ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49876

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.006, 0.025, 0.043, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.004, 0.038, 0.072, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.038 std_dev=0.034
N6 A 0, 0.008, 0.075, 0.142, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.075 std_dev=0.067
N7 B 0, 0.198, 0.813, 1.427, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.813 std_dev=0.615
C5 B 0, 0.252, 0.893, 1.534, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.893 std_dev=0.641
C8 B 0, 0.249, 0.912, 1.575, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.912 std_dev=0.663
N6 B 0, 0.224, 0.889, 1.553, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.889 std_dev=0.664
C6 B 0, 0.266, 0.946, 1.626, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.946 std_dev=0.680
N9 B 0, 0.303, 1.040, 1.777, 1.624 max_d=1.624 avg_d=1.040 std_dev=0.737
C4 B 0, 0.309, 1.058, 1.808, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.058 std_dev=0.750
N1 B 0, 0.345, 1.195, 2.046, 1.907 max_d=1.907 avg_d=1.195 std_dev=0.850
C1' B 0, 0.358, 1.224, 2.089, 1.877 max_d=1.877 avg_d=1.224 std_dev=0.866
N3 B 0, 0.381, 1.303, 2.226, 2.014 max_d=2.014 avg_d=1.303 std_dev=0.923
C2 B 0, 0.389, 1.339, 2.289, 2.100 max_d=2.100 avg_d=1.339 std_dev=0.950
O4' A 0, 0.514, 1.755, 2.995, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.755 std_dev=1.241
C2' A 0, 0.529, 1.805, 3.081, 2.711 max_d=2.711 avg_d=1.805 std_dev=1.276
O3' A 0, 0.602, 2.057, 3.511, 3.089 max_d=3.089 avg_d=2.057 std_dev=1.454
C4' A 0, 0.619, 2.115, 3.611, 3.221 max_d=3.221 avg_d=2.115 std_dev=1.496
O2' B 0, 0.466, 1.972, 3.478, 3.654 max_d=3.654 avg_d=1.972 std_dev=1.506
C3' A 0, 0.631, 2.154, 3.678, 3.255 max_d=3.255 avg_d=2.154 std_dev=1.523
C2' B 0, 0.620, 2.279, 3.939, 3.903 max_d=3.903 avg_d=2.279 std_dev=1.660
O2' A 0, 0.815, 2.782, 4.749, 4.208 max_d=4.208 avg_d=2.782 std_dev=1.967
O4' B 0, 0.815, 2.800, 4.786, 4.376 max_d=4.376 avg_d=2.800 std_dev=1.985
C3' B 0, 1.117, 3.859, 6.601, 6.118 max_d=6.118 avg_d=3.859 std_dev=2.742
C4' B 0, 1.150, 3.927, 6.704, 5.931 max_d=5.931 avg_d=3.927 std_dev=2.777
C5' A 0, 1.203, 4.109, 7.014, 6.203 max_d=6.203 avg_d=4.109 std_dev=2.905
O5' A 0, 1.419, 4.849, 8.279, 7.402 max_d=7.402 avg_d=4.849 std_dev=3.430
O3' B 0, 1.468, 5.065, 8.662, 8.009 max_d=8.009 avg_d=5.065 std_dev=3.597
C5' B 0, 1.670, 5.703, 9.736, 8.591 max_d=8.591 avg_d=5.703 std_dev=4.033
P A 0, 1.910, 6.522, 11.135, 9.862 max_d=9.862 avg_d=6.522 std_dev=4.612
O5' B 0, 1.947, 6.649, 11.351, 9.991 max_d=9.991 avg_d=6.649 std_dev=4.702
OP1 A 0, 1.956, 6.679, 11.401, 10.018 max_d=10.018 avg_d=6.679 std_dev=4.722
OP2 A 0, 2.355, 8.043, 13.732, 12.195 max_d=12.195 avg_d=8.043 std_dev=5.688
P B 0, 2.373, 8.103, 13.833, 12.218 max_d=12.218 avg_d=8.103 std_dev=5.730
OP2 B 0, 2.490, 8.515, 14.541, 13.043 max_d=13.043 avg_d=8.515 std_dev=6.025
OP1 B 0, 2.582, 8.818, 15.053, 13.306 max_d=13.306 avg_d=8.818 std_dev=6.235

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.19 0.00 0.23 0.28 0.14 0.10
C2 0.04 0.00 0.43 0.53 0.01 0.13 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.26 0.34 0.12 0.21 0.30 0.00 0.09
C2' 0.01 0.43 0.00 0.00 0.21 0.01 0.07 0.13 0.17 0.24 0.33 0.44 0.10 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.45 0.64 0.31 0.41
C3' 0.02 0.53 0.00 0.00 0.27 0.01 0.17 0.02 0.27 0.14 0.44 0.50 0.21 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.26 0.39 0.18 0.23
C4 0.02 0.01 0.21 0.27 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.08 0.31 0.41 0.17 0.14
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.09 0.12 0.02 0.04 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.12 0.13 0.02
C5 0.03 0.01 0.07 0.17 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.11 0.02 0.05 0.41 0.55 0.29 0.24
C5' 0.06 0.19 0.13 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.09 0.19 0.14 0.17 0.08 0.17 0.09 0.05 0.10 0.01 0.00 0.09 0.17 0.01
C6 0.04 0.02 0.17 0.27 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.07 0.10 0.08 0.38 0.53 0.25 0.21
C8 0.01 0.01 0.24 0.14 0.01 0.06 0.01 0.19 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.34 0.26 0.04 0.50 0.64 0.40 0.36
N1 0.04 0.01 0.33 0.44 0.02 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.15 0.26 0.11 0.29 0.41 0.12 0.12
N3 0.03 0.00 0.44 0.50 0.00 0.12 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.26 0.28 0.13 0.19 0.27 0.02 0.07
N6 0.05 0.03 0.10 0.21 0.02 0.02 0.03 0.08 0.00 0.05 0.03 0.02 0.00 0.05 0.05 0.13 0.07 0.08 0.45 0.64 0.34 0.29
N7 0.02 0.01 0.15 0.04 0.01 0.04 0.00 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.29 0.17 0.01 0.51 0.69 0.43 0.37
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.12 0.01 0.35 0.44 0.24 0.20
O2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.06 0.14 0.11 0.05 0.07 0.34 0.15 0.26 0.13 0.29 0.11 0.00 0.01 0.07 0.31 0.53 0.24 0.31
O3' 0.19 0.34 0.02 0.00 0.07 0.02 0.02 0.10 0.10 0.26 0.26 0.28 0.07 0.17 0.12 0.01 0.00 0.13 0.14 0.18 0.24 0.10
O4' 0.00 0.12 0.02 0.02 0.08 0.00 0.05 0.01 0.08 0.04 0.11 0.13 0.08 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.12 0.20 0.02 0.13
O5' 0.23 0.21 0.45 0.26 0.31 0.01 0.41 0.00 0.38 0.50 0.29 0.19 0.45 0.51 0.35 0.31 0.14 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.28 0.30 0.64 0.39 0.41 0.12 0.55 0.09 0.53 0.64 0.41 0.27 0.64 0.69 0.44 0.53 0.18 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.00 0.31 0.18 0.17 0.13 0.29 0.17 0.25 0.40 0.12 0.02 0.34 0.43 0.24 0.24 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.09 0.41 0.23 0.14 0.02 0.24 0.01 0.21 0.36 0.12 0.07 0.29 0.37 0.20 0.31 0.10 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.13 0.17 0.16 0.06 0.45 0.08 0.79 0.14 0.01 0.16 0.08 0.18 0.04 0.01 0.31 0.11 0.40 1.43 1.60 2.64 1.97
C2 0.06 0.06 0.21 0.06 0.06 0.20 0.06 0.40 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.29 0.11 0.21 0.98 0.81 2.05 1.35
C2' 0.60 0.33 0.40 0.72 0.46 1.07 0.40 1.42 0.29 0.55 0.26 0.42 0.20 0.46 0.54 0.33 0.65 1.03 2.02 2.17 3.18 2.56
C3' 0.85 0.52 0.64 1.01 0.67 1.39 0.59 1.80 0.45 0.79 0.43 0.63 0.34 0.67 0.78 0.56 0.93 1.33 2.43 2.73 3.62 3.03
C4 0.05 0.15 0.17 0.08 0.09 0.26 0.10 0.49 0.14 0.04 0.16 0.11 0.16 0.06 0.06 0.27 0.07 0.24 1.11 1.04 2.24 1.52
C4' 0.35 0.07 0.21 0.51 0.20 0.87 0.14 1.28 0.04 0.31 0.01 0.17 0.12 0.22 0.29 0.27 0.44 0.80 1.95 2.34 3.18 2.56
C5 0.11 0.22 0.16 0.06 0.15 0.13 0.14 0.26 0.18 0.08 0.22 0.18 0.19 0.10 0.11 0.22 0.08 0.10 0.85 0.63 1.90 1.17
C5' 0.58 0.19 0.46 0.77 0.35 1.10 0.25 1.49 0.08 0.52 0.11 0.31 0.07 0.37 0.49 0.46 0.72 1.01 2.19 2.64 3.39 2.79
C6 0.16 0.23 0.17 0.11 0.18 0.08 0.17 0.10 0.19 0.12 0.22 0.21 0.17 0.13 0.15 0.21 0.12 0.06 0.62 0.27 1.58 0.86
C8 0.07 0.23 0.14 0.08 0.13 0.24 0.13 0.44 0.19 0.04 0.24 0.17 0.21 0.07 0.08 0.23 0.07 0.20 1.07 0.99 2.18 1.46
N1 0.14 0.15 0.20 0.12 0.14 0.06 0.14 0.13 0.12 0.13 0.13 0.15 0.09 0.13 0.14 0.24 0.15 0.04 0.66 0.34 1.63 0.92
N3 0.03 0.07 0.19 0.08 0.04 0.33 0.05 0.60 0.07 0.02 0.07 0.05 0.09 0.04 0.03 0.31 0.07 0.32 1.21 1.19 2.37 1.66
N6 0.19 0.29 0.15 0.15 0.22 0.18 0.19 0.21 0.22 0.14 0.28 0.26 0.20 0.14 0.18 0.16 0.14 0.18 0.35 0.15 1.21 0.49
N7 0.12 0.27 0.15 0.06 0.17 0.13 0.16 0.26 0.22 0.08 0.27 0.22 0.22 0.10 0.12 0.21 0.07 0.10 0.85 0.64 1.90 1.17
N9 0.03 0.17 0.16 0.11 0.09 0.33 0.10 0.59 0.16 0.02 0.19 0.12 0.19 0.06 0.05 0.27 0.09 0.29 1.23 1.24 2.39 1.68
O2' 0.42 0.22 0.23 0.58 0.29 0.94 0.22 1.32 0.14 0.36 0.16 0.27 0.09 0.26 0.36 0.13 0.53 0.87 1.88 2.04 2.99 2.42
O3' 0.76 0.44 0.52 0.95 0.56 1.39 0.47 1.87 0.34 0.66 0.34 0.54 0.23 0.53 0.67 0.43 0.88 1.30 2.45 2.85 3.59 3.09
O4' 0.10 0.23 0.27 0.11 0.15 0.41 0.16 0.77 0.23 0.05 0.25 0.19 0.28 0.10 0.09 0.43 0.04 0.36 1.45 1.74 2.69 2.02
O5' 0.23 0.34 0.11 0.48 0.14 0.77 0.24 1.14 0.41 0.24 0.45 0.18 0.56 0.22 0.16 0.09 0.49 0.64 1.84 2.24 2.98 2.39
OP1 0.23 0.52 0.17 0.51 0.24 0.72 0.34 1.03 0.57 0.26 0.64 0.31 0.74 0.27 0.18 0.12 0.57 0.56 1.73 2.04 2.78 2.19
OP2 0.56 0.18 0.52 0.82 0.16 1.05 0.11 1.36 0.24 0.49 0.31 0.09 0.44 0.31 0.41 0.53 0.85 0.91 2.08 2.49 3.12 2.55
P 0.45 0.17 0.39 0.71 0.15 0.96 0.16 1.28 0.26 0.43 0.30 0.04 0.43 0.31 0.35 0.35 0.74 0.82 2.00 2.36 3.10 2.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.27 0.38 0.14
C2 0.03 0.00 0.21 0.34 0.01 0.56 0.02 0.99 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.34 0.31 0.43 0.76 1.69 0.53 0.98
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.12 0.17 0.21 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.09 0.39 0.20
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.16 0.00 0.11 0.01 0.15 0.25 0.25 0.33 0.14 0.20 0.09 0.00 0.00 0.00 0.25 0.05 0.37 0.22
C4 0.01 0.01 0.11 0.16 0.00 0.28 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.13 0.23 0.13 0.77 0.32 0.17
C4' 0.00 0.56 0.01 0.00 0.28 0.00 0.16 0.00 0.27 0.26 0.44 0.53 0.22 0.16 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.19 0.06 0.02
C5 0.01 0.02 0.05 0.11 0.00 0.16 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.10 0.16 0.47 0.72 0.16
C5' 0.02 0.99 0.01 0.01 0.46 0.00 0.29 0.00 0.50 0.37 0.80 0.90 0.41 0.23 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.13 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01 0.27 0.00 0.50 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.13 0.19 0.09 0.83 0.47 0.15
C8 0.00 0.01 0.12 0.25 0.00 0.26 0.00 0.37 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.26 0.22 0.78 0.34 1.34 0.89
N1 0.03 0.00 0.17 0.25 0.01 0.44 0.01 0.80 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.28 0.22 0.32 0.49 1.39 0.21 0.66
N3 0.03 0.00 0.21 0.33 0.00 0.53 0.01 0.90 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.31 0.29 0.44 0.66 1.43 0.42 0.80
N6 0.01 0.02 0.06 0.14 0.01 0.22 0.01 0.41 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.12 0.14 0.14 0.06 0.64 0.70 0.05
N7 0.00 0.02 0.06 0.20 0.00 0.16 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.23 0.12 0.65 0.18 1.34 0.78
N9 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.27 0.23 0.67 0.29
O2' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.16 0.06 0.09 0.05 0.16 0.13 0.28 0.31 0.12 0.07 0.02 0.00 0.04 0.07 0.10 0.21 0.14 0.11
O3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.13 0.00 0.11 0.01 0.13 0.26 0.22 0.29 0.14 0.23 0.08 0.04 0.00 0.01 0.18 0.15 0.25 0.17
O4' 0.00 0.43 0.01 0.00 0.23 0.00 0.10 0.01 0.19 0.22 0.32 0.44 0.14 0.12 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.35 0.19 0.02
O5' 0.15 0.76 0.21 0.25 0.13 0.01 0.16 0.00 0.09 0.78 0.49 0.66 0.06 0.65 0.27 0.10 0.18 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.27 1.69 0.09 0.05 0.77 0.19 0.47 0.13 0.83 0.34 1.39 1.43 0.64 0.18 0.23 0.21 0.15 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.53 0.39 0.37 0.32 0.06 0.72 0.03 0.47 1.34 0.21 0.42 0.70 1.34 0.67 0.14 0.25 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.98 0.20 0.22 0.17 0.02 0.16 0.01 0.15 0.89 0.66 0.80 0.05 0.78 0.29 0.11 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00