Doublet Group distance statistics: 49875

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5	A	0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N7	A	0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1	A	0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N6	A	0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4	A	0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C2	A	0, -0.003, 0.016, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.019
N3	A	0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C8	A	0, -0.002, 0.025, 0.051, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.027
C1'	A	0, -0.004, 0.025, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.029
N9	A	0, -0.007, 0.029, 0.065, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.029 std_dev=0.036
C4	B	0, 0.149, 0.515, 0.881, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.515 std_dev=0.366
C5	B	0, 0.150, 0.600, 1.051, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.600 std_dev=0.450
N3	B	0, 0.158, 0.645, 1.131, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.645 std_dev=0.486
N9	B	0, 0.148, 0.770, 1.393, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.770 std_dev=0.623
C6	B	0, 0.124, 0.781, 1.437, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.781 std_dev=0.657
N7	B	0, 0.130, 0.848, 1.566, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.848 std_dev=0.718
N6	B	0, 0.092, 0.875, 1.658, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.875 std_dev=0.783
C1'	B	0, 0.122, 0.927, 1.732, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.927 std_dev=0.805
C2	B	0, 0.115, 0.999, 1.883, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.999 std_dev=0.884
C8	B	0, 0.117, 1.019, 1.922, 2.194 max_d=2.194 avg_d=1.019 std_dev=0.902
N1	B	0, 0.095, 1.065, 2.035, 2.347 max_d=2.347 avg_d=1.065 std_dev=0.970
O4'	A	0, -0.243, 0.764, 1.770, 2.185 max_d=2.185 avg_d=0.764 std_dev=1.006
C2'	A	0, -0.271, 0.863, 1.996, 2.464 max_d=2.464 avg_d=0.863 std_dev=1.134
C4'	A	0, -0.273, 0.939, 2.151, 2.650 max_d=2.650 avg_d=0.939 std_dev=1.212
O4'	B	0, -0.048, 1.356, 2.759, 3.290 max_d=3.290 avg_d=1.356 std_dev=1.404
O2'	A	0, -0.341, 1.224, 2.788, 3.432 max_d=3.432 avg_d=1.224 std_dev=1.565
C3'	A	0, -0.390, 1.244, 2.878, 3.553 max_d=3.553 avg_d=1.244 std_dev=1.634
C2'	B	0, -0.223, 1.816, 3.855, 4.664 max_d=4.664 avg_d=1.816 std_dev=2.039
O2'	B	0, -0.234, 1.995, 4.223, 5.105 max_d=5.105 avg_d=1.995 std_dev=2.229
O3'	A	0, -0.545, 1.738, 4.021, 4.964 max_d=4.964 avg_d=1.738 std_dev=2.283
C5'	A	0, -0.547, 1.793, 4.132, 5.098 max_d=5.098 avg_d=1.793 std_dev=2.340
C4'	B	0, -0.347, 2.047, 4.442, 5.407 max_d=5.407 avg_d=2.047 std_dev=2.394
O5'	A	0, -0.607, 1.908, 4.422, 5.461 max_d=5.461 avg_d=1.908 std_dev=2.515
C3'	B	0, -0.474, 2.326, 5.126, 6.264 max_d=6.264 avg_d=2.326 std_dev=2.800
OP1	A	0, -0.899, 2.429, 5.757, 7.135 max_d=7.135 avg_d=2.429 std_dev=3.328
P	A	0, -0.934, 2.511, 5.955, 7.381 max_d=7.381 avg_d=2.511 std_dev=3.444
C5'	B	0, -0.719, 2.857, 6.433, 7.900 max_d=7.900 avg_d=2.857 std_dev=3.576
O3'	B	0, -0.775, 3.056, 6.887, 8.458 max_d=8.458 avg_d=3.056 std_dev=3.831
O5'	B	0, -0.948, 3.259, 7.465, 9.198 max_d=9.198 avg_d=3.259 std_dev=4.207
OP2	B	0, -0.742, 3.497, 7.736, 9.462 max_d=9.462 avg_d=3.497 std_dev=4.239
OP2	A	0, -1.155, 3.179, 7.513, 9.307 max_d=9.307 avg_d=3.179 std_dev=4.334
P	B	0, -0.982, 3.842, 8.666, 10.645 max_d=10.645 avg_d=3.842 std_dev=4.824
OP1	B	0, -1.246, 4.832, 10.911, 13.405 max_d=13.405 avg_d=4.832 std_dev=6.078

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.04	0.04	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.18	0.07	0.13	0.06
C2	0.04	0.00	0.15	0.48	0.00	0.47	0.00	0.74	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.15	0.42	0.36	0.18	0.51	0.45	0.56
C2'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.07	0.02	0.02	0.01	0.06	0.07	0.11	0.15	0.04	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.30	0.29	0.20	0.14
C3'	0.02	0.48	0.00	0.00	0.11	0.01	0.10	0.01	0.03	0.49	0.28	0.49	0.08	0.41	0.16	0.02	0.00	0.01	0.39	0.55	0.21	0.28
C4	0.02	0.00	0.07	0.11	0.00	0.17	0.00	0.22	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.09	0.18	0.28	0.08	0.23	0.05
C4'	0.02	0.47	0.02	0.01	0.17	0.00	0.02	0.00	0.10	0.41	0.31	0.47	0.01	0.31	0.08	0.09	0.02	0.00	0.00	0.13	0.18	0.08
C5	0.01	0.00	0.02	0.10	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.10	0.05	0.64	0.23	0.77	0.37
C5'	0.00	0.74	0.01	0.01	0.22	0.00	0.08	0.00	0.12	0.68	0.49	0.71	0.05	0.56	0.15	0.08	0.04	0.01	0.00	0.35	0.33	0.00
C6	0.02	0.00	0.06	0.03	0.01	0.10	0.00	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.01	0.13	0.49	0.08	0.57	0.19
C8	0.01	0.01	0.07	0.49	0.01	0.41	0.01	0.68	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.21	0.41	0.26	1.15	0.68	1.39	0.93
N1	0.04	0.00	0.11	0.28	0.00	0.31	0.00	0.49	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.07	0.24	0.26	0.12	0.27	0.05	0.25
N3	0.04	0.00	0.15	0.49	0.00	0.47	0.00	0.71	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.16	0.41	0.36	0.20	0.48	0.44	0.55
N6	0.02	0.00	0.04	0.08	0.01	0.01	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.11	0.10	0.07	0.70	0.28	0.91	0.44
N7	0.00	0.01	0.05	0.41	0.00	0.31	0.00	0.56	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.20	0.37	0.16	1.12	0.68	1.47	0.93
N9	0.01	0.00	0.01	0.16	0.00	0.08	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.08	0.12	0.01	0.54	0.15	0.55	0.26
O2'	0.00	0.15	0.00	0.02	0.03	0.09	0.10	0.08	0.06	0.21	0.07	0.16	0.11	0.20	0.08	0.00	0.06	0.09	0.16	0.20	0.10	0.06
O3'	0.01	0.42	0.01	0.00	0.09	0.02	0.10	0.04	0.01	0.41	0.24	0.41	0.10	0.37	0.12	0.06	0.00	0.01	0.29	0.71	0.17	0.32
O4'	0.01	0.36	0.00	0.01	0.18	0.00	0.05	0.01	0.13	0.26	0.26	0.36	0.07	0.16	0.01	0.09	0.01	0.00	0.03	0.18	0.15	0.21
O5'	0.18	0.18	0.30	0.39	0.28	0.00	0.64	0.00	0.49	1.15	0.12	0.20	0.70	1.12	0.54	0.16	0.29	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.07	0.51	0.29	0.55	0.08	0.13	0.23	0.35	0.08	0.68	0.27	0.48	0.28	0.68	0.15	0.20	0.71	0.18	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.13	0.45	0.20	0.21	0.23	0.18	0.77	0.33	0.57	1.39	0.05	0.44	0.91	1.47	0.55	0.10	0.17	0.15	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.06	0.56	0.14	0.28	0.05	0.08	0.37	0.00	0.19	0.93	0.25	0.55	0.44	0.93	0.26	0.06	0.32	0.21	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.26	0.11	0.09	0.53	0.06	1.00	0.07	1.65	0.20	0.17	0.21	0.03	0.34	0.06	0.18	0.22	0.43	0.88	1.65	3.16	2.33	2.50
C2	0.32	0.12	0.22	0.46	0.11	0.74	0.07	1.10	0.20	0.32	0.21	0.06	0.36	0.19	0.27	0.14	0.39	0.68	0.99	2.02	1.77	1.63
C2'	0.65	0.15	0.43	1.02	0.35	1.54	0.20	2.28	0.02	0.49	0.04	0.31	0.21	0.28	0.52	0.20	0.95	1.36	2.26	3.73	2.89	3.10
C3'	1.36	0.52	1.21	1.88	0.86	2.38	0.66	3.16	0.32	1.14	0.29	0.79	0.03	0.83	1.16	0.99	1.86	2.11	3.18	4.74	3.65	4.00
C4	0.30	0.09	0.15	0.43	0.12	0.78	0.07	1.22	0.15	0.28	0.18	0.07	0.27	0.17	0.25	0.11	0.33	0.73	1.12	2.34	1.82	1.84
C4'	1.17	0.44	1.01	1.66	0.75	2.14	0.58	2.89	0.29	1.00	0.25	0.67	0.05	0.73	1.00	0.77	1.63	1.88	2.97	4.65	3.46	3.82
C5	0.28	0.11	0.15	0.27	0.14	0.55	0.12	0.85	0.11	0.29	0.15	0.09	0.19	0.23	0.25	0.11	0.18	0.56	0.67	1.69	1.26	1.26
C5'	1.76	0.78	1.69	2.36	1.20	2.78	0.98	3.52	0.60	1.55	0.54	1.09	0.29	1.21	1.53	1.48	2.39	2.45	3.64	5.36	3.96	4.43
C6	0.27	0.13	0.17	0.19	0.15	0.38	0.15	0.54	0.11	0.31	0.16	0.10	0.16	0.27	0.25	0.15	0.14	0.41	0.32	1.14	0.85	0.80
C8	0.29	0.08	0.12	0.34	0.14	0.71	0.10	1.13	0.10	0.27	0.13	0.09	0.18	0.19	0.25	0.11	0.23	0.69	1.00	2.22	1.58	1.69
N1	0.29	0.13	0.21	0.27	0.15	0.46	0.13	0.65	0.14	0.33	0.19	0.09	0.26	0.28	0.27	0.18	0.21	0.46	0.44	1.26	1.05	0.93
N3	0.33	0.10	0.18	0.55	0.10	0.91	0.05	1.41	0.20	0.27	0.21	0.05	0.35	0.13	0.25	0.12	0.47	0.81	1.36	2.60	2.15	2.12
N6	0.23	0.15	0.16	0.14	0.17	0.18	0.19	0.20	0.13	0.31	0.16	0.13	0.14	0.30	0.24	0.18	0.19	0.24	0.21	0.53	0.33	0.28
N7	0.27	0.10	0.13	0.23	0.15	0.53	0.13	0.82	0.10	0.29	0.14	0.10	0.14	0.23	0.25	0.10	0.14	0.55	0.64	1.69	1.18	1.24
N9	0.30	0.08	0.13	0.46	0.11	0.86	0.06	1.37	0.14	0.25	0.16	0.07	0.26	0.14	0.24	0.13	0.35	0.79	1.30	2.64	1.96	2.07
O2'	0.14	0.13	0.16	0.50	0.05	1.09	0.17	1.90	0.27	0.05	0.23	0.06	0.40	0.18	0.04	0.44	0.41	0.93	1.89	3.41	2.57	2.78
O3'	1.45	0.54	1.30	2.05	0.89	2.61	0.64	3.49	0.30	1.15	0.29	0.83	0.04	0.80	1.20	1.06	2.07	2.28	3.51	5.08	3.86	4.31
O4'	0.76	0.25	0.57	1.10	0.48	1.55	0.36	2.21	0.15	0.67	0.12	0.41	0.02	0.49	0.66	0.35	1.03	1.38	2.26	3.86	2.86	3.11
O5'	1.24	0.12	1.24	1.88	0.60	2.23	0.39	2.93	0.07	1.04	0.16	0.46	0.36	0.67	0.99	1.07	1.97	1.86	3.04	4.73	3.25	3.75
OP1	1.55	0.42	1.64	2.25	0.93	2.51	0.74	3.15	0.32	1.37	0.20	0.77	0.07	1.03	1.31	1.47	2.39	2.11	3.29	4.95	3.43	3.94
OP2	1.92	0.40	2.10	2.69	1.09	2.89	0.83	3.45	0.25	1.69	0.09	0.87	0.16	1.22	1.60	2.01	2.89	2.43	3.58	5.14	3.52	4.10
P	1.69	0.48	1.76	2.34	1.03	2.61	0.82	3.22	0.36	1.51	0.23	0.86	0.06	1.13	1.43	1.62	2.47	2.23	3.35	4.98	3.48	3.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.01	0.04	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.11	0.04	0.50	0.09
C2	0.04	0.00	0.17	0.43	0.00	0.66	0.01	1.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.48	0.36	0.58	1.58	1.79	1.48	1.82
C2'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.09	0.02	0.05	0.02	0.08	0.07	0.14	0.17	0.05	0.03	0.01	0.00	0.03	0.01	0.03	0.15	0.54	0.18
C3'	0.00	0.43	0.00	0.00	0.23	0.01	0.14	0.03	0.25	0.18	0.36	0.38	0.21	0.07	0.03	0.01	0.01	0.01	0.04	0.14	0.43	0.18
C4	0.02	0.00	0.09	0.23	0.00	0.30	0.01	0.46	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.24	0.17	0.29	0.78	0.61	0.33	0.69
C4'	0.01	0.66	0.02	0.01	0.30	0.00	0.13	0.01	0.29	0.35	0.51	0.62	0.20	0.20	0.01	0.06	0.02	0.01	0.02	0.15	0.36	0.05
C5	0.03	0.01	0.05	0.14	0.01	0.13	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.13	0.13	0.10	0.50	0.21	0.22	0.32
C5'	0.02	1.11	0.02	0.03	0.46	0.01	0.19	0.00	0.47	0.57	0.88	1.00	0.32	0.36	0.04	0.07	0.09	0.02	0.01	0.29	0.22	0.02
C6	0.03	0.00	0.08	0.25	0.01	0.29	0.00	0.47	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.24	0.23	0.22	0.86	0.67	0.59	0.80
C8	0.01	0.00	0.07	0.18	0.00	0.35	0.00	0.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.18	0.13	0.33	0.47	0.98	1.32	0.89
N1	0.04	0.00	0.14	0.36	0.02	0.51	0.00	0.88	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.39	0.33	0.42	1.34	1.43	1.25	1.49
N3	0.03	0.00	0.17	0.38	0.00	0.62	0.00	1.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.45	0.30	0.60	1.38	1.48	1.07	1.51
N6	0.03	0.01	0.05	0.21	0.01	0.20	0.00	0.32	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.17	0.22	0.14	0.69	0.40	0.41	0.56
N7	0.02	0.00	0.03	0.07	0.01	0.20	0.00	0.36	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.08	0.03	0.20	0.20	0.79	1.00	0.62
N9	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.16	0.14	0.54	0.13
O2'	0.01	0.48	0.00	0.01	0.24	0.06	0.13	0.07	0.24	0.18	0.39	0.45	0.17	0.08	0.02	0.00	0.07	0.03	0.02	0.03	0.49	0.12
O3'	0.03	0.36	0.03	0.01	0.17	0.02	0.13	0.09	0.23	0.13	0.33	0.30	0.22	0.03	0.02	0.07	0.00	0.00	0.09	0.11	0.31	0.16
O4'	0.01	0.58	0.01	0.01	0.29	0.01	0.10	0.02	0.22	0.33	0.42	0.60	0.14	0.20	0.02	0.03	0.00	0.00	0.15	0.19	0.39	0.08
O5'	0.11	1.58	0.03	0.04	0.78	0.02	0.50	0.01	0.86	0.47	1.34	1.38	0.69	0.20	0.16	0.02	0.09	0.15	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.04	1.79	0.15	0.14	0.61	0.15	0.21	0.29	0.67	0.98	1.43	1.48	0.40	0.79	0.14	0.03	0.11	0.19	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.50	1.48	0.54	0.43	0.33	0.36	0.22	0.22	0.59	1.32	1.25	1.07	0.41	1.00	0.54	0.49	0.31	0.39	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.09	1.82	0.18	0.18	0.69	0.05	0.32	0.02	0.80	0.89	1.49	1.51	0.56	0.62	0.13	0.12	0.16	0.08	0.01	0.00	0.00	0.00