ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49865

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2 A 0, -0.002, 0.007, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C1' A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.012
N3 B 0, 0.084, 0.434, 0.784, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.434 std_dev=0.350
C4 B 0, 0.069, 0.422, 0.774, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.422 std_dev=0.352
C2' A 0, -0.101, 0.258, 0.618, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.258 std_dev=0.359
C2 B 0, 0.079, 0.440, 0.801, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.440 std_dev=0.361
C5 B 0, 0.026, 0.392, 0.757, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.392 std_dev=0.366
O2' A 0, -0.055, 0.312, 0.680, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.312 std_dev=0.367
O2 B 0, 0.121, 0.489, 0.858, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.489 std_dev=0.368
O4 B 0, 0.107, 0.478, 0.850, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.478 std_dev=0.372
O4' A 0, -0.105, 0.290, 0.685, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.290 std_dev=0.395
N1 B 0, 0.026, 0.431, 0.836, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.431 std_dev=0.405
C6 B 0, -0.017, 0.394, 0.806, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.394 std_dev=0.411
OP2 B 0, 0.064, 0.513, 0.963, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.513 std_dev=0.449
P B 0, 0.050, 0.507, 0.964, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.507 std_dev=0.457
C1' B 0, 0.048, 0.516, 0.984, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.516 std_dev=0.468
O5' B 0, -0.005, 0.474, 0.952, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.474 std_dev=0.478
O4' B 0, 0.034, 0.530, 1.027, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.530 std_dev=0.496
OP1 B 0, 0.067, 0.572, 1.076, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.572 std_dev=0.505
C2' B 0, 0.058, 0.583, 1.108, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.583 std_dev=0.525
C5' B 0, 0.028, 0.570, 1.112, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.570 std_dev=0.542
C4' A 0, -0.098, 0.446, 0.990, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.446 std_dev=0.544
C4' B 0, 0.029, 0.579, 1.129, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.579 std_dev=0.550
C3' B 0, 0.011, 0.569, 1.128, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.569 std_dev=0.558
O2' B 0, 0.107, 0.672, 1.236, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.672 std_dev=0.564
C3' A 0, -0.124, 0.445, 1.014, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.445 std_dev=0.569
OP2 A 0, -0.030, 0.546, 1.123, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.546 std_dev=0.576
O3' B 0, 0.012, 0.614, 1.216, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.614 std_dev=0.602
P A 0, -0.040, 0.595, 1.230, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.595 std_dev=0.635
OP1 A 0, -0.003, 0.649, 1.302, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.649 std_dev=0.653
O3' A 0, -0.177, 0.620, 1.417, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.620 std_dev=0.797
O5' A 0, -0.128, 0.715, 1.558, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.715 std_dev=0.843
C5' A 0, -0.141, 0.711, 1.563, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.711 std_dev=0.852

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.13 0.48 0.22 0.22
C2 0.02 0.00 0.15 0.04 0.00 0.18 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.01 0.24 0.43 0.55 0.43 0.43
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.03 0.08 0.06 0.12 0.14 0.07 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.12 0.67 0.38 0.36
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.60 0.28 0.31
C4 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.13 0.32 0.52 0.39 0.37
C4' 0.00 0.18 0.02 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.07 0.15 0.16 0.08 0.03 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.31 0.06 0.09
C5 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.07 0.30 0.49 0.42 0.38
C5' 0.05 0.34 0.03 0.03 0.22 0.00 0.20 0.00 0.26 0.04 0.32 0.30 0.24 0.09 0.11 0.06 0.06 0.02 0.00 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.10 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.12 0.36 0.50 0.46 0.42
C8 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.11 0.09 0.45 0.32 0.27
N1 0.02 0.00 0.12 0.05 0.00 0.15 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.04 0.20 0.42 0.53 0.46 0.44
N3 0.02 0.00 0.14 0.03 0.00 0.16 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.01 0.24 0.39 0.55 0.39 0.39
N6 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.08 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.09 0.33 0.46 0.46 0.41
N7 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.05 0.17 0.44 0.39 0.32
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.50 0.32 0.30
O2' 0.02 0.18 0.00 0.01 0.09 0.08 0.04 0.06 0.08 0.08 0.14 0.18 0.06 0.04 0.01 0.00 0.12 0.04 0.04 0.61 0.30 0.27
O3' 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.01 0.09 0.08 0.01 0.12 0.00 0.04 0.09 0.47 0.17 0.19
O4' 0.00 0.24 0.01 0.02 0.13 0.00 0.07 0.02 0.12 0.11 0.20 0.24 0.09 0.05 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.24 0.03 0.02
O5' 0.13 0.43 0.12 0.03 0.32 0.01 0.30 0.00 0.36 0.09 0.42 0.39 0.33 0.17 0.20 0.04 0.09 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.48 0.55 0.67 0.60 0.52 0.31 0.49 0.08 0.50 0.45 0.53 0.55 0.46 0.44 0.50 0.61 0.47 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.43 0.38 0.28 0.39 0.06 0.42 0.02 0.46 0.32 0.46 0.39 0.46 0.39 0.32 0.30 0.17 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.22 0.43 0.36 0.31 0.37 0.09 0.38 0.01 0.42 0.27 0.44 0.39 0.41 0.32 0.30 0.27 0.19 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.05 0.01 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.13 0.09 0.02 0.11 0.11 0.06 0.08 0.10 0.08
C2 0.25 0.21 0.20 0.19 0.18 0.24 0.20 0.25 0.22 0.23 0.18 0.21 0.21 0.16 0.17 0.27 0.22 0.23 0.21 0.21
C2' 0.09 0.08 0.05 0.04 0.09 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.07 0.09 0.08 0.02 0.11 0.10 0.10 0.13 0.14 0.12
C3' 0.03 0.04 0.04 0.04 0.10 0.04 0.12 0.07 0.08 0.04 0.04 0.08 0.07 0.04 0.14 0.04 0.09 0.12 0.15 0.13
C4 0.16 0.14 0.10 0.09 0.14 0.15 0.15 0.16 0.15 0.15 0.13 0.15 0.12 0.06 0.15 0.18 0.14 0.15 0.15 0.14
C4' 0.07 0.08 0.06 0.01 0.10 0.01 0.12 0.05 0.07 0.03 0.03 0.16 0.11 0.01 0.16 0.03 0.09 0.13 0.19 0.15
C5 0.16 0.14 0.10 0.10 0.16 0.15 0.17 0.16 0.16 0.16 0.14 0.13 0.10 0.06 0.17 0.18 0.15 0.16 0.17 0.16
C5' 0.15 0.18 0.16 0.10 0.09 0.09 0.12 0.07 0.07 0.11 0.12 0.29 0.23 0.11 0.15 0.10 0.09 0.14 0.21 0.16
C6 0.22 0.20 0.16 0.17 0.19 0.21 0.21 0.23 0.22 0.22 0.19 0.18 0.16 0.14 0.19 0.24 0.22 0.22 0.22 0.22
C8 0.07 0.06 0.04 0.01 0.08 0.04 0.09 0.06 0.07 0.06 0.05 0.09 0.07 0.05 0.12 0.08 0.06 0.08 0.10 0.08
N1 0.27 0.22 0.21 0.21 0.20 0.26 0.22 0.27 0.24 0.25 0.20 0.22 0.22 0.18 0.18 0.29 0.25 0.25 0.24 0.24
N3 0.21 0.17 0.15 0.14 0.16 0.19 0.17 0.20 0.18 0.19 0.15 0.18 0.17 0.11 0.16 0.23 0.17 0.18 0.17 0.17
N6 0.24 0.22 0.18 0.20 0.21 0.24 0.24 0.26 0.25 0.24 0.21 0.17 0.16 0.16 0.19 0.26 0.25 0.26 0.25 0.25
N7 0.08 0.08 0.03 0.02 0.12 0.07 0.12 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.01 0.15 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11
N9 0.11 0.10 0.05 0.03 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.08 0.00 0.13 0.12 0.09 0.10 0.11 0.10
O2' 0.13 0.11 0.06 0.06 0.13 0.12 0.15 0.15 0.15 0.13 0.10 0.10 0.08 0.02 0.14 0.16 0.14 0.16 0.18 0.16
O3' 0.09 0.09 0.09 0.11 0.18 0.12 0.20 0.15 0.17 0.11 0.11 0.08 0.09 0.09 0.22 0.12 0.18 0.20 0.24 0.22
O4' 0.08 0.08 0.05 0.04 0.09 0.02 0.11 0.03 0.05 0.03 0.03 0.16 0.11 0.06 0.15 0.05 0.08 0.12 0.17 0.13
O5' 0.19 0.23 0.20 0.13 0.09 0.11 0.12 0.08 0.07 0.14 0.17 0.35 0.27 0.14 0.15 0.13 0.09 0.14 0.20 0.15
OP1 0.17 0.27 0.14 0.07 0.17 0.09 0.13 0.11 0.11 0.17 0.27 0.36 0.18 0.06 0.18 0.12 0.14 0.23 0.27 0.22
OP2 0.26 0.36 0.20 0.14 0.29 0.17 0.20 0.15 0.20 0.27 0.38 0.43 0.22 0.10 0.31 0.22 0.14 0.15 0.16 0.15
P 0.23 0.31 0.21 0.14 0.20 0.15 0.14 0.12 0.15 0.22 0.30 0.40 0.25 0.13 0.19 0.19 0.12 0.15 0.18 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
O2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.09 0.05 0.06
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03
O5' 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.09 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00