ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49881

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.014, 0.030, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.015, 0.031, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.020, 0.039, 0.058, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.039 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.013, 0.035, 0.057, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.031, 0.062, 0.093, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.062 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.012, 0.050, 0.087, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.050 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.039, 0.083, 0.127, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.083 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.053, 0.110, 0.168, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.110 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.053, 0.126, 0.199, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.126 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.068, 0.146, 0.225, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.146 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.106, 0.203, 0.300, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.203 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.102, 0.207, 0.312, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.207 std_dev=0.105
OP2 B 0, 0.066, 0.176, 0.287, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.176 std_dev=0.110
OP1 B 0, 0.072, 0.183, 0.294, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.183 std_dev=0.111
P B 0, 0.066, 0.192, 0.318, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.192 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.092, 0.240, 0.389, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.240 std_dev=0.148
O5' B 0, 0.078, 0.300, 0.522, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.300 std_dev=0.222
O4' B 0, 0.186, 0.416, 0.645, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.416 std_dev=0.230
C4' B 0, 0.183, 0.422, 0.662, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.422 std_dev=0.239
C5' B 0, 0.190, 0.433, 0.676, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.433 std_dev=0.243
C1' B 0, 0.220, 0.470, 0.719, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.470 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.221, 0.474, 0.727, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.474 std_dev=0.253
C2' B 0, 0.236, 0.510, 0.785, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.510 std_dev=0.275
C3' B 0, 0.203, 0.497, 0.791, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.497 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.285, 0.590, 0.896, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.590 std_dev=0.305
O2' B 0, 0.303, 0.610, 0.917, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.610 std_dev=0.307
C5 B 0, 0.258, 0.579, 0.900, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.579 std_dev=0.321
C6 B 0, 0.190, 0.512, 0.835, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.512 std_dev=0.322
O3' B 0, 0.254, 0.590, 0.926, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.590 std_dev=0.336
O4 B 0, 0.283, 0.625, 0.966, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.625 std_dev=0.341
C2 B 0, 0.235, 0.577, 0.919, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.577 std_dev=0.342
P A 0, 0.419, 0.788, 1.158, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.788 std_dev=0.369
N3 B 0, 0.237, 0.608, 0.979, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.608 std_dev=0.371
O5' A 0, 0.085, 0.494, 0.904, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.494 std_dev=0.410
O2 B 0, 0.320, 0.740, 1.161, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.740 std_dev=0.421
OP2 A 0, 0.511, 0.970, 1.430, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.970 std_dev=0.460
OP1 A 0, 0.645, 1.270, 1.895, 1.911 max_d=1.911 avg_d=1.270 std_dev=0.625

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.03 0.28 0.21 0.09
C2 0.04 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.10 0.02 0.20 0.01 0.30 0.23 0.10
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.08 0.11 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.32 0.18 0.10
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.10 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.03 0.31 0.20 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.22 0.02 0.29 0.24 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.28 0.19 0.07
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.24 0.02 0.28 0.26 0.12
C5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.04 0.04 0.03 0.10 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.10 0.30 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03 0.23 0.01 0.29 0.26 0.12
C8 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.26 0.04 0.28 0.26 0.13
N1 0.03 0.01 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.02 0.22 0.01 0.30 0.24 0.10
N2 0.05 0.01 0.11 0.10 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.14 0.03 0.19 0.02 0.32 0.23 0.11
N3 0.04 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.09 0.02 0.19 0.02 0.30 0.23 0.10
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.26 0.04 0.29 0.27 0.14
N9 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.03 0.28 0.24 0.11
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.11 0.16 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.08 0.07 0.37 0.14 0.15
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.08 0.14 0.09 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.04 0.39 0.20 0.20
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.24 0.05 0.27 0.22 0.11
O5' 0.18 0.20 0.06 0.12 0.22 0.03 0.24 0.01 0.23 0.26 0.22 0.19 0.19 0.26 0.23 0.08 0.27 0.24 0.00 0.25 0.03 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.07 0.04 0.05 0.25 0.00 0.29 0.28 0.14
OP1 0.28 0.30 0.32 0.31 0.29 0.28 0.28 0.30 0.29 0.28 0.30 0.32 0.30 0.29 0.28 0.37 0.39 0.27 0.03 0.29 0.00 0.03 0.01
OP2 0.21 0.23 0.18 0.20 0.24 0.19 0.26 0.23 0.26 0.26 0.24 0.23 0.23 0.27 0.24 0.14 0.20 0.22 0.01 0.28 0.03 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.07 0.12 0.02 0.12 0.13 0.10 0.11 0.10 0.14 0.11 0.15 0.20 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.11 0.13 0.14 0.14 0.15 0.20 0.14 0.16 0.10 0.11 0.17 0.21 0.18 0.16 0.12 0.14 0.09 0.14 0.14
C2 0.12 0.15 0.14 0.13 0.14 0.14 0.26 0.13 0.24 0.11 0.12 0.26 0.22 0.18 0.15 0.13 0.13 0.13 0.17 0.15
C2' 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.15 0.07 0.11 0.06 0.07 0.17 0.18 0.12 0.12 0.08 0.07 0.05 0.07 0.08
C3' 0.08 0.10 0.07 0.05 0.05 0.07 0.10 0.05 0.08 0.07 0.06 0.17 0.16 0.09 0.08 0.08 0.04 0.09 0.04 0.05
C4 0.12 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.25 0.14 0.22 0.11 0.11 0.23 0.22 0.18 0.16 0.13 0.14 0.13 0.17 0.16
C4' 0.09 0.11 0.08 0.08 0.04 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.16 0.15 0.12 0.06 0.10 0.08 0.11 0.08 0.08
C5 0.12 0.15 0.14 0.13 0.14 0.14 0.26 0.13 0.24 0.11 0.12 0.26 0.22 0.17 0.14 0.13 0.13 0.13 0.16 0.14
C5' 0.13 0.14 0.10 0.09 0.07 0.11 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.19 0.16 0.12 0.07 0.14 0.11 0.18 0.08 0.12
C6 0.12 0.17 0.14 0.12 0.13 0.13 0.27 0.12 0.25 0.12 0.14 0.30 0.21 0.16 0.13 0.13 0.12 0.13 0.15 0.14
C8 0.12 0.12 0.15 0.14 0.14 0.15 0.24 0.14 0.21 0.11 0.11 0.20 0.22 0.19 0.16 0.13 0.14 0.13 0.17 0.16
N1 0.12 0.16 0.14 0.13 0.13 0.13 0.27 0.12 0.25 0.12 0.13 0.29 0.21 0.17 0.14 0.13 0.12 0.13 0.16 0.14
N2 0.12 0.15 0.14 0.14 0.14 0.15 0.27 0.14 0.24 0.12 0.12 0.26 0.22 0.18 0.15 0.13 0.14 0.13 0.18 0.16
N3 0.12 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.25 0.14 0.22 0.11 0.11 0.23 0.22 0.18 0.16 0.13 0.14 0.12 0.17 0.16
N7 0.12 0.14 0.14 0.13 0.14 0.14 0.26 0.13 0.24 0.12 0.12 0.25 0.22 0.17 0.14 0.13 0.13 0.13 0.16 0.14
N9 0.12 0.12 0.15 0.15 0.15 0.16 0.24 0.15 0.21 0.11 0.11 0.20 0.22 0.19 0.17 0.13 0.15 0.12 0.17 0.16
O2' 0.08 0.10 0.07 0.06 0.08 0.08 0.12 0.06 0.09 0.07 0.07 0.17 0.16 0.10 0.11 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07
O3' 0.11 0.13 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.18 0.14 0.06 0.07 0.11 0.09 0.14 0.09 0.09
O4' 0.11 0.10 0.13 0.15 0.11 0.16 0.15 0.16 0.12 0.08 0.09 0.15 0.21 0.20 0.13 0.12 0.15 0.08 0.16 0.15
O5' 0.29 0.33 0.22 0.19 0.37 0.21 0.36 0.22 0.33 0.32 0.35 0.33 0.20 0.14 0.38 0.29 0.23 0.27 0.20 0.24
O6 0.13 0.21 0.14 0.12 0.14 0.12 0.27 0.10 0.25 0.13 0.18 0.35 0.21 0.15 0.13 0.13 0.10 0.12 0.14 0.12
OP1 0.47 0.52 0.47 0.48 0.45 0.48 0.39 0.46 0.40 0.46 0.51 0.55 0.51 0.49 0.46 0.45 0.42 0.31 0.39 0.36
OP2 0.30 0.31 0.25 0.21 0.27 0.28 0.25 0.29 0.28 0.30 0.30 0.33 0.26 0.17 0.27 0.32 0.36 0.34 0.22 0.33
P 0.29 0.32 0.26 0.24 0.28 0.26 0.25 0.26 0.26 0.29 0.31 0.34 0.28 0.23 0.29 0.29 0.26 0.22 0.22 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.09 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.07 0.06 0.05
C2 0.04 0.00 0.07 0.12 0.02 0.04 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.02 0.06 0.11 0.07 0.07 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.03 0.05 0.13 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.08 0.08 0.03
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.10 0.05 0.13 0.16 0.02 0.01 0.12 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01
C4 0.02 0.02 0.04 0.11 0.00 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.11 0.00 0.03 0.18 0.12 0.10 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.09 0.04 0.08 0.05 0.05 0.02 0.12 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03
C5 0.02 0.02 0.08 0.10 0.01 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.11 0.01 0.06 0.21 0.19 0.10 0.13
C5' 0.03 0.12 0.01 0.01 0.23 0.01 0.23 0.00 0.18 0.11 0.19 0.08 0.04 0.03 0.26 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.10 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.02 0.07 0.17 0.16 0.07 0.10
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.10 0.07 0.05 0.06
N3 0.03 0.01 0.05 0.13 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.13 0.01 0.03 0.13 0.06 0.08 0.06
O2 0.09 0.01 0.13 0.16 0.02 0.05 0.03 0.08 0.02 0.03 0.02 0.00 0.15 0.18 0.03 0.12 0.13 0.13 0.08 0.11
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.09 0.15 0.00 0.04 0.08 0.07 0.07 0.17 0.19 0.11
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.11 0.02 0.11 0.03 0.11 0.04 0.13 0.18 0.04 0.00 0.12 0.02 0.03 0.08 0.12 0.05
O4 0.02 0.02 0.04 0.12 0.00 0.12 0.01 0.26 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.12 0.00 0.03 0.20 0.13 0.12 0.12
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.03 0.12 0.07 0.02 0.03 0.00 0.05 0.07 0.06 0.05
O5' 0.06 0.11 0.03 0.01 0.18 0.01 0.21 0.01 0.17 0.10 0.13 0.13 0.07 0.03 0.20 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.07 0.07 0.08 0.04 0.12 0.06 0.19 0.02 0.16 0.07 0.06 0.13 0.17 0.08 0.13 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.07 0.08 0.06 0.10 0.09 0.10 0.04 0.07 0.05 0.08 0.08 0.19 0.12 0.12 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.03 0.01 0.10 0.03 0.13 0.02 0.10 0.06 0.06 0.11 0.11 0.05 0.12 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00