ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49866

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C8 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.220, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C2' A 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
O2 B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C2 B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
N3 B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C4' A 0, 0.000, 0.340, 0.681, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C3' A 0, 0.000, 0.378, 0.757, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.378 std_dev=0.378
O2' A 0, 0.000, 0.416, 0.832, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.416 std_dev=0.416
O4' B 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427
O3' A 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
OP1 A 0, 0.000, 0.430, 0.860, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.430 std_dev=0.430
N1 B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C1' B 0, 0.000, 0.455, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.455 std_dev=0.455
OP1 B 0, 0.000, 0.462, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.462 std_dev=0.462
C4 B 0, 0.000, 0.483, 0.965, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.483 std_dev=0.483
C4' B 0, 0.000, 0.489, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.489 std_dev=0.489
C3' B 0, 0.000, 0.504, 1.009, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.504 std_dev=0.504
O4 B 0, 0.000, 0.506, 1.012, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.506 std_dev=0.506
O5' B 0, 0.000, 0.516, 1.033, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.516 std_dev=0.516
C2' B 0, 0.000, 0.545, 1.089, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.545 std_dev=0.545
C5' B 0, 0.000, 0.568, 1.136, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.568 std_dev=0.568
O2' B 0, 0.000, 0.573, 1.146, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.573 std_dev=0.573
P B 0, 0.000, 0.574, 1.148, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.574 std_dev=0.574
P A 0, 0.000, 0.593, 1.186, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.593 std_dev=0.593
C5' A 0, 0.000, 0.594, 1.189, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.594 std_dev=0.594
O3' B 0, 0.000, 0.605, 1.211, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.605 std_dev=0.605
C6 B 0, 0.000, 0.624, 1.249, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.624 std_dev=0.624
OP2 B 0, 0.000, 0.638, 1.275, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.638 std_dev=0.638
C5 B 0, 0.000, 0.651, 1.301, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.651 std_dev=0.651
OP2 A 0, 0.000, 0.853, 1.706, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.853 std_dev=0.853
O5' A 0, 0.000, 1.022, 2.044, 2.044 max_d=2.044 avg_d=1.022 std_dev=1.022

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.20 0.37 0.00
C2 0.03 0.00 0.13 0.08 0.01 0.03 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.24 0.12 0.06 0.21 0.26 0.17 0.11
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.03 0.08 0.02 0.11 0.12 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.26 0.06 0.47 0.07
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.08 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.02 0.56 0.18
C4 0.02 0.01 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.06 0.03 0.21 0.25 0.20 0.09
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.01 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.40 0.09
C5 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.04 0.01 0.21 0.26 0.10 0.13
C5' 0.06 0.16 0.03 0.01 0.16 0.00 0.19 0.00 0.20 0.15 0.19 0.13 0.21 0.19 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.30 0.20 0.01
C6 0.02 0.00 0.08 0.03 0.00 0.05 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.06 0.02 0.20 0.26 0.07 0.14
C8 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.22 0.26 0.15 0.11
N1 0.03 0.00 0.11 0.06 0.01 0.04 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.10 0.04 0.20 0.26 0.11 0.13
N3 0.04 0.00 0.12 0.08 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.23 0.12 0.05 0.21 0.25 0.22 0.09
N6 0.02 0.00 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.05 0.01 0.20 0.27 0.00 0.16
N7 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.20 0.27 0.06 0.14
N9 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.21 0.24 0.25 0.07
O2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.15 0.01 0.12 0.02 0.16 0.00 0.21 0.23 0.15 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.25 0.02 0.53 0.11
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.10 0.12 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.09 0.62 0.24
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.12 0.31 0.29 0.06
O5' 0.19 0.21 0.26 0.12 0.21 0.00 0.21 0.00 0.20 0.22 0.20 0.21 0.20 0.20 0.21 0.25 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.20 0.26 0.06 0.02 0.25 0.15 0.26 0.30 0.26 0.26 0.26 0.25 0.27 0.27 0.24 0.02 0.09 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 0.17 0.47 0.56 0.20 0.40 0.10 0.20 0.07 0.15 0.11 0.22 0.00 0.06 0.25 0.53 0.62 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.11 0.07 0.18 0.09 0.09 0.13 0.01 0.14 0.11 0.13 0.09 0.16 0.14 0.07 0.11 0.24 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.11 0.13 0.04 0.00 0.06 0.04 0.05 0.01 0.00 0.06 0.07 0.19 0.07 0.06 0.01 0.05 0.17 0.09
C2 0.05 0.04 0.17 0.20 0.10 0.07 0.11 0.05 0.10 0.07 0.07 0.00 0.11 0.25 0.13 0.00 0.09 0.09 0.21 0.16
C2' 0.07 0.03 0.16 0.16 0.08 0.04 0.11 0.03 0.10 0.07 0.03 0.01 0.14 0.21 0.09 0.01 0.02 0.08 0.18 0.11
C3' 0.01 0.03 0.09 0.10 0.00 0.01 0.03 0.08 0.04 0.01 0.04 0.06 0.08 0.14 0.01 0.06 0.04 0.02 0.11 0.05
C4 0.00 0.01 0.11 0.14 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.06 0.20 0.10 0.05 0.04 0.06 0.18 0.11
C4' 0.09 0.12 0.02 0.01 0.08 0.09 0.06 0.14 0.06 0.09 0.12 0.15 0.05 0.06 0.07 0.14 0.10 0.04 0.05 0.01
C5 0.02 0.03 0.08 0.12 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.00 0.00 0.08 0.03 0.17 0.10 0.07 0.03 0.06 0.18 0.11
C5' 0.27 0.30 0.22 0.18 0.25 0.27 0.23 0.31 0.24 0.27 0.29 0.33 0.25 0.14 0.24 0.30 0.27 0.20 0.11 0.18
C6 0.00 0.00 0.11 0.15 0.09 0.03 0.08 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06 0.04 0.20 0.12 0.05 0.06 0.07 0.19 0.13
C8 0.05 0.07 0.04 0.08 0.01 0.05 0.02 0.09 0.00 0.04 0.05 0.11 0.00 0.13 0.05 0.11 0.03 0.03 0.14 0.06
N1 0.04 0.05 0.16 0.19 0.11 0.07 0.11 0.05 0.09 0.06 0.08 0.01 0.09 0.25 0.13 0.01 0.10 0.09 0.21 0.16
N3 0.03 0.02 0.14 0.17 0.08 0.05 0.09 0.01 0.08 0.05 0.04 0.03 0.09 0.22 0.11 0.03 0.06 0.07 0.19 0.13
N6 0.04 0.02 0.08 0.14 0.09 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.09 0.00 0.18 0.13 0.07 0.06 0.06 0.19 0.13
N7 0.06 0.07 0.04 0.08 0.02 0.04 0.02 0.08 0.00 0.04 0.05 0.12 0.01 0.13 0.07 0.11 0.01 0.04 0.16 0.07
N9 0.02 0.03 0.09 0.12 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.08 0.04 0.17 0.07 0.08 0.01 0.05 0.16 0.09
O2' 0.18 0.13 0.28 0.26 0.16 0.13 0.20 0.05 0.20 0.17 0.12 0.09 0.28 0.31 0.17 0.08 0.10 0.15 0.25 0.18
O3' 0.07 0.01 0.15 0.15 0.04 0.04 0.07 0.03 0.08 0.06 0.01 0.01 0.14 0.20 0.03 0.01 0.01 0.05 0.14 0.08
O4' 0.03 0.05 0.05 0.10 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.10 0.00 0.15 0.05 0.08 0.01 0.05 0.16 0.09
O5' 0.18 0.13 0.20 0.22 0.15 0.16 0.19 0.11 0.20 0.17 0.12 0.10 0.19 0.24 0.14 0.15 0.13 0.19 0.25 0.21
OP1 0.15 0.14 0.20 0.23 0.16 0.12 0.17 0.06 0.16 0.15 0.14 0.12 0.19 0.27 0.17 0.09 0.10 0.18 0.25 0.18
OP2 0.11 0.04 0.14 0.19 0.18 0.12 0.26 0.10 0.23 0.13 0.06 0.06 0.10 0.21 0.21 0.09 0.17 0.32 0.43 0.33
P 0.14 0.10 0.18 0.21 0.16 0.12 0.20 0.07 0.18 0.14 0.10 0.05 0.15 0.24 0.17 0.09 0.12 0.22 0.30 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.10 0.14 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.16 0.00 0.03 0.05 0.04 0.14 0.10
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.14 0.05 0.04
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.08 0.03 0.12 0.21 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.18 0.08 0.08
C4 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.12 0.07
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.04
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.08 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.07
N3 0.00 0.00 0.07 0.12 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.14 0.00 0.02 0.04 0.05 0.15 0.10
O2 0.01 0.00 0.19 0.21 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.25 0.01 0.03 0.09 0.06 0.15 0.12
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.00 0.03 0.11 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.12 0.03 0.00
O3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.14 0.25 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.27 0.15 0.15
O4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.03 0.11 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.13 0.12
O5' 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.04 0.09 0.01 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.14 0.18 0.03 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.06 0.12 0.27 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.07 0.14 0.05 0.08 0.12 0.01 0.08 0.01 0.06 0.10 0.15 0.15 0.03 0.15 0.11 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.04 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.10 0.12 0.00 0.15 0.06 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00