ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49869

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O2' A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C4' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O3' A 0, 0.000, 0.047, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C5' A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O2 B 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C2 B 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
N3 B 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O5' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
P A 0, 0.000, 0.137, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.137 std_dev=0.137
O3' B 0, 0.000, 0.179, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.179 std_dev=0.179
O4 B 0, 0.000, 0.200, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C4 B 0, 0.000, 0.210, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.210 std_dev=0.210
N1 B 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C3' B 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C1' B 0, 0.000, 0.230, 0.460, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.230 std_dev=0.230
OP1 A 0, 0.000, 0.232, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.232 std_dev=0.232
OP2 A 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C2' B 0, 0.000, 0.235, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C4' B 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
O4' B 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
O2' B 0, 0.000, 0.263, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.263 std_dev=0.263
OP1 B 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C5' B 0, 0.000, 0.302, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.302 std_dev=0.302
P B 0, 0.000, 0.313, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.313
OP2 B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
O5' B 0, 0.000, 0.342, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C6 B 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C5 B 0, 0.000, 0.351, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.351 std_dev=0.351

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.06 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.05 0.05 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.08 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.05 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.01
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.04 0.05 0.01
N6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.05 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.01
O5' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.01 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.08 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.10 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01
C2 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01
C2' 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00
C3' 0.05 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.02 0.02 0.11 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02
C4 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01
C4' 0.07 0.04 0.08 0.04 0.06 0.05 0.08 0.04 0.08 0.07 0.04 0.02 0.13 0.04 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.04
C5 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
C5' 0.10 0.06 0.10 0.06 0.09 0.07 0.11 0.06 0.11 0.09 0.06 0.04 0.15 0.05 0.08 0.10 0.06 0.04 0.06 0.06
C6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01
C8 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00
N1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01
N3 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
N6 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
N7 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01
N9 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.09 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00
O2' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02
O3' 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.10 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
O4' 0.06 0.03 0.07 0.03 0.04 0.04 0.07 0.03 0.07 0.06 0.02 0.00 0.12 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03
O5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.02 0.05 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.03
OP2 0.08 0.02 0.10 0.06 0.05 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.01 0.01 0.14 0.05 0.04 0.09 0.06 0.03 0.05 0.05
P 0.05 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.04 0.01 0.04 0.11 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01
C5' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
N3 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00
O2 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01
O3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01
O4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03
O5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00