ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49873

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 6, 2, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.028 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.018, 0.069, 0.120, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.069 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.026, 0.079, 0.133, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.079 std_dev=0.053
O2' A 0, 0.047, 0.107, 0.167, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.107 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.035, 0.118, 0.201, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.118 std_dev=0.083
C3' A 0, 0.038, 0.122, 0.207, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.122 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.064, 0.177, 0.291, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.177 std_dev=0.113
N4 B 0, 0.094, 0.216, 0.337, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.216 std_dev=0.121
C5 B 0, 0.198, 0.338, 0.478, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.338 std_dev=0.140
C5' A 0, 0.036, 0.181, 0.326, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.181 std_dev=0.145
O5' A 0, 0.036, 0.181, 0.326, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.181 std_dev=0.145
C4 B 0, 0.094, 0.250, 0.406, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.250 std_dev=0.156
OP2 A 0, 0.085, 0.246, 0.407, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.246 std_dev=0.161
P A 0, 0.021, 0.187, 0.353, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.187 std_dev=0.166
C6 B 0, 0.224, 0.403, 0.582, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.403 std_dev=0.179
OP1 A 0, 0.041, 0.235, 0.429, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.235 std_dev=0.194
N3 B 0, 0.047, 0.266, 0.485, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.266 std_dev=0.219
N1 B 0, 0.182, 0.412, 0.643, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.412 std_dev=0.230
P B 0, 0.503, 0.752, 1.000, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.752 std_dev=0.249
C2 B 0, 0.104, 0.357, 0.611, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.357 std_dev=0.254
C5' B 0, 0.367, 0.632, 0.898, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.632 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.250, 0.517, 0.784, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.517 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.312, 0.586, 0.861, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.586 std_dev=0.274
C4' B 0, 0.311, 0.586, 0.862, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.586 std_dev=0.276
C2' B 0, 0.247, 0.533, 0.818, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.533 std_dev=0.286
O2' B 0, 0.278, 0.571, 0.863, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.571 std_dev=0.293
C3' B 0, 0.192, 0.490, 0.788, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.490 std_dev=0.298
O5' B 0, 0.255, 0.561, 0.868, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.561 std_dev=0.306
O2 B 0, 0.125, 0.432, 0.739, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.432 std_dev=0.307
O3' B 0, 0.151, 0.462, 0.773, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.462 std_dev=0.311
OP1 B 0, 0.350, 0.812, 1.274, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.812 std_dev=0.462
OP2 B 0, 1.366, 1.877, 2.388, 2.298 max_d=2.298 avg_d=1.877 std_dev=0.511

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.07 0.06 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.05 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.06 0.06 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03
N6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.08 0.08 0.09 0.08
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.07 0.07 0.07
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.04 0.09 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.07 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.06 0.09 0.08 0.15 0.18 0.13
C2 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.11 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.10 0.06 0.08 0.13 0.17 0.22 0.17
C2' 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.12 0.07 0.09 0.08 0.15 0.17 0.13
C3' 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.13 0.08 0.09 0.08 0.15 0.17 0.12
C4 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.08 0.10 0.15 0.20 0.15
C4' 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.07 0.09 0.08 0.14 0.17 0.12
C5 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.10 0.15 0.21 0.15
C5' 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.06 0.09 0.08 0.14 0.17 0.12
C6 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.08 0.08 0.12 0.15 0.21 0.16
C8 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.09 0.14 0.19 0.13
N1 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.12 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.08 0.09 0.13 0.16 0.22 0.17
N3 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.10 0.06 0.08 0.11 0.16 0.21 0.16
N6 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.09 0.12 0.15 0.22 0.16
N7 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.09 0.14 0.20 0.14
N9 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.10 0.06 0.08 0.09 0.15 0.19 0.14
O2' 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.09 0.12 0.08 0.15 0.16 0.12
O3' 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.14 0.10 0.10 0.07 0.14 0.15 0.11
O4' 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.11 0.06 0.09 0.09 0.15 0.18 0.13
O5' 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.08 0.09 0.08 0.13 0.17 0.12
OP1 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.13 0.08 0.09 0.08 0.14 0.17 0.12
OP2 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.09 0.05 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.08 0.09 0.08 0.13 0.17 0.12
P 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.05 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.12 0.07 0.09 0.08 0.13 0.17 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.05 0.08 0.13 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.12 0.08
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.11 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.09 0.13 0.19 0.14
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.10 0.15 0.20 0.15
C5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.07 0.05 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.09 0.12 0.18 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.09 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.07 0.10 0.16 0.11
N4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.10 0.15 0.21 0.15
O2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.05 0.04 0.06 0.11 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.03 0.01 0.03 0.10 0.15 0.09
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.12 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02
O5' 0.02 0.05 0.04 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.10 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.08 0.08 0.06 0.13 0.02 0.15 0.01 0.12 0.09 0.10 0.15 0.06 0.10 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.13 0.12 0.11 0.19 0.05 0.20 0.03 0.18 0.13 0.16 0.21 0.11 0.15 0.12 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.08 0.06 0.14 0.02 0.15 0.01 0.12 0.09 0.11 0.15 0.07 0.09 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00