ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49874

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C3' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O2' A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C4' A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O3' A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C5' A 0, 0.000, 0.060, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C5 B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C6 B 0, 0.000, 0.111, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C4 B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
N4 B 0, 0.000, 0.169, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.169 std_dev=0.169
N1 B 0, 0.000, 0.175, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.175
N3 B 0, 0.000, 0.205, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.000, 0.215, 0.430, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.215 std_dev=0.215
O4' B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C1' B 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
O5' A 0, 0.000, 0.240, 0.480, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.240
O5' B 0, 0.000, 0.257, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.257 std_dev=0.257
O2 B 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
P B 0, 0.000, 0.267, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C2' B 0, 0.000, 0.272, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C4' B 0, 0.000, 0.274, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.274 std_dev=0.274
OP1 B 0, 0.000, 0.276, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C5' B 0, 0.000, 0.276, 0.553, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C3' B 0, 0.000, 0.284, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.284 std_dev=0.284
P A 0, 0.000, 0.297, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.297 std_dev=0.297
O2' B 0, 0.000, 0.305, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.305 std_dev=0.305
O3' B 0, 0.000, 0.321, 0.643, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.321 std_dev=0.321
OP2 B 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
OP2 A 0, 0.000, 0.375, 0.750, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.375 std_dev=0.375
OP1 A 0, 0.000, 0.601, 1.203, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.601 std_dev=0.601

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.08 0.04
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.15 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.04 0.18 0.04
C5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.04 0.19 0.04
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.04 0.17 0.04
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.13 0.02
N6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.12 0.07 0.22 0.07
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.07 0.20 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.13 0.00
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.02 0.08
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.09 0.06 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.05 0.05
O5' 0.07 0.08 0.00 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10 0.07 0.12 0.13 0.09 0.03 0.09 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.08 0.04 0.04 0.01 0.04 0.07 0.07 0.01 0.07 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.15 0.06 0.06 0.15 0.03 0.18 0.03 0.19 0.17 0.18 0.13 0.22 0.20 0.13 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.07 0.06 0.00 0.08 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.08 0.03 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.05 0.06 0.10 0.11 0.08 0.03 0.00 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07
C2 0.04 0.07 0.03 0.01 0.08 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.08 0.09 0.07 0.03 0.00 0.00 0.14 0.05 0.01 0.09
C2' 0.04 0.08 0.03 0.02 0.09 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06 0.10 0.11 0.08 0.03 0.00 0.00 0.11 0.01 0.02 0.07
C3' 0.04 0.08 0.04 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.10 0.10 0.09 0.04 0.00 0.00 0.11 0.01 0.03 0.07
C4 0.04 0.08 0.04 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.09 0.10 0.08 0.04 0.00 0.00 0.14 0.03 0.01 0.08
C4' 0.04 0.08 0.04 0.02 0.09 0.01 0.06 0.02 0.05 0.06 0.10 0.10 0.09 0.04 0.01 0.00 0.12 0.01 0.02 0.07
C5 0.05 0.08 0.05 0.03 0.08 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.09 0.09 0.09 0.05 0.02 0.01 0.15 0.05 0.02 0.09
C5' 0.04 0.08 0.04 0.02 0.08 0.01 0.06 0.02 0.05 0.06 0.10 0.10 0.09 0.04 0.01 0.00 0.12 0.00 0.02 0.08
C6 0.05 0.08 0.05 0.03 0.08 0.03 0.05 0.04 0.04 0.06 0.09 0.09 0.09 0.06 0.02 0.01 0.16 0.07 0.03 0.10
C8 0.04 0.08 0.05 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.10 0.10 0.09 0.05 0.01 0.00 0.14 0.03 0.02 0.09
N1 0.05 0.08 0.05 0.03 0.08 0.03 0.05 0.04 0.04 0.06 0.09 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.16 0.07 0.03 0.11
N3 0.03 0.07 0.02 0.01 0.08 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.08 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.13 0.02 0.00 0.08
N6 0.06 0.09 0.07 0.05 0.07 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.04 0.03 0.17 0.08 0.04 0.11
N7 0.05 0.09 0.05 0.03 0.08 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.10 0.09 0.10 0.05 0.02 0.01 0.15 0.04 0.03 0.10
N9 0.04 0.08 0.04 0.02 0.08 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.09 0.10 0.08 0.04 0.00 0.00 0.13 0.02 0.01 0.08
O2' 0.02 0.07 0.02 0.00 0.08 0.01 0.05 0.00 0.03 0.04 0.09 0.10 0.07 0.01 0.02 0.02 0.08 0.04 0.00 0.05
O3' 0.03 0.07 0.03 0.02 0.08 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.09 0.09 0.08 0.03 0.00 0.00 0.09 0.02 0.04 0.07
O4' 0.04 0.08 0.04 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.05 0.06 0.10 0.11 0.08 0.03 0.00 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07
O5' 0.05 0.02 0.04 0.05 0.01 0.07 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06 0.04 0.03 0.02
OP1 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.18 0.07 0.06 0.14
OP2 0.13 0.11 0.13 0.13 0.11 0.14 0.12 0.12 0.12 0.12 0.10 0.10 0.10 0.13 0.14 0.16 0.00 0.10 0.10 0.04
P 0.03 0.05 0.03 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.15 0.04 0.04 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.13 0.01 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.14 0.06 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.02 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.13 0.08 0.12
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.16 0.12 0.05 0.12
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.15 0.13 0.03 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.04 0.09
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.15 0.14 0.08 0.12
N4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.12 0.09 0.13
O2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.14 0.06 0.09
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01
O3' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.07 0.00 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.12 0.05 0.02
O5' 0.08 0.13 0.01 0.04 0.16 0.00 0.16 0.00 0.15 0.13 0.15 0.16 0.11 0.01 0.11 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.13 0.14 0.11 0.10 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.14 0.12 0.14 0.11 0.07 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.06 0.02 0.01 0.08 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.08 0.09 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.03 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.10 0.09 0.12 0.13 0.09 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00