ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49884

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.007, 0.033, 0.059, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.033 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.009, 0.035, 0.061, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.004, 0.032, 0.060, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.032 std_dev=0.028
C6 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O2' A 0, 0.085, 0.206, 0.328, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.206 std_dev=0.122
C2' A 0, 0.036, 0.212, 0.388, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.212 std_dev=0.176
O4' A 0, -0.009, 0.170, 0.350, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.170 std_dev=0.180
OP1 B 0, 0.069, 0.259, 0.448, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.259 std_dev=0.189
C4' A 0, 0.012, 0.305, 0.598, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.305 std_dev=0.293
C3' A 0, 0.040, 0.341, 0.643, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.341 std_dev=0.302
P A 0, 0.154, 0.482, 0.811, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.482 std_dev=0.328
O3' A 0, 0.095, 0.442, 0.788, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.442 std_dev=0.347
P B 0, 0.195, 0.561, 0.926, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.561 std_dev=0.365
O5' A 0, 0.093, 0.479, 0.865, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.479 std_dev=0.386
OP2 B 0, 0.386, 0.836, 1.285, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.836 std_dev=0.449
C5' A 0, 0.025, 0.547, 1.070, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.547 std_dev=0.523
OP1 A 0, 0.259, 0.904, 1.549, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.904 std_dev=0.645
OP2 A 0, 0.157, 0.832, 1.507, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.832 std_dev=0.675
O5' B 0, 0.321, 1.100, 1.879, 2.038 max_d=2.038 avg_d=1.100 std_dev=0.779
C5' B 0, 0.702, 1.757, 2.812, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.757 std_dev=1.055
C4' B 0, 0.428, 1.937, 3.446, 3.715 max_d=3.715 avg_d=1.937 std_dev=1.509
O3' B 0, 0.151, 2.351, 4.550, 5.034 max_d=5.034 avg_d=2.351 std_dev=2.199
C3' B 0, 0.240, 2.574, 4.909, 5.407 max_d=5.407 avg_d=2.574 std_dev=2.334
O4' B 0, 0.097, 2.618, 5.138, 5.705 max_d=5.705 avg_d=2.618 std_dev=2.521
C2' B 0, 0.061, 3.245, 6.430, 7.152 max_d=7.152 avg_d=3.245 std_dev=3.185
O2' B 0, 0.008, 3.244, 6.480, 7.263 max_d=7.263 avg_d=3.244 std_dev=3.236
C1' B 0, -0.176, 3.313, 6.801, 7.605 max_d=7.605 avg_d=3.313 std_dev=3.489
C6 B 0, -0.487, 3.913, 8.312, 9.333 max_d=9.333 avg_d=3.913 std_dev=4.400
N1 B 0, -0.399, 4.128, 8.656, 9.702 max_d=9.702 avg_d=4.128 std_dev=4.528
C5 B 0, -0.730, 4.630, 9.991, 11.219 max_d=11.219 avg_d=4.630 std_dev=5.361
C2 B 0, -0.544, 5.142, 10.828, 12.125 max_d=12.125 avg_d=5.142 std_dev=5.686
O2 B 0, -0.441, 5.396, 11.233, 12.582 max_d=12.582 avg_d=5.396 std_dev=5.837
C4 B 0, -0.933, 5.673, 12.279, 13.773 max_d=13.773 avg_d=5.673 std_dev=6.606
N3 B 0, -0.806, 5.852, 12.511, 14.009 max_d=14.009 avg_d=5.852 std_dev=6.658
O4 B 0, -1.175, 6.397, 13.969, 15.682 max_d=15.682 avg_d=6.397 std_dev=7.572

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.37 0.52 0.16
C2 0.03 0.00 0.14 0.19 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.19 0.01 0.11 0.04 0.32 0.57 0.20
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.04 0.12 0.02 0.14 0.16 0.13 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.13 0.42 0.24 0.09
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.12 0.01 0.13 0.04 0.18 0.04 0.19 0.20 0.16 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.20 0.38 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.02 0.11 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.09 0.06 0.29 0.57 0.19
C4' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.02 0.12 0.07 0.11 0.10 0.08 0.09 0.05 0.06 0.02 0.01 0.03 0.15 0.36 0.34 0.10
C5 0.04 0.01 0.08 0.13 0.02 0.10 0.00 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.13 0.04 0.12 0.04 0.21 0.61 0.21
C5' 0.04 0.12 0.04 0.04 0.11 0.02 0.15 0.00 0.17 0.13 0.14 0.12 0.10 0.15 0.09 0.08 0.08 0.01 0.01 0.20 0.18 0.34 0.03
C6 0.06 0.02 0.12 0.18 0.04 0.12 0.02 0.17 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.19 0.04 0.14 0.02 0.20 0.63 0.23
C8 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.13 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.10 0.06 0.20 0.61 0.19
N1 0.04 0.01 0.14 0.19 0.02 0.11 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.20 0.02 0.12 0.03 0.26 0.60 0.21
N2 0.04 0.01 0.16 0.20 0.02 0.10 0.02 0.12 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.21 0.02 0.12 0.03 0.36 0.55 0.21
N3 0.02 0.01 0.13 0.16 0.01 0.08 0.02 0.10 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.15 0.01 0.09 0.05 0.34 0.55 0.19
N7 0.04 0.02 0.03 0.09 0.02 0.09 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.09 0.06 0.12 0.05 0.17 0.63 0.20
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.09 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.08 0.29 0.57 0.17
O2' 0.02 0.06 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04 0.08 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.10 0.08 0.44 0.29 0.18
O3' 0.02 0.19 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.08 0.19 0.05 0.20 0.21 0.15 0.09 0.04 0.05 0.00 0.01 0.03 0.21 0.39 0.18 0.09
O4' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.07 0.32 0.63 0.20
O5' 0.04 0.11 0.01 0.05 0.09 0.03 0.12 0.01 0.14 0.10 0.12 0.12 0.09 0.12 0.07 0.10 0.03 0.06 0.00 0.16 0.04 0.01 0.01
O6 0.08 0.04 0.13 0.20 0.06 0.15 0.04 0.20 0.02 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.08 0.08 0.21 0.07 0.16 0.00 0.16 0.66 0.25
OP1 0.37 0.32 0.42 0.38 0.29 0.36 0.21 0.18 0.20 0.20 0.26 0.36 0.34 0.17 0.29 0.44 0.39 0.32 0.04 0.16 0.00 0.04 0.04
OP2 0.52 0.57 0.24 0.07 0.57 0.34 0.61 0.34 0.63 0.61 0.60 0.55 0.55 0.63 0.57 0.29 0.18 0.63 0.01 0.66 0.04 0.00 0.02
P 0.16 0.20 0.09 0.05 0.19 0.10 0.21 0.03 0.23 0.19 0.21 0.21 0.19 0.20 0.17 0.18 0.09 0.20 0.01 0.25 0.04 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.72 1.30 0.94 0.37 1.85 0.13 1.69 0.07 1.29 1.12 1.63 1.17 0.76 0.13 2.12 0.30 0.11 0.21 0.16 0.07
C2 1.08 2.01 1.44 0.78 2.91 0.30 2.57 0.23 1.94 1.69 2.57 1.82 1.30 0.53 3.42 0.45 0.27 0.20 0.12 0.11
C2' 1.18 1.91 1.25 0.62 2.53 0.45 2.30 0.28 1.83 1.66 2.31 1.78 1.04 0.32 2.85 0.76 0.30 0.31 0.24 0.19
C3' 1.17 1.83 1.16 0.57 2.36 0.47 2.17 0.29 1.77 1.62 2.17 1.72 0.91 0.25 2.61 0.82 0.29 0.28 0.26 0.20
C4 0.93 1.71 1.27 0.65 2.50 0.23 2.29 0.18 1.73 1.47 2.18 1.52 1.09 0.39 2.89 0.36 0.23 0.22 0.13 0.11
C4' 0.57 1.00 0.65 0.16 1.36 0.08 1.25 0.12 0.97 0.86 1.22 0.91 0.44 0.22 1.53 0.27 0.05 0.10 0.19 0.09
C5 0.95 1.75 1.36 0.75 2.60 0.24 2.40 0.24 1.82 1.52 2.24 1.53 1.18 0.50 2.98 0.32 0.26 0.20 0.12 0.13
C5' 0.30 0.58 0.40 0.19 0.83 0.17 0.77 0.26 0.59 0.50 0.73 0.52 0.21 0.44 0.93 0.11 0.21 0.12 0.28 0.22
C6 1.04 1.95 1.50 0.87 2.88 0.28 2.60 0.29 1.96 1.67 2.50 1.72 1.35 0.63 3.34 0.36 0.30 0.17 0.11 0.13
C8 0.72 1.32 1.07 0.52 1.96 0.13 1.88 0.13 1.44 1.18 1.67 1.14 0.86 0.26 2.20 0.21 0.17 0.21 0.12 0.10
N1 1.10 2.06 1.52 0.87 3.01 0.31 2.67 0.28 2.01 1.74 2.65 1.84 1.38 0.63 3.53 0.42 0.29 0.18 0.11 0.13
N2 1.13 2.10 1.47 0.80 3.01 0.32 2.61 0.24 1.97 1.75 2.68 1.92 1.35 0.55 3.55 0.49 0.27 0.20 0.13 0.11
N3 1.01 1.84 1.31 0.67 2.66 0.26 2.38 0.19 1.80 1.56 2.34 1.66 1.16 0.41 3.11 0.43 0.23 0.21 0.13 0.10
N7 0.83 1.51 1.26 0.69 2.26 0.19 2.17 0.22 1.67 1.35 1.93 1.30 1.04 0.43 2.55 0.23 0.25 0.19 0.11 0.13
N9 0.79 1.44 1.09 0.50 2.11 0.16 1.97 0.12 1.50 1.26 1.83 1.28 0.89 0.25 2.41 0.29 0.17 0.21 0.14 0.09
O2' 1.05 1.74 1.08 0.46 2.30 0.34 2.03 0.17 1.60 1.48 2.11 1.65 0.91 0.19 2.61 0.66 0.20 0.24 0.18 0.10
O3' 1.34 2.06 1.20 0.59 2.56 0.58 2.30 0.33 1.89 1.79 2.40 1.96 0.94 0.26 2.82 1.02 0.31 0.25 0.26 0.20
O4' 0.37 0.75 0.59 0.14 1.14 0.12 1.05 0.17 0.78 0.64 0.98 0.66 0.43 0.24 1.32 0.07 0.08 0.10 0.20 0.13
O5' 0.49 0.72 0.45 0.22 0.86 0.19 0.78 0.23 0.66 0.64 0.82 0.69 0.25 0.43 0.92 0.36 0.19 0.17 0.25 0.18
O6 1.03 1.96 1.56 0.95 2.91 0.28 2.62 0.33 1.98 1.68 2.53 1.72 1.42 0.73 3.37 0.31 0.31 0.13 0.10 0.13
OP1 0.24 0.19 0.38 0.82 0.20 0.54 0.17 0.70 0.19 0.19 0.19 0.20 0.55 1.16 0.24 0.28 0.54 0.22 0.60 0.47
OP2 0.49 0.58 0.54 0.81 0.77 0.52 0.82 0.65 0.73 0.59 0.66 0.50 0.68 0.96 0.82 0.45 0.62 0.49 0.41 0.60
P 0.14 0.13 0.18 0.49 0.09 0.28 0.11 0.40 0.13 0.13 0.11 0.15 0.31 0.75 0.09 0.17 0.33 0.18 0.31 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.09 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.17 0.05 0.00 0.42 0.63 0.53 0.39
C2 0.02 0.00 0.16 0.23 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.23 0.04 0.02 0.09 0.54 1.06 0.65 0.55
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.05 0.03 0.06 0.18 0.09 0.03 0.13 0.26 0.01 0.05 0.05 0.01 0.61 0.81 0.45 0.55
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.34 0.01 0.34 0.02 0.27 0.21 0.31 0.16 0.03 0.01 0.37 0.02 0.27 0.32 0.07 0.17
C4 0.04 0.01 0.05 0.34 0.00 0.12 0.01 0.11 0.02 0.03 0.01 0.01 0.34 0.22 0.00 0.03 0.63 1.47 0.69 0.68
C4' 0.00 0.04 0.03 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.08 0.09 0.04 0.29 0.02 0.13 0.01 0.02 0.02 0.20 0.03
C5 0.03 0.02 0.06 0.34 0.01 0.16 0.00 0.14 0.01 0.01 0.03 0.03 0.31 0.26 0.01 0.07 0.64 1.50 0.65 0.68
C5' 0.09 0.03 0.18 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.09 0.03 0.08 0.04 0.10 0.17 0.13 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01
C6 0.02 0.03 0.09 0.27 0.02 0.15 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.04 0.26 0.19 0.02 0.10 0.64 1.28 0.63 0.64
N1 0.02 0.01 0.03 0.21 0.03 0.08 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.19 0.06 0.03 0.01 0.56 1.01 0.62 0.54
N3 0.03 0.01 0.13 0.31 0.01 0.09 0.03 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.28 0.13 0.02 0.06 0.59 1.28 0.68 0.61
O2 0.01 0.01 0.26 0.16 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.15 0.13 0.02 0.14 0.48 0.89 0.63 0.48
O2' 0.02 0.23 0.01 0.03 0.34 0.29 0.31 0.10 0.26 0.19 0.28 0.15 0.00 0.04 0.36 0.17 0.25 0.47 0.15 0.25
O3' 0.17 0.04 0.05 0.01 0.22 0.02 0.26 0.17 0.19 0.06 0.13 0.13 0.04 0.00 0.26 0.13 0.09 0.09 0.26 0.14
O4 0.05 0.02 0.05 0.37 0.00 0.13 0.01 0.13 0.02 0.03 0.02 0.02 0.36 0.26 0.00 0.03 0.64 1.55 0.68 0.69
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.02 0.10 0.01 0.06 0.14 0.17 0.13 0.03 0.00 0.13 0.21 0.45 0.14
O5' 0.42 0.54 0.61 0.27 0.63 0.02 0.64 0.01 0.64 0.56 0.59 0.48 0.25 0.09 0.64 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.63 1.06 0.81 0.32 1.47 0.02 1.50 0.01 1.28 1.01 1.28 0.89 0.47 0.09 1.55 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.53 0.65 0.45 0.07 0.69 0.20 0.65 0.06 0.63 0.62 0.68 0.63 0.15 0.26 0.68 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.39 0.55 0.55 0.17 0.68 0.03 0.68 0.01 0.64 0.54 0.61 0.48 0.25 0.14 0.69 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00