0.02	0.05	0.06	0.08	0.10	0.03	0.03	0.00	0.06	0.01	0.00	0.08	0.16	0.58	0.30
O5'	0.12	0.20	0.16	0.17	0.20	0.01	0.23	0.00	0.23	0.25	0.22	0.19	0.24	0.26	0.19	0.10	0.16	0.08	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.19	0.41	0.22	0.28	0.38	0.12	0.46	0.15	0.50	0.39	0.47	0.36	0.55	0.47	0.32	0.15	0.40	0.16	0.00	0.00	0.01	0.01
OP2	0.58	0.73	0.48	0.41	0.68	0.33	0.66	0.17	0.68	0.60	0.72	0.71	0.64	0.61	0.63	0.44	0.39	0.58	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.30	0.46	0.26	0.25	0.42	0.13	0.45	0.01	0.46	0.40	0.47	0.43	0.47	0.44	0.38	0.19	0.24	0.30	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.10	0.23	0.24	0.12	0.13	0.12	0.13	0.05	0.07	0.05	0.18	0.24	0.31	0.21	0.09	0.25	0.25	0.19	0.20
C2	0.13	0.05	0.31	0.34	0.15	0.21	0.12	0.20	0.05	0.06	0.08	0.12	0.31	0.45	0.22	0.09	0.28	0.29	0.19	0.23
C2'	0.09	0.07	0.17	0.18	0.18	0.11	0.16	0.16	0.10	0.07	0.09	0.12	0.19	0.25	0.27	0.13	0.27	0.28	0.28	0.26
C3'	0.18	0.16	0.12	0.17	0.14	0.20	0.15	0.25	0.14	0.16	0.11	0.21	0.10	0.19	0.21	0.25	0.22	0.21	0.22	0.21
C4	0.13	0.08	0.26	0.29	0.14	0.16	0.12	0.16	0.06	0.07	0.06	0.16	0.27	0.37	0.23	0.08	0.27	0.27	0.19	0.22
C4'	0.10	0.10	0.14	0.17	0.11	0.12	0.14	0.15	0.09	0.08	0.06	0.17	0.14	0.22	0.18	0.14	0.17	0.14	0.11	0.11
C5	0.13	0.08	0.26	0.29	0.15	0.17	0.12	0.16	0.06	0.07	0.07	0.16	0.26	0.36	0.23	0.08	0.27	0.28	0.19	0.22
C5'	0.12	0.13	0.14	0.16	0.14	0.13	0.16	0.16	0.13	0.11	0.11	0.18	0.15	0.20	0.18	0.16	0.15	0.12	0.08	0.08
C6	0.13	0.05	0.30	0.33	0.15	0.20	0.11	0.19	0.05	0.06	0.09	0.13	0.29	0.42	0.22	0.09	0.28	0.30	0.19	0.24
C8	0.12	0.10	0.20	0.21	0.14	0.12	0.13	0.13	0.06	0.07	0.06	0.18	0.21	0.26	0.24	0.08	0.25	0.25	0.20	0.21
N1	0.13	0.05	0.32	0.36	0.15	0.22	0.11	0.21	0.05	0.06	0.10	0.10	0.32	0.46	0.22	0.10	0.28	0.30	0.19	0.24
N3	0.13	0.06	0.29	0.31	0.15	0.18	0.12	0.17	0.06	0.06	0.07	0.14	0.29	0.41	0.23	0.08	0.27	0.28	0.19	0.22
N6	0.13	0.04	0.32	0.35	0.15	0.22	0.10	0.21	0.05	0.06	0.12	0.11	0.29	0.44	0.20	0.10	0.29	0.31	0.20	0.25
N7	0.12	0.10	0.22	0.23	0.15	0.13	0.13	0.13	0.06	0.07	0.06	0.18	0.22	0.28	0.24	0.08	0.26	0.26	0.20	0.22
N9	0.12	0.10	0.23	0.25	0.13	0.14	0.12	0.14	0.06	0.07	0.05	0.18	0.24	0.32	0.22	0.08	0.26	0.26	0.20	0.21
O2'	0.16	0.12	0.26	0.26	0.18	0.17	0.17	0.19	0.12	0.12	0.12	0.18	0.29	0.34	0.26	0.16	0.30	0.30	0.28	0.28
O3'	0.27	0.23	0.17	0.23	0.16	0.31	0.18	0.37	0.20	0.24	0.17	0.28	0.15	0.22	0.19	0.36	0.27	0.26	0.26	0.27
O4'	0.09	0.10	0.20	0.22	0.10	0.11	0.12	0.11	0.05	0.05	0.04	0.20	0.21	0.29	0.18	0.06	0.20	0.19	0.12	0.13
O5'	0.26	0.24	0.21	0.20	0.31	0.27	0.36	0.31	0.33	0.27	0.24	0.24	0.23	0.18	0.33	0.31	0.30	0.30	0.32	0.32
OP1	0.67	0.72	0.66	0.78	0.64	0.72	0.58	0.75	0.60	0.67	0.71	0.76	0.61	0.82	0.63	0.67	0.78	0.73	0.71	0.72
OP2	0.44	0.54	0.41	0.44	0.39	0.41	0.37	0.39	0.36	0.43	0.52	0.66	0.40	0.49	0.38	0.44	0.32	0.23	0.28	0.29
P	0.43	0.49	0.37	0.44	0.42	0.44	0.40	0.46	0.40	0.43	0.48	0.56	0.34	0.46	0.42	0.45	0.43	0.37	0.39	0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.04	0.03	0.03	0.01	0.00	0.15	0.17	0.12	0.15
C2	0.02	0.00	0.10	0.16	0.01	0.05	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.00	0.10	0.18	0.01	0.03	0.23	0.25	0.20	0.20
C2'	0.01	0.10	0.00	0.01	0.03	0.02	0.10	0.01	0.11	0.01	0.06	0.21	0.00	0.03	0.04	0.01	0.02	0.05	0.09	0.03
C3'	0.02	0.16	0.01	0.00	0.15	0.00	0.18	0.01	0.17	0.08	0.15	0.24	0.01	0.01	0.17	0.01	0.12	0.07	0.17	0.11
C4	0.01	0.01	0.03	0.15	0.00	0.10	0.00	0.15	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.18	0.01	0.03	0.28	0.29	0.28	0.25
C4'	0.00	0.05	0.02	0.00	0.10	0.00	0.12	0.01	0.11	0.04	0.06	0.08	0.05	0.02	0.11	0.00	0.01	0.09	0.02	0.03
C5	0.01	0.01	0.10	0.18	0.00	0.12	0.00	0.17	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.22	0.01	0.05	0.27	0.27	0.25	0.24
C5'	0.02	0.08	0.01	0.01	0.15	0.01	0.17	0.00	0.13	0.06	0.11	0.09	0.05	0.03	0.17	0.02	0.01	0.12	0.03	0.01
C6	0.02	0.01	0.11	0.17	0.01	0.11	0.00	0.13	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.20	0.01	0.06	0.22	0.22	0.17	0.19
N1	0.01	0.01	0.01	0.08	0.01	0.04	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.09	0.01	0.01	0.21	0.21	0.16	0.18
N3	0.02	0.00	0.06	0.15	0.00	0.06	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.17	0.00	0.02	0.26	0.27	0.24	0.23
O2	0.04	0.00	0.21	0.24	0.01	0.08	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.18	0.29	0.01	0.06	0.23	0.25	0.19	0.20
O2'	0.03	0.10	0.00	0.01	0.06	0.05	0.07	0.05	0.07	0.04	0.08	0.18	0.00	0.03	0.06	0.04	0.02	0.08	0.05	0.02
O3'	0.03	0.18	0.03	0.01	0.18	0.02	0.22	0.03	0.20	0.09	0.17	0.29	0.03	0.00	0.21	0.03	0.25	0.21	0.32	0.25
O4	0.01	0.01	0.04	0.17	0.01	0.11	0.01	0.17	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.21	0.00	0.04	0.29	0.31	0.31	0.27
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.05	0.02	0.06	0.01	0.02	0.06	0.04	0.03	0.04	0.00	0.20	0.22	0.17	0.20
O5'	0.15	0.23	0.02	0.12	0.28	0.01	0.27	0.01	0.22	0.21	0.26	0.23	0.02	0.25	0.29	0.20	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.17	0.25	0.05	0.07	0.29	0.09	0.27	0.12	0.22	0.21	0.27	0.25	0.08	0.21	0.31	0.22	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.12	0.20	0.09	0.17	0.28	0.02	0.25	0.03	0.17	0.16	0.24	0.19	0.05	0.32	0.31	0.17	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.15	0.20	0.03	0.11	0.25	0.03	0.24	0.01	0.19	0.18	0.23	0.20	0.02	0.25	0.27	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00