ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49880

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 4, 1, 6, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.024, 0.055, 0.087, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.055 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.030, 0.064, 0.099, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.064 std_dev=0.034
C4' A 0, 0.052, 0.109, 0.166, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.109 std_dev=0.057
C3' A 0, 0.049, 0.107, 0.165, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.107 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.032, 0.097, 0.161, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.097 std_dev=0.065
C5' A 0, 0.098, 0.188, 0.277, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.188 std_dev=0.090
O5' A 0, 0.107, 0.204, 0.301, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.204 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.062, 0.163, 0.265, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.163 std_dev=0.102
P A 0, 0.172, 0.309, 0.447, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.309 std_dev=0.138
OP2 A 0, 0.181, 0.348, 0.514, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.348 std_dev=0.167
O3' B 0, 0.184, 0.355, 0.527, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.355 std_dev=0.171
C3' B 0, 0.214, 0.387, 0.560, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.387 std_dev=0.173
OP1 A 0, 0.194, 0.371, 0.549, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.371 std_dev=0.178
P B 0, 0.242, 0.429, 0.617, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.429 std_dev=0.188
O5' B 0, 0.253, 0.441, 0.629, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.441 std_dev=0.188
OP2 B 0, 0.283, 0.475, 0.667, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.475 std_dev=0.192
OP1 B 0, 0.231, 0.430, 0.629, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.430 std_dev=0.199
C5' B 0, 0.263, 0.484, 0.705, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.484 std_dev=0.221
C4' B 0, 0.232, 0.459, 0.687, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.459 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.235, 0.470, 0.705, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.470 std_dev=0.235
C4 B 0, 0.333, 0.590, 0.847, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.590 std_dev=0.257
N1 B 0, 0.262, 0.527, 0.793, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.527 std_dev=0.265
O4 B 0, 0.353, 0.633, 0.913, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.633 std_dev=0.280
C1' B 0, 0.229, 0.523, 0.817, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.523 std_dev=0.294
O4' B 0, 0.226, 0.526, 0.826, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.526 std_dev=0.300
O2' B 0, 0.212, 0.524, 0.835, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.524 std_dev=0.311
C6 B 0, 0.455, 0.826, 1.196, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.826 std_dev=0.370
C5 B 0, 0.486, 0.889, 1.292, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.889 std_dev=0.403
N3 B 0, 0.412, 0.911, 1.409, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.911 std_dev=0.499
C2 B 0, 0.392, 0.947, 1.503, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.947 std_dev=0.555
O2 B 0, 0.637, 1.530, 2.422, 2.938 max_d=2.938 avg_d=1.530 std_dev=0.892

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.07 0.00 0.15 0.16 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.09 0.06
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.12 0.08 0.07
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.08 0.00 0.13 0.14 0.10
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.00 0.15 0.17 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.04 0.03 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.00 0.16 0.19 0.15
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.12 0.13 0.11
N1 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.00 0.16 0.18 0.13
N2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.07 0.00 0.15 0.16 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.13 0.14 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.15 0.18 0.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.10 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.11 0.08 0.05
O3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.14 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01
O5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.11 0.09 0.07 0.06 0.12 0.07 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.11 0.00 0.18 0.20 0.16
OP1 0.07 0.15 0.11 0.12 0.13 0.06 0.15 0.02 0.16 0.12 0.16 0.15 0.13 0.15 0.10 0.11 0.14 0.03 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.16 0.09 0.08 0.14 0.04 0.17 0.01 0.19 0.13 0.18 0.16 0.14 0.18 0.10 0.08 0.10 0.03 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.06 0.07 0.10 0.02 0.13 0.00 0.15 0.11 0.13 0.11 0.10 0.14 0.08 0.05 0.08 0.01 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.20 0.10 0.09 0.27 0.14 0.28 0.19 0.23 0.17 0.24 0.20 0.07 0.07 0.31 0.15 0.18 0.22 0.18 0.18
C2 0.11 0.18 0.10 0.09 0.27 0.13 0.28 0.18 0.23 0.16 0.23 0.18 0.08 0.09 0.31 0.14 0.17 0.21 0.19 0.19
C2' 0.12 0.23 0.08 0.07 0.30 0.12 0.31 0.18 0.25 0.18 0.28 0.25 0.06 0.03 0.35 0.14 0.17 0.22 0.17 0.17
C3' 0.11 0.24 0.09 0.07 0.29 0.10 0.31 0.16 0.26 0.17 0.28 0.29 0.07 0.03 0.33 0.12 0.16 0.21 0.16 0.17
C4 0.11 0.17 0.10 0.09 0.26 0.12 0.27 0.17 0.22 0.16 0.22 0.17 0.08 0.09 0.29 0.13 0.16 0.20 0.17 0.17
C4' 0.13 0.22 0.10 0.08 0.28 0.12 0.30 0.17 0.25 0.18 0.26 0.24 0.08 0.04 0.31 0.14 0.17 0.21 0.16 0.16
C5 0.12 0.16 0.12 0.11 0.24 0.12 0.26 0.15 0.22 0.15 0.20 0.15 0.10 0.11 0.27 0.13 0.15 0.17 0.16 0.16
C5' 0.11 0.20 0.09 0.07 0.22 0.10 0.26 0.14 0.24 0.15 0.22 0.24 0.07 0.04 0.24 0.11 0.15 0.19 0.15 0.15
C6 0.12 0.16 0.12 0.12 0.24 0.13 0.26 0.16 0.22 0.16 0.20 0.16 0.12 0.13 0.27 0.13 0.15 0.18 0.18 0.17
C8 0.11 0.16 0.11 0.11 0.24 0.11 0.26 0.14 0.22 0.15 0.20 0.15 0.09 0.10 0.26 0.12 0.13 0.18 0.14 0.15
N1 0.11 0.17 0.11 0.11 0.25 0.12 0.27 0.17 0.22 0.15 0.22 0.17 0.11 0.11 0.29 0.13 0.16 0.20 0.19 0.18
N2 0.11 0.19 0.09 0.09 0.28 0.13 0.28 0.19 0.23 0.16 0.24 0.20 0.08 0.08 0.32 0.15 0.18 0.22 0.20 0.19
N3 0.11 0.19 0.09 0.09 0.27 0.13 0.28 0.19 0.23 0.16 0.24 0.19 0.07 0.08 0.31 0.14 0.17 0.21 0.19 0.18
N7 0.12 0.15 0.13 0.13 0.23 0.12 0.25 0.14 0.22 0.16 0.19 0.14 0.11 0.13 0.25 0.13 0.13 0.15 0.14 0.14
N9 0.11 0.17 0.10 0.09 0.25 0.12 0.27 0.17 0.22 0.16 0.22 0.17 0.07 0.08 0.28 0.13 0.16 0.20 0.16 0.17
O2' 0.14 0.25 0.10 0.09 0.33 0.14 0.32 0.20 0.26 0.20 0.31 0.27 0.07 0.04 0.38 0.17 0.19 0.23 0.18 0.18
O3' 0.13 0.29 0.11 0.08 0.32 0.10 0.34 0.15 0.28 0.19 0.33 0.36 0.10 0.06 0.36 0.12 0.16 0.20 0.16 0.16
O4' 0.14 0.20 0.11 0.11 0.26 0.15 0.27 0.20 0.22 0.17 0.23 0.19 0.10 0.09 0.29 0.16 0.19 0.22 0.18 0.18
O5' 0.05 0.16 0.04 0.04 0.17 0.09 0.22 0.14 0.20 0.10 0.18 0.21 0.03 0.00 0.19 0.08 0.16 0.19 0.16 0.16
O6 0.13 0.16 0.14 0.14 0.23 0.14 0.26 0.16 0.22 0.16 0.19 0.15 0.14 0.14 0.26 0.14 0.15 0.18 0.18 0.17
OP1 0.09 0.25 0.10 0.03 0.15 0.02 0.24 0.05 0.24 0.11 0.23 0.39 0.11 0.01 0.16 0.05 0.08 0.10 0.09 0.08
OP2 0.03 0.17 0.05 0.01 0.12 0.04 0.19 0.08 0.18 0.06 0.16 0.28 0.07 0.01 0.14 0.02 0.13 0.12 0.14 0.13
P 0.03 0.17 0.05 0.01 0.13 0.03 0.19 0.07 0.19 0.07 0.17 0.27 0.06 0.00 0.14 0.01 0.10 0.10 0.11 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.08
C2 0.00 0.00 0.11 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.00 0.08 0.06 0.07 0.16 0.09
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.08 0.19 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.13 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.04 0.07 0.12 0.01 0.00 0.07 0.01 0.03 0.04 0.09 0.08
C4 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.11 0.14 0.08 0.08
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.10 0.07
C5 0.00 0.00 0.09 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.00 0.07 0.13 0.18 0.13 0.13
C5' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.04 0.08 0.11 0.02 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.11 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.00 0.09 0.12 0.14 0.13 0.11
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.05 0.09 0.06
N3 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.06 0.08 0.09 0.14 0.08
O2 0.01 0.00 0.19 0.12 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.17 0.00 0.14 0.07 0.11 0.26 0.14
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.09 0.00 0.08 0.20 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.09 0.16 0.12
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.13 0.04 0.10 0.17 0.01 0.00 0.08 0.01 0.04 0.08 0.11 0.10
O4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.01 0.12 0.16 0.09 0.09
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.06 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.07
O5' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.05 0.08 0.07 0.03 0.04 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.04 0.04 0.14 0.03 0.18 0.05 0.14 0.05 0.09 0.11 0.09 0.08 0.16 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.16 0.13 0.09 0.08 0.10 0.13 0.02 0.13 0.09 0.14 0.26 0.16 0.11 0.09 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.13 0.00 0.11 0.06 0.08 0.14 0.12 0.10 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00