ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49867

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5 B 0, 0.000, 0.179, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C4 B 0, 0.000, 0.242, 0.484, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.242 std_dev=0.242
N3 B 0, 0.000, 0.267, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C6 B 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C2 B 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
N1 B 0, 0.000, 0.348, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.348 std_dev=0.348
O2 B 0, 0.000, 0.358, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.358 std_dev=0.358
O4 B 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
C1' B 0, 0.000, 0.522, 1.044, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.522 std_dev=0.522
OP2 B 0, 0.000, 0.630, 1.261, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.630 std_dev=0.630
O4' B 0, 0.000, 0.659, 1.318, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.659 std_dev=0.659
C2' B 0, 0.000, 0.730, 1.459, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.730 std_dev=0.730
O2' B 0, 0.000, 0.790, 1.580, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.790 std_dev=0.790
P B 0, 0.000, 0.823, 1.645, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.823 std_dev=0.823
O5' B 0, 0.000, 0.832, 1.665, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.832 std_dev=0.832
O4' A 0, 0.000, 0.846, 1.691, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.846 std_dev=0.846
C2' A 0, 0.000, 0.869, 1.738, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.869 std_dev=0.869
C4' B 0, 0.000, 0.915, 1.831, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.915 std_dev=0.915
C3' B 0, 0.000, 0.932, 1.863, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.932 std_dev=0.932
C5' B 0, 0.000, 0.993, 1.986, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.993 std_dev=0.993
OP1 B 0, 0.000, 1.037, 2.074, 2.074 max_d=2.074 avg_d=1.037 std_dev=1.037
C3' A 0, 0.000, 1.099, 2.198, 2.198 max_d=2.198 avg_d=1.099 std_dev=1.099
C4' A 0, 0.000, 1.167, 2.334, 2.334 max_d=2.334 avg_d=1.167 std_dev=1.167
O3' A 0, 0.000, 1.255, 2.511, 2.511 max_d=2.511 avg_d=1.255 std_dev=1.255
O3' B 0, 0.000, 1.305, 2.610, 2.610 max_d=2.610 avg_d=1.305 std_dev=1.305
O2' A 0, 0.000, 1.374, 2.749, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.374 std_dev=1.374
C5' A 0, 0.000, 1.737, 3.474, 3.474 max_d=3.474 avg_d=1.737 std_dev=1.737
O5' A 0, 0.000, 1.760, 3.521, 3.521 max_d=3.521 avg_d=1.760 std_dev=1.760
P A 0, 0.000, 2.060, 4.119, 4.119 max_d=4.119 avg_d=2.060 std_dev=2.060
OP1 A 0, 0.000, 2.078, 4.157, 4.157 max_d=4.157 avg_d=2.078 std_dev=2.078
OP2 A 0, 0.000, 2.185, 4.369, 4.369 max_d=4.369 avg_d=2.185 std_dev=2.185

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.00 0.19 0.27 0.26 0.19
C2 0.01 0.00 0.40 0.26 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.04 0.24 0.12 0.17 0.09 0.11
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.22 0.02 0.13 0.16 0.21 0.16 0.33 0.39 0.17 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.40 0.58 0.57 0.50
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.22 0.01 0.26 0.02 0.29 0.17 0.29 0.21 0.31 0.23 0.15 0.03 0.00 0.04 0.03 0.33 0.08 0.15
C4 0.00 0.00 0.22 0.22 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.13 0.12 0.17 0.14 0.11
C4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.10 0.05 0.07 0.02 0.09 0.04 0.27 0.02 0.00 0.01 0.10 0.02 0.04
C5 0.00 0.00 0.13 0.26 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.03 0.07 0.08 0.12 0.10 0.06
C5' 0.07 0.16 0.16 0.02 0.11 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.14 0.15 0.09 0.02 0.06 0.11 0.16 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.21 0.29 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.13 0.08 0.11 0.06 0.05
C8 0.00 0.00 0.16 0.17 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.39 0.00 0.12 0.09 0.15 0.20 0.08
N1 0.01 0.00 0.33 0.29 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.02 0.20 0.10 0.13 0.06 0.07
N3 0.01 0.00 0.39 0.21 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.10 0.23 0.14 0.20 0.13 0.13
N6 0.00 0.00 0.17 0.31 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.09 0.10 0.05 0.07 0.03 0.02
N7 0.00 0.00 0.05 0.23 0.00 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.35 0.05 0.05 0.06 0.10 0.13 0.04
N9 0.00 0.01 0.02 0.15 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.08 0.01 0.13 0.20 0.21 0.13
O2' 0.01 0.26 0.00 0.03 0.00 0.27 0.16 0.11 0.07 0.39 0.11 0.27 0.14 0.35 0.16 0.00 0.04 0.14 0.27 0.46 0.62 0.41
O3' 0.24 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.16 0.05 0.00 0.02 0.10 0.09 0.05 0.08 0.04 0.00 0.15 0.20 0.02 0.23 0.15
O4' 0.00 0.24 0.02 0.04 0.13 0.00 0.07 0.02 0.13 0.12 0.20 0.23 0.10 0.05 0.01 0.14 0.15 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01
O5' 0.19 0.12 0.40 0.03 0.12 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.10 0.14 0.05 0.06 0.13 0.27 0.20 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.27 0.17 0.58 0.33 0.17 0.10 0.12 0.04 0.11 0.15 0.13 0.20 0.07 0.10 0.20 0.46 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.09 0.57 0.08 0.14 0.02 0.10 0.00 0.06 0.20 0.06 0.13 0.03 0.13 0.21 0.62 0.23 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.11 0.50 0.15 0.11 0.04 0.06 0.00 0.05 0.08 0.07 0.13 0.02 0.04 0.13 0.41 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.12 0.25 0.28 0.00 0.14 0.02 0.12 0.03 0.09 0.08 0.18 0.22 0.36 0.04 0.06 0.11 0.10 0.08 0.08
C2 0.12 0.03 0.23 0.24 0.10 0.15 0.07 0.13 0.01 0.04 0.06 0.08 0.21 0.29 0.15 0.08 0.10 0.10 0.06 0.08
C2' 0.04 0.04 0.16 0.12 0.24 0.01 0.28 0.09 0.19 0.04 0.06 0.18 0.19 0.20 0.33 0.07 0.15 0.20 0.28 0.23
C3' 0.54 0.53 0.59 0.59 0.37 0.52 0.35 0.48 0.41 0.49 0.48 0.60 0.58 0.64 0.31 0.48 0.44 0.41 0.35 0.40
C4 0.14 0.08 0.25 0.27 0.07 0.16 0.05 0.14 0.01 0.07 0.01 0.15 0.23 0.34 0.14 0.08 0.12 0.11 0.07 0.09
C4' 0.43 0.43 0.47 0.52 0.39 0.46 0.38 0.46 0.40 0.42 0.42 0.43 0.42 0.56 0.37 0.41 0.47 0.47 0.46 0.46
C5 0.16 0.08 0.27 0.29 0.10 0.19 0.06 0.17 0.02 0.09 0.04 0.16 0.25 0.35 0.18 0.12 0.14 0.14 0.08 0.11
C5' 0.45 0.43 0.43 0.50 0.44 0.48 0.44 0.51 0.45 0.44 0.43 0.41 0.37 0.52 0.44 0.45 0.52 0.53 0.53 0.54
C6 0.17 0.03 0.26 0.27 0.13 0.20 0.07 0.18 0.01 0.07 0.09 0.11 0.26 0.33 0.20 0.14 0.14 0.14 0.08 0.12
C8 0.16 0.14 0.27 0.30 0.04 0.19 0.03 0.16 0.04 0.11 0.07 0.21 0.25 0.38 0.13 0.10 0.15 0.14 0.09 0.11
N1 0.14 0.01 0.23 0.24 0.12 0.18 0.07 0.15 0.00 0.05 0.08 0.07 0.23 0.29 0.18 0.12 0.12 0.12 0.07 0.10
N3 0.12 0.05 0.23 0.25 0.08 0.14 0.06 0.11 0.00 0.05 0.02 0.11 0.21 0.31 0.13 0.07 0.10 0.10 0.05 0.07
N6 0.20 0.02 0.28 0.28 0.14 0.24 0.07 0.22 0.02 0.08 0.12 0.09 0.29 0.33 0.22 0.19 0.17 0.17 0.09 0.15
N7 0.18 0.13 0.29 0.31 0.09 0.21 0.04 0.19 0.04 0.12 0.01 0.21 0.26 0.38 0.19 0.14 0.16 0.16 0.10 0.13
N9 0.14 0.11 0.26 0.28 0.04 0.16 0.03 0.14 0.02 0.09 0.05 0.18 0.23 0.36 0.10 0.08 0.12 0.12 0.08 0.09
O2' 0.54 0.50 0.35 0.40 0.73 0.60 0.81 0.69 0.75 0.61 0.56 0.34 0.31 0.30 0.74 0.69 0.73 0.78 0.81 0.81
O3' 0.43 0.41 0.46 0.49 0.34 0.42 0.33 0.42 0.36 0.40 0.39 0.43 0.43 0.51 0.32 0.40 0.41 0.40 0.38 0.40
O4' 0.35 0.34 0.41 0.47 0.34 0.39 0.33 0.41 0.34 0.34 0.34 0.32 0.33 0.52 0.33 0.32 0.43 0.44 0.45 0.43
O5' 0.49 0.47 0.45 0.51 0.46 0.51 0.46 0.54 0.48 0.48 0.46 0.45 0.41 0.53 0.44 0.50 0.53 0.53 0.52 0.55
OP1 0.47 0.43 0.43 0.50 0.43 0.51 0.46 0.54 0.47 0.46 0.42 0.41 0.40 0.53 0.42 0.49 0.54 0.57 0.56 0.58
OP2 0.55 0.50 0.46 0.51 0.47 0.58 0.51 0.61 0.53 0.53 0.46 0.48 0.44 0.52 0.42 0.59 0.58 0.58 0.55 0.61
P 0.57 0.53 0.51 0.58 0.54 0.61 0.57 0.65 0.57 0.56 0.52 0.50 0.47 0.60 0.53 0.60 0.64 0.65 0.65 0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.07 0.06 0.09 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.09 0.09 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.01 0.08 0.09 0.08 0.09
C5' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.06 0.05 0.07
N1 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.00 0.07 0.07 0.08 0.08
O2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
O3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.03 0.11 0.02 0.08 0.06 0.11 0.08 0.03 0.00 0.12 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02
O4 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.00 0.08 0.09 0.10 0.10
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02
O5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.06 0.04 0.07 0.04 0.01 0.03 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.05 0.02 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.06 0.04 0.07 0.04 0.00 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.06 0.02 0.00 0.09 0.01 0.08 0.00 0.05 0.03 0.08 0.05 0.01 0.04 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.08 0.05 0.01 0.02 0.10 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00