ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49877

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 1, 4, 2, 3, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.006, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.006, 0.010, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.011, 0.017, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.008, 0.013, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C3' A 0, 0.082, 0.147, 0.212, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.147 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.087, 0.153, 0.219, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.153 std_dev=0.066
C4' A 0, 0.092, 0.161, 0.229, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.161 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.095, 0.169, 0.243, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.169 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.066, 0.142, 0.217, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.142 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.170, 0.298, 0.426, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.298 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.173, 0.304, 0.435, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.304 std_dev=0.131
O5' A 0, 0.123, 0.255, 0.386, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.255 std_dev=0.131
P A 0, 0.119, 0.274, 0.430, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.274 std_dev=0.155
O4 B 0, 0.093, 0.253, 0.413, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.253 std_dev=0.160
OP1 A 0, 0.091, 0.262, 0.433, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.262 std_dev=0.171
OP2 A 0, 0.138, 0.312, 0.486, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.312 std_dev=0.174
C4 B 0, 0.117, 0.300, 0.483, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.300 std_dev=0.183
C5 B 0, 0.186, 0.392, 0.597, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.392 std_dev=0.206
N3 B 0, 0.112, 0.335, 0.558, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.335 std_dev=0.223
C6 B 0, 0.241, 0.486, 0.730, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.486 std_dev=0.244
N1 B 0, 0.210, 0.475, 0.741, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.475 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.144, 0.418, 0.693, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.418 std_dev=0.274
O5' B 0, 0.219, 0.504, 0.789, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.504 std_dev=0.285
C1' B 0, 0.225, 0.523, 0.820, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.523 std_dev=0.298
O4' B 0, 0.230, 0.531, 0.831, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.531 std_dev=0.300
P B 0, 0.237, 0.541, 0.845, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.541 std_dev=0.304
C3' B 0, 0.211, 0.518, 0.825, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.518 std_dev=0.307
C2' B 0, 0.222, 0.534, 0.845, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.534 std_dev=0.311
C5' B 0, 0.252, 0.565, 0.878, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.565 std_dev=0.313
C4' B 0, 0.231, 0.550, 0.869, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.550 std_dev=0.319
OP2 B 0, 0.251, 0.582, 0.912, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.582 std_dev=0.330
O2 B 0, 0.129, 0.465, 0.801, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.465 std_dev=0.336
O3' B 0, 0.242, 0.578, 0.915, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.578 std_dev=0.337
O2' B 0, 0.237, 0.578, 0.919, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.578 std_dev=0.341
OP1 B 0, 0.232, 0.589, 0.946, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.589 std_dev=0.357

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.03 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05
C8 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.04
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.04
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.09 0.04 0.06
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
O5' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.10 0.13 0.08 0.15 0.09 0.18 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.14 0.10 0.12 0.19 0.31 0.26 0.24
C2 0.10 0.07 0.08 0.10 0.07 0.13 0.13 0.16 0.13 0.09 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06 0.13 0.19 0.25 0.25 0.22
C2' 0.10 0.08 0.11 0.15 0.07 0.16 0.09 0.19 0.10 0.09 0.08 0.10 0.11 0.16 0.09 0.13 0.19 0.32 0.23 0.24
C3' 0.09 0.08 0.10 0.14 0.09 0.15 0.09 0.18 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.16 0.11 0.11 0.18 0.31 0.22 0.22
C4 0.10 0.07 0.08 0.11 0.07 0.14 0.11 0.17 0.12 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.07 0.13 0.19 0.28 0.25 0.23
C4' 0.09 0.08 0.10 0.13 0.10 0.14 0.09 0.18 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.15 0.11 0.11 0.18 0.31 0.24 0.23
C5 0.11 0.08 0.09 0.12 0.09 0.14 0.13 0.17 0.13 0.11 0.07 0.08 0.09 0.12 0.07 0.14 0.19 0.28 0.25 0.23
C5' 0.09 0.08 0.10 0.14 0.08 0.15 0.09 0.18 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.16 0.10 0.11 0.18 0.31 0.23 0.23
C6 0.12 0.09 0.10 0.12 0.11 0.14 0.16 0.17 0.15 0.12 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.14 0.19 0.26 0.25 0.22
C8 0.11 0.08 0.11 0.14 0.07 0.15 0.11 0.18 0.12 0.10 0.07 0.09 0.10 0.14 0.07 0.14 0.20 0.30 0.26 0.24
N1 0.11 0.08 0.09 0.11 0.11 0.14 0.16 0.17 0.15 0.11 0.08 0.07 0.09 0.10 0.10 0.14 0.19 0.25 0.24 0.22
N3 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.13 0.10 0.17 0.11 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.12 0.18 0.27 0.26 0.23
N6 0.13 0.10 0.11 0.13 0.14 0.15 0.17 0.17 0.16 0.13 0.11 0.09 0.10 0.12 0.14 0.15 0.19 0.26 0.24 0.22
N7 0.11 0.09 0.11 0.14 0.09 0.15 0.13 0.18 0.13 0.11 0.08 0.09 0.10 0.13 0.08 0.14 0.20 0.29 0.25 0.24
N9 0.10 0.08 0.10 0.13 0.07 0.14 0.10 0.18 0.11 0.09 0.07 0.08 0.09 0.13 0.08 0.13 0.19 0.30 0.26 0.24
O2' 0.11 0.09 0.12 0.15 0.08 0.17 0.09 0.21 0.10 0.10 0.09 0.11 0.12 0.17 0.10 0.14 0.20 0.33 0.23 0.24
O3' 0.09 0.09 0.11 0.13 0.12 0.14 0.10 0.17 0.09 0.09 0.11 0.10 0.11 0.16 0.14 0.10 0.16 0.30 0.22 0.21
O4' 0.10 0.09 0.10 0.13 0.09 0.14 0.09 0.18 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.14 0.11 0.12 0.19 0.31 0.26 0.24
O5' 0.11 0.08 0.12 0.17 0.07 0.18 0.09 0.21 0.11 0.09 0.07 0.10 0.13 0.19 0.08 0.13 0.21 0.35 0.25 0.25
OP1 0.16 0.12 0.18 0.22 0.09 0.22 0.14 0.25 0.16 0.14 0.09 0.14 0.18 0.24 0.08 0.18 0.25 0.38 0.26 0.28
OP2 0.12 0.09 0.14 0.18 0.07 0.18 0.10 0.21 0.11 0.10 0.07 0.11 0.14 0.20 0.07 0.14 0.21 0.34 0.24 0.25
P 0.13 0.09 0.14 0.18 0.07 0.19 0.11 0.22 0.12 0.11 0.07 0.11 0.15 0.20 0.07 0.15 0.21 0.35 0.24 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.07 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.06 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.09 0.11 0.11 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.09 0.11 0.12 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.09 0.09 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.08 0.09 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.07 0.09 0.05
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.10 0.13 0.13 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.05
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.04 0.02 0.05 0.10 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.06 0.11 0.04 0.11 0.03 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.13 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.07 0.07 0.07 0.11 0.03 0.12 0.02 0.09 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.13 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.03 0.04 0.10 0.01 0.10 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.02 0.05 0.11 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00