ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49868

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2 B 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C1' B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.000, 0.237, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.237 std_dev=0.237
N1 B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
N3 B 0, 0.000, 0.301, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.301 std_dev=0.301
C6 B 0, 0.000, 0.346, 0.691, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.346 std_dev=0.346
C4 B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C5 B 0, 0.000, 0.382, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.382 std_dev=0.382
O4 B 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
O4' B 0, 0.000, 0.607, 1.214, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.607 std_dev=0.607
O2' B 0, 0.000, 0.635, 1.270, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.635 std_dev=0.635
C2' B 0, 0.000, 0.658, 1.315, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.658 std_dev=0.658
O4' A 0, 0.000, 0.671, 1.343, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.671 std_dev=0.671
C2' A 0, 0.000, 0.746, 1.491, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.746 std_dev=0.746
C4' B 0, 0.000, 0.867, 1.733, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.867 std_dev=0.867
C4' A 0, 0.000, 0.942, 1.883, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.942 std_dev=0.942
C3' A 0, 0.000, 0.942, 1.884, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.942 std_dev=0.942
C3' B 0, 0.000, 0.977, 1.954, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.977 std_dev=0.977
O2' A 0, 0.000, 1.129, 2.258, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.129 std_dev=1.129
O3' A 0, 0.000, 1.165, 2.330, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.165 std_dev=1.165
OP1 B 0, 0.000, 1.173, 2.346, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.173 std_dev=1.173
O3' B 0, 0.000, 1.236, 2.472, 2.472 max_d=2.472 avg_d=1.236 std_dev=1.236
C5' B 0, 0.000, 1.359, 2.719, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.359 std_dev=1.359
C5' A 0, 0.000, 1.402, 2.805, 2.805 max_d=2.805 avg_d=1.402 std_dev=1.402
O5' B 0, 0.000, 1.624, 3.249, 3.249 max_d=3.249 avg_d=1.624 std_dev=1.624
O5' A 0, 0.000, 1.693, 3.387, 3.387 max_d=3.387 avg_d=1.693 std_dev=1.693
OP2 A 0, 0.000, 1.726, 3.452, 3.452 max_d=3.452 avg_d=1.726 std_dev=1.726
P A 0, 0.000, 1.736, 3.473, 3.473 max_d=3.473 avg_d=1.736 std_dev=1.736
OP1 A 0, 0.000, 1.795, 3.590, 3.590 max_d=3.590 avg_d=1.795 std_dev=1.795
P B 0, 0.000, 1.806, 3.612, 3.612 max_d=3.612 avg_d=1.806 std_dev=1.806
OP2 B 0, 0.000, 2.287, 4.573, 4.573 max_d=4.573 avg_d=2.287 std_dev=2.287

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.16 0.00 0.10 0.08 0.03 0.16
C2 0.02 0.00 0.30 0.27 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.12 0.17 0.07 0.08 0.29 0.08
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.14 0.00 0.03 0.16 0.10 0.21 0.22 0.30 0.05 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.24 0.02
C3' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.18 0.00 0.15 0.01 0.20 0.00 0.25 0.24 0.19 0.06 0.08 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.12 0.02
C4 0.01 0.01 0.14 0.18 0.00 0.02 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.05 0.21 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.20 0.02 0.00 0.00 0.03 0.09 0.06
C5 0.02 0.01 0.03 0.15 0.00 0.03 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.06 0.06 0.03 0.09 0.24 0.03
C5' 0.09 0.15 0.16 0.01 0.16 0.00 0.20 0.00 0.20 0.22 0.18 0.13 0.21 0.23 0.15 0.04 0.14 0.00 0.00 0.03 0.18 0.00
C6 0.02 0.01 0.10 0.20 0.00 0.03 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.11 0.10 0.01 0.12 0.30 0.08
C8 0.02 0.01 0.21 0.00 0.00 0.05 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.06 0.06 0.15 0.04 0.10 0.09
N1 0.02 0.00 0.22 0.25 0.00 0.02 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.14 0.05 0.12 0.32 0.10
N3 0.02 0.00 0.30 0.24 0.00 0.01 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.08 0.17 0.04 0.05 0.24 0.03
N6 0.02 0.01 0.05 0.19 0.00 0.03 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.12 0.07 0.01 0.15 0.31 0.09
N7 0.02 0.01 0.14 0.06 0.01 0.05 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.00 0.01 0.10 0.09 0.19 0.01
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.04 0.02 0.09 0.00 0.11 0.09
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.02 0.20 0.14 0.04 0.09 0.28 0.04 0.17 0.15 0.28 0.12 0.00 0.03 0.12 0.16 0.13 0.05 0.21
O3' 0.16 0.12 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.14 0.11 0.06 0.14 0.08 0.12 0.00 0.04 0.03 0.00 0.14 0.04 0.03 0.05 0.06
O4' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.06 0.14 0.17 0.07 0.01 0.02 0.12 0.14 0.00 0.12 0.17 0.07 0.23
O5' 0.10 0.07 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.15 0.05 0.04 0.01 0.10 0.09 0.16 0.04 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.08 0.12 0.09 0.05 0.03 0.09 0.03 0.12 0.04 0.12 0.05 0.15 0.09 0.00 0.13 0.03 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.29 0.24 0.12 0.21 0.09 0.24 0.18 0.30 0.10 0.32 0.24 0.31 0.19 0.11 0.05 0.05 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.08 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.08 0.09 0.10 0.03 0.09 0.01 0.09 0.21 0.06 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.04 0.19 0.25 0.18 0.15 0.20 0.15 0.16 0.10 0.08 0.03 0.13 0.31 0.22 0.07 0.15 0.35 0.18 0.25
C2 0.11 0.13 0.35 0.40 0.24 0.20 0.23 0.18 0.19 0.14 0.19 0.06 0.28 0.50 0.28 0.05 0.20 0.35 0.06 0.27
C2' 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.07 0.10 0.14 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.14 0.10 0.14 0.20 0.00 0.63 0.15
C3' 0.08 0.08 0.14 0.12 0.08 0.06 0.07 0.00 0.07 0.07 0.08 0.07 0.14 0.15 0.09 0.05 0.08 0.15 0.54 0.01
C4 0.09 0.09 0.27 0.32 0.23 0.17 0.23 0.16 0.19 0.13 0.15 0.01 0.20 0.39 0.29 0.07 0.16 0.35 0.14 0.25
C4' 0.08 0.08 0.07 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.12 0.11 0.03 0.06 0.04 0.08 0.16 0.46 0.04
C5 0.09 0.10 0.26 0.30 0.24 0.16 0.24 0.14 0.19 0.13 0.17 0.01 0.20 0.36 0.29 0.06 0.13 0.34 0.17 0.22
C5' 0.33 0.33 0.39 0.37 0.25 0.32 0.23 0.32 0.27 0.31 0.30 0.35 0.41 0.40 0.20 0.27 0.37 0.09 0.78 0.24
C6 0.11 0.13 0.32 0.35 0.25 0.17 0.23 0.14 0.19 0.14 0.20 0.05 0.26 0.42 0.28 0.05 0.14 0.33 0.13 0.21
C8 0.07 0.05 0.17 0.21 0.19 0.13 0.22 0.12 0.17 0.10 0.08 0.03 0.12 0.25 0.26 0.07 0.10 0.34 0.25 0.20
N1 0.11 0.14 0.36 0.39 0.24 0.19 0.23 0.17 0.19 0.15 0.20 0.07 0.30 0.49 0.28 0.04 0.18 0.34 0.07 0.24
N3 0.10 0.11 0.31 0.37 0.24 0.20 0.24 0.18 0.19 0.14 0.17 0.04 0.24 0.45 0.28 0.07 0.20 0.36 0.08 0.27
N6 0.11 0.15 0.33 0.33 0.24 0.15 0.22 0.12 0.18 0.15 0.22 0.07 0.28 0.40 0.25 0.03 0.11 0.31 0.15 0.18
N7 0.08 0.06 0.19 0.22 0.23 0.13 0.23 0.11 0.18 0.11 0.12 0.02 0.14 0.26 0.29 0.07 0.09 0.33 0.25 0.18
N9 0.08 0.06 0.21 0.26 0.20 0.15 0.22 0.14 0.17 0.11 0.11 0.02 0.15 0.31 0.26 0.07 0.14 0.35 0.19 0.23
O2' 0.20 0.22 0.03 0.04 0.19 0.16 0.17 0.23 0.18 0.20 0.22 0.25 0.02 0.16 0.17 0.28 0.25 0.07 0.62 0.21
O3' 0.06 0.06 0.11 0.09 0.08 0.05 0.08 0.00 0.07 0.06 0.07 0.04 0.11 0.12 0.10 0.04 0.08 0.17 0.53 0.00
O4' 0.04 0.02 0.07 0.15 0.21 0.13 0.25 0.17 0.18 0.08 0.08 0.08 0.02 0.16 0.29 0.10 0.18 0.42 0.12 0.32
O5' 0.03 0.02 0.16 0.12 0.14 0.00 0.16 0.05 0.09 0.01 0.03 0.09 0.23 0.19 0.22 0.08 0.02 0.30 0.35 0.19
OP1 0.33 0.31 0.48 0.47 0.23 0.33 0.22 0.30 0.26 0.30 0.28 0.33 0.52 0.55 0.18 0.22 0.35 0.09 0.76 0.20
OP2 0.41 0.41 0.61 0.56 0.26 0.36 0.21 0.27 0.28 0.37 0.37 0.47 0.68 0.65 0.18 0.24 0.29 0.03 0.60 0.07
P 0.22 0.20 0.39 0.35 0.06 0.19 0.04 0.13 0.11 0.18 0.16 0.25 0.45 0.43 0.02 0.09 0.15 0.11 0.50 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.16 0.20 0.03
C2 0.01 0.00 0.11 0.08 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.01 0.04 0.11 0.14 0.38 0.02
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.07 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.16 0.01
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.14 0.02 0.04 0.17 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.15 0.07 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.18 0.10 0.58 0.08
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.09 0.13 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.14 0.01 0.03 0.21 0.11 0.60 0.08
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.08 0.05 0.07 0.02 0.02 0.03 0.11 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.14 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.15 0.01 0.05 0.18 0.14 0.47 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.11 0.15 0.35 0.00
N3 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.04 0.15 0.12 0.49 0.06
O2 0.02 0.00 0.21 0.17 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.21 0.01 0.06 0.07 0.16 0.31 0.00
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.08 0.00 0.08 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.00 0.14 0.03 0.15 0.02 0.07 0.21 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.29 0.05 0.03
O4 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.20 0.08 0.64 0.11
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.26 0.10 0.07
O5' 0.06 0.11 0.02 0.02 0.18 0.00 0.21 0.01 0.18 0.11 0.15 0.07 0.01 0.07 0.20 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.14 0.04 0.15 0.10 0.05 0.11 0.04 0.14 0.15 0.12 0.16 0.02 0.29 0.08 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.38 0.16 0.07 0.58 0.01 0.60 0.07 0.47 0.35 0.49 0.31 0.09 0.05 0.64 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.01 0.03 0.08 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.11 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00