ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49878

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.001, 0.012, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.023
N3 A 0, -0.002, 0.027, 0.056, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.001, 0.030, 0.060, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4 A 0, -0.009, 0.021, 0.051, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.021 std_dev=0.030
C5 A 0, -0.008, 0.025, 0.058, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.025 std_dev=0.033
C2 A 0, -0.003, 0.030, 0.063, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.030 std_dev=0.033
N6 A 0, 0.003, 0.039, 0.074, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.039 std_dev=0.036
N9 A 0, -0.006, 0.037, 0.079, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.037 std_dev=0.043
N7 A 0, -0.012, 0.036, 0.084, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.036 std_dev=0.048
C8 A 0, -0.009, 0.042, 0.092, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.042 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.122, 0.342, 0.561, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.342 std_dev=0.220
O2' A 0, 0.121, 0.343, 0.564, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.343 std_dev=0.221
O4' A 0, 0.148, 0.416, 0.684, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.416 std_dev=0.268
C4 B 0, 0.155, 0.559, 0.964, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.559 std_dev=0.405
C3' A 0, 0.238, 0.656, 1.075, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.656 std_dev=0.418
C5 B 0, 0.054, 0.481, 0.908, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.481 std_dev=0.427
C4' A 0, 0.234, 0.664, 1.094, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.664 std_dev=0.430
N3 B 0, 0.185, 0.622, 1.059, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.622 std_dev=0.437
C6 B 0, 0.095, 0.549, 1.003, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.549 std_dev=0.454
O4 B 0, 0.209, 0.709, 1.209, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.709 std_dev=0.500
N1 B 0, 0.053, 0.570, 1.086, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.570 std_dev=0.517
C2 B 0, 0.115, 0.638, 1.161, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.638 std_dev=0.523
C1' B 0, 0.068, 0.643, 1.218, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.643 std_dev=0.575
O3' A 0, 0.374, 0.999, 1.625, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.999 std_dev=0.626
C5' A 0, 0.372, 1.032, 1.691, 1.750 max_d=1.750 avg_d=1.032 std_dev=0.659
O2 B 0, 0.174, 0.883, 1.593, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.883 std_dev=0.709
O2' B 0, 0.449, 1.708, 2.967, 2.993 max_d=2.993 avg_d=1.708 std_dev=1.259
C2' B 0, 0.300, 1.591, 2.881, 3.077 max_d=3.077 avg_d=1.591 std_dev=1.291
O5' A 0, 0.749, 2.081, 3.413, 3.621 max_d=3.621 avg_d=2.081 std_dev=1.332
O4' B 0, -0.004, 1.375, 2.754, 3.393 max_d=3.393 avg_d=1.375 std_dev=1.379
P A 0, 1.027, 2.595, 4.163, 4.212 max_d=4.212 avg_d=2.595 std_dev=1.568
OP2 A 0, 1.214, 2.933, 4.652, 4.364 max_d=4.364 avg_d=2.933 std_dev=1.719
OP1 A 0, 0.999, 2.779, 4.559, 4.770 max_d=4.770 avg_d=2.779 std_dev=1.780
C4' B 0, -0.040, 1.931, 3.902, 4.691 max_d=4.691 avg_d=1.931 std_dev=1.971
C3' B 0, 0.218, 2.272, 4.327, 4.848 max_d=4.848 avg_d=2.272 std_dev=2.055
O3' B 0, 0.415, 2.995, 5.575, 5.981 max_d=5.981 avg_d=2.995 std_dev=2.580
C5' B 0, 0.251, 3.117, 5.983, 6.923 max_d=6.923 avg_d=3.117 std_dev=2.866
O5' B 0, 0.497, 3.757, 7.017, 7.406 max_d=7.406 avg_d=3.757 std_dev=3.260
OP1 B 0, 0.505, 4.799, 9.092, 9.820 max_d=9.820 avg_d=4.799 std_dev=4.293
P B 0, 0.402, 4.757, 9.111, 9.623 max_d=9.623 avg_d=4.757 std_dev=4.354
OP2 B 0, 0.426, 5.292, 10.158, 10.529 max_d=10.529 avg_d=5.292 std_dev=4.866

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.07 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.18 0.09 0.50 0.27
C2 0.07 0.00 0.12 0.17 0.01 0.09 0.03 0.19 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.23 0.21 0.04 0.34 0.37 0.72 0.44
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.10 0.12 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.22 0.24 0.40 0.16
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.15 0.01 0.18 0.03 0.20 0.15 0.18 0.15 0.23 0.18 0.10 0.04 0.01 0.01 0.36 0.41 0.30 0.22
C4 0.03 0.01 0.06 0.15 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.16 0.03 0.33 0.29 0.68 0.42
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.18 0.19 0.12 0.07 0.23 0.22 0.08 0.07 0.02 0.01 0.02 0.21 0.37 0.10
C5 0.02 0.03 0.04 0.18 0.01 0.17 0.00 0.29 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.21 0.07 0.38 0.41 0.75 0.51
C5' 0.03 0.19 0.03 0.03 0.19 0.01 0.29 0.00 0.32 0.27 0.25 0.13 0.40 0.34 0.14 0.08 0.06 0.01 0.01 0.29 0.36 0.02
C6 0.02 0.03 0.05 0.20 0.01 0.18 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.10 0.24 0.07 0.39 0.48 0.79 0.55
C8 0.05 0.02 0.05 0.15 0.01 0.19 0.00 0.27 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.17 0.12 0.40 0.32 0.67 0.48
N1 0.06 0.01 0.10 0.18 0.02 0.12 0.02 0.25 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.19 0.22 0.04 0.38 0.46 0.77 0.51
N3 0.07 0.00 0.12 0.15 0.01 0.07 0.03 0.13 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.21 0.17 0.05 0.31 0.28 0.66 0.38
N6 0.03 0.03 0.04 0.23 0.02 0.23 0.02 0.40 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.06 0.28 0.11 0.40 0.57 0.82 0.60
N7 0.05 0.03 0.04 0.18 0.01 0.22 0.00 0.34 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.22 0.12 0.42 0.44 0.76 0.55
N9 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.08 0.02 0.14 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.10 0.03 0.32 0.20 0.60 0.37
O2' 0.02 0.23 0.01 0.04 0.10 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07 0.19 0.21 0.06 0.04 0.02 0.00 0.07 0.08 0.08 0.15 0.43 0.18
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.16 0.02 0.21 0.06 0.24 0.17 0.22 0.17 0.28 0.22 0.10 0.07 0.00 0.02 0.38 0.60 0.19 0.29
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.12 0.04 0.05 0.11 0.12 0.03 0.08 0.02 0.00 0.22 0.25 0.50 0.33
O5' 0.18 0.34 0.22 0.36 0.33 0.02 0.38 0.01 0.39 0.40 0.38 0.31 0.40 0.42 0.32 0.08 0.38 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.37 0.24 0.41 0.29 0.21 0.41 0.29 0.48 0.32 0.46 0.28 0.57 0.44 0.20 0.15 0.60 0.25 0.01 0.00 0.03 0.02
OP2 0.50 0.72 0.40 0.30 0.68 0.37 0.75 0.36 0.79 0.67 0.77 0.66 0.82 0.76 0.60 0.43 0.19 0.50 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.27 0.44 0.16 0.22 0.42 0.10 0.51 0.02 0.55 0.48 0.51 0.38 0.60 0.55 0.37 0.18 0.29 0.33 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.30 0.59 1.17 0.14 1.22 0.21 1.86 0.34 0.37 0.19 0.33 0.28 1.20 0.13 0.85 1.83 2.33 2.07 2.30
C2 0.37 0.33 0.46 0.91 0.16 1.03 0.19 1.55 0.32 0.37 0.24 0.36 0.21 0.84 0.10 0.80 1.56 1.96 1.49 1.88
C2' 0.49 0.41 0.83 1.44 0.23 1.35 0.32 1.95 0.47 0.48 0.28 0.44 0.48 1.56 0.13 0.91 1.92 2.31 2.16 2.32
C3' 0.65 0.55 1.02 1.54 0.40 1.40 0.53 1.93 0.64 0.63 0.43 0.55 0.72 1.68 0.26 0.98 1.86 2.22 1.98 2.19
C4 0.37 0.29 0.52 0.97 0.14 1.06 0.22 1.60 0.33 0.35 0.19 0.30 0.27 0.94 0.11 0.78 1.55 2.02 1.54 1.92
C4' 0.54 0.45 0.83 1.36 0.32 1.31 0.43 1.89 0.53 0.53 0.35 0.46 0.52 1.45 0.20 0.93 1.84 2.28 2.01 2.24
C5 0.30 0.23 0.43 0.74 0.12 0.85 0.20 1.30 0.29 0.29 0.14 0.22 0.23 0.70 0.11 0.64 1.23 1.72 1.04 1.53
C5' 0.64 0.56 0.91 1.37 0.47 1.33 0.58 1.85 0.65 0.63 0.48 0.55 0.65 1.44 0.36 0.98 1.76 2.21 1.82 2.13
C6 0.22 0.19 0.31 0.54 0.10 0.68 0.16 1.06 0.22 0.22 0.12 0.18 0.16 0.48 0.12 0.53 0.99 1.47 0.68 1.24
C8 0.34 0.24 0.51 0.90 0.12 0.98 0.23 1.49 0.33 0.32 0.15 0.23 0.29 0.89 0.11 0.71 1.41 1.92 1.34 1.77
N1 0.26 0.25 0.32 0.60 0.13 0.76 0.15 1.17 0.23 0.27 0.18 0.26 0.14 0.53 0.10 0.61 1.15 1.59 0.89 1.41
N3 0.42 0.34 0.56 1.09 0.16 1.18 0.21 1.76 0.35 0.40 0.24 0.38 0.28 1.05 0.10 0.88 1.74 2.16 1.83 2.13
N6 0.12 0.12 0.18 0.27 0.09 0.42 0.09 0.71 0.12 0.12 0.09 0.10 0.12 0.21 0.15 0.34 0.61 1.09 0.29 0.78
N7 0.28 0.20 0.43 0.72 0.11 0.82 0.21 1.27 0.29 0.27 0.12 0.18 0.25 0.69 0.11 0.61 1.17 1.67 0.96 1.46
N9 0.39 0.30 0.57 1.05 0.15 1.13 0.23 1.69 0.36 0.37 0.19 0.31 0.30 1.05 0.11 0.82 1.64 2.13 1.70 2.04
O2' 0.34 0.32 0.68 1.39 0.18 1.28 0.21 1.95 0.34 0.36 0.21 0.36 0.27 1.54 0.19 0.80 1.99 2.39 2.42 2.45
O3' 0.73 0.64 1.20 1.73 0.49 1.49 0.62 1.99 0.74 0.73 0.52 0.65 0.90 1.94 0.35 1.02 1.92 2.22 2.06 2.22
O4' 0.41 0.32 0.60 1.15 0.18 1.21 0.26 1.83 0.37 0.39 0.22 0.34 0.30 1.17 0.12 0.86 1.80 2.31 2.01 2.26
O5' 0.46 0.45 0.68 1.04 0.36 1.01 0.37 1.51 0.45 0.46 0.38 0.45 0.53 1.14 0.36 0.71 1.47 1.92 1.44 1.80
OP1 0.76 0.81 1.03 1.29 0.69 1.23 0.68 1.68 0.74 0.79 0.73 0.82 0.91 1.39 0.64 0.95 1.67 2.18 1.55 1.98
OP2 1.01 0.95 1.22 1.48 0.86 1.49 0.95 1.89 1.02 1.01 0.87 0.92 1.08 1.52 0.77 1.26 1.84 2.30 1.58 2.09
P 0.75 0.72 0.97 1.30 0.62 1.31 0.68 1.79 0.75 0.76 0.64 0.72 0.80 1.35 0.55 1.04 1.74 2.24 1.63 2.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.11 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.08 0.23 0.03 0.04 0.05 0.01 0.08 0.32 0.22 0.12
C2 0.11 0.00 0.05 0.43 0.05 0.29 0.09 0.46 0.02 0.02 0.01 0.01 0.22 0.40 0.03 0.10 0.57 0.19 1.27 0.63
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02 0.08 0.02 0.06 0.09 0.01 0.02 0.06 0.01 0.20 0.28 0.13 0.17
C3' 0.02 0.43 0.00 0.00 0.21 0.00 0.08 0.02 0.19 0.11 0.42 0.58 0.03 0.01 0.25 0.02 0.34 0.45 0.12 0.26
C4 0.05 0.05 0.05 0.21 0.00 0.10 0.01 0.18 0.07 0.03 0.01 0.04 0.10 0.25 0.01 0.10 0.10 0.33 0.83 0.08
C4' 0.01 0.29 0.03 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.24 0.03 0.24 0.46 0.13 0.01 0.12 0.01 0.03 0.22 0.21 0.04
C5 0.02 0.09 0.05 0.08 0.01 0.19 0.00 0.37 0.01 0.06 0.02 0.10 0.03 0.04 0.04 0.18 0.40 0.74 0.21 0.49
C5' 0.04 0.46 0.02 0.02 0.18 0.01 0.37 0.00 0.43 0.07 0.39 0.84 0.11 0.06 0.21 0.03 0.01 0.31 0.34 0.01
C6 0.04 0.02 0.08 0.19 0.07 0.24 0.01 0.43 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.16 0.07 0.18 0.50 0.75 0.22 0.57
N1 0.02 0.02 0.02 0.11 0.03 0.03 0.06 0.07 0.02 0.00 0.05 0.06 0.07 0.09 0.04 0.04 0.08 0.35 0.46 0.13
N3 0.08 0.01 0.06 0.42 0.01 0.24 0.02 0.39 0.07 0.05 0.00 0.02 0.18 0.43 0.02 0.07 0.51 0.09 1.37 0.58
O2 0.23 0.01 0.09 0.58 0.04 0.46 0.10 0.84 0.05 0.06 0.02 0.00 0.39 0.52 0.01 0.18 1.07 0.66 1.83 1.22
O2' 0.03 0.22 0.01 0.03 0.10 0.13 0.03 0.11 0.06 0.07 0.18 0.39 0.00 0.10 0.10 0.08 0.17 0.31 0.10 0.16
O3' 0.04 0.40 0.02 0.01 0.25 0.01 0.04 0.06 0.16 0.09 0.43 0.52 0.10 0.00 0.31 0.03 0.41 0.69 0.14 0.36
O4 0.05 0.03 0.06 0.25 0.01 0.12 0.04 0.21 0.07 0.04 0.02 0.01 0.10 0.31 0.00 0.10 0.15 0.31 0.98 0.13
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.10 0.01 0.18 0.03 0.18 0.04 0.07 0.18 0.08 0.03 0.10 0.00 0.18 0.38 0.20 0.15
O5' 0.08 0.57 0.20 0.34 0.10 0.03 0.40 0.01 0.50 0.08 0.51 1.07 0.17 0.41 0.15 0.18 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.32 0.19 0.28 0.45 0.33 0.22 0.74 0.31 0.75 0.35 0.09 0.66 0.31 0.69 0.31 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 1.27 0.13 0.12 0.83 0.21 0.21 0.34 0.22 0.46 1.37 1.83 0.10 0.14 0.98 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.63 0.17 0.26 0.08 0.04 0.49 0.01 0.57 0.13 0.58 1.22 0.16 0.36 0.13 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00