ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49883

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.022
OP1 A 0, 0.020, 0.085, 0.150, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.085 std_dev=0.065
P A 0, 0.043, 0.118, 0.194, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.118 std_dev=0.076
C3' B 0, 0.075, 0.160, 0.245, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.160 std_dev=0.085
C3' A 0, 0.007, 0.096, 0.185, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.096 std_dev=0.089
O3' B 0, 0.076, 0.172, 0.269, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.172 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.060, 0.178, 0.296, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.178 std_dev=0.118
C4' A 0, 0.003, 0.130, 0.258, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.130 std_dev=0.128
C2' B 0, 0.106, 0.240, 0.373, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.240 std_dev=0.133
C4' B 0, 0.094, 0.228, 0.362, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.228 std_dev=0.134
OP2 A 0, 0.089, 0.231, 0.374, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.231 std_dev=0.142
O4' A 0, -0.017, 0.148, 0.314, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.148 std_dev=0.166
O4' B 0, 0.118, 0.288, 0.458, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.288 std_dev=0.170
OP1 B 0, 0.113, 0.284, 0.455, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.284 std_dev=0.171
O5' A 0, 0.055, 0.227, 0.399, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.227 std_dev=0.172
C5' B 0, 0.124, 0.297, 0.470, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.297 std_dev=0.173
C2' A 0, 0.008, 0.181, 0.355, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.181 std_dev=0.174
C1' B 0, 0.103, 0.281, 0.459, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.281 std_dev=0.178
P B 0, 0.124, 0.306, 0.488, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.306 std_dev=0.182
O2 B 0, 0.170, 0.372, 0.575, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.372 std_dev=0.202
C2 B 0, 0.173, 0.386, 0.599, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.386 std_dev=0.213
O5' B 0, 0.118, 0.337, 0.556, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.337 std_dev=0.219
O2' B 0, 0.110, 0.330, 0.550, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.330 std_dev=0.220
N1 B 0, 0.130, 0.355, 0.580, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.355 std_dev=0.225
OP2 B 0, 0.079, 0.305, 0.531, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.305 std_dev=0.226
C5' A 0, -0.003, 0.252, 0.507, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.252 std_dev=0.255
N3 B 0, 0.208, 0.465, 0.721, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.465 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.159, 0.422, 0.684, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.422 std_dev=0.263
C5 B 0, 0.206, 0.495, 0.784, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.495 std_dev=0.289
C4 B 0, 0.227, 0.519, 0.811, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.519 std_dev=0.292
O2' A 0, 0.059, 0.363, 0.666, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.363 std_dev=0.304
O4 B 0, 0.252, 0.600, 0.949, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.600 std_dev=0.348

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.02 0.17 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.08 0.10 0.03 0.01 0.04 0.18 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.01 0.17 0.31 0.23
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.02 0.11 0.27 0.17
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.04 0.06 0.01 0.03 0.17 0.05
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.15 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.04 0.15 0.06
C5' 0.02 0.13 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.12 0.16 0.12 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.09 0.06 0.21 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03 0.06 0.00 0.04 0.15 0.05
C8 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.06 0.12 0.01 0.04 0.15 0.08
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.07 0.04 0.01 0.03 0.16 0.05
N2 0.03 0.00 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.09 0.13 0.03 0.01 0.04 0.18 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.08 0.10 0.04 0.01 0.03 0.18 0.05
N7 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.04 0.10 0.01 0.04 0.14 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.03 0.18 0.07
O2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.05 0.10 0.09 0.16 0.12 0.08 0.02 0.00 0.04 0.01 0.36 0.04 0.23 0.33 0.28
O3' 0.05 0.08 0.01 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06 0.05 0.04 0.00 0.04 0.16 0.07 0.07 0.20 0.10
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.07 0.13 0.10 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.11 0.02 0.13 0.08 0.09
O5' 0.10 0.03 0.32 0.26 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.12 0.04 0.03 0.04 0.10 0.10 0.36 0.16 0.11 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.06 0.00 0.04 0.14 0.06
OP1 0.02 0.04 0.17 0.11 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.23 0.07 0.13 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.18 0.31 0.27 0.17 0.15 0.15 0.21 0.15 0.15 0.16 0.18 0.18 0.14 0.18 0.33 0.20 0.08 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.05 0.23 0.17 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.28 0.10 0.09 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.05 0.08 0.08 0.07 0.14 0.14 0.16 0.17 0.11 0.04 0.08 0.08 0.12 0.06 0.14 0.12 0.11 0.06 0.05
C2 0.10 0.04 0.06 0.07 0.05 0.13 0.12 0.19 0.14 0.09 0.03 0.08 0.07 0.09 0.04 0.13 0.18 0.02 0.10 0.11
C2' 0.07 0.06 0.10 0.11 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.09 0.12 0.14 0.12 0.08 0.07 0.03 0.27 0.08 0.12
C3' 0.08 0.08 0.01 0.02 0.07 0.06 0.09 0.10 0.12 0.08 0.09 0.13 0.03 0.06 0.09 0.09 0.10 0.24 0.12 0.15
C4 0.11 0.03 0.07 0.08 0.05 0.14 0.12 0.20 0.14 0.09 0.02 0.06 0.08 0.10 0.04 0.14 0.20 0.02 0.11 0.12
C4' 0.25 0.18 0.20 0.19 0.22 0.23 0.28 0.24 0.30 0.24 0.18 0.15 0.20 0.21 0.21 0.23 0.19 0.06 0.15 0.12
C5 0.09 0.02 0.07 0.08 0.05 0.14 0.11 0.21 0.13 0.08 0.02 0.05 0.10 0.08 0.04 0.13 0.23 0.09 0.15 0.17
C5' 0.35 0.30 0.31 0.30 0.35 0.35 0.39 0.35 0.40 0.35 0.30 0.25 0.28 0.30 0.34 0.33 0.30 0.05 0.25 0.20
C6 0.09 0.02 0.07 0.08 0.06 0.14 0.11 0.21 0.13 0.08 0.03 0.05 0.11 0.08 0.05 0.13 0.24 0.11 0.16 0.19
C8 0.10 0.02 0.07 0.08 0.05 0.15 0.11 0.21 0.13 0.08 0.01 0.05 0.10 0.09 0.03 0.14 0.24 0.05 0.14 0.17
N1 0.09 0.02 0.07 0.08 0.05 0.14 0.12 0.20 0.13 0.08 0.02 0.06 0.09 0.08 0.04 0.13 0.21 0.07 0.13 0.15
N2 0.11 0.05 0.06 0.07 0.07 0.13 0.13 0.18 0.15 0.09 0.05 0.09 0.07 0.09 0.06 0.13 0.16 0.02 0.09 0.09
N3 0.11 0.04 0.06 0.07 0.06 0.13 0.12 0.18 0.15 0.09 0.04 0.08 0.07 0.10 0.05 0.13 0.16 0.02 0.09 0.09
N7 0.09 0.03 0.08 0.08 0.06 0.15 0.11 0.22 0.12 0.08 0.03 0.04 0.12 0.08 0.04 0.14 0.26 0.12 0.17 0.21
N9 0.11 0.03 0.07 0.08 0.06 0.15 0.12 0.20 0.15 0.09 0.03 0.07 0.08 0.10 0.04 0.14 0.20 0.02 0.11 0.11
O2' 0.14 0.20 0.23 0.23 0.20 0.14 0.15 0.12 0.13 0.14 0.23 0.24 0.25 0.19 0.24 0.10 0.23 0.43 0.26 0.31
O3' 0.07 0.14 0.03 0.04 0.13 0.06 0.09 0.11 0.11 0.08 0.17 0.22 0.02 0.05 0.16 0.08 0.20 0.32 0.23 0.26
O4' 0.26 0.19 0.23 0.23 0.24 0.26 0.30 0.29 0.32 0.26 0.19 0.15 0.22 0.25 0.22 0.25 0.27 0.07 0.20 0.18
O5' 0.04 0.15 0.04 0.08 0.04 0.14 0.06 0.16 0.08 0.04 0.13 0.26 0.05 0.02 0.06 0.12 0.17 0.27 0.20 0.22
O6 0.09 0.04 0.08 0.08 0.07 0.14 0.12 0.22 0.13 0.08 0.05 0.05 0.13 0.07 0.07 0.13 0.25 0.15 0.18 0.22
OP1 0.07 0.05 0.08 0.06 0.13 0.06 0.18 0.11 0.16 0.09 0.08 0.06 0.10 0.01 0.14 0.04 0.18 0.07 0.11 0.11
OP2 0.10 0.08 0.15 0.04 0.24 0.04 0.31 0.03 0.28 0.15 0.13 0.06 0.25 0.01 0.25 0.03 0.05 0.10 0.01 0.04
P 0.04 0.03 0.07 0.01 0.10 0.03 0.17 0.03 0.16 0.06 0.04 0.11 0.11 0.01 0.11 0.03 0.06 0.11 0.02 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.11 0.03 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.02 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.14 0.16 0.14 0.15
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.08 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.13 0.06 0.06
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.04 0.12 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.12 0.03 0.04
C4 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.01 0.16 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.01 0.04 0.13 0.14 0.16 0.15
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.09 0.14 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02
C5 0.02 0.02 0.07 0.05 0.01 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.08 0.02 0.02 0.05 0.10 0.11 0.08
C5' 0.03 0.16 0.04 0.01 0.16 0.00 0.10 0.00 0.05 0.07 0.19 0.22 0.03 0.01 0.19 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.06 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.08 0.03 0.00 0.02 0.09 0.06 0.04
N1 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.11 0.07 0.07
N3 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.17 0.17 0.19 0.18
O2 0.05 0.00 0.09 0.12 0.02 0.14 0.02 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.11 0.03 0.06 0.22 0.22 0.18 0.21
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.01 0.13 0.03 0.12 0.02 0.04 0.07 0.00 0.01 0.10 0.00 0.02 0.16 0.08 0.08
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.03 0.11 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.11 0.02 0.03
O4 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.08 0.02 0.19 0.03 0.02 0.02 0.03 0.10 0.03 0.00 0.06 0.16 0.16 0.21 0.18
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.07 0.03 0.01
O5' 0.02 0.14 0.02 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.17 0.22 0.02 0.05 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.11 0.16 0.13 0.12 0.14 0.09 0.10 0.04 0.09 0.11 0.17 0.22 0.16 0.11 0.16 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.14 0.06 0.03 0.16 0.01 0.11 0.02 0.06 0.07 0.19 0.18 0.08 0.02 0.21 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.15 0.06 0.04 0.15 0.02 0.08 0.01 0.04 0.07 0.18 0.21 0.08 0.03 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00