ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49882

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.014
O4' A 0, -0.004, 0.094, 0.192, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.094 std_dev=0.098
C2' A 0, -0.014, 0.107, 0.227, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.107 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.011, 0.152, 0.293, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.152 std_dev=0.141
O2' A 0, -0.014, 0.156, 0.326, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.156 std_dev=0.170
C3' A 0, -0.009, 0.171, 0.351, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.171 std_dev=0.180
C5' A 0, 0.002, 0.260, 0.518, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.260 std_dev=0.258
O3' A 0, 0.007, 0.267, 0.527, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.267 std_dev=0.260
O5' A 0, 0.012, 0.297, 0.582, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.297 std_dev=0.285
OP1 A 0, 0.121, 0.415, 0.709, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.415 std_dev=0.294
P A 0, 0.017, 0.356, 0.695, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.356 std_dev=0.339
O3' B 0, 0.177, 0.522, 0.867, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.522 std_dev=0.345
O5' B 0, 0.253, 0.610, 0.967, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.610 std_dev=0.357
C3' B 0, 0.209, 0.584, 0.958, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.584 std_dev=0.374
C5' B 0, 0.314, 0.720, 1.126, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.720 std_dev=0.406
P B 0, 0.444, 0.851, 1.258, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.851 std_dev=0.407
OP2 A 0, 0.061, 0.469, 0.876, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.469 std_dev=0.407
OP2 B 0, 0.506, 0.960, 1.415, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.960 std_dev=0.454
C4' B 0, 0.265, 0.722, 1.179, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.722 std_dev=0.457
C2' B 0, 0.170, 0.649, 1.128, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.649 std_dev=0.479
OP1 B 0, 0.501, 1.001, 1.501, 1.698 max_d=1.698 avg_d=1.001 std_dev=0.500
O2' B 0, 0.180, 0.709, 1.239, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.709 std_dev=0.529
O4' B 0, 0.248, 0.837, 1.427, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.837 std_dev=0.590
C6 B 0, 0.385, 0.974, 1.564, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.974 std_dev=0.590
C1' B 0, 0.191, 0.791, 1.391, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.791 std_dev=0.600
C2 B 0, 0.404, 1.021, 1.638, 1.893 max_d=1.893 avg_d=1.021 std_dev=0.617
O2 B 0, 0.606, 1.228, 1.850, 2.095 max_d=2.095 avg_d=1.228 std_dev=0.622
N1 B 0, 0.212, 0.839, 1.467, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.839 std_dev=0.628
N3 B 0, 0.392, 1.059, 1.727, 1.973 max_d=1.973 avg_d=1.059 std_dev=0.668
C5 B 0, 0.432, 1.109, 1.786, 2.013 max_d=2.013 avg_d=1.109 std_dev=0.677
C4 B 0, 0.328, 1.060, 1.793, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.060 std_dev=0.732
O4 B 0, 0.374, 1.173, 1.972, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.173 std_dev=0.799

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.08 0.05
C2 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.01 0.13 0.00 0.13 0.18 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.09 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.13 0.12 0.07
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.11 0.07 0.13 0.09 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.14 0.14 0.08
C4 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.09 0.00 0.11 0.14 0.12
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.03 0.07 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.12 0.15 0.13
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.09 0.00 0.12 0.17 0.14
C8 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.14 0.16 0.13
N1 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.11 0.00 0.13 0.18 0.15
N2 0.01 0.00 0.09 0.13 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.17 0.01 0.15 0.00 0.15 0.19 0.16
N3 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.12 0.00 0.12 0.16 0.13
N7 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.15 0.17 0.15
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.10 0.11 0.09
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.14 0.12 0.07
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.12 0.10 0.17 0.11 0.11 0.05 0.02 0.00 0.00 0.03 0.09 0.19 0.18 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03
O5' 0.04 0.13 0.04 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.09 0.14 0.11 0.15 0.12 0.12 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.13 0.17 0.15
OP1 0.07 0.13 0.13 0.14 0.11 0.07 0.12 0.02 0.12 0.14 0.13 0.15 0.12 0.15 0.10 0.14 0.19 0.03 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.18 0.12 0.14 0.14 0.06 0.15 0.02 0.17 0.16 0.18 0.19 0.16 0.17 0.11 0.12 0.18 0.03 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.07 0.08 0.12 0.02 0.13 0.00 0.14 0.13 0.15 0.16 0.13 0.15 0.09 0.07 0.11 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.15 0.13 0.14 0.21 0.20 0.25 0.26 0.22 0.16 0.16 0.14 0.13 0.14 0.23 0.22 0.23 0.32 0.26 0.26
C2 0.15 0.15 0.18 0.16 0.24 0.14 0.28 0.14 0.24 0.17 0.18 0.13 0.21 0.21 0.27 0.14 0.12 0.22 0.17 0.16
C2' 0.14 0.14 0.09 0.11 0.26 0.18 0.32 0.26 0.27 0.17 0.17 0.12 0.07 0.08 0.29 0.21 0.23 0.31 0.25 0.25
C3' 0.13 0.11 0.07 0.09 0.28 0.16 0.38 0.24 0.32 0.17 0.17 0.10 0.05 0.04 0.32 0.18 0.23 0.31 0.24 0.25
C4 0.14 0.13 0.16 0.15 0.21 0.13 0.25 0.15 0.22 0.15 0.16 0.12 0.18 0.19 0.23 0.14 0.13 0.23 0.17 0.17
C4' 0.17 0.14 0.11 0.13 0.24 0.21 0.32 0.28 0.28 0.18 0.17 0.13 0.09 0.08 0.27 0.23 0.27 0.34 0.28 0.28
C5 0.16 0.14 0.19 0.17 0.21 0.14 0.25 0.13 0.22 0.16 0.16 0.14 0.22 0.21 0.23 0.14 0.12 0.20 0.17 0.16
C5' 0.13 0.10 0.10 0.12 0.22 0.19 0.31 0.26 0.28 0.14 0.13 0.10 0.09 0.07 0.24 0.19 0.27 0.31 0.27 0.27
C6 0.18 0.16 0.21 0.19 0.22 0.16 0.26 0.13 0.23 0.18 0.17 0.16 0.25 0.23 0.24 0.15 0.13 0.21 0.19 0.18
C8 0.14 0.13 0.16 0.15 0.19 0.13 0.23 0.13 0.21 0.15 0.15 0.12 0.16 0.17 0.21 0.13 0.13 0.25 0.18 0.19
N1 0.16 0.15 0.20 0.17 0.23 0.14 0.27 0.13 0.23 0.17 0.17 0.14 0.24 0.23 0.25 0.14 0.12 0.21 0.18 0.17
N2 0.15 0.16 0.18 0.16 0.26 0.14 0.30 0.15 0.25 0.18 0.20 0.15 0.21 0.22 0.30 0.15 0.12 0.22 0.17 0.16
N3 0.15 0.15 0.16 0.15 0.24 0.14 0.27 0.17 0.24 0.17 0.18 0.13 0.18 0.20 0.26 0.16 0.13 0.23 0.17 0.17
N7 0.17 0.16 0.20 0.18 0.21 0.15 0.25 0.13 0.23 0.18 0.17 0.15 0.22 0.21 0.23 0.15 0.12 0.20 0.16 0.16
N9 0.13 0.12 0.14 0.14 0.20 0.14 0.24 0.17 0.20 0.14 0.14 0.11 0.15 0.16 0.22 0.15 0.16 0.27 0.20 0.20
O2' 0.19 0.18 0.12 0.14 0.28 0.23 0.33 0.31 0.29 0.21 0.21 0.16 0.08 0.08 0.31 0.26 0.26 0.34 0.30 0.28
O3' 0.15 0.13 0.10 0.12 0.34 0.18 0.47 0.25 0.39 0.20 0.20 0.10 0.10 0.06 0.39 0.20 0.24 0.31 0.25 0.25
O4' 0.19 0.16 0.15 0.17 0.20 0.23 0.23 0.29 0.21 0.17 0.16 0.16 0.15 0.15 0.22 0.24 0.27 0.36 0.29 0.30
O5' 0.04 0.07 0.03 0.05 0.20 0.13 0.27 0.21 0.23 0.08 0.12 0.12 0.04 0.00 0.23 0.10 0.27 0.29 0.27 0.27
O6 0.21 0.19 0.24 0.21 0.23 0.19 0.26 0.16 0.25 0.20 0.19 0.19 0.28 0.25 0.24 0.18 0.17 0.23 0.23 0.21
OP1 0.13 0.26 0.13 0.04 0.27 0.02 0.34 0.07 0.31 0.18 0.27 0.35 0.15 0.01 0.29 0.07 0.14 0.14 0.12 0.11
OP2 0.05 0.15 0.08 0.01 0.21 0.06 0.28 0.13 0.25 0.11 0.17 0.24 0.09 0.01 0.23 0.02 0.21 0.18 0.24 0.21
P 0.05 0.15 0.07 0.00 0.21 0.04 0.28 0.11 0.25 0.11 0.16 0.22 0.08 0.00 0.23 0.01 0.17 0.15 0.18 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.09
C2 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07 0.11 0.07
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.06 0.16 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.12 0.09
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.15 0.06 0.07 0.09 0.01 0.00 0.11 0.01 0.03 0.03 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.01 0.13 0.16 0.09 0.10
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.09 0.07
C5 0.01 0.00 0.10 0.15 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.19 0.00 0.06 0.14 0.18 0.14 0.13
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.11 0.06 0.09 0.10 0.02 0.02 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.15 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.19 0.00 0.08 0.12 0.14 0.14 0.11
N1 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.06 0.09 0.06
N3 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.09 0.11 0.09 0.07
O2 0.01 0.00 0.16 0.09 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.14 0.00 0.12 0.06 0.09 0.17 0.11
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.10 0.01 0.07 0.19 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.13 0.16 0.14
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.13 0.01 0.19 0.02 0.19 0.06 0.08 0.14 0.02 0.00 0.14 0.01 0.05 0.07 0.10 0.06
O4 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.01 0.14 0.18 0.10 0.11
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.05 0.12 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.08
O5' 0.01 0.07 0.02 0.03 0.13 0.00 0.14 0.00 0.12 0.06 0.09 0.06 0.01 0.05 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.06 0.03 0.16 0.04 0.18 0.06 0.14 0.06 0.11 0.09 0.13 0.07 0.18 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.11 0.12 0.08 0.09 0.09 0.14 0.02 0.14 0.09 0.09 0.17 0.16 0.10 0.10 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.07 0.09 0.05 0.10 0.07 0.13 0.01 0.11 0.06 0.07 0.11 0.14 0.06 0.11 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00